src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class AnnotationDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class AnnotationDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  33 \r
  34 \r
  35       //--------------------------/\r
  36      //- Class/Member Variables -/\r
  37     //--------------------------/\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _elementDefinition.\r
  41      */\r
  42     private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Field _nsPrefix.\r
  46      */\r
  47     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _nsURI.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _xmlName.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59 \r
  60       //----------------/\r
  61      //- Constructors -/\r
  62     //----------------/\r
  63 \r
  64     public AnnotationDescriptor() {\r
  65         super();\r
  66         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  67         _xmlName = "Annotation";\r
  68         _elementDefinition = true;\r
  69         \r
  70         //-- set grouping compositor\r
  71         setCompositorAsSequence();\r
  72         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  73         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  74         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  75         //-- initialize attribute descriptors\r
  76         \r
  77         //-- _graph\r
  78         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  79         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  80             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  81                 throws IllegalStateException\r
  82             {\r
  83                 Annotation target = (Annotation) object;\r
  84                 if (!target.hasGraph()) { return null; }\r
  85                 return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
  86             }\r
  87             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  88                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  89             {\r
  90                 try {\r
  91                     Annotation target = (Annotation) object;\r
  92                     // ignore null values for non optional primitives\r
  93                     if (value == null) { return; }\r
  94                     \r
  95                     target.setGraph( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
  96                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  97                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  98                 }\r
  99             }\r
 100             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 101                 return null;\r
 102             }\r
 103         };\r
 104         desc.setHandler(handler);\r
 105         desc.setRequired(true);\r
 106         desc.setMultivalued(false);\r
 107         addFieldDescriptor(desc);\r
 108         \r
 109         //-- validation code for: _graph\r
 110         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 111         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 112         { //-- local scope\r
 113             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 114             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 115             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 116         }\r
 117         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 118         //-- _graphType\r
 119         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 120         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 121             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 122                 throws IllegalStateException\r
 123             {\r
 124                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 125                 if (!target.hasGraphType()) { return null; }\r
 126                 return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
 127             }\r
 128             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 129                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 130             {\r
 131                 try {\r
 132                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 133                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 134                     if (value == null) {\r
 135                         target.deleteGraphType();\r
 136                         return;\r
 137                     }\r
 138                     target.setGraphType( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 139                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 140                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 141                 }\r
 142             }\r
 143             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 144                 return null;\r
 145             }\r
 146         };\r
 147         desc.setHandler(handler);\r
 148         desc.setMultivalued(false);\r
 149         addFieldDescriptor(desc);\r
 150         \r
 151         //-- validation code for: _graphType\r
 152         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 153         { //-- local scope\r
 154             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 155             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 156             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 157             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 158             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 159         }\r
 160         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 161         //-- _sequenceRef\r
 162         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 163         desc.setImmutable(true);\r
 164         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 165             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 166                 throws IllegalStateException\r
 167             {\r
 168                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 169                 return target.getSequenceRef();\r
 170             }\r
 171             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 172                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 173             {\r
 174                 try {\r
 175                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 176                     target.setSequenceRef( (java.lang.String) value);\r
 177                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 178                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 179                 }\r
 180             }\r
 181             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 182                 return null;\r
 183             }\r
 184         };\r
 185         desc.setHandler(handler);\r
 186         desc.setMultivalued(false);\r
 187         addFieldDescriptor(desc);\r
 188         \r
 189         //-- validation code for: _sequenceRef\r
 190         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 191         { //-- local scope\r
 192             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 193             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 194             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 195             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 196         }\r
 197         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 198         //-- _graphColour\r
 199         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 200         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 201             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 202                 throws IllegalStateException\r
 203             {\r
 204                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 205                 if (!target.hasGraphColour()) { return null; }\r
 206                 return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
 207             }\r
 208             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 209                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 210             {\r
 211                 try {\r
 212                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 213                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 214                     if (value == null) {\r
 215                         target.deleteGraphColour();\r
 216                         return;\r
 217                     }\r
 218                     target.setGraphColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 219                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 220                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 221                 }\r
 222             }\r
 223             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 224                 return null;\r
 225             }\r
 226         };\r
 227         desc.setHandler(handler);\r
 228         desc.setMultivalued(false);\r
 229         addFieldDescriptor(desc);\r
 230         \r
 231         //-- validation code for: _graphColour\r
 232         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 233         { //-- local scope\r
 234             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 235             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 236             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 237             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 238             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 239         }\r
 240         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 241         //-- _graphGroup\r
 242         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 243         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 244             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 245                 throws IllegalStateException\r
 246             {\r
 247                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 248                 if (!target.hasGraphGroup()) { return null; }\r
 249                 return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
