src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Viewport.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _conservationSelected.\r
  31      */\r
  32     private boolean _conservationSelected;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_conservationSelected;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _pidSelected.\r
  41      */\r
  42     private boolean _pidSelected;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_pidSelected;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _bgColour.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _bgColour;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _consThreshold.\r
  56      */\r
  57     private int _consThreshold;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  61      */\r
  62     private boolean _has_consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Field _pidThreshold.\r
  66      */\r
  67     private int _pidThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  71      */\r
  72     private boolean _has_pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _title.\r
  76      */\r
  77     private java.lang.String _title;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _showFullId.\r
  81      */\r
  82     private boolean _showFullId;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_showFullId;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _rightAlignIds.\r
  91      */\r
  92     private boolean _rightAlignIds;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_rightAlignIds;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _showText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _showText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _showText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_showText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _showColourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _showColourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_showColourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _showUnconserved.\r
 121      */\r
 122     private boolean _showUnconserved;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_showUnconserved;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _showBoxes.\r
 131      */\r
 132     private boolean _showBoxes;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_showBoxes;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _wrapAlignment.\r
 141      */\r
 142     private boolean _wrapAlignment;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _renderGaps.\r
 151      */\r
 152     private boolean _renderGaps;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_renderGaps;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _showSequenceFeatures.\r
 161      */\r
 162     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 166      */\r
 167     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _showAnnotation.\r
 171      */\r
 172     private boolean _showAnnotation;\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 176      */\r
 177     private boolean _has_showAnnotation;\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Field _xpos.\r
 181      */\r
 182     private int _xpos;\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * keeps track of state for field: _xpos\r
 186      */\r
 187     private boolean _has_xpos;\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Field _ypos.\r
 191      */\r
 192     private int _ypos;\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * keeps track of state for field: _ypos\r
 196      */\r
 197     private boolean _has_ypos;\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * Field _width.\r
 201      */\r
 202     private int _width;\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      * keeps track of state for field: _width\r
 206      */\r
 207     private boolean _has_width;\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * Field _height.\r
 211      */\r
 212     private int _height;\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * keeps track of state for field: _height\r
 216      */\r
 217     private boolean _has_height;\r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * Field _startRes.\r
 221      */\r
 222     private int _startRes;\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * keeps track of state for field: _startRes\r
 226      */\r
 227     private boolean _has_startRes;\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Field _startSeq.\r
 231      */\r
 232     private int _startSeq;\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 236      */\r
 237     private boolean _has_startSeq;\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Field _fontName.\r
 241      */\r
 242     private java.lang.String _fontName;\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      * Field _fontSize.\r
 246      */\r
 247     private int _fontSize;\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 251      */\r
 252     private boolean _has_fontSize;\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * Field _fontStyle.\r
 256      */\r
 257     private int _fontStyle;\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 261      */\r
 262     private boolean _has_fontStyle;\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * Field _viewName.\r
 266      */\r
 267     private java.lang.String _viewName;\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * Field _sequenceSetId.\r
 271      */\r
 272     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * Field _gatheredViews.\r
 276      */\r
 277     private boolean _gatheredViews;\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 281      */\r
 282     private boolean _has_gatheredViews;\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Field _textCol1.\r
 286      */\r
 287     private int _textCol1;\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 291      */\r
 292     private boolean _has_textCol1;\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Field _textCol2.\r
 296      */\r
 297     private int _textCol2;\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 301      */\r
 302     private boolean _has_textCol2;\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Field _textColThreshold.\r
 306      */\r
 307     private int _textColThreshold;\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 311      */\r
 312     private boolean _has_textColThreshold;\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 316      * instantiated views\r
