src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JalviewModelSequence.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _JSeqList.
  31    */
  32   private java.util.Vector _JSeqList;
  33
  34   /**
  35    * Field _JGroupList.
  36    */
  37   private java.util.Vector _JGroupList;
  38
  39   /**
  40    * Field _viewportList.
  41    */
  42   private java.util.Vector _viewportList;
  43
  44   /**
  45    * Field _userColoursList.
  46    */
  47   private java.util.Vector _userColoursList;
  48
  49   /**
  50    * Field _treeList.
  51    */
  52   private java.util.Vector _treeList;
  53
  54   /**
  55    * Field _pcaViewerList.
  56    */
  57   private java.util.Vector _pcaViewerList;
  58
  59   /**
  60    * Field _featureSettings.
  61    */
  62   private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;
  63
  64   // ----------------/
  65   // - Constructors -/
  66   // ----------------/
  67
  68   public JalviewModelSequence()
  69   {
  70     super();
  71     this._JSeqList = new java.util.Vector();
  72     this._JGroupList = new java.util.Vector();
  73     this._viewportList = new java.util.Vector();
  74     this._userColoursList = new java.util.Vector();
  75     this._treeList = new java.util.Vector();
  76     this._pcaViewerList = new java.util.Vector();
  77   }
  78
  79   // -----------/
  80   // - Methods -/
  81   // -----------/
  82
  83   /**
  84    *
  85    *
  86    * @param vJGroup
  87    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  88    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  89    */
  90   public void addJGroup(final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
  91           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  92   {
  93     this._JGroupList.addElement(vJGroup);
  94   }
  95
  96   /**
  97    *
  98    *
  99    * @param index
 100    * @param vJGroup
 101    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 102    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 103    */
 104   public void addJGroup(final int index,
 105           final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
 106           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 107   {
 108     this._JGroupList.add(index, vJGroup);
 109   }
 110
 111   /**
 112    *
 113    *
 114    * @param vJSeq
 115    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 116    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 117    */
 118   public void addJSeq(final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 119           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 120   {
 121     this._JSeqList.addElement(vJSeq);
 122   }
 123
 124   /**
 125    *
 126    *
 127    * @param index
 128    * @param vJSeq
 129    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 130    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 131    */
 132   public void addJSeq(final int index,
 133           final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 134           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 135   {
 136     this._JSeqList.add(index, vJSeq);
 137   }
 138
 139   /**
 140    *
 141    *
 142    * @param vPcaViewer
 143    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 144    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 145    */
 146   public void addPcaViewer(
 147           final jalview.schemabinding.version2.PcaViewer vPcaViewer)
 148           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 149   {
 150     this._pcaViewerList.addElement(vPcaViewer);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    *
 156    * @param index
 157    * @param vPcaViewer
 158    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 159    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 160    */
 161   public void addPcaViewer(final int index,
 162           final jalview.schemabinding.version2.PcaViewer vPcaViewer)
 163           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 164   {
 165     this._pcaViewerList.add(index, vPcaViewer);
 166   }
 167
 168   /**
 169    *
 170    *
 171    * @param vTree
 172    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 173    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 174    */
 175   public void addTree(final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 176           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 177   {
 178     this._treeList.addElement(vTree);
 179   }
 180
 181   /**
 182    *
 183    *
 184    * @param index
 185    * @param vTree
 186    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 187    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 188    */
 189   public void addTree(final int index,
 190           final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 191           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 192   {
 193     this._treeList.add(index, vTree);
 194   }
 195
 196   /**
 197    *
 198    *
 199    * @param vUserColours
 200    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 201    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 202    */
 203   public void addUserColours(
 204           final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 205           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 206   {
 207     this._userColoursList.addElement(vUserColours);
 208   }
 209
 210   /**
 211    *
 212    *
 213    * @param index
 214    * @param vUserColours
 215    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 216    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 217    */
 218   public void addUserColours(final int index,
 219           final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 220           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 221   {
 222     this._userColoursList.add(index, vUserColours);
 223   }
 224
 225   /**
 226    *
 227    *
 228    * @param vViewport
 229    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 230    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 231    */
 232   public void addViewport(
 233           final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 234           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 235   {
 236     this._viewportList.addElement(vViewport);
 237   }
 238
 239   /**
 240    *
 241    *
 242    * @param index
 243    * @param vViewport
 244    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 245    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 246    */
 247   public void addViewport(final int index,
 248           final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 249           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 250   {
 251     this._viewportList.add(index, vViewport);
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Method enumerateJGroup.
