src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JSeq.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _colour.
  31      */
  32     private int _colour;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _colour
  36      */
  37     private boolean _has_colour;
  38
  39     /**
  40      * Field _start.
  41      */
  42     private int _start;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _start
  46      */
  47     private boolean _has_start;
  48
  49     /**
  50      * Field _end.
  51      */
  52     private int _end;
  53
  54     /**
  55      * keeps track of state for field: _end
  56      */
  57     private boolean _has_end;
  58
  59     /**
  60      * Field _id.
  61      */
  62     private java.lang.String _id;
  63
  64     /**
  65      * Field _hidden.
  66      */
  67     private boolean _hidden;
  68
  69     /**
  70      * keeps track of state for field: _hidden
  71      */
  72     private boolean _has_hidden;
  73
  74     /**
  75      * Field _viewreference.
  76      */
  77     private boolean _viewreference;
  78
  79     /**
  80      * keeps track of state for field: _viewreference
  81      */
  82     private boolean _has_viewreference;
  83
  84     /**
  85      * Field _featuresList.
  86      */
  87     private java.util.Vector _featuresList;
  88
  89     /**
  90      * Field _pdbidsList.
  91      */
  92     private java.util.Vector _pdbidsList;
  93
  94     /**
  95      * Field _hiddenSequencesList.
  96      */
  97     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
  98
  99     /**
 100      * Reference to a viewer showing RNA structure
 101      *  for this sequence. Schema supports one viewer showing
 102      * multiple
 103      *  annotations for multiple sequences, though currently only
 104      * one
 105      *  annotation for one sequence (gapped or trimmed) is used
 106      *
 107      */
 108     private java.util.Vector _rnaViewerList;
 109
 110     /**
 111      * name of the project jar entry that holds the HMM file with
 112      * the profile for the sequence
 113      */
 114     private java.lang.String _hmmerProfile;
 115
 116
 117       //----------------/
 118      //- Constructors -/
 119     //----------------/
 120
 121     public JSeq() {
 122         super();
 123         this._featuresList = new java.util.Vector();
 124         this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 125         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 126         this._rnaViewerList = new java.util.Vector();
 127     }
 128
 129
 130       //-----------/
 131      //- Methods -/
 132     //-----------/
 133
 134     /**
 135      *
 136      *
 137      * @param vFeatures
 138      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 139      * given is outside the bounds of the collection
 140      */
 141     public void addFeatures(
 142             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 144         this._featuresList.addElement(vFeatures);
 145     }
 146
 147     /**
 148      *
 149      *
 150      * @param index
 151      * @param vFeatures
 152      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 153      * given is outside the bounds of the collection
 154      */
 155     public void addFeatures(
 156             final int index,
 157             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 158     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 159         this._featuresList.add(index, vFeatures);
 160     }
 161
 162     /**
 163      *
 164      *
 165      * @param vHiddenSequences
 166      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 167      * given is outside the bounds of the collection
 168      */
 169     public void addHiddenSequences(
 170             final int vHiddenSequences)
 171     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 172         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 173     }
 174
 175     /**
 176      *
 177      *
 178      * @param index
 179      * @param vHiddenSequences
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 181      * given is outside the bounds of the collection
 182      */
 183     public void addHiddenSequences(
 184             final int index,
 185             final int vHiddenSequences)
 186     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 187         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 188     }
 189
 190     /**
 191      *
 192      *
 193      * @param vPdbids
 194      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 195      * given is outside the bounds of the collection
 196      */
 197     public void addPdbids(
 198             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 199     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 200         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 201     }
 202
 203     /**
 204      *
 205      *
 206      * @param index
 207      * @param vPdbids
 208      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 209      * given is outside the bounds of the collection
 210      */
 211     public void addPdbids(
 212             final int index,
 213             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 214     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 215         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 216     }
 217
 218     /**
 219      *
 220      *
 221      * @param vRnaViewer
 222      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 223      * given is outside the bounds of the collection
 224      */
 225     public void addRnaViewer(
 226             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 227     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 228         this._rnaViewerList.addElement(vRnaViewer);
 229     }
 230
 231     /**
 232      *
 233      *
 234      * @param index
 235      * @param vRnaViewer
 236      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 237      * given is outside the bounds of the collection
 238      */
 239     public void addRnaViewer(
 240             final int index,
 241             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 242     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 243         this._rnaViewerList.add(index, vRnaViewer);
 244     }
 245
 246     /**
 247      */
 248     public void deleteColour(
 249     ) {
 250         this._has_colour= false;
 251     }
 252
 253     /**
 254      */
 255     public void deleteEnd(
 256     ) {
 257         this._has_end= false;
 258     }
 259
 260     /**
 261      */
 262     public void deleteHidden(
 263     ) {
 264         this._has_hidden= false;
 265     }
 266
 267     /**
 268      */
 269     public void deleteStart(
 270     ) {
 271         this._has_start= false;
 272     }
 273
 274     /**
 275      */
 276     public void deleteViewreference(
 277     ) {
 278         this._has_viewreference= false;
 279     }
 280
 281     /**
 282      * Method enumerateFeatures.