 317      *  \r
 318      */\r
 319     private java.lang.String _id;\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * Field _annotationColours.\r
 323      */\r
 324     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * Field _hiddenColumnsList.\r
 328      */\r
 329     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 330 \r
 331 \r
 332       //----------------/\r
 333      //- Constructors -/\r
 334     //----------------/\r
 335 \r
 336     public Viewport() {\r
 337         super();\r
 338         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 339     }\r
 340 \r
 341 \r
 342       //-----------/\r
 343      //- Methods -/\r
 344     //-----------/\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      * \r
 348      * \r
 349      * @param vHiddenColumns\r
 350      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 351      * given is outside the bounds of the collection\r
 352      */\r
 353     public void addHiddenColumns(\r
 354             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 355     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 356         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 357     }\r
 358 \r
 359     /**\r
 360      * \r
 361      * \r
 362      * @param index\r
 363      * @param vHiddenColumns\r
 364      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 365      * given is outside the bounds of the collection\r
 366      */\r
 367     public void addHiddenColumns(\r
 368             final int index,\r
 369             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 370     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 371         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      */\r
 376     public void deleteConsThreshold(\r
 377     ) {\r
 378         this._has_consThreshold= false;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      */\r
 383     public void deleteConservationSelected(\r
 384     ) {\r
 385         this._has_conservationSelected= false;\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      */\r
 390     public void deleteFontSize(\r
 391     ) {\r
 392         this._has_fontSize= false;\r
 393     }\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      */\r
 397     public void deleteFontStyle(\r
 398     ) {\r
 399         this._has_fontStyle= false;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     /**\r
 403      */\r
 404     public void deleteGatheredViews(\r
 405     ) {\r
 406         this._has_gatheredViews= false;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     /**\r
 410      */\r
 411     public void deleteHeight(\r
 412     ) {\r
 413         this._has_height= false;\r
 414     }\r
 415 \r
 416     /**\r
 417      */\r
 418     public void deletePidSelected(\r
 419     ) {\r
 420         this._has_pidSelected= false;\r
 421     }\r
 422 \r
 423     /**\r
 424      */\r
 425     public void deletePidThreshold(\r
 426     ) {\r
 427         this._has_pidThreshold= false;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     /**\r
 431      */\r
 432     public void deleteRenderGaps(\r
 433     ) {\r
 434         this._has_renderGaps= false;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      */\r
 439     public void deleteRightAlignIds(\r
 440     ) {\r
 441         this._has_rightAlignIds= false;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      */\r
 446     public void deleteShowAnnotation(\r
 447     ) {\r
 448         this._has_showAnnotation= false;\r
 449     }\r
 450 \r
 451     /**\r
 452      */\r
 453     public void deleteShowBoxes(\r
 454     ) {\r
 455         this._has_showBoxes= false;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      */\r
 460     public void deleteShowColourText(\r
 461     ) {\r
 462         this._has_showColourText= false;\r
 463     }\r
 464 \r
 465     /**\r
 466      */\r
 467     public void deleteShowFullId(\r
 468     ) {\r
 469         this._has_showFullId= false;\r
 470     }\r
 471 \r
 472     /**\r
 473      */\r
 474     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 475     ) {\r
 476         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 477     }\r
 478 \r
 479     /**\r
 480      */\r
 481     public void deleteShowText(\r
 482     ) {\r
 483         this._has_showText= false;\r
 484     }\r
 485 \r
 486     /**\r
 487      */\r
 488     public void deleteShowUnconserved(\r
 489     ) {\r
 490         this._has_showUnconserved= false;\r
 491     }\r
 492 \r
 493     /**\r
 494      */\r
 495     public void deleteStartRes(\r
 496     ) {\r
 497         this._has_startRes= false;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      */\r
 502     public void deleteStartSeq(\r
 503     ) {\r
 504         this._has_startSeq= false;\r
 505     }\r
 506 \r
 507     /**\r
 508      */\r
 509     public void deleteTextCol1(\r
 510     ) {\r
 511         this._has_textCol1= false;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     /**\r
 515      */\r
 516     public void deleteTextCol2(\r
 517     ) {\r
 518         this._has_textCol2= false;\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      */\r
 523     public void deleteTextColThreshold(\r
 524     ) {\r
 525         this._has_textColThreshold= false;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     /**\r
 529      */\r
 530     public void deleteWidth(\r
 531     ) {\r
 532         this._has_width= false;\r
 533     }\r
 534 \r
 535     /**\r
 536      */\r
 537     public void deleteWrapAlignment(\r
 538     ) {\r
 539         this._has_wrapAlignment= false;\r
 540     }\r
 541 \r
 542     /**\r
 543      */\r
 544     public void deleteXpos(\r
 545     ) {\r
 546         this._has_xpos= false;\r
 547     }\r
 548 \r
 549     /**\r
 550      */\r
 551     public void deleteYpos(\r
 552     ) {\r
 553         this._has_ypos= false;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 558      * \r
 559      * @return an Enumeration over all\r
 560      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 561      */\r
 562     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 563     ) {\r
 564         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 569      * \r
 570      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 571      */\r
 572     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 573     ) {\r
 574         return this._annotationColours;\r
