src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Viewport.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _conservationSelected.\r
  42      */\r
  43     private boolean _conservationSelected;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_conservationSelected;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _pidSelected.\r
  52      */\r
  53     private boolean _pidSelected;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_pidSelected;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _bgColour.\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _bgColour;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _consThreshold.\r
  67      */\r
  68     private int _consThreshold;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  72      */\r
  73     private boolean _has_consThreshold;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * Field _pidThreshold.\r
  77      */\r
  78     private int _pidThreshold;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  82      */\r
  83     private boolean _has_pidThreshold;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _title.\r
  87      */\r
  88     private java.lang.String _title;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _showFullId.\r
  92      */\r
  93     private boolean _showFullId;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  97      */\r
  98     private boolean _has_showFullId;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Field _rightAlignIds.\r
 102      */\r
 103     private boolean _rightAlignIds;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 107      */\r
 108     private boolean _has_rightAlignIds;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Field _showText.\r
 112      */\r
 113     private boolean _showText;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * keeps track of state for field: _showText\r
 117      */\r
 118     private boolean _has_showText;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Field _showColourText.\r
 122      */\r
 123     private boolean _showColourText;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 127      */\r
 128     private boolean _has_showColourText;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * Field _showUnconserved.\r
 132      */\r
 133     private boolean _showUnconserved;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 137      */\r
 138     private boolean _has_showUnconserved;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Field _showBoxes.\r
 142      */\r
 143     private boolean _showBoxes;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 147      */\r
 148     private boolean _has_showBoxes;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Field _wrapAlignment.\r
 152      */\r
 153     private boolean _wrapAlignment;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 157      */\r
 158     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Field _renderGaps.\r
 162      */\r
 163     private boolean _renderGaps;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 167      */\r
 168     private boolean _has_renderGaps;\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Field _showSequenceFeatures.\r
 172      */\r
 173     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 177      */\r
 178     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Field _showAnnotation.\r
 182      */\r
 183     private boolean _showAnnotation;\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 187      */\r
 188     private boolean _has_showAnnotation;\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Field _xpos.\r
 192      */\r
 193     private int _xpos;\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * keeps track of state for field: _xpos\r
 197      */\r
 198     private boolean _has_xpos;\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * Field _ypos.\r
 202      */\r
 203     private int _ypos;\r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * keeps track of state for field: _ypos\r
 207      */\r
 208     private boolean _has_ypos;\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * Field _width.\r
 212      */\r
 213     private int _width;\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      * keeps track of state for field: _width\r
 217      */\r
 218     private boolean _has_width;\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * Field _height.\r
 222      */\r
 223     private int _height;\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      * keeps track of state for field: _height\r
 227      */\r
 228     private boolean _has_height;\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Field _startRes.\r
 232      */\r
 233     private int _startRes;\r
 234 \r
 235     /**\r
 236      * keeps track of state for field: _startRes\r
 237      */\r
 238     private boolean _has_startRes;\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * Field _startSeq.\r
 242      */\r
 243     private int _startSeq;\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 247      */\r
 248     private boolean _has_startSeq;\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Field _fontName.\r
 252      */\r
 253     private java.lang.String _fontName;\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * Field _fontSize.\r
 257      */\r
 258     private int _fontSize;\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 262      */\r
 263     private boolean _has_fontSize;\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * Field _fontStyle.\r
 267      */\r
 268     private int _fontStyle;\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 272      */\r
 273     private boolean _has_fontStyle;\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * Field _viewName.\r
 277      */\r
 278     private java.lang.String _viewName;\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * Field _sequenceSetId.\r
 282      */\r
 283     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * Field _gatheredViews.\r
 287      */\r
 288     private boolean _gatheredViews;\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 292      */\r
 293     private boolean _has_gatheredViews;\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * Field _textCol1.\r
 297      */\r
 298     private int _textCol1;\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 302      */\r
 303     private boolean _has_textCol1;\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * Field _textCol2.\r
 307      */\r
