src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PcaViewerDescriptor.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import jalview.schemabinding.version2.PcaViewer;
  15
  16 /**
  17  * Class PcaViewerDescriptor.
  18  *
  19  * @version $Revision$ $Date$
  20  */
  21 public class PcaViewerDescriptor
  22         extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _elementDefinition.
  31    */
  32   private boolean _elementDefinition;
  33
  34   /**
  35    * Field _nsPrefix.
  36    */
  37   private java.lang.String _nsPrefix;
  38
  39   /**
  40    * Field _nsURI.
  41    */
  42   private java.lang.String _nsURI;
  43
  44   /**
  45    * Field _xmlName.
  46    */
  47   private java.lang.String _xmlName;
  48
  49   // ----------------/
  50   // - Constructors -/
  51   // ----------------/
  52
  53   public PcaViewerDescriptor()
  54   {
  55     super();
  56     _nsURI = "www.jalview.org";
  57     _xmlName = "PcaViewer";
  58     _elementDefinition = true;
  59
  60     // -- set grouping compositor
  61     setCompositorAsSequence();
  62     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  63     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  64     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  65     // -- initialize attribute descriptors
  66
  67     // -- _title
  68     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  69             java.lang.String.class, "_title", "title",
  70             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  71     desc.setImmutable(true);
  72     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  73     {
  74       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  75               throws IllegalStateException
  76       {
  77         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
  78         return target.getTitle();
  79       }
  80
  81       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  82               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  83       {
  84         try
  85         {
  86           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
  87           target.setTitle((java.lang.String) value);
  88         } catch (java.lang.Exception ex)
  89         {
  90           throw new IllegalStateException(ex.toString());
  91         }
  92       }
  93
  94       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
  95       {
  96         return null;
  97       }
  98     };
  99     desc.setHandler(handler);
 100     desc.setMultivalued(false);
 101     addFieldDescriptor(desc);
 102
 103     // -- validation code for: _title
 104     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 105     { // -- local scope
 106       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 107       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 108       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 109       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 110     }
 111     desc.setValidator(fieldValidator);
 112     // -- _scoreModelName
 113     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 114             java.lang.String.class, "_scoreModelName", "scoreModelName",
 115             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 116     desc.setImmutable(true);
 117     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 118     {
 119       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 120               throws IllegalStateException
 121       {
 122         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 123         return target.getScoreModelName();
 124       }
 125
 126       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 127               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 128       {
 129         try
 130         {
 131           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 132           target.setScoreModelName((java.lang.String) value);
 133         } catch (java.lang.Exception ex)
 134         {
 135           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 136         }
 137       }
 138
 139       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 140       {
 141         return null;
 142       }
 143     };
 144     desc.setHandler(handler);
 145     desc.setMultivalued(false);
 146     addFieldDescriptor(desc);
 147
 148     // -- validation code for: _scoreModelName
 149     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 150     { // -- local scope
 151       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 152       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 153       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 154       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 155     }
 156     desc.setValidator(fieldValidator);
 157     // -- _xDim
 158     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 159             java.lang.Integer.TYPE, "_xDim", "xDim",
 160             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 161     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 162     {
 163       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 164               throws IllegalStateException
 165       {
 166         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 167         if (!target.hasXDim())
 168         {
 169           return null;
 170         }
 171         return new java.lang.Integer(target.getXDim());
 172       }
 173
 174       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 175               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 176       {
 177         try
 178         {
 179           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 180           // if null, use delete method for optional primitives
 181           if (value == null)
 182           {
 183             target.deleteXDim();
 184             return;
 185           }
 186           target.setXDim(((java.lang.Integer) value).intValue());
 187         } catch (java.lang.Exception ex)
 188         {
 189           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 190         }
 191       }
 192
 193       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 194       {
 195         return null;
 196       }
 197     };
 198     desc.setHandler(handler);
 199     desc.setMultivalued(false);
 200     addFieldDescriptor(desc);
 201
 202     // -- validation code for: _xDim
 203     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 204     { // -- local scope
 205       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 206       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 207       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 208       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 209       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 210     }
 211     desc.setValidator(fieldValidator);
 212     // -- _yDim
 213     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 214             java.lang.Integer.TYPE, "_yDim", "yDim",
 215             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 216     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 217     {