 575     }\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 579      * \r
 580      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 581      */\r
 582     public java.lang.String getBgColour(\r
 583     ) {\r
 584         return this._bgColour;\r
 585     }\r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 589      * \r
 590      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 591      */\r
 592     public int getConsThreshold(\r
 593     ) {\r
 594         return this._consThreshold;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     /**\r
 598      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 599      * \r
 600      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 601      */\r
 602     public boolean getConservationSelected(\r
 603     ) {\r
 604         return this._conservationSelected;\r
 605     }\r
 606 \r
 607     /**\r
 608      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 609      * \r
 610      * @return the value of field 'FontName'.\r
 611      */\r
 612     public java.lang.String getFontName(\r
 613     ) {\r
 614         return this._fontName;\r
 615     }\r
 616 \r
 617     /**\r
 618      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 619      * \r
 620      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 621      */\r
 622     public int getFontSize(\r
 623     ) {\r
 624         return this._fontSize;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 629      * \r
 630      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 631      */\r
 632     public int getFontStyle(\r
 633     ) {\r
 634         return this._fontStyle;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 639      * \r
 640      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 641      */\r
 642     public boolean getGatheredViews(\r
 643     ) {\r
 644         return this._gatheredViews;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     /**\r
 648      * Returns the value of field 'height'.\r
 649      * \r
 650      * @return the value of field 'Height'.\r
 651      */\r
 652     public int getHeight(\r
 653     ) {\r
 654         return this._height;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * Method getHiddenColumns.\r
 659      * \r
 660      * @param index\r
 661      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 662      * given is outside the bounds of the collection\r
 663      * @return the value of the\r
 664      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 665      * index\r
 666      */\r
 667     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 668             final int index)\r
 669     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 670         // check bounds for index\r
 671         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 672             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 673         }\r
 674         \r
 675         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 676     }\r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 680      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 681      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 682      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 683      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 684      * exactly the correct length.\r
 685      * \r
 686      * @return this collection as an Array\r
 687      */\r
 688     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 689     ) {\r
 690         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 691         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 696      * \r
 697      * @return the size of this collection\r
 698      */\r
 699     public int getHiddenColumnsCount(\r
 700     ) {\r
 701         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 702     }\r
 703 \r
 704     /**\r
 705      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 706      * following description: unique id used by jalview to\r
 707      * synchronize between stored and instantiated views\r
 708      *  \r
 709      * \r
 710      * @return the value of field 'Id'.\r
 711      */\r
 712     public java.lang.String getId(\r
 713     ) {\r
 714         return this._id;\r
 715     }\r
 716 \r
 717     /**\r
 718      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 719      * \r
 720      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 721      */\r
 722     public boolean getPidSelected(\r
 723     ) {\r
 724         return this._pidSelected;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     /**\r
 728      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 729      * \r
 730      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 731      */\r
 732     public int getPidThreshold(\r
 733     ) {\r
 734         return this._pidThreshold;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 739      * \r
 740      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 741      */\r
 742     public boolean getRenderGaps(\r
 743     ) {\r
 744         return this._renderGaps;\r
 745     }\r
 746 \r
 747     /**\r
 748      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 749      * \r
 750      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 751      */\r
 752     public boolean getRightAlignIds(\r
 753     ) {\r
 754         return this._rightAlignIds;\r
 755     }\r
 756 \r
 757     /**\r
 758      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 759      * \r
 760      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 761      */\r
 762     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 763     ) {\r
 764         return this._sequenceSetId;\r
 765     }\r
 766 \r
 767     /**\r
 768      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 769      * \r
 770      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 771      */\r
 772     public boolean getShowAnnotation(\r
 773     ) {\r
 774         return this._showAnnotation;\r
 775     }\r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 779      * \r
 780      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 781      */\r
 782     public boolean getShowBoxes(\r
 783     ) {\r
 784         return this._showBoxes;\r
 785     }\r
 786 \r
 787     /**\r
 788      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 789      * \r
 790      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
 791      */\r
 792     public boolean getShowColourText(\r
