src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class AnnotationDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class AnnotationDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  33 \r
  34 \r
  35       //--------------------------/\r
  36      //- Class/Member Variables -/\r
  37     //--------------------------/\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _elementDefinition.\r
  41      */\r
  42     private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Field _nsPrefix.\r
  46      */\r
  47     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _nsURI.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _xmlName.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59 \r
  60       //----------------/\r
  61      //- Constructors -/\r
  62     //----------------/\r
  63 \r
  64     public AnnotationDescriptor() {\r
  65         super();\r
  66         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  67         _xmlName = "Annotation";\r
  68         _elementDefinition = true;\r
  69         \r
  70         //-- set grouping compositor\r
  71         setCompositorAsSequence();\r
  72         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  73         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  74         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  75         //-- initialize attribute descriptors\r
  76         \r
  77         //-- _graph\r
  78         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  79         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  80             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  81                 throws IllegalStateException\r
  82             {\r
  83                 Annotation target = (Annotation) object;\r
  84                 if (!target.hasGraph()) { return null; }\r
  85                 return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
  86             }\r
  87             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  88                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  89             {\r
  90                 try {\r
  91                     Annotation target = (Annotation) object;\r
  92                     // ignore null values for non optional primitives\r
  93                     if (value == null) { return; }\r
  94                     \r
  95                     target.setGraph( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
  96                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  97                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  98                 }\r
  99             }\r
 100             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 101                 return null;\r
 102             }\r
 103         };\r
 104         desc.setHandler(handler);\r
 105         desc.setRequired(true);\r
 106         desc.setMultivalued(false);\r
 107         addFieldDescriptor(desc);\r
 108         \r
 109         //-- validation code for: _graph\r
 110         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 111         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 112         { //-- local scope\r
 113             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 114             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 115             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 116         }\r
 117         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 118         //-- _graphType\r
 119         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 120         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 121             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 122                 throws IllegalStateException\r
 123             {\r
 124                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 125                 if (!target.hasGraphType()) { return null; }\r
 126                 return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
 127             }\r
 128             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 129                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 130             {\r
 131                 try {\r
 132                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 133                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 134                     if (value == null) {\r
 135                         target.deleteGraphType();\r
 136                         return;\r
 137                     }\r
 138                     target.setGraphType( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 139                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 140                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 141                 }\r
 142             }\r
 143             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 144                 return null;\r
 145             }\r
 146         };\r
 147         desc.setHandler(handler);\r
 148         desc.setMultivalued(false);\r
 149         addFieldDescriptor(desc);\r
 150         \r
 151         //-- validation code for: _graphType\r
 152         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 153         { //-- local scope\r
 154             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 155             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 156             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 157             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 158             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 159         }\r
 160         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 161         //-- _sequenceRef\r
 162         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 163         desc.setImmutable(true);\r
 164         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 165             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 166                 throws IllegalStateException\r
 167             {\r
 168                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 169                 return target.getSequenceRef();\r
 170             }\r
 171             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 172                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 173             {\r
 174                 try {\r
 175                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 176                     target.setSequenceRef( (java.lang.String) value);\r
 177                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 178                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 179                 }\r
 180             }\r
 181             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 182                 return null;\r
 183             }\r
 184         };\r
 185         desc.setHandler(handler);\r
 186         desc.setMultivalued(false);\r
 187         addFieldDescriptor(desc);\r
 188         \r
 189         //-- validation code for: _sequenceRef\r
 190         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 191         { //-- local scope\r
 192             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 193             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 194             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 195             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 196         }\r
 197         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 198         //-- _groupRef\r
 199         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 200         desc.setImmutable(true);\r
 201         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 202             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 203                 throws IllegalStateException\r
 204             {\r
 205                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 206                 return target.getGroupRef();\r
 207             }\r
 208             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 209                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 210             {\r
 211                 try {\r
 212                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 213                     target.setGroupRef( (java.lang.String) value);\r
 214                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 215                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 216                 }\r
 217             }\r
 218             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 219                 return null;\r
 220             }\r
 221         };\r
 222         desc.setHandler(handler);\r
 223         desc.setMultivalued(false);\r
 224         addFieldDescriptor(desc);\r
 225         \r
 226         //-- validation code for: _groupRef\r
 227         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 228         { //-- local scope\r
 229             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 230             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 231             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 232             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 233         }\r
 234         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 235         //-- _graphColour\r
 236         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 237         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 238             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 239                 throws IllegalStateException\r
 240             {\r
 241                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 242                 if (!target.hasGraphColour()) { return null; }\r
 243                 return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
 244             }\r
 245             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 246                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 247             {\r
 248                 try {\r
 249                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 250                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 251                     if (value == null) {\r
