src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JSeq.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _colour.
  31    */
  32   private int _colour;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _colour
  36    */
  37   private boolean _has_colour;
  38
  39   /**
  40    * Field _start.
  41    */
  42   private int _start;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _start
  46    */
  47   private boolean _has_start;
  48
  49   /**
  50    * Field _end.
  51    */
  52   private int _end;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _end
  56    */
  57   private boolean _has_end;
  58
  59   /**
  60    * Field _id.
  61    */
  62   private java.lang.String _id;
  63
  64   /**
  65    * Field _hidden.
  66    */
  67   private boolean _hidden;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _hidden
  71    */
  72   private boolean _has_hidden;
  73
  74   /**
  75    * Field _featuresList.
  76    */
  77   private java.util.Vector _featuresList;
  78
  79   /**
  80    * Field _pdbidsList.
  81    */
  82   private java.util.Vector _pdbidsList;
  83
  84   /**
  85    * Field _hiddenSequencesList.
  86    */
  87   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
  88
  89   /**
  90    * Reference to a viewer showing RNA structure for this sequence. Schema
  91    * supports one viewer showing multiple annotations for multiple sequences,
  92    * though currently only one annotation for one sequence (gapped or trimmed)
  93    * is used
  94    *
  95    */
  96   private java.util.Vector _rnaViewerList;
  97
  98   // ----------------/
  99   // - Constructors -/
 100   // ----------------/
 101
 102   public JSeq()
 103   {
 104     super();
 105     this._featuresList = new java.util.Vector();
 106     this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 107     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 108     this._rnaViewerList = new java.util.Vector();
 109   }
 110
 111   // -----------/
 112   // - Methods -/
 113   // -----------/
 114
 115   /**
 116    *
 117    *
 118    * @param vFeatures
 119    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 120    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 121    */
 122   public void addFeatures(
 123           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 124           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 125   {
 126     this._featuresList.addElement(vFeatures);
 127   }
 128
 129   /**
 130    *
 131    *
 132    * @param index
 133    * @param vFeatures
 134    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 135    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 136    */
 137   public void addFeatures(final int index,
 138           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 139           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 140   {
 141     this._featuresList.add(index, vFeatures);
 142   }
 143
 144   /**
 145    *
 146    *
 147    * @param vHiddenSequences
 148    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 149    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 150    */
 151   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 152           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 153   {
 154     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(
 155             vHiddenSequences));
 156   }
 157
 158   /**
 159    *
 160    *
 161    * @param index
 162    * @param vHiddenSequences
 163    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 164    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 165    */
 166   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 167           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 168   {
 169     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(
 170             vHiddenSequences));
 171   }
 172
 173   /**
 174    *
 175    *
 176    * @param vPdbids
 177    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 178    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 179    */
 180   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 181           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 182   {
 183     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 184   }
 185
 186   /**
 187    *
 188    *
 189    * @param index
 190    * @param vPdbids
 191    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 192    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 193    */
 194   public void addPdbids(final int index,
 195           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 196           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 197   {
 198     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 199   }
 200
 201   /**
 202    *
 203    *
 204    * @param vRnaViewer
 205    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 206    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 207    */
 208   public void addRnaViewer(
 209           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 210           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 211   {
 212     this._rnaViewerList.addElement(vRnaViewer);
 213   }
 214
 215   /**
 216    *
 217    *
 218    * @param index
 219    * @param vRnaViewer
 220    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 221    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 222    */
 223   public void addRnaViewer(final int index,
 224           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 225           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 226   {
 227     this._rnaViewerList.add(index, vRnaViewer);
 228   }
 229
 230   /**
 231      */
 232   public void deleteColour()
 233   {
 234     this._has_colour = false;
 235   }
 236
 237   /**
 238      */
 239   public void deleteEnd()
 240   {
 241     this._has_end = false;
 242   }
 243
 244   /**
 245      */
 246   public void deleteHidden()
 247   {
 248     this._has_hidden = false;
 249   }
 250
 251   /**
 252      */
 253   public void deleteStart()
 254   {
 255     this._has_start = false;
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Method enumerateFeatures.
 260    *
 261    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features
 262    *         elements
 263    */
 264   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()
 265   {
 266     return this._featuresList.elements();
 267   }
 268
 269   /**
 270    * Method enumerateHiddenSequences.
 271    *
 272    * @return an Enumeration over all int elements
 273    */
 274   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()
 275   {
 276     return this._hiddenSequencesList.elements();
 277   }
 278
 279   /**
 280    * Method enumeratePdbids.