 793     ) {\r
 794         return this._showColourText;\r
 795     }\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 799      * \r
 800      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
 801      */\r
 802     public boolean getShowFullId(\r
 803     ) {\r
 804         return this._showFullId;\r
 805     }\r
 806 \r
 807     /**\r
 808      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 809      * \r
 810      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
 811      */\r
 812     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
 813     ) {\r
 814         return this._showSequenceFeatures;\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /**\r
 818      * Returns the value of field 'showText'.\r
 819      * \r
 820      * @return the value of field 'ShowText'.\r
 821      */\r
 822     public boolean getShowText(\r
 823     ) {\r
 824         return this._showText;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     /**\r
 828      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 829      * \r
 830      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 831      */\r
 832     public boolean getShowUnconserved(\r
 833     ) {\r
 834         return this._showUnconserved;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 839      * \r
 840      * @return the value of field 'StartRes'.\r
 841      */\r
 842     public int getStartRes(\r
 843     ) {\r
 844         return this._startRes;\r
 845     }\r
 846 \r
 847     /**\r
 848      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 849      * \r
 850      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
 851      */\r
 852     public int getStartSeq(\r
 853     ) {\r
 854         return this._startSeq;\r
 855     }\r
 856 \r
 857     /**\r
 858      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 859      * \r
 860      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 861      */\r
 862     public int getTextCol1(\r
 863     ) {\r
 864         return this._textCol1;\r
 865     }\r
 866 \r
 867     /**\r
 868      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 869      * \r
 870      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 871      */\r
 872     public int getTextCol2(\r
 873     ) {\r
 874         return this._textCol2;\r
 875     }\r
 876 \r
 877     /**\r
 878      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 879      * \r
 880      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 881      */\r
 882     public int getTextColThreshold(\r
 883     ) {\r
 884         return this._textColThreshold;\r
 885     }\r
 886 \r
 887     /**\r
 888      * Returns the value of field 'title'.\r
 889      * \r
 890      * @return the value of field 'Title'.\r
 891      */\r
 892     public java.lang.String getTitle(\r
 893     ) {\r
 894         return this._title;\r
 895     }\r
 896 \r
 897     /**\r
 898      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 899      * \r
 900      * @return the value of field 'ViewName'.\r
 901      */\r
 902     public java.lang.String getViewName(\r
 903     ) {\r
 904         return this._viewName;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * Returns the value of field 'width'.\r
 909      * \r
 910      * @return the value of field 'Width'.\r
 911      */\r
 912     public int getWidth(\r
 913     ) {\r
 914         return this._width;\r
 915     }\r
 916 \r
 917     /**\r
 918      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 919      * \r
 920      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
 921      */\r
 922     public boolean getWrapAlignment(\r
 923     ) {\r
 924         return this._wrapAlignment;\r
 925     }\r
 926 \r
 927     /**\r
 928      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 929      * \r
 930      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 931      */\r
 932     public int getXpos(\r
 933     ) {\r
 934         return this._xpos;\r
 935     }\r
 936 \r
 937     /**\r
 938      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 939      * \r
 940      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 941      */\r
 942     public int getYpos(\r
 943     ) {\r
 944         return this._ypos;\r
 945     }\r
 946 \r
 947     /**\r
 948      * Method hasConsThreshold.\r
 949      * \r
 950      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 951      */\r
 952     public boolean hasConsThreshold(\r
 953     ) {\r
 954         return this._has_consThreshold;\r
 955     }\r
 956 \r
 957     /**\r
 958      * Method hasConservationSelected.\r
 959      * \r
 960      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
 961      * added\r
 962      */\r
 963     public boolean hasConservationSelected(\r
 964     ) {\r
 965         return this._has_conservationSelected;\r
 966     }\r
 967 \r
 968     /**\r
 969      * Method hasFontSize.\r
 970      * \r
 971      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 972      */\r
 973     public boolean hasFontSize(\r
 974     ) {\r
 975         return this._has_fontSize;\r
 976     }\r
 977 \r
 978     /**\r
 979      * Method hasFontStyle.\r
 980      * \r
 981      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 982      */\r
 983     public boolean hasFontStyle(\r
 984     ) {\r
 985         return this._has_fontStyle;\r
 986     }\r
 987 \r
 988     /**\r
 989      * Method hasGatheredViews.\r
 990      * \r
 991      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
 992      */\r
 993     public boolean hasGatheredViews(\r
 994     ) {\r
 995         return this._has_gatheredViews;\r
 996     }\r
 997 \r
 998     /**\r
 999      * Method hasHeight.\r
1000      * \r
1001      * @return true if at least one Height has been added\r
1002      */\r
1003     public boolean hasHeight(\r
1004     ) {\r
1005         return this._has_height;\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * Method hasPidSelected.\r
1010      * \r
1011      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1012      */\r
1013     public boolean hasPidSelected(\r
1014     ) {\r
1015         return this._has_pidSelected;\r
1016     }\r
1017 \r
1018     /**\r
1019      * Method hasPidThreshold.\r
1020      * \r
1021      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1022      */\r
1023     public boolean hasPidThreshold(\r
1024     ) {\r
1025         return this._has_pidThreshold;\r