 218       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 219               throws IllegalStateException
 220       {
 221         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 222         if (!target.hasYDim())
 223         {
 224           return null;
 225         }
 226         return new java.lang.Integer(target.getYDim());
 227       }
 228
 229       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 230               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 231       {
 232         try
 233         {
 234           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 235           // if null, use delete method for optional primitives
 236           if (value == null)
 237           {
 238             target.deleteYDim();
 239             return;
 240           }
 241           target.setYDim(((java.lang.Integer) value).intValue());
 242         } catch (java.lang.Exception ex)
 243         {
 244           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 245         }
 246       }
 247
 248       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 249       {
 250         return null;
 251       }
 252     };
 253     desc.setHandler(handler);
 254     desc.setMultivalued(false);
 255     addFieldDescriptor(desc);
 256
 257     // -- validation code for: _yDim
 258     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 259     { // -- local scope
 260       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 261       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 262       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 263       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 264       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 265     }
 266     desc.setValidator(fieldValidator);
 267     // -- _zDim
 268     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 269             java.lang.Integer.TYPE, "_zDim", "zDim",
 270             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 271     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 272     {
 273       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 274               throws IllegalStateException
 275       {
 276         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 277         if (!target.hasZDim())
 278         {
 279           return null;
 280         }
 281         return new java.lang.Integer(target.getZDim());
 282       }
 283
 284       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 285               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 286       {
 287         try
 288         {
 289           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 290           // if null, use delete method for optional primitives
 291           if (value == null)
 292           {
 293             target.deleteZDim();
 294             return;
 295           }
 296           target.setZDim(((java.lang.Integer) value).intValue());
 297         } catch (java.lang.Exception ex)
 298         {
 299           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 300         }
 301       }
 302
 303       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 304       {
 305         return null;
 306       }
 307     };
 308     desc.setHandler(handler);
 309     desc.setMultivalued(false);
 310     addFieldDescriptor(desc);
 311
 312     // -- validation code for: _zDim
 313     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 314     { // -- local scope
 315       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 316       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 317       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 318       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 319       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 320     }
 321     desc.setValidator(fieldValidator);
 322     // -- _bgColour
 323     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 324             java.lang.Integer.TYPE, "_bgColour", "bgColour",
 325             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 326     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 327     {
 328       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 329               throws IllegalStateException
 330       {
 331         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 332         if (!target.hasBgColour())
 333         {
 334           return null;
 335         }
 336         return new java.lang.Integer(target.getBgColour());
 337       }
 338
 339       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 340               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 341       {
 342         try
 343         {
 344           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 345           // if null, use delete method for optional primitives
 346           if (value == null)
 347           {
 348             target.deleteBgColour();
 349             return;
 350           }
 351           target.setBgColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 352         } catch (java.lang.Exception ex)
 353         {
 354           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 355         }
 356       }
 357
 358       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 359       {
 360         return null;
 361       }
 362     };
 363     desc.setHandler(handler);
 364     desc.setMultivalued(false);
 365     addFieldDescriptor(desc);
 366
 367     // -- validation code for: _bgColour
 368     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 369     { // -- local scope
 370       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 371       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 372       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 373       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 374       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 375     }
 376     desc.setValidator(fieldValidator);
 377     // -- _scaleFactor
 378     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 379             java.lang.Float.TYPE, "_scaleFactor", "scaleFactor",
 380             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 381     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 382     {
 383       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 384               throws IllegalStateException
 385       {
 386         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 387         if (!target.hasScaleFactor())
 388         {
 389           return null;
 390         }
 391         return new java.lang.Float(target.getScaleFactor());
 392       }
 393
 394       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 395               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 396       {
 397         try
 398         {
 399           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 400           // if null, use delete method for optional primitives
 401           if (value == null)
 402           {
 403             target.deleteScaleFactor();
 404             return;
 405           }