 281    *
 282    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids
 283    *         elements
 284    */
 285   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()
 286   {
 287     return this._pdbidsList.elements();
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Method enumerateRnaViewer.
 292    *
 293    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.RnaViewer
 294    *         elements
 295    */
 296   public java.util.Enumeration enumerateRnaViewer()
 297   {
 298     return this._rnaViewerList.elements();
 299   }
 300
 301   /**
 302    * Returns the value of field 'colour'.
 303    *
 304    * @return the value of field 'Colour'.
 305    */
 306   public int getColour()
 307   {
 308     return this._colour;
 309   }
 310
 311   /**
 312    * Returns the value of field 'end'.
 313    *
 314    * @return the value of field 'End'.
 315    */
 316   public int getEnd()
 317   {
 318     return this._end;
 319   }
 320
 321   /**
 322    * Method getFeatures.
 323    *
 324    * @param index
 325    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 326    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 327    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the
 328    *         given index
 329    */
 330   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)
 331           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 332   {
 333     // check bounds for index
 334     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 335     {
 336       throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"
 337               + index + "' not in range [0.."
 338               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 339     }
 340
 341     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList
 342             .get(index);
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.
 347    * <p>
 348    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 349    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 350    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 351    *
 352    * @return this collection as an Array
 353    */
 354   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()
 355   {
 356     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 357     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList
 358             .toArray(array);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Method getFeaturesCount.
 363    *
 364    * @return the size of this collection
 365    */
 366   public int getFeaturesCount()
 367   {
 368     return this._featuresList.size();
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Returns the value of field 'hidden'.
 373    *
 374    * @return the value of field 'Hidden'.
 375    */
 376   public boolean getHidden()
 377   {
 378     return this._hidden;
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Method getHiddenSequences.
 383    *
 384    * @param index
 385    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 386    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 387    * @return the value of the int at the given index
 388    */
 389   public int getHiddenSequences(final int index)
 390           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 391   {
 392     // check bounds for index
 393     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 394     {
 395       throw new IndexOutOfBoundsException(
 396               "getHiddenSequences: Index value '" + index
 397                       + "' not in range [0.."
 398                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 399     }
 400
 401     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an
 406    * Array.
 407    *
 408    * @return this collection as an Array
 409    */
 410   public int[] getHiddenSequences()
 411   {
 412     int size = this._hiddenSequencesList.size();
 413     int[] array = new int[size];
 414     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 415     for (int index = 0; index < size; index++)
 416     {
 417       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 418     }
 419     return array;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Method getHiddenSequencesCount.
 424    *
 425    * @return the size of this collection
 426    */
 427   public int getHiddenSequencesCount()
 428   {
 429     return this._hiddenSequencesList.size();
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Returns the value of field 'id'.
 434    *
 435    * @return the value of field 'Id'.
 436    */
 437   public java.lang.String getId()
 438   {
 439     return this._id;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Method getPdbids.
 444    *
 445    * @param index
 446    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 447    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 448    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given
 449    *         index
 450    */
 451   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)
 452           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 453   {
 454     // check bounds for index
 455     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 456     {
 457       throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"
 458               + index + "' not in range [0.."
 459               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 460     }
 461
 462     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.
 467    * <p>
 468    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 469    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 470    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 471    *
 472    * @return this collection as an Array
 473    */
 474   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()
 475   {
 476     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 477     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList
 478             .toArray(array);
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Method getPdbidsCount.
 483    *
 484    * @return the size of this collection
 485    */
 486   public int getPdbidsCount()
 487   {
 488     return this._pdbidsList.size();
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Method getRnaViewer.
 493    *
 494    * @param index
 495    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 496    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 497    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.RnaViewer at the
 498    *         given index
 499    */
 500   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer getRnaViewer(
 501           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 502   {
 503     // check bounds for index
 504     if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size())
 505     {
 506       throw new IndexOutOfBoundsException("getRnaViewer: Index value '"
 507               + index + "' not in range [0.."
 508               + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 509     }
 510
 511     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) _rnaViewerList
 512             .get(index);
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Method getRnaViewer.Returns the contents of the collection in an Array.
 517    * <p>
 518    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 519    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 520    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 521    *
 522    * @return this collection as an Array
 523    */
 524   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] getRnaViewer()
 525   {
 526     jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] array = new jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[0];
 527     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[]) this._rnaViewerList
 528             .toArray(array);
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Method getRnaViewerCount.
 533    *
 534    * @return the size of this collection
 535    */
 536   public int getRnaViewerCount()
 537   {
 538     return this._rnaViewerList.size();
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Returns the value of field 'start'.
 543    *
 544    * @return the value of field 'Start'.
