src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;
  15
  16 /**
  17  * Class JSeqDescriptor.
  18  *
  19  * @version $Revision$ $Date$
  20  */
  21 public class JSeqDescriptor extends
  22         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _elementDefinition.
  31    */
  32   private boolean _elementDefinition;
  33
  34   /**
  35    * Field _nsPrefix.
  36    */
  37   private java.lang.String _nsPrefix;
  38
  39   /**
  40    * Field _nsURI.
  41    */
  42   private java.lang.String _nsURI;
  43
  44   /**
  45    * Field _xmlName.
  46    */
  47   private java.lang.String _xmlName;
  48
  49   // ----------------/
  50   // - Constructors -/
  51   // ----------------/
  52
  53   public JSeqDescriptor()
  54   {
  55     super();
  56     _nsURI = "www.jalview.org";
  57     _xmlName = "JSeq";
  58     _elementDefinition = true;
  59
  60     // -- set grouping compositor
  61     setCompositorAsSequence();
  62     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  63     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  64     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  65     // -- initialize attribute descriptors
  66
  67     // -- _colour
  68     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  69             java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour",
  70             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  71     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  72     {
  73       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  74               throws IllegalStateException
  75       {
  76         JSeq target = (JSeq) object;
  77         if (!target.hasColour())
  78         {
  79           return null;
  80         }
  81         return new java.lang.Integer(target.getColour());
  82       }
  83
  84       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  85               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  86       {
  87         try
  88         {
  89           JSeq target = (JSeq) object;
  90           // if null, use delete method for optional primitives
  91           if (value == null)
  92           {
  93             target.deleteColour();
  94             return;
  95           }
  96           target.setColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
  97         } catch (java.lang.Exception ex)
  98         {
  99           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 100         }
 101       }
 102
 103       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 104       {
 105         return null;
 106       }
 107     };
 108     desc.setHandler(handler);
 109     desc.setMultivalued(false);
 110     addFieldDescriptor(desc);
 111
 112     // -- validation code for: _colour
 113     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 114     { // -- local scope
 115       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 116       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 117       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 118       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 119       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 120     }
 121     desc.setValidator(fieldValidator);
 122     // -- _start
 123     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 124             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",
 125             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 126     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 127     {
 128       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 129               throws IllegalStateException
 130       {
 131         JSeq target = (JSeq) object;
 132         if (!target.hasStart())
 133         {
 134           return null;
 135         }
 136         return new java.lang.Integer(target.getStart());
 137       }
 138
 139       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 140               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 141       {
 142         try
 143         {
 144           JSeq target = (JSeq) object;
 145           // ignore null values for non optional primitives
 146           if (value == null)
 147           {
 148             return;
 149           }
 150
 151           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());
 152         } catch (java.lang.Exception ex)
 153         {
 154           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 155         }
 156       }
 157
 158       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 159       {
 160         return null;
 161       }
 162     };
 163     desc.setHandler(handler);
 164     desc.setRequired(true);
 165     desc.setMultivalued(false);
 166     addFieldDescriptor(desc);
 167
 168     // -- validation code for: _start
 169     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 170     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 171     { // -- local scope
 172       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 173       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 174       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 175       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 176       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 177     }
 178     desc.setValidator(fieldValidator);
 179     // -- _end
 180     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 181             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
 182             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 183     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 184     {
 185       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 186               throws IllegalStateException
 187       {
 188         JSeq target = (JSeq) object;
 189         if (!target.hasEnd())
 190         {
 191           return null;
 192         }
 193         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 194       }
 195
 196       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 197               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 198       {
 199         try
 200         {
 201           JSeq target = (JSeq) object;
 202           // ignore null values for non optional primitives
 203           if (value == null)
 204           {
 205             return;
 206           }
 207
 208           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
 209         } catch (java.lang.Exception ex)
 210         {
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 212         }
 213       }
 214
 215       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 216       {
 217         return null;
 218       }
 219     };
 220     desc.setHandler(handler);
 221     desc.setRequired(true);
 222     desc.setMultivalued(false);
 223     addFieldDescriptor(desc);
 224
 225     // -- validation code for: _end
 226     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 227     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 228     { // -- local scope
 229       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 230       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 231       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 232       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 233       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 234     }
 235     desc.setValidator(fieldValidator);
 236     // -- _id
 237     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 238             java.lang.String.class, "_id", "id",
 239             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 240     desc.setImmutable(true);
 241     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 242     {
 243       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 244               throws IllegalStateException
 245       {
 246         JSeq target = (JSeq) object;
 247         return target.getId();
 248       }
 249