1026     }\r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * Method hasRenderGaps.\r
1030      * \r
1031      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1032      */\r
1033     public boolean hasRenderGaps(\r
1034     ) {\r
1035         return this._has_renderGaps;\r
1036     }\r
1037 \r
1038     /**\r
1039      * Method hasRightAlignIds.\r
1040      * \r
1041      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1042      */\r
1043     public boolean hasRightAlignIds(\r
1044     ) {\r
1045         return this._has_rightAlignIds;\r
1046     }\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * Method hasShowAnnotation.\r
1050      * \r
1051      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1052      */\r
1053     public boolean hasShowAnnotation(\r
1054     ) {\r
1055         return this._has_showAnnotation;\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * Method hasShowBoxes.\r
1060      * \r
1061      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1062      */\r
1063     public boolean hasShowBoxes(\r
1064     ) {\r
1065         return this._has_showBoxes;\r
1066     }\r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * Method hasShowColourText.\r
1070      * \r
1071      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1072      */\r
1073     public boolean hasShowColourText(\r
1074     ) {\r
1075         return this._has_showColourText;\r
1076     }\r
1077 \r
1078     /**\r
1079      * Method hasShowFullId.\r
1080      * \r
1081      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1082      */\r
1083     public boolean hasShowFullId(\r
1084     ) {\r
1085         return this._has_showFullId;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     /**\r
1089      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1090      * \r
1091      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1092      * added\r
1093      */\r
1094     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1095     ) {\r
1096         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Method hasShowText.\r
1101      * \r
1102      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1103      */\r
1104     public boolean hasShowText(\r
1105     ) {\r
1106         return this._has_showText;\r
1107     }\r
1108 \r
1109     /**\r
1110      * Method hasShowUnconserved.\r
1111      * \r
1112      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1113      */\r
1114     public boolean hasShowUnconserved(\r
1115     ) {\r
1116         return this._has_showUnconserved;\r
1117     }\r
1118 \r
1119     /**\r
1120      * Method hasStartRes.\r
1121      * \r
1122      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1123      */\r
1124     public boolean hasStartRes(\r
1125     ) {\r
1126         return this._has_startRes;\r
1127     }\r
1128 \r
1129     /**\r
1130      * Method hasStartSeq.\r
1131      * \r
1132      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1133      */\r
1134     public boolean hasStartSeq(\r
1135     ) {\r
1136         return this._has_startSeq;\r
1137     }\r
1138 \r
1139     /**\r
1140      * Method hasTextCol1.\r
1141      * \r
1142      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1143      */\r
1144     public boolean hasTextCol1(\r
1145     ) {\r
1146         return this._has_textCol1;\r
1147     }\r
1148 \r
1149     /**\r
1150      * Method hasTextCol2.\r
1151      * \r
1152      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1153      */\r
1154     public boolean hasTextCol2(\r
1155     ) {\r
1156         return this._has_textCol2;\r
1157     }\r
1158 \r
1159     /**\r
1160      * Method hasTextColThreshold.\r
1161      * \r
1162      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1163      */\r
1164     public boolean hasTextColThreshold(\r
1165     ) {\r
1166         return this._has_textColThreshold;\r
1167     }\r
1168 \r
1169     /**\r
1170      * Method hasWidth.\r
1171      * \r
1172      * @return true if at least one Width has been added\r
1173      */\r
1174     public boolean hasWidth(\r
1175     ) {\r
1176         return this._has_width;\r
1177     }\r
1178 \r
1179     /**\r
1180      * Method hasWrapAlignment.\r
1181      * \r
1182      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1183      */\r
1184     public boolean hasWrapAlignment(\r
1185     ) {\r
1186         return this._has_wrapAlignment;\r
1187     }\r
1188 \r
1189     /**\r
1190      * Method hasXpos.\r
1191      * \r
1192      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1193      */\r
1194     public boolean hasXpos(\r
1195     ) {\r
1196         return this._has_xpos;\r
1197     }\r
1198 \r
1199     /**\r
1200      * Method hasYpos.\r
1201      * \r
1202      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1203      */\r
1204     public boolean hasYpos(\r
1205     ) {\r
1206         return this._has_ypos;\r
1207     }\r
1208 \r
1209     /**\r
1210      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1211      * \r
1212      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1213      */\r
1214     public boolean isConservationSelected(\r
1215     ) {\r
1216         return this._conservationSelected;\r
1217     }\r
1218 \r
1219     /**\r
1220      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1221      * \r
1222      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1223      */\r
1224     public boolean isGatheredViews(\r
1225     ) {\r
1226         return this._gatheredViews;\r
1227     }\r
1228 \r
1229     /**\r
1230      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1231      * \r
1232      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1233      */\r
1234     public boolean isPidSelected(\r
1235     ) {\r
1236         return this._pidSelected;\r
1237     }\r
1238 \r
1239     /**\r
1240      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1241      * \r
1242      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1243      */\r
1244     public boolean isRenderGaps(\r
1245     ) {\r
1246         return this._renderGaps;\r
1247     }\r
1248 \r
1249     /**\r
1250      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1251      * \r
1252      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1253      */\r
1254     public boolean isRightAlignIds(\r
1255     ) {\r
1256         return this._rightAlignIds;\r
1257     }\r
1258 \r
1259     /**\r
1260      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1261      * \r
1262      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1263      */\r
