src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Viewport.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _conservationSelected.\r
  31      */\r
  32     private boolean _conservationSelected;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_conservationSelected;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _pidSelected.\r
  41      */\r
  42     private boolean _pidSelected;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_pidSelected;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _bgColour.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _bgColour;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _consThreshold.\r
  56      */\r
  57     private int _consThreshold;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  61      */\r
  62     private boolean _has_consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Field _pidThreshold.\r
  66      */\r
  67     private int _pidThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  71      */\r
  72     private boolean _has_pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _title.\r
  76      */\r
  77     private java.lang.String _title;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _showFullId.\r
  81      */\r
  82     private boolean _showFullId;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_showFullId;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _rightAlignIds.\r
  91      */\r
  92     private boolean _rightAlignIds;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_rightAlignIds;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _showText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _showText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _showText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_showText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _showColourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _showColourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_showColourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _showBoxes.\r
 121      */\r
 122     private boolean _showBoxes;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_showBoxes;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _wrapAlignment.\r
 131      */\r
 132     private boolean _wrapAlignment;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _renderGaps.\r
 141      */\r
 142     private boolean _renderGaps;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_renderGaps;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _showSequenceFeatures.\r
 151      */\r
 152     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _showAnnotation.\r
 161      */\r
 162     private boolean _showAnnotation;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 166      */\r
 167     private boolean _has_showAnnotation;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _xpos.\r
 171      */\r
 172     private int _xpos;\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * keeps track of state for field: _xpos\r
 176      */\r
 177     private boolean _has_xpos;\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Field _ypos.\r
 181      */\r
 182     private int _ypos;\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * keeps track of state for field: _ypos\r
 186      */\r
 187     private boolean _has_ypos;\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Field _width.\r
 191      */\r
 192     private int _width;\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * keeps track of state for field: _width\r
 196      */\r
 197     private boolean _has_width;\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * Field _height.\r
 201      */\r
 202     private int _height;\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      * keeps track of state for field: _height\r
 206      */\r
 207     private boolean _has_height;\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * Field _startRes.\r
 211      */\r
 212     private int _startRes;\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * keeps track of state for field: _startRes\r
 216      */\r
 217     private boolean _has_startRes;\r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * Field _startSeq.\r
 221      */\r
 222     private int _startSeq;\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 226      */\r
 227     private boolean _has_startSeq;\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Field _fontName.\r
 231      */\r
 232     private java.lang.String _fontName;\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * Field _fontSize.\r
 236      */\r
 237     private int _fontSize;\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 241      */\r
 242     private boolean _has_fontSize;\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      * Field _fontStyle.\r
 246      */\r
 247     private int _fontStyle;\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 251      */\r
 252     private boolean _has_fontStyle;\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * Field _viewName.\r
 256      */\r
 257     private java.lang.String _viewName;\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * Field _sequenceSetId.\r
 261      */\r
 262     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * Field _gatheredViews.\r
 266      */\r
 267     private boolean _gatheredViews;\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 271      */\r
 272     private boolean _has_gatheredViews;\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * Field _textCol1.\r
 276      */\r
 277     private int _textCol1;\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 281      */\r
 282     private boolean _has_textCol1;\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Field _textCol2.\r
 286      */\r
 287     private int _textCol2;\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 291      */\r
 292     private boolean _has_textCol2;\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Field _textColThreshold.\r
 296      */\r
 297     private int _textColThreshold;\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 301      */\r
 302     private boolean _has_textColThreshold;\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 306      * instantiated views\r
 307      *  \r
 308      */\r