 256    *
 257    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.JGroup
 258    *         elements
 259    */
 260   public java.util.Enumeration enumerateJGroup()
 261   {
 262     return this._JGroupList.elements();
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Method enumerateJSeq.
 267    *
 268    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.JSeq
 269    *         elements
 270    */
 271   public java.util.Enumeration enumerateJSeq()
 272   {
 273     return this._JSeqList.elements();
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Method enumeratePcaViewer.
 278    *
 279    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.PcaViewer
 280    *         elements
 281    */
 282   public java.util.Enumeration enumeratePcaViewer()
 283   {
 284     return this._pcaViewerList.elements();
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Method enumerateTree.
 289    *
 290    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Tree
 291    *         elements
 292    */
 293   public java.util.Enumeration enumerateTree()
 294   {
 295     return this._treeList.elements();
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Method enumerateUserColours.
 300    *
 301    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.UserColours
 302    *         elements
 303    */
 304   public java.util.Enumeration enumerateUserColours()
 305   {
 306     return this._userColoursList.elements();
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Method enumerateViewport.
 311    *
 312    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Viewport
 313    *         elements
 314    */
 315   public java.util.Enumeration enumerateViewport()
 316   {
 317     return this._viewportList.elements();
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Returns the value of field 'featureSettings'.
 322    *
 323    * @return the value of field 'FeatureSettings'.
 324    */
 325   public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings()
 326   {
 327     return this._featureSettings;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Method getJGroup.
 332    *
 333    * @param index
 334    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 335    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 336    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JGroup at the given
 337    *         index
 338    */
 339   public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(final int index)
 340           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 341   {
 342     // check bounds for index
 343     if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
 344     {
 345       throw new IndexOutOfBoundsException(
 346               "getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 347                       + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 348     }
 349
 350     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.get(index);
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in an Array.
 355    * <p>
 356    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 357    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 358    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 359    *
 360    * @return this collection as an Array
 361    */
 362   public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup()
 363   {
 364     jalview.schemabinding.version2.JGroup[] array = new jalview.schemabinding.version2.JGroup[0];
 365     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup[]) this._JGroupList
 366             .toArray(array);
 367   }
 368
 369   /**
 370    * Method getJGroupCount.
 371    *
 372    * @return the size of this collection
 373    */
 374   public int getJGroupCount()
 375   {
 376     return this._JGroupList.size();
 377   }
 378
 379   /**
 380    * Method getJSeq.
 381    *
 382    * @param index
 383    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 384    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 385    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JSeq at the given
 386    *         index
 387    */
 388   public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(final int index)
 389           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 390   {
 391     // check bounds for index
 392     if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
 393     {
 394       throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index
 395               + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 396     }
 397
 398     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.get(index);
 399   }
 400
 401   /**
 402    * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 403    * <p>
 404    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 405    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 406    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 407    *
 408    * @return this collection as an Array
 409    */
 410   public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq()
 411   {
 412     jalview.schemabinding.version2.JSeq[] array = new jalview.schemabinding.version2.JSeq[0];
 413     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq[]) this._JSeqList
 414             .toArray(array);
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Method getJSeqCount.
 419    *
 420    * @return the size of this collection
 421    */
 422   public int getJSeqCount()
 423   {
 424     return this._JSeqList.size();
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Method getPcaViewer.
 429    *
 430    * @param index
 431    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 432    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 433    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.PcaViewer at the
 434    *         given index
 435    */
 436   public jalview.schemabinding.version2.PcaViewer getPcaViewer(
 437           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 438   {
 439     // check bounds for index
 440     if (index < 0 || index >= this._pcaViewerList.size())
 441     {
 442       throw new IndexOutOfBoundsException(
 443               "getPcaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 444                       + (this._pcaViewerList.size() - 1) + "]");
 445     }
 446
 447     return (jalview.schemabinding.version2.PcaViewer) _pcaViewerList
 448             .get(index);
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Method getPcaViewer.Returns the contents of the collection in an Array.
 453    * <p>
 454    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 455    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 456    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 457    *
 458    * @return this collection as an Array
 459    */
 460   public jalview.schemabinding.version2.PcaViewer[] getPcaViewer()
 461   {
 462     jalview.schemabinding.version2.PcaViewer[] array = new jalview.schemabinding.version2.PcaViewer[0];
 463     return (jalview.schemabinding.version2.PcaViewer[]) this._pcaViewerList
 464             .toArray(array);
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Method getPcaViewerCount.
 469    *
 470    * @return the size of this collection
 471    */
 472   public int getPcaViewerCount()
 473   {
 474     return this._pcaViewerList.size();
 475   }
 476
 477   /**
 478    * Method getTree.