 252                         target.deleteGraphColour();\r
 253                         return;\r
 254                     }\r
 255                     target.setGraphColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 256                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 257                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 258                 }\r
 259             }\r
 260             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 261                 return null;\r
 262             }\r
 263         };\r
 264         desc.setHandler(handler);\r
 265         desc.setMultivalued(false);\r
 266         addFieldDescriptor(desc);\r
 267         \r
 268         //-- validation code for: _graphColour\r
 269         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 270         { //-- local scope\r
 271             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 272             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 273             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 274             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 275             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 276         }\r
 277         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 278         //-- _graphGroup\r
 279         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 280         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 281             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 282                 throws IllegalStateException\r
 283             {\r
 284                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 285                 if (!target.hasGraphGroup()) { return null; }\r
 286                 return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
 287             }\r
 288             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 289                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 290             {\r
 291                 try {\r
 292                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 293                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 294                     if (value == null) {\r
 295                         target.deleteGraphGroup();\r
 296                         return;\r
 297                     }\r
 298                     target.setGraphGroup( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 299                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 300                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 301                 }\r
 302             }\r
 303             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 304                 return null;\r
 305             }\r
 306         };\r
 307         desc.setHandler(handler);\r
 308         desc.setMultivalued(false);\r
 309         addFieldDescriptor(desc);\r
 310         \r
 311         //-- validation code for: _graphGroup\r
 312         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 313         { //-- local scope\r
 314             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 315             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 316             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 317             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 318             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 319         }\r
 320         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 321         //-- _id\r
 322         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 323         desc.setImmutable(true);\r
 324         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 325             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 326                 throws IllegalStateException\r
 327             {\r
 328                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 329                 return target.getId();\r
 330             }\r
 331             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 332                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 333             {\r
 334                 try {\r
 335                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 336                     target.setId( (java.lang.String) value);\r
 337                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 338                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 339                 }\r
 340             }\r
 341             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 342                 return null;\r
 343             }\r
 344         };\r
 345         desc.setHandler(handler);\r
 346         desc.setMultivalued(false);\r
 347         addFieldDescriptor(desc);\r
 348         \r
 349         //-- validation code for: _id\r
 350         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 351         { //-- local scope\r
 352             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 353             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 354             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 355             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 356         }\r
 357         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 358         //-- _scoreOnly\r
 359         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 360         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 361             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 362                 throws IllegalStateException\r
 363             {\r
 364                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 365                 if (!target.hasScoreOnly()) { return null; }\r
 366                 return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 367             }\r
 368             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 369                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 370             {\r
 371                 try {\r
 372                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 373                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 374                     if (value == null) {\r
 375                         target.deleteScoreOnly();\r
 376                         return;\r
 377                     }\r
 378                     target.setScoreOnly( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 379                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 380                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 381                 }\r
 382             }\r
 383             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 384                 return null;\r
 385             }\r
 386         };\r
 387         desc.setHandler(handler);\r
 388         desc.setMultivalued(false);\r
 389         addFieldDescriptor(desc);\r
 390         \r
 391         //-- validation code for: _scoreOnly\r
 392         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 393         { //-- local scope\r
 394             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 395             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 396             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 397         }\r
 398         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 399         //-- _score\r
 400         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Double.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 401         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 402             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 403                 throws IllegalStateException\r
 404             {\r
 405                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 406                 if (!target.hasScore()) { return null; }\r
 407                 return new java.lang.Double(target.getScore());\r
 408             }\r
 409             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 410                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 411             {\r
 412                 try {\r
 413                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 414                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 415                     if (value == null) {\r
 416                         target.deleteScore();\r
 417                         return;\r
 418                     }\r
 419                     target.setScore( ((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
 420                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 421                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 422                 }\r
 423             }\r
 424             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 425                 return null;\r
 426             }\r
 427         };\r
 428         desc.setHandler(handler);\r
 429         desc.setMultivalued(false);\r
 430         addFieldDescriptor(desc);\r
 431         \r
 432         //-- validation code for: _score\r
 433         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 434         { //-- local scope\r
 435             org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
 436             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
 437             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 438             typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
 439             typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
 440         }\r
 441         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 442         //-- _visible\r
 443         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 444         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 445             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 446                 throws IllegalStateException\r
 447             {\r
 448                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 449                 if (!target.hasVisible()) { return null; }\r
 450                 return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 451             }\r