1264     public boolean isShowAnnotation(\r
1265     ) {\r
1266         return this._showAnnotation;\r
1267     }\r
1268 \r
1269     /**\r
1270      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1271      * \r
1272      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1273      */\r
1274     public boolean isShowBoxes(\r
1275     ) {\r
1276         return this._showBoxes;\r
1277     }\r
1278 \r
1279     /**\r
1280      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1281      * \r
1282      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1283      */\r
1284     public boolean isShowColourText(\r
1285     ) {\r
1286         return this._showColourText;\r
1287     }\r
1288 \r
1289     /**\r
1290      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1291      * \r
1292      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1293      */\r
1294     public boolean isShowFullId(\r
1295     ) {\r
1296         return this._showFullId;\r
1297     }\r
1298 \r
1299     /**\r
1300      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1301      * \r
1302      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1303      */\r
1304     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1305     ) {\r
1306         return this._showSequenceFeatures;\r
1307     }\r
1308 \r
1309     /**\r
1310      * Returns the value of field 'showText'.\r
1311      * \r
1312      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1313      */\r
1314     public boolean isShowText(\r
1315     ) {\r
1316         return this._showText;\r
1317     }\r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1321      * \r
1322      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1323      */\r
1324     public boolean isShowUnconserved(\r
1325     ) {\r
1326         return this._showUnconserved;\r
1327     }\r
1328 \r
1329     /**\r
1330      * Method isValid.\r
1331      * \r
1332      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1333      */\r
1334     public boolean isValid(\r
1335     ) {\r
1336         try {\r
1337             validate();\r
1338         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1339             return false;\r
1340         }\r
1341         return true;\r
1342     }\r
1343 \r
1344     /**\r
1345      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1346      * \r
1347      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1348      */\r
1349     public boolean isWrapAlignment(\r
1350     ) {\r
1351         return this._wrapAlignment;\r
1352     }\r
1353 \r
1354     /**\r
1355      * \r
1356      * \r
1357      * @param out\r
1358      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1359      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1360      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1361      * object is an invalid instance according to the schema\r
1362      */\r
1363     public void marshal(\r
1364             final java.io.Writer out)\r
1365     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1366         Marshaller.marshal(this, out);\r
1367     }\r
1368 \r
1369     /**\r
1370      * \r
1371      * \r
1372      * @param handler\r
1373      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1374      * marshaling\r
1375      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1376      * object is an invalid instance according to the schema\r
1377      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1378      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1379      */\r
1380     public void marshal(\r
1381             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1382     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1383         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1384     }\r
1385 \r
1386     /**\r
1387      */\r
1388     public void removeAllHiddenColumns(\r
1389     ) {\r
1390         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1391     }\r
1392 \r
1393     /**\r
1394      * Method removeHiddenColumns.\r
1395      * \r
1396      * @param vHiddenColumns\r
1397      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1398      */\r
1399     public boolean removeHiddenColumns(\r
1400             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1401         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1402         return removed;\r
1403     }\r
1404 \r
1405     /**\r
1406      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1407      * \r
1408      * @param index\r
1409      * @return the element removed from the collection\r
1410      */\r
1411     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1412             final int index) {\r
1413         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1414         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1415     }\r
1416 \r
1417     /**\r
1418      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1419      * \r
1420      * @param annotationColours the value of field\r
1421      * 'annotationColours'.\r
1422      */\r
1423     public void setAnnotationColours(\r
1424             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1425         this._annotationColours = annotationColours;\r
1426     }\r
1427 \r
1428     /**\r
1429      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1430      * \r
1431      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1432      */\r
1433     public void setBgColour(\r
1434             final java.lang.String bgColour) {\r
1435         this._bgColour = bgColour;\r
1436     }\r
1437 \r
1438     /**\r
1439      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1440      * \r
1441      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1442      */\r
1443     public void setConsThreshold(\r
1444             final int consThreshold) {\r
1445         this._consThreshold = consThreshold;\r
1446         this._has_consThreshold = true;\r
1447     }\r
1448 \r
1449     /**\r
1450      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1451      * \r
1452      * @param conservationSelected the value of field\r
1453      * 'conservationSelected'.\r
1454      */\r
1455     public void setConservationSelected(\r
1456             final boolean conservationSelected) {\r
1457         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1458         this._has_conservationSelected = true;\r
1459     }\r
1460 \r
1461     /**\r
1462      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1463      * \r