 283      *
 284      * @return an Enumeration over all
 285      * jalview.schemabinding.version2.Features elements
 286      */
 287     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(
 288     ) {
 289         return this._featuresList.elements();
 290     }
 291
 292     /**
 293      * Method enumerateHiddenSequences.
 294      *
 295      * @return an Enumeration over all int elements
 296      */
 297     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(
 298     ) {
 299         return this._hiddenSequencesList.elements();
 300     }
 301
 302     /**
 303      * Method enumeratePdbids.
 304      *
 305      * @return an Enumeration over all
 306      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements
 307      */
 308     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(
 309     ) {
 310         return this._pdbidsList.elements();
 311     }
 312
 313     /**
 314      * Method enumerateRnaViewer.
 315      *
 316      * @return an Enumeration over all
 317      * jalview.schemabinding.version2.RnaViewer elements
 318      */
 319     public java.util.Enumeration enumerateRnaViewer(
 320     ) {
 321         return this._rnaViewerList.elements();
 322     }
 323
 324     /**
 325      * Returns the value of field 'colour'.
 326      *
 327      * @return the value of field 'Colour'.
 328      */
 329     public int getColour(
 330     ) {
 331         return this._colour;
 332     }
 333
 334     /**
 335      * Returns the value of field 'end'.
 336      *
 337      * @return the value of field 'End'.
 338      */
 339     public int getEnd(
 340     ) {
 341         return this._end;
 342     }
 343
 344     /**
 345      * Method getFeatures.
 346      *
 347      * @param index
 348      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 349      * given is outside the bounds of the collection
 350      * @return the value of the
 351      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index
 352      */
 353     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(
 354             final int index)
 355     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 356         // check bounds for index
 357         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 358             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 359         }
 360
 361         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);
 362     }
 363
 364     /**
 365      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in
 366      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 367      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 368      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 369      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 370      *
 371      * @return this collection as an Array
 372      */
 373     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(
 374     ) {
 375         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 376         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);
 377     }
 378
 379     /**
 380      * Method getFeaturesCount.
 381      *
 382      * @return the size of this collection
 383      */
 384     public int getFeaturesCount(
 385     ) {
 386         return this._featuresList.size();
 387     }
 388
 389     /**
 390      * Returns the value of field 'hidden'.
 391      *
 392      * @return the value of field 'Hidden'.
 393      */
 394     public boolean getHidden(
 395     ) {
 396         return this._hidden;
 397     }
 398
 399     /**
 400      * Method getHiddenSequences.
 401      *
 402      * @param index
 403      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 404      * given is outside the bounds of the collection
 405      * @return the value of the int at the given index
 406      */
 407     public int getHiddenSequences(
 408             final int index)
 409     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 410         // check bounds for index
 411         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 412             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 413         }
 414
 415         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 416     }
 417
 418     /**
 419      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the
 420      * collection in an Array.
 421      *
 422      * @return this collection as an Array
 423      */
 424     public int[] getHiddenSequences(
 425     ) {
 426         int size = this._hiddenSequencesList.size();
 427         int[] array = new int[size];
 428         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 429         for (int index = 0; index < size; index++) {
 430             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 431         }
 432         return array;
 433     }
 434
 435     /**
 436      * Method getHiddenSequencesCount.
 437      *
 438      * @return the size of this collection
 439      */
 440     public int getHiddenSequencesCount(
 441     ) {
 442         return this._hiddenSequencesList.size();
 443     }
 444
 445     /**
 446      * Returns the value of field 'hmmerProfile'. The field
 447      * 'hmmerProfile' has the following description: name of the
 448      * project jar entry that holds the HMM file with the profile
 449      * for the sequence
 450      *
 451      * @return the value of field 'HmmerProfile'.