 308     private int _textCol2;\r
 309 \r
 310     /**\r
 311      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 312      */\r
 313     private boolean _has_textCol2;\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * Field _textColThreshold.\r
 317      */\r
 318     private int _textColThreshold;\r
 319 \r
 320     /**\r
 321      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 322      */\r
 323     private boolean _has_textColThreshold;\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 327      * instantiated views\r
 328      *  \r
 329      */\r
 330     private java.lang.String _id;\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * Field _annotationColours.\r
 334      */\r
 335     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * Field _hiddenColumnsList.\r
 339      */\r
 340     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 341 \r
 342 \r
 343       //----------------/\r
 344      //- Constructors -/\r
 345     //----------------/\r
 346 \r
 347     public Viewport() {\r
 348         super();\r
 349         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 350     }\r
 351 \r
 352 \r
 353       //-----------/\r
 354      //- Methods -/\r
 355     //-----------/\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      * \r
 359      * \r
 360      * @param vHiddenColumns\r
 361      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 362      * given is outside the bounds of the collection\r
 363      */\r
 364     public void addHiddenColumns(\r
 365             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 366     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 367         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 368     }\r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * \r
 372      * \r
 373      * @param index\r
 374      * @param vHiddenColumns\r
 375      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 376      * given is outside the bounds of the collection\r
 377      */\r
 378     public void addHiddenColumns(\r
 379             final int index,\r
 380             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 381     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 382         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 383     }\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      */\r
 387     public void deleteConsThreshold(\r
 388     ) {\r
 389         this._has_consThreshold= false;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      */\r
 394     public void deleteConservationSelected(\r
 395     ) {\r
 396         this._has_conservationSelected= false;\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      */\r
 401     public void deleteFontSize(\r
 402     ) {\r
 403         this._has_fontSize= false;\r
 404     }\r
 405 \r
 406     /**\r
 407      */\r
 408     public void deleteFontStyle(\r
 409     ) {\r
 410         this._has_fontStyle= false;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     /**\r
 414      */\r
 415     public void deleteGatheredViews(\r
 416     ) {\r
 417         this._has_gatheredViews= false;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      */\r
 422     public void deleteHeight(\r
 423     ) {\r
 424         this._has_height= false;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      */\r
 429     public void deletePidSelected(\r
 430     ) {\r
 431         this._has_pidSelected= false;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      */\r
 436     public void deletePidThreshold(\r
 437     ) {\r
 438         this._has_pidThreshold= false;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      */\r
 443     public void deleteRenderGaps(\r
 444     ) {\r
 445         this._has_renderGaps= false;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      */\r
 450     public void deleteRightAlignIds(\r
 451     ) {\r
 452         this._has_rightAlignIds= false;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     /**\r
 456      */\r
 457     public void deleteShowAnnotation(\r
 458     ) {\r
 459         this._has_showAnnotation= false;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      */\r
 464     public void deleteShowBoxes(\r
 465     ) {\r
 466         this._has_showBoxes= false;\r
 467     }\r
 468 \r
 469     /**\r
 470      */\r
 471     public void deleteShowColourText(\r
 472     ) {\r
 473         this._has_showColourText= false;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      */\r
 478     public void deleteShowFullId(\r
 479     ) {\r
 480         this._has_showFullId= false;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      */\r
 485     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 486     ) {\r
 487         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      */\r
 492     public void deleteShowText(\r
 493     ) {\r
 494         this._has_showText= false;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     /**\r
 498      */\r
 499     public void deleteShowUnconserved(\r
 500     ) {\r
 501         this._has_showUnconserved= false;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      */\r
 506     public void deleteStartRes(\r
 507     ) {\r
 508         this._has_startRes= false;\r
 509     }\r
 510 \r
 511     /**\r
 512      */\r
 513     public void deleteStartSeq(\r
 514     ) {\r
 515         this._has_startSeq= false;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      */\r
 520     public void deleteTextCol1(\r
 521     ) {\r
 522         this._has_textCol1= false;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      */\r
 527     public void deleteTextCol2(\r
 528     ) {\r
 529         this._has_textCol2= false;\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      */\r
 534     public void deleteTextColThreshold(\r
 535     ) {\r
 536         this._has_textColThreshold= false;\r
 537     }\r
 538 \r
 539     /**\r
 540      */\r
 541     public void deleteWidth(\r
 542     ) {\r
 543         this._has_width= false;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     /**\r
 547      */\r
 548     public void deleteWrapAlignment(\r
 549     ) {\r
 550         this._has_wrapAlignment= false;\r
 551     }\r
 552 \r
 553     /**\r
 554      */\r
 555     public void deleteXpos(\r
 556     ) {\r
 557         this._has_xpos= false;\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      */\r
 562     public void deleteYpos(\r
 563     ) {\r