 309     private java.lang.String _id;\r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * Field _annotationColours.\r
 313      */\r
 314     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * Field _hiddenColumnsList.\r
 318      */\r
 319     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 320 \r
 321 \r
 322       //----------------/\r
 323      //- Constructors -/\r
 324     //----------------/\r
 325 \r
 326     public Viewport() {\r
 327         super();\r
 328         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 329     }\r
 330 \r
 331 \r
 332       //-----------/\r
 333      //- Methods -/\r
 334     //-----------/\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * \r
 338      * \r
 339      * @param vHiddenColumns\r
 340      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 341      * given is outside the bounds of the collection\r
 342      */\r
 343     public void addHiddenColumns(\r
 344             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 345     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 346         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 347     }\r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * \r
 351      * \r
 352      * @param index\r
 353      * @param vHiddenColumns\r
 354      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 355      * given is outside the bounds of the collection\r
 356      */\r
 357     public void addHiddenColumns(\r
 358             final int index,\r
 359             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 360     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 361         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      */\r
 366     public void deleteConsThreshold(\r
 367     ) {\r
 368         this._has_consThreshold= false;\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      */\r
 373     public void deleteConservationSelected(\r
 374     ) {\r
 375         this._has_conservationSelected= false;\r
 376     }\r
 377 \r
 378     /**\r
 379      */\r
 380     public void deleteFontSize(\r
 381     ) {\r
 382         this._has_fontSize= false;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      */\r
 387     public void deleteFontStyle(\r
 388     ) {\r
 389         this._has_fontStyle= false;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      */\r
 394     public void deleteGatheredViews(\r
 395     ) {\r
 396         this._has_gatheredViews= false;\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      */\r
 401     public void deleteHeight(\r
 402     ) {\r
 403         this._has_height= false;\r
 404     }\r
 405 \r
 406     /**\r
 407      */\r
 408     public void deletePidSelected(\r
 409     ) {\r
 410         this._has_pidSelected= false;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     /**\r
 414      */\r
 415     public void deletePidThreshold(\r
 416     ) {\r
 417         this._has_pidThreshold= false;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      */\r
 422     public void deleteRenderGaps(\r
 423     ) {\r
 424         this._has_renderGaps= false;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      */\r
 429     public void deleteRightAlignIds(\r
 430     ) {\r
 431         this._has_rightAlignIds= false;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      */\r
 436     public void deleteShowAnnotation(\r
 437     ) {\r
 438         this._has_showAnnotation= false;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      */\r
 443     public void deleteShowBoxes(\r
 444     ) {\r
 445         this._has_showBoxes= false;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      */\r
 450     public void deleteShowColourText(\r
 451     ) {\r
 452         this._has_showColourText= false;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     /**\r
 456      */\r
 457     public void deleteShowFullId(\r
 458     ) {\r
 459         this._has_showFullId= false;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      */\r
 464     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 465     ) {\r
 466         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 467     }\r
 468 \r
 469     /**\r
 470      */\r
 471     public void deleteShowText(\r
 472     ) {\r
 473         this._has_showText= false;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      */\r
 478     public void deleteStartRes(\r
 479     ) {\r
 480         this._has_startRes= false;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      */\r
 485     public void deleteStartSeq(\r
 486     ) {\r
 487         this._has_startSeq= false;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      */\r
 492     public void deleteTextCol1(\r
 493     ) {\r
 494         this._has_textCol1= false;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     /**\r
 498      */\r
 499     public void deleteTextCol2(\r
 500     ) {\r
 501         this._has_textCol2= false;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      */\r
 506     public void deleteTextColThreshold(\r
 507     ) {\r
 508         this._has_textColThreshold= false;\r
 509     }\r
 510 \r
 511     /**\r
 512      */\r
 513     public void deleteWidth(\r
 514     ) {\r
 515         this._has_width= false;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      */\r
 520     public void deleteWrapAlignment(\r
 521     ) {\r
 522         this._has_wrapAlignment= false;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      */\r
 527     public void deleteXpos(\r
 528     ) {\r
 529         this._has_xpos= false;\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      */\r
 534     public void deleteYpos(\r
 535     ) {\r
 536         this._has_ypos= false;\r
 537     }\r
 538 \r
 539     /**\r
 540      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 541      * \r
 542      * @return an Enumeration over all\r
 543      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 544      */\r
 545     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 546     ) {\r
 547         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 548     }\r
 549 \r
 550     /**\r
 551      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 552      * \r
 553      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 554      */\r