 250       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 251               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 252       {
 253         try
 254         {
 255           JSeq target = (JSeq) object;
 256           target.setId((java.lang.String) value);
 257         } catch (java.lang.Exception ex)
 258         {
 259           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 260         }
 261       }
 262
 263       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 264       {
 265         return null;
 266       }
 267     };
 268     desc.setHandler(handler);
 269     desc.setRequired(true);
 270     desc.setMultivalued(false);
 271     addFieldDescriptor(desc);
 272
 273     // -- validation code for: _id
 274     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 275     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 276     { // -- local scope
 277       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 278       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 279       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 280       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 281     }
 282     desc.setValidator(fieldValidator);
 283     // -- _hidden
 284     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 285             java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden",
 286             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 287     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 288     {
 289       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 290               throws IllegalStateException
 291       {
 292         JSeq target = (JSeq) object;
 293         if (!target.hasHidden())
 294         {
 295           return null;
 296         }
 297         return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE
 298                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 299       }
 300
 301       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 302               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 303       {
 304         try
 305         {
 306           JSeq target = (JSeq) object;
 307           // if null, use delete method for optional primitives
 308           if (value == null)
 309           {
 310             target.deleteHidden();
 311             return;
 312           }
 313           target.setHidden(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 314         } catch (java.lang.Exception ex)
 315         {
 316           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 317         }
 318       }
 319
 320       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 321       {
 322         return null;
 323       }
 324     };
 325     desc.setHandler(handler);
 326     desc.setMultivalued(false);
 327     addFieldDescriptor(desc);
 328
 329     // -- validation code for: _hidden
 330     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 331     { // -- local scope
 332       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 333       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 334       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 335     }
 336     desc.setValidator(fieldValidator);
 337     // -- _viewreference
 338     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 339             java.lang.Boolean.TYPE, "_viewreference", "viewreference",
 340             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 341     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 342     {
 343       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 344               throws IllegalStateException
 345       {
 346         JSeq target = (JSeq) object;
 347         if (!target.hasViewreference())
 348         {
 349           return null;
 350         }
 351         return (target.getViewreference() ? java.lang.Boolean.TRUE
 352                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 353       }
 354
 355       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 356               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 357       {
 358         try
 359         {
 360           JSeq target = (JSeq) object;
 361           // if null, use delete method for optional primitives
 362           if (value == null)
 363           {
 364             target.deleteViewreference();
 365             return;
 366           }
 367           target.setViewreference(((java.lang.Boolean) value)
 368                   .booleanValue());
 369         } catch (java.lang.Exception ex)
 370         {
 371           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 372         }
 373       }
 374
 375       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 376       {
 377         return null;
 378       }
 379     };
 380     desc.setHandler(handler);
 381     desc.setMultivalued(false);
 382     addFieldDescriptor(desc);
 383
 384     // -- validation code for: _viewreference
 385     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 386     { // -- local scope
 387       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 388       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 389       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 390     }
 391     desc.setValidator(fieldValidator);
 392     // -- initialize element descriptors
 393
 394     // -- _featuresList
 395     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 396             jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList",
 397             "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 398     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 399     {
 400       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 401               throws IllegalStateException
 402       {
 403         JSeq target = (JSeq) object;
 404         return target.getFeatures();
 405       }
 406
 407       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 408               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 409       {
 410         try
 411         {
 412           JSeq target = (JSeq) object;
 413           target.addFeatures((jalview.schemabinding.version2.Features) value);
 414         } catch (java.lang.Exception ex)
 415         {
 416           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 417         }
 418       }
 419
 420       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 421               IllegalArgumentException
 422       {
 423         try
 424         {
 425           JSeq target = (JSeq) object;
 426           target.removeAllFeatures();
 427         } catch (java.lang.Exception ex)
 428         {
 429           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 430         }
 431       }
 432
 433       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 434       {
 435         return new jalview.schemabinding.version2.Features();
 436       }
 437     };
 438     desc.setHandler(handler);
 439     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 440     desc.setMultivalued(true);
 441     addFieldDescriptor(desc);
 442
 443     // -- validation code for: _featuresList
 444     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 445     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 446     { // -- local scope
 447     }
 448     desc.setValidator(fieldValidator);
 449     // -- _pdbidsList
 450     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 451             jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList",
 452             "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 453     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 454     {
 455       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 456               throws IllegalStateException
 457       {
 458         JSeq target = (JSeq) object;
 459         return target.getPdbids();
 460       }
 461
 462       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 463               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 464       {