 250             }\r
 251             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 252                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 253             {\r
 254                 try {\r
 255                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 256                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 257                     if (value == null) {\r
 258                         target.deleteGraphGroup();\r
 259                         return;\r
 260                     }\r
 261                     target.setGraphGroup( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 262                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 263                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 264                 }\r
 265             }\r
 266             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 267                 return null;\r
 268             }\r
 269         };\r
 270         desc.setHandler(handler);\r
 271         desc.setMultivalued(false);\r
 272         addFieldDescriptor(desc);\r
 273         \r
 274         //-- validation code for: _graphGroup\r
 275         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 276         { //-- local scope\r
 277             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 278             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 279             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 280             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 281             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 282         }\r
 283         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 284         //-- _id\r
 285         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 286         desc.setImmutable(true);\r
 287         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 288             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 289                 throws IllegalStateException\r
 290             {\r
 291                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 292                 return target.getId();\r
 293             }\r
 294             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 295                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 296             {\r
 297                 try {\r
 298                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 299                     target.setId( (java.lang.String) value);\r
 300                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 301                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 302                 }\r
 303             }\r
 304             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 305                 return null;\r
 306             }\r
 307         };\r
 308         desc.setHandler(handler);\r
 309         desc.setMultivalued(false);\r
 310         addFieldDescriptor(desc);\r
 311         \r
 312         //-- validation code for: _id\r
 313         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 314         { //-- local scope\r
 315             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 316             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 317             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 318             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 319         }\r
 320         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 321         //-- _scoreOnly\r
 322         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 323         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 324             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 325                 throws IllegalStateException\r
 326             {\r
 327                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 328                 if (!target.hasScoreOnly()) { return null; }\r
 329                 return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 330             }\r
 331             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 332                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 333             {\r
 334                 try {\r
 335                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 336                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 337                     if (value == null) {\r
 338                         target.deleteScoreOnly();\r
 339                         return;\r
 340                     }\r
 341                     target.setScoreOnly( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 342                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 343                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 344                 }\r
 345             }\r
 346             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 347                 return null;\r
 348             }\r
 349         };\r
 350         desc.setHandler(handler);\r
 351         desc.setMultivalued(false);\r
 352         addFieldDescriptor(desc);\r
 353         \r
 354         //-- validation code for: _scoreOnly\r
 355         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 356         { //-- local scope\r
 357             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 358             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 359             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 360         }\r
 361         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 362         //-- _score\r
 363         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Double.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 364         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 365             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 366                 throws IllegalStateException\r
 367             {\r
 368                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 369                 if (!target.hasScore()) { return null; }\r
 370                 return new java.lang.Double(target.getScore());\r
 371             }\r
 372             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 373                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 374             {\r
 375                 try {\r
 376                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 377                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 378                     if (value == null) {\r
 379                         target.deleteScore();\r
 380                         return;\r
 381                     }\r
 382                     target.setScore( ((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
 383                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 384                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 385                 }\r
 386             }\r
 387             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 388                 return null;\r
 389             }\r
 390         };\r
 391         desc.setHandler(handler);\r
 392         desc.setMultivalued(false);\r
 393         addFieldDescriptor(desc);\r
 394         \r
 395         //-- validation code for: _score\r
 396         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 397         { //-- local scope\r
 398             org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
 399             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
 400             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 401             typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
 402             typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
 403         }\r
 404         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 405         //-- _visible\r
 406         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 407         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 408             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 409                 throws IllegalStateException\r
 410             {\r
 411                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 412                 if (!target.hasVisible()) { return null; }\r
 413                 return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 414             }\r
 415             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 416                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 417             {\r
 418                 try {\r
 419                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 420                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 421                     if (value == null) {\r
 422                         target.deleteVisible();\r
 423                         return;\r
 424                     }\r
 425                     target.setVisible( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 426                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 427                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 428                 }\r
 429             }\r
 430             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 431                 return null;\r
 432             }\r
 433         };\r
 434         desc.setHandler(handler);\r
 435         desc.setMultivalued(false);\r
 436         addFieldDescriptor(desc);\r
 437         \r
 438         //-- validation code for: _visible\r
 439         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 440         { //-- local scope\r
 441             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 442             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 443             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 444         }\r
 445         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 446         //-- initialize element descriptors\r
 447         \r
 448         //-- _annotationElementList\r
 449         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, "_annotationElementList", "annotationElement", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 450         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 451             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 452                 throws IllegalStateException\r