 555     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 556     ) {\r
 557         return this._annotationColours;\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 562      * \r
 563      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 564      */\r
 565     public java.lang.String getBgColour(\r
 566     ) {\r
 567         return this._bgColour;\r
 568     }\r
 569 \r
 570     /**\r
 571      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 572      * \r
 573      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 574      */\r
 575     public int getConsThreshold(\r
 576     ) {\r
 577         return this._consThreshold;\r
 578     }\r
 579 \r
 580     /**\r
 581      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 582      * \r
 583      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 584      */\r
 585     public boolean getConservationSelected(\r
 586     ) {\r
 587         return this._conservationSelected;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 592      * \r
 593      * @return the value of field 'FontName'.\r
 594      */\r
 595     public java.lang.String getFontName(\r
 596     ) {\r
 597         return this._fontName;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     /**\r
 601      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 602      * \r
 603      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 604      */\r
 605     public int getFontSize(\r
 606     ) {\r
 607         return this._fontSize;\r
 608     }\r
 609 \r
 610     /**\r
 611      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 612      * \r
 613      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 614      */\r
 615     public int getFontStyle(\r
 616     ) {\r
 617         return this._fontStyle;\r
 618     }\r
 619 \r
 620     /**\r
 621      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 622      * \r
 623      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 624      */\r
 625     public boolean getGatheredViews(\r
 626     ) {\r
 627         return this._gatheredViews;\r
 628     }\r
 629 \r
 630     /**\r
 631      * Returns the value of field 'height'.\r
 632      * \r
 633      * @return the value of field 'Height'.\r
 634      */\r
 635     public int getHeight(\r
 636     ) {\r
 637         return this._height;\r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * Method getHiddenColumns.\r
 642      * \r
 643      * @param index\r
 644      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 645      * given is outside the bounds of the collection\r
 646      * @return the value of the\r
 647      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 648      * index\r
 649      */\r
 650     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 651             final int index)\r
 652     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 653         // check bounds for index\r
 654         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 655             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 656         }\r
 657         \r
 658         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 659     }\r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 663      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 664      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 665      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 666      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 667      * exactly the correct length.\r
 668      * \r
 669      * @return this collection as an Array\r
 670      */\r
 671     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 672     ) {\r
 673         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 674         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 675     }\r
 676 \r
 677     /**\r
 678      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 679      * \r
 680      * @return the size of this collection\r
 681      */\r
 682     public int getHiddenColumnsCount(\r
 683     ) {\r
 684         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 685     }\r
 686 \r
 687     /**\r
 688      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 689      * following description: unique id used by jalview to\r
 690      * synchronize between stored and instantiated views\r
 691      *  \r
 692      * \r
 693      * @return the value of field 'Id'.\r
 694      */\r
 695     public java.lang.String getId(\r
 696     ) {\r
 697         return this._id;\r
 698     }\r
 699 \r
 700     /**\r
 701      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 702      * \r
 703      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 704      */\r
 705     public boolean getPidSelected(\r
 706     ) {\r
 707         return this._pidSelected;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 712      * \r
 713      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 714      */\r
 715     public int getPidThreshold(\r
 716     ) {\r
 717         return this._pidThreshold;\r
 718     }\r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 722      * \r
 723      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 724      */\r
 725     public boolean getRenderGaps(\r
 726     ) {\r
 727         return this._renderGaps;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 732      * \r
 733      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 734      */\r
 735     public boolean getRightAlignIds(\r
 736     ) {\r
 737         return this._rightAlignIds;\r
 738     }\r
 739 \r
 740     /**\r
 741      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 742      * \r
 743      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 744      */\r
 745     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 746     ) {\r
 747         return this._sequenceSetId;\r
 748     }\r
 749 \r
 750     /**\r
 751      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 752      * \r
 753      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 754      */\r
 755     public boolean getShowAnnotation(\r
 756     ) {\r
 757         return this._showAnnotation;\r
 758     }\r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 762      * \r