 545    */
 546   public int getStart()
 547   {
 548     return this._start;
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Method hasColour.
 553    *
 554    * @return true if at least one Colour has been added
 555    */
 556   public boolean hasColour()
 557   {
 558     return this._has_colour;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * Method hasEnd.
 563    *
 564    * @return true if at least one End has been added
 565    */
 566   public boolean hasEnd()
 567   {
 568     return this._has_end;
 569   }
 570
 571   /**
 572    * Method hasHidden.
 573    *
 574    * @return true if at least one Hidden has been added
 575    */
 576   public boolean hasHidden()
 577   {
 578     return this._has_hidden;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Method hasStart.
 583    *
 584    * @return true if at least one Start has been added
 585    */
 586   public boolean hasStart()
 587   {
 588     return this._has_start;
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Returns the value of field 'hidden'.
 593    *
 594    * @return the value of field 'Hidden'.
 595    */
 596   public boolean isHidden()
 597   {
 598     return this._hidden;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Method isValid.
 603    *
 604    * @return true if this object is valid according to the schema
 605    */
 606   public boolean isValid()
 607   {
 608     try
 609     {
 610       validate();
 611     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 612     {
 613       return false;
 614     }
 615     return true;
 616   }
 617
 618   /**
 619    *
 620    *
 621    * @param out
 622    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 623    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 624    *           marshaling
 625    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 626    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 627    */
 628   public void marshal(final java.io.Writer out)
 629           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 630           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 631   {
 632     Marshaller.marshal(this, out);
 633   }
 634
 635   /**
 636    *
 637    *
 638    * @param handler
 639    * @throws java.io.IOException
 640    *           if an IOException occurs during marshaling
 641    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 642    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 643    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 644    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 645    *           marshaling
 646    */
 647   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 648           throws java.io.IOException,
 649           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 650           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 651   {
 652     Marshaller.marshal(this, handler);
 653   }
 654
 655   /**
 656      */
 657   public void removeAllFeatures()
 658   {
 659     this._featuresList.clear();
 660   }
 661
 662   /**
 663      */
 664   public void removeAllHiddenSequences()
 665   {
 666     this._hiddenSequencesList.clear();
 667   }
 668
 669   /**
 670      */
 671   public void removeAllPdbids()
 672   {
 673     this._pdbidsList.clear();
 674   }
 675
 676   /**
 677      */
 678   public void removeAllRnaViewer()
 679   {
 680     this._rnaViewerList.clear();
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Method removeFeatures.
 685    *
 686    * @param vFeatures
 687    * @return true if the object was removed from the collection.
 688    */
 689   public boolean removeFeatures(
 690           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 691   {
 692     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 693     return removed;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Method removeFeaturesAt.
 698    *
 699    * @param index
 700    * @return the element removed from the collection
 701    */
 702   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 703           final int index)
 704   {
 705     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 706     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Method removeHiddenSequences.
 711    *
 712    * @param vHiddenSequences
 713    * @return true if the object was removed from the collection.
 714    */
 715   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 716   {
 717     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(
 718             vHiddenSequences));
 719     return removed;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Method removeHiddenSequencesAt.
 724    *
 725    * @param index
 726    * @return the element removed from the collection
 727    */
 728   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)
 729   {
 730     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 731     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Method removePdbids.
 736    *
 737    * @param vPdbids
 738    * @return true if the object was removed from the collection.
 739    */
 740   public boolean removePdbids(
 741           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 742   {
 743     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 744     return removed;
 745   }
 746
 747   /**
 748    * Method removePdbidsAt.
 749    *
 750    * @param index
 751    * @return the element removed from the collection
 752    */
 753   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 754           final int index)
 755   {
 756     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 757     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 758   }
 759
 760   /**
 761    * Method removeRnaViewer.
 762    *
 763    * @param vRnaViewer
 764    * @return true if the object was removed from the collection.
 765    */
 766   public boolean removeRnaViewer(
 767           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 768   {
 769     boolean removed = _rnaViewerList.remove(vRnaViewer);
 770     return removed;
 771   }
 772
 773   /**
 774    * Method removeRnaViewerAt.
 775    *
 776    * @param index
 777    * @return the element removed from the collection
 778    */
 779   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer removeRnaViewerAt(
 780           final int index)
 781   {
 782     java.lang.Object obj = this._rnaViewerList.remove(index);
 783     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) obj;
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Sets the value of field 'colour'.
 788    *
 789    * @param colour
 790    *          the value of field 'colour'.
 791    */
 792   public void setColour(final int colour)
 793   {
 794     this._colour = colour;
 795     this._has_colour = true;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Sets the value of field 'end'.