 564         this._has_ypos= false;\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 569      * \r
 570      * @return an Enumeration over all\r
 571      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 572      */\r
 573     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 574     ) {\r
 575         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 580      * \r
 581      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 582      */\r
 583     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 584     ) {\r
 585         return this._annotationColours;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 590      * \r
 591      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 592      */\r
 593     public java.lang.String getBgColour(\r
 594     ) {\r
 595         return this._bgColour;\r
 596     }\r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 600      * \r
 601      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 602      */\r
 603     public int getConsThreshold(\r
 604     ) {\r
 605         return this._consThreshold;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     /**\r
 609      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 610      * \r
 611      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 612      */\r
 613     public boolean getConservationSelected(\r
 614     ) {\r
 615         return this._conservationSelected;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 620      * \r
 621      * @return the value of field 'FontName'.\r
 622      */\r
 623     public java.lang.String getFontName(\r
 624     ) {\r
 625         return this._fontName;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 630      * \r
 631      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 632      */\r
 633     public int getFontSize(\r
 634     ) {\r
 635         return this._fontSize;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 640      * \r
 641      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 642      */\r
 643     public int getFontStyle(\r
 644     ) {\r
 645         return this._fontStyle;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     /**\r
 649      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 650      * \r
 651      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 652      */\r
 653     public boolean getGatheredViews(\r
 654     ) {\r
 655         return this._gatheredViews;\r
 656     }\r
 657 \r
 658     /**\r
 659      * Returns the value of field 'height'.\r
 660      * \r
 661      * @return the value of field 'Height'.\r
 662      */\r
 663     public int getHeight(\r
 664     ) {\r
 665         return this._height;\r
 666     }\r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * Method getHiddenColumns.\r
 670      * \r
 671      * @param index\r
 672      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 673      * given is outside the bounds of the collection\r
 674      * @return the value of the\r
 675      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 676      * index\r
 677      */\r
 678     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 679             final int index)\r
 680     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 681         // check bounds for index\r
 682         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 683             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 684         }\r
 685         \r
 686         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 687     }\r
 688 \r
 689     /**\r
 690      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 691      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 692      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 693      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 694      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 695      * exactly the correct length.\r
 696      * \r
 697      * @return this collection as an Array\r
 698      */\r
 699     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 700     ) {\r
 701         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 702         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 707      * \r
 708      * @return the size of this collection\r
 709      */\r
 710     public int getHiddenColumnsCount(\r
 711     ) {\r
 712         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 713     }\r
 714 \r
 715     /**\r
 716      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 717      * following description: unique id used by jalview to\r
 718      * synchronize between stored and instantiated views\r
 719      *  \r
 720      * \r
 721      * @return the value of field 'Id'.\r
 722      */\r
 723     public java.lang.String getId(\r
 724     ) {\r
 725         return this._id;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     /**\r
 729      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 730      * \r
 731      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 732      */\r
 733     public boolean getPidSelected(\r
 734     ) {\r
 735         return this._pidSelected;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 740      * \r
 741      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 742      */\r
 743     public int getPidThreshold(\r
 744     ) {\r
 745         return this._pidThreshold;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 750      * \r
 751      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 752      */\r
 753     public boolean getRenderGaps(\r
 754     ) {\r
 755         return this._renderGaps;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 760      * \r
 761      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 762      */\r
 763     public boolean getRightAlignIds(\r
 764     ) {\r
 765         return this._rightAlignIds;\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 770      * \r
 771      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 772      */\r
 773     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 774     ) {\r
 775         return this._sequenceSetId;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 780      * \r
 781      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 782      */\r
 783     public boolean getShowAnnotation(\r
 784     ) {\r
 785         return this._showAnnotation;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 790      * \r
 791      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 792      */\r