 763      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 764      */\r
 765     public boolean getShowBoxes(\r
 766     ) {\r
 767         return this._showBoxes;\r
 768     }\r
 769 \r
 770     /**\r
 771      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 772      * \r
 773      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
 774      */\r
 775     public boolean getShowColourText(\r
 776     ) {\r
 777         return this._showColourText;\r
 778     }\r
 779 \r
 780     /**\r
 781      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 782      * \r
 783      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
 784      */\r
 785     public boolean getShowFullId(\r
 786     ) {\r
 787         return this._showFullId;\r
 788     }\r
 789 \r
 790     /**\r
 791      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 792      * \r
 793      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
 794      */\r
 795     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
 796     ) {\r
 797         return this._showSequenceFeatures;\r
 798     }\r
 799 \r
 800     /**\r
 801      * Returns the value of field 'showText'.\r
 802      * \r
 803      * @return the value of field 'ShowText'.\r
 804      */\r
 805     public boolean getShowText(\r
 806     ) {\r
 807         return this._showText;\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 812      * \r
 813      * @return the value of field 'StartRes'.\r
 814      */\r
 815     public int getStartRes(\r
 816     ) {\r
 817         return this._startRes;\r
 818     }\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 822      * \r
 823      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
 824      */\r
 825     public int getStartSeq(\r
 826     ) {\r
 827         return this._startSeq;\r
 828     }\r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 832      * \r
 833      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 834      */\r
 835     public int getTextCol1(\r
 836     ) {\r
 837         return this._textCol1;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 842      * \r
 843      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 844      */\r
 845     public int getTextCol2(\r
 846     ) {\r
 847         return this._textCol2;\r
 848     }\r
 849 \r
 850     /**\r
 851      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 852      * \r
 853      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 854      */\r
 855     public int getTextColThreshold(\r
 856     ) {\r
 857         return this._textColThreshold;\r
 858     }\r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * Returns the value of field 'title'.\r
 862      * \r
 863      * @return the value of field 'Title'.\r
 864      */\r
 865     public java.lang.String getTitle(\r
 866     ) {\r
 867         return this._title;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     /**\r
 871      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 872      * \r
 873      * @return the value of field 'ViewName'.\r
 874      */\r
 875     public java.lang.String getViewName(\r
 876     ) {\r
 877         return this._viewName;\r
 878     }\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * Returns the value of field 'width'.\r
 882      * \r
 883      * @return the value of field 'Width'.\r
 884      */\r
 885     public int getWidth(\r
 886     ) {\r
 887         return this._width;\r
 888     }\r
 889 \r
 890     /**\r
 891      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 892      * \r
 893      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
 894      */\r
 895     public boolean getWrapAlignment(\r
 896     ) {\r
 897         return this._wrapAlignment;\r
 898     }\r
 899 \r
 900     /**\r
 901      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 902      * \r
 903      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 904      */\r
 905     public int getXpos(\r
 906     ) {\r
 907         return this._xpos;\r
 908     }\r
 909 \r
 910     /**\r
 911      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 912      * \r
 913      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 914      */\r
 915     public int getYpos(\r
 916     ) {\r
 917         return this._ypos;\r
 918     }\r
 919 \r
 920     /**\r
 921      * Method hasConsThreshold.\r
 922      * \r
 923      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 924      */\r
 925     public boolean hasConsThreshold(\r
 926     ) {\r
 927         return this._has_consThreshold;\r
 928     }\r
 929 \r
 930     /**\r
 931      * Method hasConservationSelected.\r
 932      * \r
 933      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
 934      * added\r
 935      */\r
 936     public boolean hasConservationSelected(\r
 937     ) {\r
 938         return this._has_conservationSelected;\r
 939     }\r
 940 \r
 941     /**\r
 942      * Method hasFontSize.\r
 943      * \r
 944      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 945      */\r
 946     public boolean hasFontSize(\r
 947     ) {\r
 948         return this._has_fontSize;\r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * Method hasFontStyle.\r
 953      * \r
 954      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 955      */\r
 956     public boolean hasFontStyle(\r
 957     ) {\r
 958         return this._has_fontStyle;\r
 959     }\r
 960 \r
 961     /**\r
 962      * Method hasGatheredViews.\r
 963      * \r
 964      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
 965      */\r
 966     public boolean hasGatheredViews(\r
 967     ) {\r
 968         return this._has_gatheredViews;\r
 969     }\r
 970 \r
 971     /**\r
 972      * Method hasHeight.\r
 973      * \r
 974      * @return true if at least one Height has been added\r
 975      */\r
 976     public boolean hasHeight(\r
 977     ) {\r
 978         return this._has_height;\r
 979     }\r
 980 \r
 981     /**\r
 982      * Method hasPidSelected.\r
 983      * \r
 984      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
 985      */\r
 986     public boolean hasPidSelected(\r
 987     ) {\r
 988         return this._has_pidSelected;\r
 989     }\r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * Method hasPidThreshold.\r
 993      * \r