 479    *
 480    * @param index
 481    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 482    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 483    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Tree at the given
 484    *         index
 485    */
 486   public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(final int index)
 487           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 488   {
 489     // check bounds for index
 490     if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
 491     {
 492       throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index
 493               + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 494     }
 495
 496     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.get(index);
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.
 501    * <p>
 502    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 503    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 504    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 505    *
 506    * @return this collection as an Array
 507    */
 508   public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree()
 509   {
 510     jalview.schemabinding.version2.Tree[] array = new jalview.schemabinding.version2.Tree[0];
 511     return (jalview.schemabinding.version2.Tree[]) this._treeList
 512             .toArray(array);
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Method getTreeCount.
 517    *
 518    * @return the size of this collection
 519    */
 520   public int getTreeCount()
 521   {
 522     return this._treeList.size();
 523   }
 524
 525   /**
 526    * Method getUserColours.
 527    *
 528    * @param index
 529    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 530    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 531    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.UserColours at the
 532    *         given index
 533    */
 534   public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(
 535           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 536   {
 537     // check bounds for index
 538     if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
 539     {
 540       throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '"
 541               + index + "' not in range [0.."
 542               + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
 543     }
 544
 545     return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList
 546             .get(index);
 547   }
 548
 549   /**
 550    * Method getUserColours.Returns the contents of the collection in an Array.
 551    * <p>
 552    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 553    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 554    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 555    *
 556    * @return this collection as an Array
 557    */
 558   public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours()
 559   {
 560     jalview.schemabinding.version2.UserColours[] array = new jalview.schemabinding.version2.UserColours[0];
 561     return (jalview.schemabinding.version2.UserColours[]) this._userColoursList
 562             .toArray(array);
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Method getUserColoursCount.
 567    *
 568    * @return the size of this collection
 569    */
 570   public int getUserColoursCount()
 571   {
 572     return this._userColoursList.size();
 573   }
 574
 575   /**
 576    * Method getViewport.
 577    *
 578    * @param index
 579    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 580    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 581    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Viewport at the
 582    *         given index
 583    */
 584   public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(
 585           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 586   {
 587     // check bounds for index
 588     if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
 589     {
 590       throw new IndexOutOfBoundsException(
 591               "getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 592                       + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
 593     }
 594
 595     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList
 596             .get(index);
 597   }
 598
 599   /**
 600    * Method getViewport.Returns the contents of the collection in an Array.
 601    * <p>
 602    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 603    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 604    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 605    *
 606    * @return this collection as an Array
 607    */
 608   public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport()
 609   {
 610     jalview.schemabinding.version2.Viewport[] array = new jalview.schemabinding.version2.Viewport[0];
 611     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport[]) this._viewportList
 612             .toArray(array);
 613   }
 614
 615   /**
 616    * Method getViewportCount.
 617    *
 618    * @return the size of this collection
 619    */
 620   public int getViewportCount()
 621   {
 622     return this._viewportList.size();
 623   }
 624
 625   /**
 626    * Method isValid.
 627    *
 628    * @return true if this object is valid according to the schema
 629    */
 630   public boolean isValid()
 631   {
 632     try
 633     {
 634       validate();
 635     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 636     {
 637       return false;
 638     }
 639     return true;
 640   }
 641
 642   /**
 643    *
 644    *
 645    * @param out
 646    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 647    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 648    *           marshaling
 649    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 650    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 651    */
 652   public void marshal(final java.io.Writer out)
 653           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 654           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 655   {
 656     Marshaller.marshal(this, out);
 657   }
 658
 659   /**
 660    *
 661    *
 662    * @param handler
 663    * @throws java.io.IOException
 664    *           if an IOException occurs during marshaling
 665    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 666    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 667    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 668    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 669    *           marshaling
 670    */
 671   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 672           throws java.io.IOException,
 673           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 674           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 675   {
 676     Marshaller.marshal(this, handler);
 677   }
 678
 679   /**
 680    */
 681   public void removeAllJGroup()
 682   {
 683     this._JGroupList.clear();
 684   }
 685
 686   /**
 687    */
 688   public void removeAllJSeq()
 689   {
 690     this._JSeqList.clear();
 691   }
 692
 693   /**
 694    */
 695   public void removeAllPcaViewer()
 696   {
 697     this._pcaViewerList.clear();
 698   }
 699
 700   /**
 701    */
 702   public void removeAllTree()
 703   {
 704     this._treeList.clear();
 705   }
 706
 707   /**
 708    */
 709   public void removeAllUserColours()
 710   {
 711     this._userColoursList.clear();
 712   }
 713
 714   /**
 715    */
 716   public void removeAllViewport()
 717   {
 718     this._viewportList.clear();
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Method removeJGroup.