1464      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1465      */\r
1466     public void setFontName(\r
1467             final java.lang.String fontName) {\r
1468         this._fontName = fontName;\r
1469     }\r
1470 \r
1471     /**\r
1472      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1473      * \r
1474      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1475      */\r
1476     public void setFontSize(\r
1477             final int fontSize) {\r
1478         this._fontSize = fontSize;\r
1479         this._has_fontSize = true;\r
1480     }\r
1481 \r
1482     /**\r
1483      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1484      * \r
1485      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1486      */\r
1487     public void setFontStyle(\r
1488             final int fontStyle) {\r
1489         this._fontStyle = fontStyle;\r
1490         this._has_fontStyle = true;\r
1491     }\r
1492 \r
1493     /**\r
1494      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1495      * \r
1496      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1497      */\r
1498     public void setGatheredViews(\r
1499             final boolean gatheredViews) {\r
1500         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1501         this._has_gatheredViews = true;\r
1502     }\r
1503 \r
1504     /**\r
1505      * Sets the value of field 'height'.\r
1506      * \r
1507      * @param height the value of field 'height'.\r
1508      */\r
1509     public void setHeight(\r
1510             final int height) {\r
1511         this._height = height;\r
1512         this._has_height = true;\r
1513     }\r
1514 \r
1515     /**\r
1516      * \r
1517      * \r
1518      * @param index\r
1519      * @param vHiddenColumns\r
1520      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1521      * given is outside the bounds of the collection\r
1522      */\r
1523     public void setHiddenColumns(\r
1524             final int index,\r
1525             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1526     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1527         // check bounds for index\r
1528         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
1529             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
1530         }\r
1531         \r
1532         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
1533     }\r
1534 \r
1535     /**\r
1536      * \r
1537      * \r
1538      * @param vHiddenColumnsArray\r
1539      */\r
1540     public void setHiddenColumns(\r
1541             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
1542         //-- copy array\r
1543         _hiddenColumnsList.clear();\r
1544         \r
1545         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1546                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
1547         }\r
1548     }\r
1549 \r
1550     /**\r
1551      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
1552      * following description: unique id used by jalview to\r
1553      * synchronize between stored and instantiated views\r
1554      *  \r
1555      * \r
1556      * @param id the value of field 'id'.\r
1557      */\r
1558     public void setId(\r
1559             final java.lang.String id) {\r
1560         this._id = id;\r
1561     }\r
1562 \r
1563     /**\r
1564      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1565      * \r
1566      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1567      */\r
1568     public void setPidSelected(\r
1569             final boolean pidSelected) {\r
1570         this._pidSelected = pidSelected;\r
1571         this._has_pidSelected = true;\r
1572     }\r
1573 \r
1574     /**\r
1575      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1576      * \r
1577      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1578      */\r
1579     public void setPidThreshold(\r
1580             final int pidThreshold) {\r
1581         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1582         this._has_pidThreshold = true;\r
1583     }\r
1584 \r
1585     /**\r
1586      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1587      * \r
1588      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1589      */\r
1590     public void setRenderGaps(\r
1591             final boolean renderGaps) {\r
1592         this._renderGaps = renderGaps;\r
1593         this._has_renderGaps = true;\r
1594     }\r
1595 \r
1596     /**\r
1597      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1598      * \r
1599      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1600      */\r
1601     public void setRightAlignIds(\r
1602             final boolean rightAlignIds) {\r
1603         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1604         this._has_rightAlignIds = true;\r
1605     }\r
1606 \r
1607     /**\r
1608      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1609      * \r
1610      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1611      */\r
1612     public void setSequenceSetId(\r
1613             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
1614         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1615     }\r
1616 \r
1617     /**\r
1618      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1619      * \r
1620      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1621      */\r
1622     public void setShowAnnotation(\r
1623             final boolean showAnnotation) {\r
1624         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1625         this._has_showAnnotation = true;\r
1626     }\r
1627 \r
1628     /**\r
1629      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1630      * \r
1631      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1632      */\r
1633     public void setShowBoxes(\r
1634             final boolean showBoxes) {\r
1635         this._showBoxes = showBoxes;\r
1636         this._has_showBoxes = true;\r
1637     }\r
1638 \r
1639     /**\r
1640      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1641      * \r
1642      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1643      */\r
1644     public void setShowColourText(\r
1645             final boolean showColourText) {\r
1646         this._showColourText = showColourText;\r
1647         this._has_showColourText = true;\r
1648     }\r
1649 \r
1650     /**\r
1651      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1652      * \r