 994      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 995      */\r
 996     public boolean hasPidThreshold(\r
 997     ) {\r
 998         return this._has_pidThreshold;\r
 999     }\r
1000 \r
1001     /**\r
1002      * Method hasRenderGaps.\r
1003      * \r
1004      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1005      */\r
1006     public boolean hasRenderGaps(\r
1007     ) {\r
1008         return this._has_renderGaps;\r
1009     }\r
1010 \r
1011     /**\r
1012      * Method hasRightAlignIds.\r
1013      * \r
1014      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1015      */\r
1016     public boolean hasRightAlignIds(\r
1017     ) {\r
1018         return this._has_rightAlignIds;\r
1019     }\r
1020 \r
1021     /**\r
1022      * Method hasShowAnnotation.\r
1023      * \r
1024      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1025      */\r
1026     public boolean hasShowAnnotation(\r
1027     ) {\r
1028         return this._has_showAnnotation;\r
1029     }\r
1030 \r
1031     /**\r
1032      * Method hasShowBoxes.\r
1033      * \r
1034      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1035      */\r
1036     public boolean hasShowBoxes(\r
1037     ) {\r
1038         return this._has_showBoxes;\r
1039     }\r
1040 \r
1041     /**\r
1042      * Method hasShowColourText.\r
1043      * \r
1044      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1045      */\r
1046     public boolean hasShowColourText(\r
1047     ) {\r
1048         return this._has_showColourText;\r
1049     }\r
1050 \r
1051     /**\r
1052      * Method hasShowFullId.\r
1053      * \r
1054      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1055      */\r
1056     public boolean hasShowFullId(\r
1057     ) {\r
1058         return this._has_showFullId;\r
1059     }\r
1060 \r
1061     /**\r
1062      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1063      * \r
1064      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1065      * added\r
1066      */\r
1067     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1068     ) {\r
1069         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1070     }\r
1071 \r
1072     /**\r
1073      * Method hasShowText.\r
1074      * \r
1075      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1076      */\r
1077     public boolean hasShowText(\r
1078     ) {\r
1079         return this._has_showText;\r
1080     }\r
1081 \r
1082     /**\r
1083      * Method hasStartRes.\r
1084      * \r
1085      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1086      */\r
1087     public boolean hasStartRes(\r
1088     ) {\r
1089         return this._has_startRes;\r
1090     }\r
1091 \r
1092     /**\r
1093      * Method hasStartSeq.\r
1094      * \r
1095      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1096      */\r
1097     public boolean hasStartSeq(\r
1098     ) {\r
1099         return this._has_startSeq;\r
1100     }\r
1101 \r
1102     /**\r
1103      * Method hasTextCol1.\r
1104      * \r
1105      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1106      */\r
1107     public boolean hasTextCol1(\r
1108     ) {\r
1109         return this._has_textCol1;\r
1110     }\r
1111 \r
1112     /**\r
1113      * Method hasTextCol2.\r
1114      * \r
1115      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1116      */\r
1117     public boolean hasTextCol2(\r
1118     ) {\r
1119         return this._has_textCol2;\r
1120     }\r
1121 \r
1122     /**\r
1123      * Method hasTextColThreshold.\r
1124      * \r
1125      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1126      */\r
1127     public boolean hasTextColThreshold(\r
1128     ) {\r
1129         return this._has_textColThreshold;\r
1130     }\r
1131 \r
1132     /**\r
1133      * Method hasWidth.\r
1134      * \r
1135      * @return true if at least one Width has been added\r
1136      */\r
1137     public boolean hasWidth(\r
1138     ) {\r
1139         return this._has_width;\r
1140     }\r
1141 \r
1142     /**\r
1143      * Method hasWrapAlignment.\r
1144      * \r
1145      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1146      */\r
1147     public boolean hasWrapAlignment(\r
1148     ) {\r
1149         return this._has_wrapAlignment;\r
1150     }\r
1151 \r
1152     /**\r
1153      * Method hasXpos.\r
1154      * \r
1155      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1156      */\r
1157     public boolean hasXpos(\r
1158     ) {\r
1159         return this._has_xpos;\r
1160     }\r
1161 \r
1162     /**\r
1163      * Method hasYpos.\r
1164      * \r
1165      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1166      */\r
1167     public boolean hasYpos(\r
1168     ) {\r
1169         return this._has_ypos;\r
1170     }\r
1171 \r
1172     /**\r
1173      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1174      * \r
1175      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1176      */\r
1177     public boolean isConservationSelected(\r
1178     ) {\r
1179         return this._conservationSelected;\r
1180     }\r
1181 \r
1182     /**\r
1183      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1184      * \r
1185      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1186      */\r
1187     public boolean isGatheredViews(\r
1188     ) {\r
1189         return this._gatheredViews;\r
1190     }\r
1191 \r
1192     /**\r
1193      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1194      * \r
1195      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1196      */\r
1197     public boolean isPidSelected(\r
1198     ) {\r
1199         return this._pidSelected;\r
1200     }\r
1201 \r
1202     /**\r
1203      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1204      * \r
1205      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1206      */\r
1207     public boolean isRenderGaps(\r
1208     ) {\r
1209         return this._renderGaps;\r
1210     }\r
1211 \r
1212     /**\r
1213      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1214      * \r
1215      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1216      */\r
1217     public boolean isRightAlignIds(\r
1218     ) {\r
1219         return this._rightAlignIds;\r
1220     }\r
1221 \r
1222     /**\r