 406           target.setScaleFactor(((java.lang.Float) value).floatValue());
 407         } catch (java.lang.Exception ex)
 408         {
 409           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 410         }
 411       }
 412
 413       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 414       {
 415         return null;
 416       }
 417     };
 418     desc.setHandler(handler);
 419     desc.setMultivalued(false);
 420     addFieldDescriptor(desc);
 421
 422     // -- validation code for: _scaleFactor
 423     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 424     { // -- local scope
 425       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
 426       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
 427       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 428       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
 429       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
 430     }
 431     desc.setValidator(fieldValidator);
 432     // -- _showLabels
 433     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 434             java.lang.Boolean.TYPE, "_showLabels", "showLabels",
 435             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 436     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 437     {
 438       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 439               throws IllegalStateException
 440       {
 441         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 442         if (!target.hasShowLabels())
 443         {
 444           return null;
 445         }
 446         return (target.getShowLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 447                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 448       }
 449
 450       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 451               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 452       {
 453         try
 454         {
 455           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 456           // if null, use delete method for optional primitives
 457           if (value == null)
 458           {
 459             target.deleteShowLabels();
 460             return;
 461           }
 462           target.setShowLabels(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 463         } catch (java.lang.Exception ex)
 464         {
 465           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 466         }
 467       }
 468
 469       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 470       {
 471         return null;
 472       }
 473     };
 474     desc.setHandler(handler);
 475     desc.setMultivalued(false);
 476     addFieldDescriptor(desc);
 477
 478     // -- validation code for: _showLabels
 479     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 480     { // -- local scope
 481       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 482       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 483       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 484     }
 485     desc.setValidator(fieldValidator);
 486     // -- _linkToAllViews
 487     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 488             java.lang.Boolean.TYPE, "_linkToAllViews", "linkToAllViews",
 489             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 490     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 491     {
 492       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 493               throws IllegalStateException
 494       {
 495         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 496         if (!target.hasLinkToAllViews())
 497         {
 498           return null;
 499         }
 500         return (target.getLinkToAllViews() ? java.lang.Boolean.TRUE
 501                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 502       }
 503
 504       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 505               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 506       {
 507         try
 508         {
 509           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 510           // if null, use delete method for optional primitives
 511           if (value == null)
 512           {
 513             target.deleteLinkToAllViews();
 514             return;
 515           }
 516           target.setLinkToAllViews(
 517                   ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 518         } catch (java.lang.Exception ex)
 519         {
 520           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 521         }
 522       }
 523
 524       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 525       {
 526         return null;
 527       }
 528     };
 529     desc.setHandler(handler);
 530     desc.setMultivalued(false);
 531     addFieldDescriptor(desc);
 532
 533     // -- validation code for: _linkToAllViews
 534     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 535     { // -- local scope
 536       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 537       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 538       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 539     }
 540     desc.setValidator(fieldValidator);
 541     // -- _includeGaps
 542     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 543             java.lang.Boolean.TYPE, "_includeGaps", "includeGaps",
 544             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 545     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 546     {
 547       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 548               throws IllegalStateException
 549       {
 550         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 551         if (!target.hasIncludeGaps())
 552         {
 553           return null;
 554         }
 555         return (target.getIncludeGaps() ? java.lang.Boolean.TRUE
 556                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 557       }
 558
 559       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 560               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 561       {
 562         try
 563         {
 564           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 565           // if null, use delete method for optional primitives
 566           if (value == null)
 567           {
 568             target.deleteIncludeGaps();
 569             return;
 570           }
 571           target.setIncludeGaps(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 572         } catch (java.lang.Exception ex)
 573         {
 574           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 575         }
 576       }
 577
 578       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 579       {
 580         return null;
 581       }
 582     };
 583     desc.setHandler(handler);
 584     desc.setMultivalued(false);
 585     addFieldDescriptor(desc);
 586
 587     // -- validation code for: _includeGaps
 588     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 589     { // -- local scope