1653      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1654      */\r
1655     public void setShowFullId(\r
1656             final boolean showFullId) {\r
1657         this._showFullId = showFullId;\r
1658         this._has_showFullId = true;\r
1659     }\r
1660 \r
1661     /**\r
1662      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1663      * \r
1664      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1665      * 'showSequenceFeatures'.\r
1666      */\r
1667     public void setShowSequenceFeatures(\r
1668             final boolean showSequenceFeatures) {\r
1669         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1670         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1671     }\r
1672 \r
1673     /**\r
1674      * Sets the value of field 'showText'.\r
1675      * \r
1676      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1677      */\r
1678     public void setShowText(\r
1679             final boolean showText) {\r
1680         this._showText = showText;\r
1681         this._has_showText = true;\r
1682     }\r
1683 \r
1684     /**\r
1685      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
1686      * \r
1687      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
1688      */\r
1689     public void setShowUnconserved(\r
1690             final boolean showUnconserved) {\r
1691         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
1692         this._has_showUnconserved = true;\r
1693     }\r
1694 \r
1695     /**\r
1696      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1697      * \r
1698      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1699      */\r
1700     public void setStartRes(\r
1701             final int startRes) {\r
1702         this._startRes = startRes;\r
1703         this._has_startRes = true;\r
1704     }\r
1705 \r
1706     /**\r
1707      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1708      * \r
1709      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1710      */\r
1711     public void setStartSeq(\r
1712             final int startSeq) {\r
1713         this._startSeq = startSeq;\r
1714         this._has_startSeq = true;\r
1715     }\r
1716 \r
1717     /**\r
1718      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1719      * \r
1720      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1721      */\r
1722     public void setTextCol1(\r
1723             final int textCol1) {\r
1724         this._textCol1 = textCol1;\r
1725         this._has_textCol1 = true;\r
1726     }\r
1727 \r
1728     /**\r
1729      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1730      * \r
1731      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1732      */\r
1733     public void setTextCol2(\r
1734             final int textCol2) {\r
1735         this._textCol2 = textCol2;\r
1736         this._has_textCol2 = true;\r
1737     }\r
1738 \r
1739     /**\r
1740      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1741      * \r
1742      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1743      */\r
1744     public void setTextColThreshold(\r
1745             final int textColThreshold) {\r
1746         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1747         this._has_textColThreshold = true;\r
1748     }\r
1749 \r
1750     /**\r
1751      * Sets the value of field 'title'.\r
1752      * \r
1753      * @param title the value of field 'title'.\r
1754      */\r
1755     public void setTitle(\r
1756             final java.lang.String title) {\r
1757         this._title = title;\r
1758     }\r
1759 \r
1760     /**\r
1761      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1762      * \r
1763      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1764      */\r
1765     public void setViewName(\r
1766             final java.lang.String viewName) {\r
1767         this._viewName = viewName;\r
1768     }\r
1769 \r
1770     /**\r
1771      * Sets the value of field 'width'.\r
1772      * \r
1773      * @param width the value of field 'width'.\r
1774      */\r
1775     public void setWidth(\r
1776             final int width) {\r
1777         this._width = width;\r
1778         this._has_width = true;\r
1779     }\r
1780 \r
1781     /**\r
1782      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1783      * \r
1784      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1785      */\r
1786     public void setWrapAlignment(\r
1787             final boolean wrapAlignment) {\r
1788         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1789         this._has_wrapAlignment = true;\r
1790     }\r
1791 \r
1792     /**\r
1793      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1794      * \r
1795      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1796      */\r
1797     public void setXpos(\r
1798             final int xpos) {\r
1799         this._xpos = xpos;\r
1800         this._has_xpos = true;\r
1801     }\r
1802 \r
1803     /**\r
1804      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1805      * \r
1806      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1807      */\r
1808     public void setYpos(\r
1809             final int ypos) {\r
1810         this._ypos = ypos;\r
1811         this._has_ypos = true;\r
1812     }\r
1813 \r
1814     /**\r
1815      * Method unmarshal.\r
1816      * \r
1817      * @param reader\r
1818      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1819      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1820      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1821      * object is an invalid instance according to the schema\r
1822      * @return the unmarshaled\r
1823      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
1824      */\r
1825     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
1826             final java.io.Reader reader)\r
1827     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1828         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1829     }\r
1830 \r
1831     /**\r
1832      * \r
1833      * \r
1834      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1835      * object is an invalid instance according to the schema\r
1836      */\r
1837     public void validate(\r
1838     )\r
1839     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1840         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1841         validator.validate(this);\r
1842     }\r
1843 \r
1844 }\r