 793     public boolean getShowBoxes(\r
 794     ) {\r
 795         return this._showBoxes;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 800      * \r
 801      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
 802      */\r
 803     public boolean getShowColourText(\r
 804     ) {\r
 805         return this._showColourText;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 810      * \r
 811      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
 812      */\r
 813     public boolean getShowFullId(\r
 814     ) {\r
 815         return this._showFullId;\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 820      * \r
 821      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
 822      */\r
 823     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
 824     ) {\r
 825         return this._showSequenceFeatures;\r
 826     }\r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * Returns the value of field 'showText'.\r
 830      * \r
 831      * @return the value of field 'ShowText'.\r
 832      */\r
 833     public boolean getShowText(\r
 834     ) {\r
 835         return this._showText;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 840      * \r
 841      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 842      */\r
 843     public boolean getShowUnconserved(\r
 844     ) {\r
 845         return this._showUnconserved;\r
 846     }\r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 850      * \r
 851      * @return the value of field 'StartRes'.\r
 852      */\r
 853     public int getStartRes(\r
 854     ) {\r
 855         return this._startRes;\r
 856     }\r
 857 \r
 858     /**\r
 859      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 860      * \r
 861      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
 862      */\r
 863     public int getStartSeq(\r
 864     ) {\r
 865         return this._startSeq;\r
 866     }\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 870      * \r
 871      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 872      */\r
 873     public int getTextCol1(\r
 874     ) {\r
 875         return this._textCol1;\r
 876     }\r
 877 \r
 878     /**\r
 879      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 880      * \r
 881      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 882      */\r
 883     public int getTextCol2(\r
 884     ) {\r
 885         return this._textCol2;\r
 886     }\r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 890      * \r
 891      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 892      */\r
 893     public int getTextColThreshold(\r
 894     ) {\r
 895         return this._textColThreshold;\r
 896     }\r
 897 \r
 898     /**\r
 899      * Returns the value of field 'title'.\r
 900      * \r
 901      * @return the value of field 'Title'.\r
 902      */\r
 903     public java.lang.String getTitle(\r
 904     ) {\r
 905         return this._title;\r
 906     }\r
 907 \r
 908     /**\r
 909      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 910      * \r
 911      * @return the value of field 'ViewName'.\r
 912      */\r
 913     public java.lang.String getViewName(\r
 914     ) {\r
 915         return this._viewName;\r
 916     }\r
 917 \r
 918     /**\r
 919      * Returns the value of field 'width'.\r
 920      * \r
 921      * @return the value of field 'Width'.\r
 922      */\r
 923     public int getWidth(\r
 924     ) {\r
 925         return this._width;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 930      * \r
 931      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
 932      */\r
 933     public boolean getWrapAlignment(\r
 934     ) {\r
 935         return this._wrapAlignment;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     /**\r
 939      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 940      * \r
 941      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 942      */\r
 943     public int getXpos(\r
 944     ) {\r
 945         return this._xpos;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     /**\r
 949      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 950      * \r
 951      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 952      */\r
 953     public int getYpos(\r
 954     ) {\r
 955         return this._ypos;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     /**\r
 959      * Method hasConsThreshold.\r
 960      * \r
 961      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 962      */\r
 963     public boolean hasConsThreshold(\r
 964     ) {\r
 965         return this._has_consThreshold;\r
 966     }\r
 967 \r
 968     /**\r
 969      * Method hasConservationSelected.\r
 970      * \r
 971      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
 972      * added\r
 973      */\r
 974     public boolean hasConservationSelected(\r
 975     ) {\r
 976         return this._has_conservationSelected;\r
 977     }\r
 978 \r
 979     /**\r
 980      * Method hasFontSize.\r
 981      * \r
 982      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 983      */\r
 984     public boolean hasFontSize(\r
 985     ) {\r
 986         return this._has_fontSize;\r
 987     }\r
 988 \r
 989     /**\r
 990      * Method hasFontStyle.\r
 991      * \r
 992      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 993      */\r
 994     public boolean hasFontStyle(\r
 995     ) {\r
 996         return this._has_fontStyle;\r
 997     }\r
 998 \r
 999     /**\r
1000      * Method hasGatheredViews.\r
1001      * \r
1002      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
1003      */\r
1004     public boolean hasGatheredViews(\r
1005     ) {\r
1006         return this._has_gatheredViews;\r
1007     }\r
1008 \r
1009     /**\r
1010      * Method hasHeight.\r
1011      * \r
1012      * @return true if at least one Height has been added\r
1013      */\r
1014     public boolean hasHeight(\r
1015     ) {\r
1016         return this._has_height;\r
1017     }\r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * Method hasPidSelected.\r
1021      * \r
1022      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1023      */\r
1024     public boolean hasPidSelected(\r
1025     ) {\r
1026         return this._has_pidSelected;\r
1027     }\r
1028 \r
1029     /**\r
1030      * Method hasPidThreshold.\r
1031      * \r
1032      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1033      */\r
1034     public boolean hasPidThreshold(\r