1223      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1224      * \r
1225      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1226      */\r
1227     public boolean isShowAnnotation(\r
1228     ) {\r
1229         return this._showAnnotation;\r
1230     }\r
1231 \r
1232     /**\r
1233      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1234      * \r
1235      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1236      */\r
1237     public boolean isShowBoxes(\r
1238     ) {\r
1239         return this._showBoxes;\r
1240     }\r
1241 \r
1242     /**\r
1243      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1244      * \r
1245      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1246      */\r
1247     public boolean isShowColourText(\r
1248     ) {\r
1249         return this._showColourText;\r
1250     }\r
1251 \r
1252     /**\r
1253      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1254      * \r
1255      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1256      */\r
1257     public boolean isShowFullId(\r
1258     ) {\r
1259         return this._showFullId;\r
1260     }\r
1261 \r
1262     /**\r
1263      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1264      * \r
1265      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1266      */\r
1267     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1268     ) {\r
1269         return this._showSequenceFeatures;\r
1270     }\r
1271 \r
1272     /**\r
1273      * Returns the value of field 'showText'.\r
1274      * \r
1275      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1276      */\r
1277     public boolean isShowText(\r
1278     ) {\r
1279         return this._showText;\r
1280     }\r
1281 \r
1282     /**\r
1283      * Method isValid.\r
1284      * \r
1285      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1286      */\r
1287     public boolean isValid(\r
1288     ) {\r
1289         try {\r
1290             validate();\r
1291         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1292             return false;\r
1293         }\r
1294         return true;\r
1295     }\r
1296 \r
1297     /**\r
1298      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1299      * \r
1300      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1301      */\r
1302     public boolean isWrapAlignment(\r
1303     ) {\r
1304         return this._wrapAlignment;\r
1305     }\r
1306 \r
1307     /**\r
1308      * \r
1309      * \r
1310      * @param out\r
1311      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1312      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1313      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1314      * object is an invalid instance according to the schema\r
1315      */\r
1316     public void marshal(\r
1317             final java.io.Writer out)\r
1318     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1319         Marshaller.marshal(this, out);\r
1320     }\r
1321 \r
1322     /**\r
1323      * \r
1324      * \r
1325      * @param handler\r
1326      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1327      * marshaling\r
1328      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1329      * object is an invalid instance according to the schema\r
1330      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1331      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1332      */\r
1333     public void marshal(\r
1334             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1335     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1336         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1337     }\r
1338 \r
1339     /**\r
1340      */\r
1341     public void removeAllHiddenColumns(\r
1342     ) {\r
1343         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1344     }\r
1345 \r
1346     /**\r
1347      * Method removeHiddenColumns.\r
1348      * \r
1349      * @param vHiddenColumns\r
1350      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1351      */\r
1352     public boolean removeHiddenColumns(\r
1353             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1354         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1355         return removed;\r
1356     }\r
1357 \r
1358     /**\r
1359      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1360      * \r
1361      * @param index\r
1362      * @return the element removed from the collection\r
1363      */\r
1364     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1365             final int index) {\r
1366         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1367         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1368     }\r
1369 \r
1370     /**\r
1371      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1372      * \r
1373      * @param annotationColours the value of field\r
1374      * 'annotationColours'.\r
1375      */\r
1376     public void setAnnotationColours(\r
1377             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1378         this._annotationColours = annotationColours;\r
1379     }\r
1380 \r
1381     /**\r
1382      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1383      * \r
1384      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1385      */\r
1386     public void setBgColour(\r
1387             final java.lang.String bgColour) {\r
1388         this._bgColour = bgColour;\r
1389     }\r
1390 \r
1391     /**\r
1392      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1393      * \r
1394      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1395      */\r
1396     public void setConsThreshold(\r
1397             final int consThreshold) {\r
1398         this._consThreshold = consThreshold;\r
1399         this._has_consThreshold = true;\r
1400     }\r
1401 \r
1402     /**\r
1403      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1404      * \r
1405      * @param conservationSelected the value of field\r
1406      * 'conservationSelected'.\r
1407      */\r
1408     public void setConservationSelected(\r
1409             final boolean conservationSelected) {\r
1410         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1411         this._has_conservationSelected = true;\r
1412     }\r
1413 \r
1414     /**\r