 452      */
 453     public java.lang.String getHmmerProfile(
 454     ) {
 455         return this._hmmerProfile;
 456     }
 457
 458     /**
 459      * Returns the value of field 'id'.
 460      *
 461      * @return the value of field 'Id'.
 462      */
 463     public java.lang.String getId(
 464     ) {
 465         return this._id;
 466     }
 467
 468     /**
 469      * Method getPdbids.
 470      *
 471      * @param index
 472      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 473      * given is outside the bounds of the collection
 474      * @return the value of the
 475      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index
 476      */
 477     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(
 478             final int index)
 479     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 480         // check bounds for index
 481         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 482             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 483         }
 484
 485         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 486     }
 487
 488     /**
 489      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in
 490      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 491      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 492      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 493      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 494      *
 495      * @return this collection as an Array
 496      */
 497     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(
 498     ) {
 499         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 500         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);
 501     }
 502
 503     /**
 504      * Method getPdbidsCount.
 505      *
 506      * @return the size of this collection
 507      */
 508     public int getPdbidsCount(
 509     ) {
 510         return this._pdbidsList.size();
 511     }
 512
 513     /**
 514      * Method getRnaViewer.
 515      *
 516      * @param index
 517      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 518      * given is outside the bounds of the collection
 519      * @return the value of the
 520      * jalview.schemabinding.version2.RnaViewer at the given index
 521      */
 522     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer getRnaViewer(
 523             final int index)
 524     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 525         // check bounds for index
 526         if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size()) {
 527             throw new IndexOutOfBoundsException("getRnaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 528         }
 529
 530         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) _rnaViewerList.get(index);
 531     }
 532
 533     /**
 534      * Method getRnaViewer.Returns the contents of the collection
 535      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 536      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 537      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 538      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 539      *
 540      * @return this collection as an Array
 541      */
 542     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] getRnaViewer(
 543     ) {
 544         jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] array = new jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[0];
 545         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[]) this._rnaViewerList.toArray(array);
 546     }
 547
 548     /**
 549      * Method getRnaViewerCount.
 550      *
 551      * @return the size of this collection
 552      */
 553     public int getRnaViewerCount(
 554     ) {
 555         return this._rnaViewerList.size();
 556     }
 557
 558     /**
 559      * Returns the value of field 'start'.
 560      *
 561      * @return the value of field 'Start'.
 562      */
 563     public int getStart(
 564     ) {
 565         return this._start;
 566     }
 567
 568     /**
 569      * Returns the value of field 'viewreference'.
 570      *
 571      * @return the value of field 'Viewreference'.
 572      */
 573     public boolean getViewreference(
 574     ) {
 575         return this._viewreference;
 576     }
 577
 578     /**
 579      * Method hasColour.
 580      *
 581      * @return true if at least one Colour has been added
 582      */
 583     public boolean hasColour(
 584     ) {
 585         return this._has_colour;
 586     }
 587
 588     /**
 589      * Method hasEnd.
 590      *
 591      * @return true if at least one End has been added
 592      */
 593     public boolean hasEnd(
 594     ) {
 595         return this._has_end;
 596     }
 597
 598     /**
 599      * Method hasHidden.
 600      *
 601      * @return true if at least one Hidden has been added
 602      */
 603     public boolean hasHidden(
 604     ) {
 605         return this._has_hidden;
 606     }
 607
 608     /**
 609      * Method hasStart.
 610      *
 611      * @return true if at least one Start has been added
 612      */
 613     public boolean hasStart(
 614     ) {
 615         return this._has_start;
 616     }
 617
 618     /**
 619      * Method hasViewreference.
 620      *
 621      * @return true if at least one Viewreference has been added
 622      */
 623     public boolean hasViewreference(
 624     ) {
 625         return this._has_viewreference;
 626     }
 627
 628     /**
 629      * Returns the value of field 'hidden'.
 630      *
 631      * @return the value of field 'Hidden'.
 632      */
 633     public boolean isHidden(
 634     ) {
 635         return this._hidden;
 636     }
 637
 638     /**
 639      * Method isValid.
 640      *
 641      * @return true if this object is valid according to the schema
 642      */
 643     public boolean isValid(
 644     ) {
 645         try {
 646             validate();
 647         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 648             return false;
 649         }
 650         return true;
 651     }
 652
 653     /**
 654      * Returns the value of field 'viewreference'.
 655      *
 656      * @return the value of field 'Viewreference'.