1035     ) {\r
1036         return this._has_pidThreshold;\r
1037     }\r
1038 \r
1039     /**\r
1040      * Method hasRenderGaps.\r
1041      * \r
1042      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1043      */\r
1044     public boolean hasRenderGaps(\r
1045     ) {\r
1046         return this._has_renderGaps;\r
1047     }\r
1048 \r
1049     /**\r
1050      * Method hasRightAlignIds.\r
1051      * \r
1052      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1053      */\r
1054     public boolean hasRightAlignIds(\r
1055     ) {\r
1056         return this._has_rightAlignIds;\r
1057     }\r
1058 \r
1059     /**\r
1060      * Method hasShowAnnotation.\r
1061      * \r
1062      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1063      */\r
1064     public boolean hasShowAnnotation(\r
1065     ) {\r
1066         return this._has_showAnnotation;\r
1067     }\r
1068 \r
1069     /**\r
1070      * Method hasShowBoxes.\r
1071      * \r
1072      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1073      */\r
1074     public boolean hasShowBoxes(\r
1075     ) {\r
1076         return this._has_showBoxes;\r
1077     }\r
1078 \r
1079     /**\r
1080      * Method hasShowColourText.\r
1081      * \r
1082      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1083      */\r
1084     public boolean hasShowColourText(\r
1085     ) {\r
1086         return this._has_showColourText;\r
1087     }\r
1088 \r
1089     /**\r
1090      * Method hasShowFullId.\r
1091      * \r
1092      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1093      */\r
1094     public boolean hasShowFullId(\r
1095     ) {\r
1096         return this._has_showFullId;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1101      * \r
1102      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1103      * added\r
1104      */\r
1105     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1106     ) {\r
1107         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1108     }\r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * Method hasShowText.\r
1112      * \r
1113      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1114      */\r
1115     public boolean hasShowText(\r
1116     ) {\r
1117         return this._has_showText;\r
1118     }\r
1119 \r
1120     /**\r
1121      * Method hasShowUnconserved.\r
1122      * \r
1123      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1124      */\r
1125     public boolean hasShowUnconserved(\r
1126     ) {\r
1127         return this._has_showUnconserved;\r
1128     }\r
1129 \r
1130     /**\r
1131      * Method hasStartRes.\r
1132      * \r
1133      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1134      */\r
1135     public boolean hasStartRes(\r
1136     ) {\r
1137         return this._has_startRes;\r
1138     }\r
1139 \r
1140     /**\r
1141      * Method hasStartSeq.\r
1142      * \r
1143      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1144      */\r
1145     public boolean hasStartSeq(\r
1146     ) {\r
1147         return this._has_startSeq;\r
1148     }\r
1149 \r
1150     /**\r
1151      * Method hasTextCol1.\r
1152      * \r
1153      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1154      */\r
1155     public boolean hasTextCol1(\r
1156     ) {\r
1157         return this._has_textCol1;\r
1158     }\r
1159 \r
1160     /**\r
1161      * Method hasTextCol2.\r
1162      * \r
1163      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1164      */\r
1165     public boolean hasTextCol2(\r
1166     ) {\r
1167         return this._has_textCol2;\r
1168     }\r
1169 \r
1170     /**\r
1171      * Method hasTextColThreshold.\r
1172      * \r
1173      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1174      */\r
1175     public boolean hasTextColThreshold(\r
1176     ) {\r
1177         return this._has_textColThreshold;\r
1178     }\r
1179 \r
1180     /**\r
1181      * Method hasWidth.\r
1182      * \r
1183      * @return true if at least one Width has been added\r
1184      */\r
1185     public boolean hasWidth(\r
1186     ) {\r
1187         return this._has_width;\r
1188     }\r
1189 \r
1190     /**\r
1191      * Method hasWrapAlignment.\r
1192      * \r
1193      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1194      */\r
1195     public boolean hasWrapAlignment(\r
1196     ) {\r
1197         return this._has_wrapAlignment;\r
1198     }\r
1199 \r
1200     /**\r
1201      * Method hasXpos.\r
1202      * \r
1203      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1204      */\r
1205     public boolean hasXpos(\r
1206     ) {\r
1207         return this._has_xpos;\r
1208     }\r
1209 \r
1210     /**\r
1211      * Method hasYpos.\r
1212      * \r
1213      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1214      */\r
1215     public boolean hasYpos(\r
1216     ) {\r
1217         return this._has_ypos;\r
1218     }\r
1219 \r
1220     /**\r
1221      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1222      * \r
1223      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1224      */\r
1225     public boolean isConservationSelected(\r
1226     ) {\r
1227         return this._conservationSelected;\r
1228     }\r
1229 \r
1230     /**\r
1231      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1232      * \r
1233      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1234      */\r
1235     public boolean isGatheredViews(\r
1236     ) {\r
1237         return this._gatheredViews;\r
1238     }\r
1239 \r
1240     /**\r
1241      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1242      * \r
1243      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1244      */\r
1245     public boolean isPidSelected(\r
1246     ) {\r
1247         return this._pidSelected;\r
1248     }\r
1249 \r
1250     /**\r
1251      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1252      * \r
1253      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1254      */\r
1255     public boolean isRenderGaps(\r
1256     ) {\r
1257         return this._renderGaps;\r
1258     }\r
1259 \r
1260     /**\r
1261      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1262      * \r
1263      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1264      */\r
1265     public boolean isRightAlignIds(\r
1266     ) {\r
1267         return this._rightAlignIds;\r
1268     }\r
1269 \r
1270     /**\r
1271      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1272      * \r