1415      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1416      * \r
1417      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1418      */\r
1419     public void setFontName(\r
1420             final java.lang.String fontName) {\r
1421         this._fontName = fontName;\r
1422     }\r
1423 \r
1424     /**\r
1425      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1426      * \r
1427      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1428      */\r
1429     public void setFontSize(\r
1430             final int fontSize) {\r
1431         this._fontSize = fontSize;\r
1432         this._has_fontSize = true;\r
1433     }\r
1434 \r
1435     /**\r
1436      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1437      * \r
1438      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1439      */\r
1440     public void setFontStyle(\r
1441             final int fontStyle) {\r
1442         this._fontStyle = fontStyle;\r
1443         this._has_fontStyle = true;\r
1444     }\r
1445 \r
1446     /**\r
1447      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1448      * \r
1449      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1450      */\r
1451     public void setGatheredViews(\r
1452             final boolean gatheredViews) {\r
1453         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1454         this._has_gatheredViews = true;\r
1455     }\r
1456 \r
1457     /**\r
1458      * Sets the value of field 'height'.\r
1459      * \r
1460      * @param height the value of field 'height'.\r
1461      */\r
1462     public void setHeight(\r
1463             final int height) {\r
1464         this._height = height;\r
1465         this._has_height = true;\r
1466     }\r
1467 \r
1468     /**\r
1469      * \r
1470      * \r
1471      * @param index\r
1472      * @param vHiddenColumns\r
1473      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1474      * given is outside the bounds of the collection\r
1475      */\r
1476     public void setHiddenColumns(\r
1477             final int index,\r
1478             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1479     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1480         // check bounds for index\r
1481         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
1482             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
1483         }\r
1484         \r
1485         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
1486     }\r
1487 \r
1488     /**\r
1489      * \r
1490      * \r
1491      * @param vHiddenColumnsArray\r
1492      */\r
1493     public void setHiddenColumns(\r
1494             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
1495         //-- copy array\r
1496         _hiddenColumnsList.clear();\r
1497         \r
1498         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1499                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
1500         }\r
1501     }\r
1502 \r
1503     /**\r
1504      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
1505      * following description: unique id used by jalview to\r
1506      * synchronize between stored and instantiated views\r
1507      *  \r
1508      * \r
1509      * @param id the value of field 'id'.\r
1510      */\r
1511     public void setId(\r
1512             final java.lang.String id) {\r
1513         this._id = id;\r
1514     }\r
1515 \r
1516     /**\r
1517      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1518      * \r
1519      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1520      */\r
1521     public void setPidSelected(\r
1522             final boolean pidSelected) {\r
1523         this._pidSelected = pidSelected;\r
1524         this._has_pidSelected = true;\r
1525     }\r
1526 \r
1527     /**\r
1528      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1529      * \r
1530      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1531      */\r
1532     public void setPidThreshold(\r
1533             final int pidThreshold) {\r
1534         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1535         this._has_pidThreshold = true;\r
1536     }\r
1537 \r
1538     /**\r
1539      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1540      * \r
1541      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1542      */\r
1543     public void setRenderGaps(\r
1544             final boolean renderGaps) {\r
1545         this._renderGaps = renderGaps;\r
1546         this._has_renderGaps = true;\r
1547     }\r
1548 \r
1549     /**\r
1550      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1551      * \r
1552      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1553      */\r
1554     public void setRightAlignIds(\r
1555             final boolean rightAlignIds) {\r
1556         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1557         this._has_rightAlignIds = true;\r
1558     }\r
1559 \r
1560     /**\r
1561      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1562      * \r
1563      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1564      */\r
1565     public void setSequenceSetId(\r
1566             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
1567         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1568     }\r
1569 \r
1570     /**\r
1571      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1572      * \r
1573      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1574      */\r
1575     public void setShowAnnotation(\r
1576             final boolean showAnnotation) {\r
1577         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1578         this._has_showAnnotation = true;\r
1579     }\r
1580 \r
1581     /**\r
1582      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1583      * \r
1584      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1585      */\r
1586     public void setShowBoxes(\r
1587             final boolean showBoxes) {\r
1588         this._showBoxes = showBoxes;\r
1589         this._has_showBoxes = true;\r
1590     }\r
1591 \r
1592     /**\r
1593      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1594      * \r
1595      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1596      */\r
1597     public void setShowColourText(\r
1598             final boolean showColourText) {\r