 657      */
 658     public boolean isViewreference(
 659     ) {
 660         return this._viewreference;
 661     }
 662
 663     /**
 664      *
 665      *
 666      * @param out
 667      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 668      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 669      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 670      * object is an invalid instance according to the schema
 671      */
 672     public void marshal(
 673             final java.io.Writer out)
 674     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 675         Marshaller.marshal(this, out);
 676     }
 677
 678     /**
 679      *
 680      *
 681      * @param handler
 682      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 683      * marshaling
 684      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 685      * object is an invalid instance according to the schema
 686      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 687      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 688      */
 689     public void marshal(
 690             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 691     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 692         Marshaller.marshal(this, handler);
 693     }
 694
 695     /**
 696      */
 697     public void removeAllFeatures(
 698     ) {
 699         this._featuresList.clear();
 700     }
 701
 702     /**
 703      */
 704     public void removeAllHiddenSequences(
 705     ) {
 706         this._hiddenSequencesList.clear();
 707     }
 708
 709     /**
 710      */
 711     public void removeAllPdbids(
 712     ) {
 713         this._pdbidsList.clear();
 714     }
 715
 716     /**
 717      */
 718     public void removeAllRnaViewer(
 719     ) {
 720         this._rnaViewerList.clear();
 721     }
 722
 723     /**
 724      * Method removeFeatures.
 725      *
 726      * @param vFeatures
 727      * @return true if the object was removed from the collection.
 728      */
 729     public boolean removeFeatures(
 730             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {
 731         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 732         return removed;
 733     }
 734
 735     /**
 736      * Method removeFeaturesAt.
 737      *
 738      * @param index
 739      * @return the element removed from the collection
 740      */
 741     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 742             final int index) {
 743         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 744         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 745     }
 746
 747     /**
 748      * Method removeHiddenSequences.
 749      *
 750      * @param vHiddenSequences
 751      * @return true if the object was removed from the collection.
 752      */
 753     public boolean removeHiddenSequences(
 754             final int vHiddenSequences) {
 755         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 756         return removed;
 757     }
 758
 759     /**
 760      * Method removeHiddenSequencesAt.
 761      *
 762      * @param index
 763      * @return the element removed from the collection
 764      */
 765     public int removeHiddenSequencesAt(
 766             final int index) {
 767         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 768         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 769     }
 770
 771     /**
 772      * Method removePdbids.
 773      *
 774      * @param vPdbids
 775      * @return true if the object was removed from the collection.
 776      */
 777     public boolean removePdbids(
 778             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {
 779         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 780         return removed;
 781     }
 782
 783     /**
 784      * Method removePdbidsAt.
 785      *
 786      * @param index
 787      * @return the element removed from the collection
 788      */
 789     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 790             final int index) {
 791         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 792         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 793     }
 794
 795     /**
 796      * Method removeRnaViewer.
 797      *
 798      * @param vRnaViewer
 799      * @return true if the object was removed from the collection.
 800      */
 801     public boolean removeRnaViewer(
 802             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer) {
 803         boolean removed = _rnaViewerList.remove(vRnaViewer);
 804         return removed;
 805     }
 806
 807     /**
 808      * Method removeRnaViewerAt.
 809      *
 810      * @param index
 811      * @return the element removed from the collection
 812      */
 813     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer removeRnaViewerAt(
 814             final int index) {
 815         java.lang.Object obj = this._rnaViewerList.remove(index);
 816         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) obj;
 817     }
 818
 819     /**
 820      * Sets the value of field 'colour'.
 821      *
 822      * @param colour the value of field 'colour'.
 823      */
 824     public void setColour(
 825             final int colour) {
 826         this._colour = colour;
 827         this._has_colour = true;
 828     }
 829
 830     /**
 831      * Sets the value of field 'end'.
 832      *
 833      * @param end the value of field 'end'.
 834      */
 835     public void setEnd(
 836             final int end) {
 837         this._end = end;
 838         this._has_end = true;
 839     }
 840
 841     /**
 842      *
 843      *
 844      * @param index
 845      * @param vFeatures
 846      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 847      * given is outside the bounds of the collection
 848      */
 849     public void setFeatures(
 850             final int index,
 851             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 852     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 853         // check bounds for index
 854         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 855             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 856         }
 857
 858         this._featuresList.set(index, vFeatures);
 859     }
 860
 861     /**
 862      *
 863      *
 864      * @param vFeaturesArray
 865      */
 866     public void setFeatures(
 867             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {
 868         //-- copy array
 869         _featuresList.clear();
 870
 871         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {
 872                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 873         }
 874     }
 875
 876     /**
 877      * Sets the value of field 'hidden'.