1273      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1274      */\r
1275     public boolean isShowAnnotation(\r
1276     ) {\r
1277         return this._showAnnotation;\r
1278     }\r
1279 \r
1280     /**\r
1281      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1282      * \r
1283      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1284      */\r
1285     public boolean isShowBoxes(\r
1286     ) {\r
1287         return this._showBoxes;\r
1288     }\r
1289 \r
1290     /**\r
1291      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1292      * \r
1293      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1294      */\r
1295     public boolean isShowColourText(\r
1296     ) {\r
1297         return this._showColourText;\r
1298     }\r
1299 \r
1300     /**\r
1301      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1302      * \r
1303      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1304      */\r
1305     public boolean isShowFullId(\r
1306     ) {\r
1307         return this._showFullId;\r
1308     }\r
1309 \r
1310     /**\r
1311      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1312      * \r
1313      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1314      */\r
1315     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1316     ) {\r
1317         return this._showSequenceFeatures;\r
1318     }\r
1319 \r
1320     /**\r
1321      * Returns the value of field 'showText'.\r
1322      * \r
1323      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1324      */\r
1325     public boolean isShowText(\r
1326     ) {\r
1327         return this._showText;\r
1328     }\r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1332      * \r
1333      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1334      */\r
1335     public boolean isShowUnconserved(\r
1336     ) {\r
1337         return this._showUnconserved;\r
1338     }\r
1339 \r
1340     /**\r
1341      * Method isValid.\r
1342      * \r
1343      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1344      */\r
1345     public boolean isValid(\r
1346     ) {\r
1347         try {\r
1348             validate();\r
1349         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1350             return false;\r
1351         }\r
1352         return true;\r
1353     }\r
1354 \r
1355     /**\r
1356      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1357      * \r
1358      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1359      */\r
1360     public boolean isWrapAlignment(\r
1361     ) {\r
1362         return this._wrapAlignment;\r
1363     }\r
1364 \r
1365     /**\r
1366      * \r
1367      * \r
1368      * @param out\r
1369      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1370      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1371      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1372      * object is an invalid instance according to the schema\r
1373      */\r
1374     public void marshal(\r
1375             final java.io.Writer out)\r
1376     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1377         Marshaller.marshal(this, out);\r
1378     }\r
1379 \r
1380     /**\r
1381      * \r
1382      * \r
1383      * @param handler\r
1384      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1385      * marshaling\r
1386      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1387      * object is an invalid instance according to the schema\r
1388      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1389      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1390      */\r
1391     public void marshal(\r
1392             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1393     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1394         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1395     }\r
1396 \r
1397     /**\r
1398      */\r
1399     public void removeAllHiddenColumns(\r
1400     ) {\r
1401         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1402     }\r
1403 \r
1404     /**\r
1405      * Method removeHiddenColumns.\r
1406      * \r
1407      * @param vHiddenColumns\r
1408      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1409      */\r
1410     public boolean removeHiddenColumns(\r
1411             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1412         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1413         return removed;\r
1414     }\r
1415 \r
1416     /**\r
1417      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1418      * \r
1419      * @param index\r
1420      * @return the element removed from the collection\r
1421      */\r
1422     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1423             final int index) {\r
1424         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1425         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1426     }\r
1427 \r
1428     /**\r
1429      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1430      * \r
1431      * @param annotationColours the value of field\r
1432      * 'annotationColours'.\r
1433      */\r
1434     public void setAnnotationColours(\r
1435             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1436         this._annotationColours = annotationColours;\r
1437     }\r
1438 \r
1439     /**\r
1440      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1441      * \r
1442      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1443      */\r
1444     public void setBgColour(\r
1445             final java.lang.String bgColour) {\r
1446         this._bgColour = bgColour;\r
1447     }\r
1448 \r
1449     /**\r
1450      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1451      * \r
1452      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1453      */\r
1454     public void setConsThreshold(\r
1455             final int consThreshold) {\r
1456         this._consThreshold = consThreshold;\r
1457         this._has_consThreshold = true;\r
1458     }\r
1459 \r
1460     /**\r
1461      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1462      * \r
1463      * @param conservationSelected the value of field\r
1464      * 'conservationSelected'.\r
1465      */\r
1466     public void setConservationSelected(\r
1467             final boolean conservationSelected) {\r
1468         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1469         this._has_conservationSelected = true;\r
1470     }\r
1471 \r
1472     /**\r