 723    *
 724    * @param vJGroup
 725    * @return true if the object was removed from the collection.
 726    */
 727   public boolean removeJGroup(
 728           final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
 729   {
 730     boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);
 731     return removed;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Method removeJGroupAt.
 736    *
 737    * @param index
 738    * @return the element removed from the collection
 739    */
 740   public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroupAt(
 741           final int index)
 742   {
 743     java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);
 744     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;
 745   }
 746
 747   /**
 748    * Method removeJSeq.
 749    *
 750    * @param vJSeq
 751    * @return true if the object was removed from the collection.
 752    */
 753   public boolean removeJSeq(final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 754   {
 755     boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);
 756     return removed;
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Method removeJSeqAt.
 761    *
 762    * @param index
 763    * @return the element removed from the collection
 764    */
 765   public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeqAt(final int index)
 766   {
 767     java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);
 768     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Method removePcaViewer.
 773    *
 774    * @param vPcaViewer
 775    * @return true if the object was removed from the collection.
 776    */
 777   public boolean removePcaViewer(
 778           final jalview.schemabinding.version2.PcaViewer vPcaViewer)
 779   {
 780     boolean removed = _pcaViewerList.remove(vPcaViewer);
 781     return removed;
 782   }
 783
 784   /**
 785    * Method removePcaViewerAt.
 786    *
 787    * @param index
 788    * @return the element removed from the collection
 789    */
 790   public jalview.schemabinding.version2.PcaViewer removePcaViewerAt(
 791           final int index)
 792   {
 793     java.lang.Object obj = this._pcaViewerList.remove(index);
 794     return (jalview.schemabinding.version2.PcaViewer) obj;
 795   }
 796
 797   /**
 798    * Method removeTree.
 799    *
 800    * @param vTree
 801    * @return true if the object was removed from the collection.
 802    */
 803   public boolean removeTree(final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 804   {
 805     boolean removed = _treeList.remove(vTree);
 806     return removed;
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Method removeTreeAt.
 811    *
 812    * @param index
 813    * @return the element removed from the collection
 814    */
 815   public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTreeAt(final int index)
 816   {
 817     java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
 818     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Method removeUserColours.
 823    *
 824    * @param vUserColours
 825    * @return true if the object was removed from the collection.
 826    */
 827   public boolean removeUserColours(
 828           final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 829   {
 830     boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);
 831     return removed;
 832   }
 833
 834   /**
 835    * Method removeUserColoursAt.
 836    *
 837    * @param index
 838    * @return the element removed from the collection
 839    */
 840   public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColoursAt(
 841           final int index)
 842   {
 843     java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);
 844     return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;
 845   }
 846
 847   /**
 848    * Method removeViewport.
 849    *
 850    * @param vViewport
 851    * @return true if the object was removed from the collection.
 852    */
 853   public boolean removeViewport(
 854           final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 855   {
 856     boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);
 857     return removed;
 858   }
 859
 860   /**
 861    * Method removeViewportAt.
 862    *
 863    * @param index
 864    * @return the element removed from the collection
 865    */
 866   public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewportAt(
 867           final int index)
 868   {
 869     java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);
 870     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Sets the value of field 'featureSettings'.
 875    *
 876    * @param featureSettings
 877    *          the value of field 'featureSettings'.