1599         this._showColourText = showColourText;\r
1600         this._has_showColourText = true;\r
1601     }\r
1602 \r
1603     /**\r
1604      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1605      * \r
1606      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1607      */\r
1608     public void setShowFullId(\r
1609             final boolean showFullId) {\r
1610         this._showFullId = showFullId;\r
1611         this._has_showFullId = true;\r
1612     }\r
1613 \r
1614     /**\r
1615      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1616      * \r
1617      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1618      * 'showSequenceFeatures'.\r
1619      */\r
1620     public void setShowSequenceFeatures(\r
1621             final boolean showSequenceFeatures) {\r
1622         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1623         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1624     }\r
1625 \r
1626     /**\r
1627      * Sets the value of field 'showText'.\r
1628      * \r
1629      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1630      */\r
1631     public void setShowText(\r
1632             final boolean showText) {\r
1633         this._showText = showText;\r
1634         this._has_showText = true;\r
1635     }\r
1636 \r
1637     /**\r
1638      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1639      * \r
1640      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1641      */\r
1642     public void setStartRes(\r
1643             final int startRes) {\r
1644         this._startRes = startRes;\r
1645         this._has_startRes = true;\r
1646     }\r
1647 \r
1648     /**\r
1649      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1650      * \r
1651      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1652      */\r
1653     public void setStartSeq(\r
1654             final int startSeq) {\r
1655         this._startSeq = startSeq;\r
1656         this._has_startSeq = true;\r
1657     }\r
1658 \r
1659     /**\r
1660      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1661      * \r
1662      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1663      */\r
1664     public void setTextCol1(\r
1665             final int textCol1) {\r
1666         this._textCol1 = textCol1;\r
1667         this._has_textCol1 = true;\r
1668     }\r
1669 \r
1670     /**\r
1671      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1672      * \r
1673      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1674      */\r
1675     public void setTextCol2(\r
1676             final int textCol2) {\r
1677         this._textCol2 = textCol2;\r
1678         this._has_textCol2 = true;\r
1679     }\r
1680 \r
1681     /**\r
1682      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1683      * \r
1684      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1685      */\r
1686     public void setTextColThreshold(\r
1687             final int textColThreshold) {\r
1688         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1689         this._has_textColThreshold = true;\r
1690     }\r
1691 \r
1692     /**\r
1693      * Sets the value of field 'title'.\r
1694      * \r
1695      * @param title the value of field 'title'.\r
1696      */\r
1697     public void setTitle(\r
1698             final java.lang.String title) {\r
1699         this._title = title;\r
1700     }\r
1701 \r
1702     /**\r
1703      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1704      * \r
1705      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1706      */\r
1707     public void setViewName(\r
1708             final java.lang.String viewName) {\r
1709         this._viewName = viewName;\r
1710     }\r
1711 \r
1712     /**\r
1713      * Sets the value of field 'width'.\r
1714      * \r
1715      * @param width the value of field 'width'.\r
1716      */\r
1717     public void setWidth(\r
1718             final int width) {\r
1719         this._width = width;\r
1720         this._has_width = true;\r
1721     }\r
1722 \r
1723     /**\r
1724      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1725      * \r
1726      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1727      */\r
1728     public void setWrapAlignment(\r
1729             final boolean wrapAlignment) {\r
1730         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1731         this._has_wrapAlignment = true;\r
1732     }\r
1733 \r
1734     /**\r
1735      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1736      * \r
1737      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1738      */\r
1739     public void setXpos(\r
1740             final int xpos) {\r
1741         this._xpos = xpos;\r
1742         this._has_xpos = true;\r
1743     }\r
1744 \r
1745     /**\r
1746      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1747      * \r
1748      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1749      */\r
1750     public void setYpos(\r
1751             final int ypos) {\r
1752         this._ypos = ypos;\r
1753         this._has_ypos = true;\r
1754     }\r
1755 \r
1756     /**\r
1757      * Method unmarshal.\r
1758      * \r
1759      * @param reader\r
1760      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1761      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1762      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1763      * object is an invalid instance according to the schema\r
1764      * @return the unmarshaled\r
1765      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
1766      */\r
1767     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
1768             final java.io.Reader reader)\r
1769     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1770         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1771     }\r
1772 \r
1773     /**\r
1774      * \r
1775      * \r
1776      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1777      * object is an invalid instance according to the schema\r
1778      */\r
1779     public void validate(\r
1780     )\r
1781     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1782         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1783         validator.validate(this);\r
1784     }\r
1785 \r
1786 }\r