1473      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1474      * \r
1475      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1476      */\r
1477     public void setFontName(\r
1478             final java.lang.String fontName) {\r
1479         this._fontName = fontName;\r
1480     }\r
1481 \r
1482     /**\r
1483      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1484      * \r
1485      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1486      */\r
1487     public void setFontSize(\r
1488             final int fontSize) {\r
1489         this._fontSize = fontSize;\r
1490         this._has_fontSize = true;\r
1491     }\r
1492 \r
1493     /**\r
1494      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1495      * \r
1496      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1497      */\r
1498     public void setFontStyle(\r
1499             final int fontStyle) {\r
1500         this._fontStyle = fontStyle;\r
1501         this._has_fontStyle = true;\r
1502     }\r
1503 \r
1504     /**\r
1505      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1506      * \r
1507      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1508      */\r
1509     public void setGatheredViews(\r
1510             final boolean gatheredViews) {\r
1511         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1512         this._has_gatheredViews = true;\r
1513     }\r
1514 \r
1515     /**\r
1516      * Sets the value of field 'height'.\r
1517      * \r
1518      * @param height the value of field 'height'.\r
1519      */\r
1520     public void setHeight(\r
1521             final int height) {\r
1522         this._height = height;\r
1523         this._has_height = true;\r
1524     }\r
1525 \r
1526     /**\r
1527      * \r
1528      * \r
1529      * @param index\r
1530      * @param vHiddenColumns\r
1531      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1532      * given is outside the bounds of the collection\r
1533      */\r
1534     public void setHiddenColumns(\r
1535             final int index,\r
1536             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1537     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1538         // check bounds for index\r
1539         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
1540             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
1541         }\r
1542         \r
1543         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
1544     }\r
1545 \r
1546     /**\r
1547      * \r
1548      * \r
1549      * @param vHiddenColumnsArray\r
1550      */\r
1551     public void setHiddenColumns(\r
1552             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
1553         //-- copy array\r
1554         _hiddenColumnsList.clear();\r
1555         \r
1556         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1557                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
1558         }\r
1559     }\r
1560 \r
1561     /**\r
1562      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
1563      * following description: unique id used by jalview to\r
1564      * synchronize between stored and instantiated views\r
1565      *  \r
1566      * \r
1567      * @param id the value of field 'id'.\r
1568      */\r
1569     public void setId(\r
1570             final java.lang.String id) {\r
1571         this._id = id;\r
1572     }\r
1573 \r
1574     /**\r
1575      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1576      * \r
1577      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1578      */\r
1579     public void setPidSelected(\r
1580             final boolean pidSelected) {\r
1581         this._pidSelected = pidSelected;\r
1582         this._has_pidSelected = true;\r
1583     }\r
1584 \r
1585     /**\r
1586      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1587      * \r
1588      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1589      */\r
1590     public void setPidThreshold(\r
1591             final int pidThreshold) {\r
1592         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1593         this._has_pidThreshold = true;\r
1594     }\r
1595 \r
1596     /**\r
1597      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1598      * \r
1599      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1600      */\r
1601     public void setRenderGaps(\r
1602             final boolean renderGaps) {\r
1603         this._renderGaps = renderGaps;\r
1604         this._has_renderGaps = true;\r
1605     }\r
1606 \r
1607     /**\r
1608      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1609      * \r
1610      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1611      */\r
1612     public void setRightAlignIds(\r
1613             final boolean rightAlignIds) {\r
1614         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1615         this._has_rightAlignIds = true;\r
1616     }\r
1617 \r
1618     /**\r
1619      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1620      * \r
1621      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1622      */\r
1623     public void setSequenceSetId(\r
1624             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
1625         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1626     }\r
1627 \r
1628     /**\r
1629      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1630      * \r
1631      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1632      */\r
1633     public void setShowAnnotation(\r
1634             final boolean showAnnotation) {\r
1635         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1636         this._has_showAnnotation = true;\r
1637     }\r
1638 \r
1639     /**\r
1640      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1641      * \r
1642      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1643      */\r
1644     public void setShowBoxes(\r
1645             final boolean showBoxes) {\r
1646         this._showBoxes = showBoxes;\r
1647         this._has_showBoxes = true;\r
1648     }\r
1649 \r
1650     /**\r
1651      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1652      * \r
1653      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1654      */\r
1655     public void setShowColourText(\r
1656             final boolean showColourText) {\r
1657         this._showColourText = showColourText;\r
1658         this._has_showColourText = true;\r
1659     }\r
1660 \r
1661     /**\r
1662      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1663      * \r