 465         try
 466         {
 467           JSeq target = (JSeq) object;
 468           target.addPdbids((jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);
 469         } catch (java.lang.Exception ex)
 470         {
 471           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 472         }
 473       }
 474
 475       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 476               IllegalArgumentException
 477       {
 478         try
 479         {
 480           JSeq target = (JSeq) object;
 481           target.removeAllPdbids();
 482         } catch (java.lang.Exception ex)
 483         {
 484           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 485         }
 486       }
 487
 488       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 489       {
 490         return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();
 491       }
 492     };
 493     desc.setHandler(handler);
 494     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 495     desc.setMultivalued(true);
 496     addFieldDescriptor(desc);
 497
 498     // -- validation code for: _pdbidsList
 499     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 500     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 501     { // -- local scope
 502     }
 503     desc.setValidator(fieldValidator);
 504     // -- _hiddenSequencesList
 505     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 506             java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList",
 507             "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 508     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 509     {
 510       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 511               throws IllegalStateException
 512       {
 513         JSeq target = (JSeq) object;
 514         return target.getHiddenSequences();
 515       }
 516
 517       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 518               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 519       {
 520         try
 521         {
 522           JSeq target = (JSeq) object;
 523           // ignore null values for non optional primitives
 524           if (value == null)
 525           {
 526             return;
 527           }
 528
 529           target.addHiddenSequences(((java.lang.Integer) value).intValue());
 530         } catch (java.lang.Exception ex)
 531         {
 532           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 533         }
 534       }
 535
 536       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 537               IllegalArgumentException
 538       {
 539         try
 540         {
 541           JSeq target = (JSeq) object;
 542           target.removeAllHiddenSequences();
 543         } catch (java.lang.Exception ex)
 544         {
 545           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 546         }
 547       }
 548
 549       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 550       {
 551         return null;
 552       }
 553     };
 554     desc.setHandler(handler);
 555     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 556     desc.setMultivalued(true);
 557     addFieldDescriptor(desc);
 558
 559     // -- validation code for: _hiddenSequencesList
 560     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 561     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 562     { // -- local scope
 563       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 564       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 565       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 566       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 567       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 568     }
 569     desc.setValidator(fieldValidator);
 570     // -- _rnaViewerList
 571     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 572             jalview.schemabinding.version2.RnaViewer.class,
 573             "_rnaViewerList", "rnaViewer",
 574             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 575     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 576     {
 577       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 578               throws IllegalStateException
 579       {
 580         JSeq target = (JSeq) object;
 581         return target.getRnaViewer();
 582       }
 583
 584       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 585               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 586       {
 587         try
 588         {
 589           JSeq target = (JSeq) object;
 590           target.addRnaViewer((jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) value);
 591         } catch (java.lang.Exception ex)
 592         {
 593           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 594         }
 595       }
 596
 597       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 598               IllegalArgumentException
 599       {
 600         try
 601         {
 602           JSeq target = (JSeq) object;
 603           target.removeAllRnaViewer();
 604         } catch (java.lang.Exception ex)
 605         {
 606           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 607         }
 608       }
 609
 610       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 611       {
 612         return new jalview.schemabinding.version2.RnaViewer();
 613       }
 614     };
 615     desc.setHandler(handler);
 616     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 617     desc.setMultivalued(true);
 618     addFieldDescriptor(desc);
 619
 620     // -- validation code for: _rnaViewerList
 621     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 622     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 623     { // -- local scope
 624     }
 625     desc.setValidator(fieldValidator);
 626   }
 627
 628   // -----------/
 629   // - Methods -/
 630   // -----------/
 631
 632   /**
 633    * Method getAccessMode.
 634    *
 635    * @return the access mode specified for this class.
 636    */
 637   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 638   {
 639     return null;
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Method getIdentity.
 644    *
 645    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 646    */
 647   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 648   {
 649     return super.getIdentity();
 650   }
 651
 652   /**
 653    * Method getJavaClass.
 654    *
 655    * @return the Java class represented by this descriptor.
 656    */
 657   public java.lang.Class getJavaClass()
 658   {
 659     return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Method getNameSpacePrefix.
 664    *
 665    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 666    */
 667   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 668   {
 669     return _nsPrefix;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Method getNameSpaceURI.
 674    *
 675    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 676    */
 677   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 678   {
 679     return _nsURI;
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Method getValidator.
 684    *
 685    * @return a specific validator for the class described by this
 686    *         ClassDescriptor.
 687    */
 688   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 689   {
 690     return this;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Method getXMLName.
 695    *
 696    * @return the XML Name for the Class being described.
 697    */
 698   public java.lang.String getXMLName()
 699   {
 700     return _xmlName;
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Method isElementDefinition.
 705    *
 706    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 707    *         element or element with anonymous type definition.
 708    */
 709   public boolean isElementDefinition()
 710   {
 711     return _elementDefinition;
 712   }
 713
 714 }