 590       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 591       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 592       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 593     }
 594     desc.setValidator(fieldValidator);
 595     // -- _matchGaps
 596     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 597             java.lang.Boolean.TYPE, "_matchGaps", "matchGaps",
 598             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 599     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 600     {
 601       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 602               throws IllegalStateException
 603       {
 604         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 605         if (!target.hasMatchGaps())
 606         {
 607           return null;
 608         }
 609         return (target.getMatchGaps() ? java.lang.Boolean.TRUE
 610                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 611       }
 612
 613       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 614               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 615       {
 616         try
 617         {
 618           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 619           // if null, use delete method for optional primitives
 620           if (value == null)
 621           {
 622             target.deleteMatchGaps();
 623             return;
 624           }
 625           target.setMatchGaps(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 626         } catch (java.lang.Exception ex)
 627         {
 628           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 629         }
 630       }
 631
 632       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 633       {
 634         return null;
 635       }
 636     };
 637     desc.setHandler(handler);
 638     desc.setMultivalued(false);
 639     addFieldDescriptor(desc);
 640
 641     // -- validation code for: _matchGaps
 642     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 643     { // -- local scope
 644       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 645       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 646       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 647     }
 648     desc.setValidator(fieldValidator);
 649     // -- _includeGappedColumns
 650     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 651             java.lang.Boolean.TYPE, "_includeGappedColumns",
 652             "includeGappedColumns",
 653             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 654     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 655     {
 656       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 657               throws IllegalStateException
 658       {
 659         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 660         if (!target.hasIncludeGappedColumns())
 661         {
 662           return null;
 663         }
 664         return (target.getIncludeGappedColumns() ? java.lang.Boolean.TRUE
 665                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 666       }
 667
 668       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 669               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 670       {
 671         try
 672         {
 673           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 674           // if null, use delete method for optional primitives
 675           if (value == null)
 676           {
 677             target.deleteIncludeGappedColumns();
 678             return;
 679           }
 680           target.setIncludeGappedColumns(
 681                   ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 682         } catch (java.lang.Exception ex)
 683         {
 684           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 685         }
 686       }
 687
 688       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 689       {
 690         return null;
 691       }
 692     };
 693     desc.setHandler(handler);
 694     desc.setMultivalued(false);
 695     addFieldDescriptor(desc);
 696
 697     // -- validation code for: _includeGappedColumns
 698     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 699     { // -- local scope
 700       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 701       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 702       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 703     }
 704     desc.setValidator(fieldValidator);
 705     // -- _denominateByShortestLength
 706     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 707             java.lang.Boolean.TYPE, "_denominateByShortestLength",
 708             "denominateByShortestLength",
 709             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 710     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 711     {
 712       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 713               throws IllegalStateException
 714       {
 715         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 716         if (!target.hasDenominateByShortestLength())
 717         {
 718           return null;
 719         }
 720         return (target.getDenominateByShortestLength()
 721                 ? java.lang.Boolean.TRUE
 722                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 723       }
 724
 725       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 726               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 727       {
 728         try
 729         {
 730           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 731           // if null, use delete method for optional primitives
 732           if (value == null)
 733           {
 734             target.deleteDenominateByShortestLength();
 735             return;
 736           }
 737           target.setDenominateByShortestLength(
 738                   ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 739         } catch (java.lang.Exception ex)
 740         {
 741           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 742         }
 743       }
 744
 745       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 746       {
 747         return null;
 748       }
 749     };
 750     desc.setHandler(handler);
 751     desc.setMultivalued(false);
 752     addFieldDescriptor(desc);
 753
 754     // -- validation code for: _denominateByShortestLength
 755     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 756     { // -- local scope
 757       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 758       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 759       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 760     }
 761     desc.setValidator(fieldValidator);
 762     // -- _width
 763     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 764             java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",
 765             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 766     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 767     {
 768       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 769               throws IllegalStateException
 770       {