 452             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 453                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 454             {\r
 455                 try {\r
 456                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 457                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 458                     if (value == null) {\r
 459                         target.deleteVisible();\r
 460                         return;\r
 461                     }\r
 462                     target.setVisible( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 463                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 464                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 465                 }\r
 466             }\r
 467             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 468                 return null;\r
 469             }\r
 470         };\r
 471         desc.setHandler(handler);\r
 472         desc.setMultivalued(false);\r
 473         addFieldDescriptor(desc);\r
 474         \r
 475         //-- validation code for: _visible\r
 476         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 477         { //-- local scope\r
 478             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 479             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 480             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 481         }\r
 482         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 483         //-- _centreColLabels\r
 484         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 485         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 486             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 487                 throws IllegalStateException\r
 488             {\r
 489                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 490                 if (!target.hasCentreColLabels()) { return null; }\r
 491                 return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 492             }\r
 493             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 494                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 495             {\r
 496                 try {\r
 497                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 498                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 499                     if (value == null) {\r
 500                         target.deleteCentreColLabels();\r
 501                         return;\r
 502                     }\r
 503                     target.setCentreColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 504                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 505                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 506                 }\r
 507             }\r
 508             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 509                 return null;\r
 510             }\r
 511         };\r
 512         desc.setHandler(handler);\r
 513         desc.setMultivalued(false);\r
 514         addFieldDescriptor(desc);\r
 515         \r
 516         //-- validation code for: _centreColLabels\r
 517         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 518         { //-- local scope\r
 519             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 520             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 521             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 522         }\r
 523         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 524         //-- _scaleColLabels\r
 525         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 526         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 527             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 528                 throws IllegalStateException\r
 529             {\r
 530                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 531                 if (!target.hasScaleColLabels()) { return null; }\r
 532                 return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 533             }\r
 534             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 535                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 536             {\r
 537                 try {\r
 538                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 539                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 540                     if (value == null) {\r
 541                         target.deleteScaleColLabels();\r
 542                         return;\r
 543                     }\r
 544                     target.setScaleColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 545                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 546                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 547                 }\r
 548             }\r
 549             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 550                 return null;\r
 551             }\r
 552         };\r
 553         desc.setHandler(handler);\r
 554         desc.setMultivalued(false);\r
 555         addFieldDescriptor(desc);\r
 556         \r
 557         //-- validation code for: _scaleColLabels\r
 558         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 559         { //-- local scope\r
 560             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 561             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 562             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 563         }\r
 564         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 565         //-- _showAllColLabels\r
 566         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels", "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 567         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 568             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 569                 throws IllegalStateException\r
 570             {\r
 571                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 572                 if (!target.hasShowAllColLabels()) { return null; }\r
 573                 return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 574             }\r
 575             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 576                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 577             {\r
 578                 try {\r
 579                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 580                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 581                     if (value == null) {\r
 582                         target.deleteShowAllColLabels();\r
 583                         return;\r
 584                     }\r
 585                     target.setShowAllColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 586                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 587                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 588                 }\r
 589             }\r
 590             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 591                 return null;\r
 592             }\r
 593         };\r
 594         desc.setHandler(handler);\r
 595         desc.setMultivalued(false);\r
 596         addFieldDescriptor(desc);\r
 597         \r
 598         //-- validation code for: _showAllColLabels\r
 599         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 600         { //-- local scope\r
 601             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 602             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 603             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 604         }\r
 605         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 606         //-- _autoCalculated\r
 607         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 608         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 609             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 610                 throws IllegalStateException\r
 611             {\r
 612                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 613                 if (!target.hasAutoCalculated()) { return null; }\r
 614                 return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 615             }\r
 616             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 617                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 618             {\r
 619                 try {\r
 620                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 621                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 622                     if (value == null) {\r
 623                         target.deleteAutoCalculated();\r
 624                         return;\r
 625                     }\r
 626                     target.setAutoCalculated( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 627                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 628                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 629                 }\r
 630             }\r
 631             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 632                 return null;\r
 633             }\r
 634         };\r
 635         desc.setHandler(handler);\r
 636         desc.setMultivalued(false);\r
 637         addFieldDescriptor(desc);\r
 638         \r
 639         //-- validation code for: _autoCalculated\r
 640         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 641         { //-- local scope\r
 642             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 643             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 644             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 645         }\r
 646         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 647         //-- initialize element descriptors\r
 648         \r
 649         //-- _annotationElementList\r