1664      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1665      */\r
1666     public void setShowFullId(\r
1667             final boolean showFullId) {\r
1668         this._showFullId = showFullId;\r
1669         this._has_showFullId = true;\r
1670     }\r
1671 \r
1672     /**\r
1673      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1674      * \r
1675      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1676      * 'showSequenceFeatures'.\r
1677      */\r
1678     public void setShowSequenceFeatures(\r
1679             final boolean showSequenceFeatures) {\r
1680         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1681         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1682     }\r
1683 \r
1684     /**\r
1685      * Sets the value of field 'showText'.\r
1686      * \r
1687      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1688      */\r
1689     public void setShowText(\r
1690             final boolean showText) {\r
1691         this._showText = showText;\r
1692         this._has_showText = true;\r
1693     }\r
1694 \r
1695     /**\r
1696      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
1697      * \r
1698      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
1699      */\r
1700     public void setShowUnconserved(\r
1701             final boolean showUnconserved) {\r
1702         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
1703         this._has_showUnconserved = true;\r
1704     }\r
1705 \r
1706     /**\r
1707      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1708      * \r
1709      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1710      */\r
1711     public void setStartRes(\r
1712             final int startRes) {\r
1713         this._startRes = startRes;\r
1714         this._has_startRes = true;\r
1715     }\r
1716 \r
1717     /**\r
1718      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1719      * \r
1720      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1721      */\r
1722     public void setStartSeq(\r
1723             final int startSeq) {\r
1724         this._startSeq = startSeq;\r
1725         this._has_startSeq = true;\r
1726     }\r
1727 \r
1728     /**\r
1729      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1730      * \r
1731      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1732      */\r
1733     public void setTextCol1(\r
1734             final int textCol1) {\r
1735         this._textCol1 = textCol1;\r
1736         this._has_textCol1 = true;\r
1737     }\r
1738 \r
1739     /**\r
1740      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1741      * \r
1742      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1743      */\r
1744     public void setTextCol2(\r
1745             final int textCol2) {\r
1746         this._textCol2 = textCol2;\r
1747         this._has_textCol2 = true;\r
1748     }\r
1749 \r
1750     /**\r
1751      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1752      * \r
1753      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1754      */\r
1755     public void setTextColThreshold(\r
1756             final int textColThreshold) {\r
1757         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1758         this._has_textColThreshold = true;\r
1759     }\r
1760 \r
1761     /**\r
1762      * Sets the value of field 'title'.\r
1763      * \r
1764      * @param title the value of field 'title'.\r
1765      */\r
1766     public void setTitle(\r
1767             final java.lang.String title) {\r
1768         this._title = title;\r
1769     }\r
1770 \r
1771     /**\r
1772      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1773      * \r
1774      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1775      */\r
1776     public void setViewName(\r
1777             final java.lang.String viewName) {\r
1778         this._viewName = viewName;\r
1779     }\r
1780 \r
1781     /**\r
1782      * Sets the value of field 'width'.\r
1783      * \r
1784      * @param width the value of field 'width'.\r
1785      */\r
1786     public void setWidth(\r
1787             final int width) {\r
1788         this._width = width;\r
1789         this._has_width = true;\r
1790     }\r
1791 \r
1792     /**\r
1793      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1794      * \r
1795      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1796      */\r
1797     public void setWrapAlignment(\r
1798             final boolean wrapAlignment) {\r
1799         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1800         this._has_wrapAlignment = true;\r
1801     }\r
1802 \r
1803     /**\r
1804      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1805      * \r
1806      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1807      */\r
1808     public void setXpos(\r
1809             final int xpos) {\r
1810         this._xpos = xpos;\r
1811         this._has_xpos = true;\r
1812     }\r
1813 \r
1814     /**\r
1815      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1816      * \r
1817      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1818      */\r
1819     public void setYpos(\r
1820             final int ypos) {\r
1821         this._ypos = ypos;\r
1822         this._has_ypos = true;\r
1823     }\r
1824 \r
1825     /**\r
1826      * Method unmarshal.\r
1827      * \r
1828      * @param reader\r
1829      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1830      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1831      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1832      * object is an invalid instance according to the schema\r
1833      * @return the unmarshaled\r
1834      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
1835      */\r
1836     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
1837             final java.io.Reader reader)\r
1838     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1839         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1840     }\r
1841 \r
1842     /**\r
1843      * \r
1844      * \r
1845      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1846      * object is an invalid instance according to the schema\r
1847      */\r
1848     public void validate(\r
1849     )\r
1850     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1851         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1852         validator.validate(this);\r
1853     }\r
1854 \r
1855 }\r