 453             {\r
 454                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 455                 return target.getAnnotationElement();\r
 456             }\r
 457             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 458                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 459             {\r
 460                 try {\r
 461                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 462                     target.addAnnotationElement( (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
 463                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 464                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 465                 }\r
 466             }\r
 467             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 468                 try {\r
 469                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 470                     target.removeAllAnnotationElement();\r
 471                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 472                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 473                 }\r
 474             }\r
 475             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 476                 return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
 477             }\r
 478         };\r
 479         desc.setHandler(handler);\r
 480         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 481         desc.setMultivalued(true);\r
 482         addFieldDescriptor(desc);\r
 483         \r
 484         //-- validation code for: _annotationElementList\r
 485         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 486         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 487         { //-- local scope\r
 488         }\r
 489         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 490         //-- _label\r
 491         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 492         desc.setImmutable(true);\r
 493         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 494             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 495                 throws IllegalStateException\r
 496             {\r
 497                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 498                 return target.getLabel();\r
 499             }\r
 500             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 501                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 502             {\r
 503                 try {\r
 504                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 505                     target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
 506                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 507                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 508                 }\r
 509             }\r
 510             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 511                 return null;\r
 512             }\r
 513         };\r
 514         desc.setHandler(handler);\r
 515         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 516         desc.setRequired(true);\r
 517         desc.setMultivalued(false);\r
 518         addFieldDescriptor(desc);\r
 519         \r
 520         //-- validation code for: _label\r
 521         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 522         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 523         { //-- local scope\r
 524             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 525             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 526             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 527             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 528         }\r
 529         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 530         //-- _description\r
 531         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 532         desc.setImmutable(true);\r
 533         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 534             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 535                 throws IllegalStateException\r
 536             {\r
 537                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 538                 return target.getDescription();\r
 539             }\r
 540             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 541                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 542             {\r
 543                 try {\r
 544                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 545                     target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
 546                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 547                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 548                 }\r
 549             }\r
 550             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 551                 return null;\r
 552             }\r
 553         };\r
 554         desc.setHandler(handler);\r
 555         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 556         desc.setMultivalued(false);\r
 557         addFieldDescriptor(desc);\r
 558         \r
 559         //-- validation code for: _description\r
 560         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 561         { //-- local scope\r
 562             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 563             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 564             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 565             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 566         }\r
 567         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 568         //-- _thresholdLine\r
 569         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class, "_thresholdLine", "thresholdLine", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 570         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 571             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 572                 throws IllegalStateException\r
 573             {\r
 574                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 575                 return target.getThresholdLine();\r
 576             }\r
 577             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 578                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 579             {\r
 580                 try {\r
 581                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 582                     target.setThresholdLine( (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
 583                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 584                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 585                 }\r
 586             }\r
 587             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 588                 return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
 589             }\r
 590         };\r
 591         desc.setHandler(handler);\r
 592         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 593         desc.setMultivalued(false);\r
 594         addFieldDescriptor(desc);\r
 595         \r
 596         //-- validation code for: _thresholdLine\r
 597         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 598         { //-- local scope\r
 599         }\r
 600         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 601     }\r
 602 \r
 603 \r
 604       //-----------/\r
 605      //- Methods -/\r
 606     //-----------/\r
 607 \r
 608     /**\r
 609      * Method getAccessMode.\r
 610      * \r
 611      * @return the access mode specified for this class.\r
 612      */\r
 613     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 614     ) {\r
 615         return null;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      * Method getIdentity.\r
 620      * \r
 621      * @return the identity field, null if this class has no\r
 622      * identity.\r
 623      */\r
 624     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 625     ) {\r
 626         return super.getIdentity();\r
 627     }\r
 628 \r
 629     /**\r
 630      * Method getJavaClass.\r
 631      * \r
 632      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 633      */\r
 634     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 635     ) {\r
 636         return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     /**\r
 640      * Method getNameSpacePrefix.\r
 641      * \r
 642      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 643      */\r
 644     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 645     ) {\r
 646         return _nsPrefix;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     /**\r
 650      * Method getNameSpaceURI.\r
 651      * \r
 652      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 653      * unmarshaling as XML.\r
 654      */\r
 655     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 656     ) {\r
 657         return _nsURI;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      * Method getValidator.\r
 662      * \r
 663      * @return a specific validator for the class described by this\r
 664      * ClassDescriptor.\r
 665      */\r
 666     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 667     ) {\r
 668         return this;\r
 669     }\r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * Method getXMLName.\r
 673      * \r
 674      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 675      */\r
 676     public java.lang.String getXMLName(\r
 677     ) {\r
 678         return _xmlName;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      * Method isElementDefinition.\r
 683      * \r
 684      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 685      * of a global\r
 686      * element or element with anonymous type definition.\r
 687      */\r
 688     public boolean isElementDefinition(\r
 689     ) {\r
 690         return _elementDefinition;\r
 691     }\r
 692 \r
 693 }\r