 650         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, "_annotationElementList", "annotationElement", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 651         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 652             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 653                 throws IllegalStateException\r
 654             {\r
 655                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 656                 return target.getAnnotationElement();\r
 657             }\r
 658             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 659                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 660             {\r
 661                 try {\r
 662                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 663                     target.addAnnotationElement( (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
 664                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 665                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 666                 }\r
 667             }\r
 668             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 669                 try {\r
 670                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 671                     target.removeAllAnnotationElement();\r
 672                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 673                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 674                 }\r
 675             }\r
 676             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 677                 return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
 678             }\r
 679         };\r
 680         desc.setHandler(handler);\r
 681         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 682         desc.setMultivalued(true);\r
 683         addFieldDescriptor(desc);\r
 684         \r
 685         //-- validation code for: _annotationElementList\r
 686         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 687         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 688         { //-- local scope\r
 689         }\r
 690         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 691         //-- _label\r
 692         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 693         desc.setImmutable(true);\r
 694         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 695             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 696                 throws IllegalStateException\r
 697             {\r
 698                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 699                 return target.getLabel();\r
 700             }\r
 701             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 702                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 703             {\r
 704                 try {\r
 705                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 706                     target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
 707                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 708                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 709                 }\r
 710             }\r
 711             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 712                 return null;\r
 713             }\r
 714         };\r
 715         desc.setHandler(handler);\r
 716         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 717         desc.setRequired(true);\r
 718         desc.setMultivalued(false);\r
 719         addFieldDescriptor(desc);\r
 720         \r
 721         //-- validation code for: _label\r
 722         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 723         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 724         { //-- local scope\r
 725             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 726             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 727             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 728             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 729         }\r
 730         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 731         //-- _description\r
 732         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 733         desc.setImmutable(true);\r
 734         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 735             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 736                 throws IllegalStateException\r
 737             {\r
 738                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 739                 return target.getDescription();\r
 740             }\r
 741             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 742                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 743             {\r
 744                 try {\r
 745                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 746                     target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
 747                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 748                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 749                 }\r
 750             }\r
 751             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 752                 return null;\r
 753             }\r
 754         };\r
 755         desc.setHandler(handler);\r
 756         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 757         desc.setMultivalued(false);\r
 758         addFieldDescriptor(desc);\r
 759         \r
 760         //-- validation code for: _description\r
 761         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 762         { //-- local scope\r
 763             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 764             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 765             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 766             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 767         }\r
 768         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 769         //-- _thresholdLine\r
 770         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class, "_thresholdLine", "thresholdLine", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 771         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 772             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 773                 throws IllegalStateException\r
 774             {\r
 775                 Annotation target = (Annotation) object;\r
 776                 return target.getThresholdLine();\r
 777             }\r
 778             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 779                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 780             {\r
 781                 try {\r
 782                     Annotation target = (Annotation) object;\r
 783                     target.setThresholdLine( (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
 784                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 785                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 786                 }\r
 787             }\r
 788             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 789                 return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
 790             }\r
 791         };\r
 792         desc.setHandler(handler);\r
 793         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 794         desc.setMultivalued(false);\r
 795         addFieldDescriptor(desc);\r
 796         \r
 797         //-- validation code for: _thresholdLine\r
 798         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 799         { //-- local scope\r
 800         }\r
 801         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 802     }\r
 803 \r
 804 \r
 805       //-----------/\r
 806      //- Methods -/\r
 807     //-----------/\r
 808 \r
 809     /**\r
 810      * Method getAccessMode.\r
 811      * \r
 812      * @return the access mode specified for this class.\r
 813      */\r
 814     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 815     ) {\r
 816         return null;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * Method getIdentity.\r
 821      * \r
 822      * @return the identity field, null if this class has no\r
 823      * identity.\r
 824      */\r
 825     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 826     ) {\r
 827         return super.getIdentity();\r
 828     }\r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * Method getJavaClass.\r
 832      * \r
 833      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 834      */\r
 835     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 836     ) {\r
 837         return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Method getNameSpacePrefix.\r
 842      * \r
 843      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 844      */\r
 845     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 846     ) {\r
 847         return _nsPrefix;\r
 848     }\r
 849 \r
 850     /**\r
 851      * Method getNameSpaceURI.\r
 852      * \r
 853      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 854      * unmarshaling as XML.\r
 855      */\r
 856     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 857     ) {\r
 858         return _nsURI;\r
 859     }\r
 860 \r
 861     /**\r
 862      * Method getValidator.\r
 863      * \r
 864      * @return a specific validator for the class described by this\r
 865      * ClassDescriptor.\r
 866      */\r
 867     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 868     ) {\r
 869         return this;\r
 870     }\r
 871 \r
 872     /**\r
 873      * Method getXMLName.\r
 874      * \r
 875      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 876      */\r
 877     public java.lang.String getXMLName(\r
 878     ) {\r
 879         return _xmlName;\r
 880     }\r
 881 \r
 882     /**\r
 883      * Method isElementDefinition.\r
 884      * \r
 885      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 886      * of a global\r
 887      * element or element with anonymous type definition.\r
 888      */\r
 889     public boolean isElementDefinition(\r
 890     ) {\r
 891         return _elementDefinition;\r
 892     }\r
 893 \r
 894 }\r