 878      *
 879      * @param hidden the value of field 'hidden'.
 880      */
 881     public void setHidden(
 882             final boolean hidden) {
 883         this._hidden = hidden;
 884         this._has_hidden = true;
 885     }
 886
 887     /**
 888      *
 889      *
 890      * @param index
 891      * @param vHiddenSequences
 892      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 893      * given is outside the bounds of the collection
 894      */
 895     public void setHiddenSequences(
 896             final int index,
 897             final int vHiddenSequences)
 898     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 899         // check bounds for index
 900         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 901             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 902         }
 903
 904         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 905     }
 906
 907     /**
 908      *
 909      *
 910      * @param vHiddenSequencesArray
 911      */
 912     public void setHiddenSequences(
 913             final int[] vHiddenSequencesArray) {
 914         //-- copy array
 915         _hiddenSequencesList.clear();
 916
 917         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {
 918                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));
 919         }
 920     }
 921
 922     /**
 923      * Sets the value of field 'hmmerProfile'. The field
 924      * 'hmmerProfile' has the following description: name of the
 925      * project jar entry that holds the HMM file with the profile
 926      * for the sequence
 927      *
 928      * @param hmmerProfile the value of field 'hmmerProfile'.
 929      */
 930     public void setHmmerProfile(
 931             final java.lang.String hmmerProfile) {
 932         this._hmmerProfile = hmmerProfile;
 933     }
 934
 935     /**
 936      * Sets the value of field 'id'.
 937      *
 938      * @param id the value of field 'id'.
 939      */
 940     public void setId(
 941             final java.lang.String id) {
 942         this._id = id;
 943     }
 944
 945     /**
 946      *
 947      *
 948      * @param index
 949      * @param vPdbids
 950      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 951      * given is outside the bounds of the collection
 952      */
 953     public void setPdbids(
 954             final int index,
 955             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 956     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 957         // check bounds for index
 958         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 959             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 960         }
 961
 962         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 963     }
 964
 965     /**
 966      *
 967      *
 968      * @param vPdbidsArray
 969      */
 970     public void setPdbids(
 971             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {
 972         //-- copy array
 973         _pdbidsList.clear();
 974
 975         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {
 976                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 977         }
 978     }
 979
 980     /**
 981      *
 982      *
 983      * @param index
 984      * @param vRnaViewer
 985      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 986      * given is outside the bounds of the collection
 987      */
 988     public void setRnaViewer(
 989             final int index,
 990             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 991     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 992         // check bounds for index
 993         if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size()) {
 994             throw new IndexOutOfBoundsException("setRnaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 995         }
 996
 997         this._rnaViewerList.set(index, vRnaViewer);
 998     }
 999
1000     /**
1001      *
1002      *
1003      * @param vRnaViewerArray
1004      */
1005     public void setRnaViewer(
1006             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] vRnaViewerArray) {
1007         //-- copy array
1008         _rnaViewerList.clear();
1009
1010         for (int i = 0; i < vRnaViewerArray.length; i++) {
1011                 this._rnaViewerList.add(vRnaViewerArray[i]);
1012         }
1013     }
1014
1015     /**
1016      * Sets the value of field 'start'.
1017      *
1018      * @param start the value of field 'start'.
1019      */
1020     public void setStart(
1021             final int start) {
1022         this._start = start;
1023         this._has_start = true;
1024     }
1025
1026     /**
1027      * Sets the value of field 'viewreference'.
1028      *
1029      * @param viewreference the value of field 'viewreference'.
1030      */
1031     public void setViewreference(
1032             final boolean viewreference) {
1033         this._viewreference = viewreference;
1034         this._has_viewreference = true;
1035     }
1036
1037     /**
1038      * Method unmarshal.
1039      *
1040      * @param reader
1041      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1042      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1043      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1044      * object is an invalid instance according to the schema
1045      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
1046      */
1047     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
1048             final java.io.Reader reader)
1049     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1050         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
1051     }
1052
1053     /**
1054      *
1055      *
1056      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1057      * object is an invalid instance according to the schema
1058      */
1059     public void validate(
1060     )
1061     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1062         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1063         validator.validate(this);
1064     }
1065
1066 }