 800    *
 801    * @param end
 802    *          the value of field 'end'.
 803    */
 804   public void setEnd(final int end)
 805   {
 806     this._end = end;
 807     this._has_end = true;
 808   }
 809
 810   /**
 811    *
 812    *
 813    * @param index
 814    * @param vFeatures
 815    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 816    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 817    */
 818   public void setFeatures(final int index,
 819           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 820           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 821   {
 822     // check bounds for index
 823     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 824     {
 825       throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"
 826               + index + "' not in range [0.."
 827               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 828     }
 829
 830     this._featuresList.set(index, vFeatures);
 831   }
 832
 833   /**
 834    *
 835    *
 836    * @param vFeaturesArray
 837    */
 838   public void setFeatures(
 839           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)
 840   {
 841     // -- copy array
 842     _featuresList.clear();
 843
 844     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)
 845     {
 846       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 847     }
 848   }
 849
 850   /**
 851    * Sets the value of field 'hidden'.
 852    *
 853    * @param hidden
 854    *          the value of field 'hidden'.
 855    */
 856   public void setHidden(final boolean hidden)
 857   {
 858     this._hidden = hidden;
 859     this._has_hidden = true;
 860   }
 861
 862   /**
 863    *
 864    *
 865    * @param index
 866    * @param vHiddenSequences
 867    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 868    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 869    */
 870   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 871           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 872   {
 873     // check bounds for index
 874     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 875     {
 876       throw new IndexOutOfBoundsException(
 877               "setHiddenSequences: Index value '" + index
 878                       + "' not in range [0.."
 879                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 880     }
 881
 882     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(
 883             vHiddenSequences));
 884   }
 885
 886   /**
 887    *
 888    *
 889    * @param vHiddenSequencesArray
 890    */
 891   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)
 892   {
 893     // -- copy array
 894     _hiddenSequencesList.clear();
 895
 896     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)
 897     {
 898       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(
 899               vHiddenSequencesArray[i]));
 900     }
 901   }
 902
 903   /**
 904    * Sets the value of field 'id'.
 905    *
 906    * @param id
 907    *          the value of field 'id'.
 908    */
 909   public void setId(final java.lang.String id)
 910   {
 911     this._id = id;
 912   }
 913
 914   /**
 915    *
 916    *
 917    * @param index
 918    * @param vPdbids
 919    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 920    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 921    */
 922   public void setPdbids(final int index,
 923           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 924           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 925   {
 926     // check bounds for index
 927     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 928     {
 929       throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"
 930               + index + "' not in range [0.."
 931               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 932     }
 933
 934     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 935   }
 936
 937   /**
 938    *
 939    *
 940    * @param vPdbidsArray
 941    */
 942   public void setPdbids(
 943           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)
 944   {
 945     // -- copy array
 946     _pdbidsList.clear();
 947
 948     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)
 949     {
 950       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 951     }
 952   }
 953
 954   /**
 955    *
 956    *
 957    * @param index
 958    * @param vRnaViewer
 959    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 960    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 961    */
 962   public void setRnaViewer(final int index,
 963           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 964           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 965   {
 966     // check bounds for index
 967     if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size())
 968     {
 969       throw new IndexOutOfBoundsException("setRnaViewer: Index value '"
 970               + index + "' not in range [0.."
 971               + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 972     }
 973
 974     this._rnaViewerList.set(index, vRnaViewer);
 975   }
 976
 977   /**
 978    *
 979    *
 980    * @param vRnaViewerArray
 981    */
 982   public void setRnaViewer(
 983           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] vRnaViewerArray)
 984   {
 985     // -- copy array
 986     _rnaViewerList.clear();
 987
 988     for (int i = 0; i < vRnaViewerArray.length; i++)
 989     {
 990       this._rnaViewerList.add(vRnaViewerArray[i]);
 991     }
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Sets the value of field 'start'.
 996    *
 997    * @param start
 998    *          the value of field 'start'.
 999    */
1000   public void setStart(final int start)
1001   {
1002     this._start = start;
1003     this._has_start = true;
1004   }
1005
1006   /**
1007    * Method unmarshal.
1008    *
1009    * @param reader
1010    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1011    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1012    *           marshaling
1013    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1014    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1015    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
1016    */
1017   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
1018           final java.io.Reader reader)
1019           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1020           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1021   {
1022     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(
1023             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
1024   }
1025
1026   /**
1027    *
1028    *
1029    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1030    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1031    */
1032   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1033   {
1034     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1035     validator.validate(this);
1036   }
1037
1038 }