 878    */
 879   public void setFeatureSettings(
 880           final jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings featureSettings)
 881   {
 882     this._featureSettings = featureSettings;
 883   }
 884
 885   /**
 886    *
 887    *
 888    * @param index
 889    * @param vJGroup
 890    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 891    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 892    */
 893   public void setJGroup(final int index,
 894           final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
 895           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 896   {
 897     // check bounds for index
 898     if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
 899     {
 900       throw new IndexOutOfBoundsException(
 901               "setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 902                       + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 903     }
 904
 905     this._JGroupList.set(index, vJGroup);
 906   }
 907
 908   /**
 909    *
 910    *
 911    * @param vJGroupArray
 912    */
 913   public void setJGroup(
 914           final jalview.schemabinding.version2.JGroup[] vJGroupArray)
 915   {
 916     // -- copy array
 917     _JGroupList.clear();
 918
 919     for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++)
 920     {
 921       this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);
 922     }
 923   }
 924
 925   /**
 926    *
 927    *
 928    * @param index
 929    * @param vJSeq
 930    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 931    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 932    */
 933   public void setJSeq(final int index,
 934           final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 935           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 936   {
 937     // check bounds for index
 938     if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
 939     {
 940       throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index
 941               + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 942     }
 943
 944     this._JSeqList.set(index, vJSeq);
 945   }
 946
 947   /**
 948    *
 949    *
 950    * @param vJSeqArray
 951    */
 952   public void setJSeq(
 953           final jalview.schemabinding.version2.JSeq[] vJSeqArray)
 954   {
 955     // -- copy array
 956     _JSeqList.clear();
 957
 958     for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++)
 959     {
 960       this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);
 961     }
 962   }
 963
 964   /**
 965    *
 966    *
 967    * @param index
 968    * @param vPcaViewer
 969    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 970    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 971    */
 972   public void setPcaViewer(final int index,
 973           final jalview.schemabinding.version2.PcaViewer vPcaViewer)
 974           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 975   {
 976     // check bounds for index
 977     if (index < 0 || index >= this._pcaViewerList.size())
 978     {
 979       throw new IndexOutOfBoundsException(
 980               "setPcaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 981                       + (this._pcaViewerList.size() - 1) + "]");
 982     }
 983
 984     this._pcaViewerList.set(index, vPcaViewer);
 985   }
 986
 987   /**
 988    *
 989    *
 990    * @param vPcaViewerArray
 991    */
 992   public void setPcaViewer(
 993           final jalview.schemabinding.version2.PcaViewer[] vPcaViewerArray)
 994   {
 995     // -- copy array
 996     _pcaViewerList.clear();
 997
 998     for (int i = 0; i < vPcaViewerArray.length; i++)
 999     {
1000       this._pcaViewerList.add(vPcaViewerArray[i]);
1001     }
1002   }
1003
1004   /**
1005    *
1006    *
1007    * @param index
1008    * @param vTree
1009    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1010    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1011    */
1012   public void setTree(final int index,
1013           final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
1014           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1015   {
1016     // check bounds for index
1017     if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
1018     {
1019       throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index
1020               + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
1021     }
1022
1023     this._treeList.set(index, vTree);
1024   }
1025
1026   /**
1027    *
1028    *
1029    * @param vTreeArray
1030    */
1031   public void setTree(
1032           final jalview.schemabinding.version2.Tree[] vTreeArray)
1033   {
1034     // -- copy array
1035     _treeList.clear();
1036
1037     for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)
1038     {
1039       this._treeList.add(vTreeArray[i]);
1040     }
1041   }
1042
1043   /**
1044    *
1045    *
1046    * @param index
1047    * @param vUserColours
1048    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1049    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1050    */
1051   public void setUserColours(final int index,
1052           final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
1053           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1054   {
1055     // check bounds for index
1056     if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
1057     {
1058       throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '"
1059               + index + "' not in range [0.."
1060               + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
1061     }
1062
1063     this._userColoursList.set(index, vUserColours);
1064   }
1065
1066   /**
1067    *
1068    *
1069    * @param vUserColoursArray
1070    */
1071   public void setUserColours(
1072           final jalview.schemabinding.version2.UserColours[] vUserColoursArray)
1073   {
1074     // -- copy array
1075     _userColoursList.clear();
1076
1077     for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++)
1078     {
1079       this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);
1080     }
1081   }
1082
1083   /**
1084    *
1085    *
1086    * @param index
1087    * @param vViewport
1088    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1089    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1090    */
1091   public void setViewport(final int index,
1092           final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
1093           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1094   {
1095     // check bounds for index
1096     if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
1097     {
1098       throw new IndexOutOfBoundsException(
1099               "setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.."
1100                       + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
1101     }
1102
1103     this._viewportList.set(index, vViewport);
1104   }
1105
1106   /**
1107    *
1108    *
1109    * @param vViewportArray
1110    */
1111   public void setViewport(
1112           final jalview.schemabinding.version2.Viewport[] vViewportArray)
1113   {
1114     // -- copy array
1115     _viewportList.clear();
1116
1117     for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++)
1118     {
1119       this._viewportList.add(vViewportArray[i]);
1120     }
1121   }
1122
1123   /**
1124    * Method unmarshal.
1125    *
1126    * @param reader
1127    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1128    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1129    *           marshaling
1130    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1131    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1132    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence
1133    */
1134   public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence unmarshal(
1135           final java.io.Reader reader)
1136           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1137           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1138   {
1139     return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller
1140             .unmarshal(
1141                     jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class,
1142                     reader);
1143   }
1144
1145   /**
1146    *
1147    *
1148    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1149    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1150    */
1151   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1152   {
1153     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1154     validator.validate(this);
1155   }
1156
1157 }