 771         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 772         if (!target.hasWidth())
 773         {
 774           return null;
 775         }
 776         return new java.lang.Integer(target.getWidth());
 777       }
 778
 779       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 780               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 781       {
 782         try
 783         {
 784           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 785           // if null, use delete method for optional primitives
 786           if (value == null)
 787           {
 788             target.deleteWidth();
 789             return;
 790           }
 791           target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());
 792         } catch (java.lang.Exception ex)
 793         {
 794           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 795         }
 796       }
 797
 798       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 799       {
 800         return null;
 801       }
 802     };
 803     desc.setHandler(handler);
 804     desc.setMultivalued(false);
 805     addFieldDescriptor(desc);
 806
 807     // -- validation code for: _width
 808     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 809     { // -- local scope
 810       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 811       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 812       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 813       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 814       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 815     }
 816     desc.setValidator(fieldValidator);
 817     // -- _height
 818     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 819             java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",
 820             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 821     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 822     {
 823       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 824               throws IllegalStateException
 825       {
 826         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 827         if (!target.hasHeight())
 828         {
 829           return null;
 830         }
 831         return new java.lang.Integer(target.getHeight());
 832       }
 833
 834       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 835               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 836       {
 837         try
 838         {
 839           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 840           // if null, use delete method for optional primitives
 841           if (value == null)
 842           {
 843             target.deleteHeight();
 844             return;
 845           }
 846           target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 847         } catch (java.lang.Exception ex)
 848         {
 849           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 850         }
 851       }
 852
 853       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 854       {
 855         return null;
 856       }
 857     };
 858     desc.setHandler(handler);
 859     desc.setMultivalued(false);
 860     addFieldDescriptor(desc);
 861
 862     // -- validation code for: _height
 863     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 864     { // -- local scope
 865       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 866       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 867       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 868       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 869       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 870     }
 871     desc.setValidator(fieldValidator);
 872     // -- _xpos
 873     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 874             java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",
 875             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 876     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 877     {
 878       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 879               throws IllegalStateException
 880       {
 881         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 882         if (!target.hasXpos())
 883         {
 884           return null;
 885         }
 886         return new java.lang.Integer(target.getXpos());
 887       }
 888
 889       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 890               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 891       {
 892         try
 893         {
 894           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 895           // if null, use delete method for optional primitives
 896           if (value == null)
 897           {
 898             target.deleteXpos();
 899             return;
 900           }
 901           target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());
 902         } catch (java.lang.Exception ex)
 903         {
 904           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 905         }
 906       }
 907
 908       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 909       {
 910         return null;
 911       }
 912     };
 913     desc.setHandler(handler);
 914     desc.setMultivalued(false);
 915     addFieldDescriptor(desc);
 916
 917     // -- validation code for: _xpos
 918     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 919     { // -- local scope
 920       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 921       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 922       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 923       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 924       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 925     }
 926     desc.setValidator(fieldValidator);
 927     // -- _ypos
 928     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 929             java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",
 930             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 931     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 932     {
 933       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 934               throws IllegalStateException
 935       {
 936         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 937         if (!target.hasYpos())
 938         {
 939           return null;
 940         }
 941         return new java.lang.Integer(target.getYpos());
 942       }
 943
 944       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 945               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 946       {
 947         try
 948         {
 949           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 950           // if null, use delete method for optional primitives
 951           if (value == null)
 952           {
 953             target.deleteYpos();
 954             return;
 955           }
 956           target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());
 957         } catch (java.lang.Exception ex)
 958         {
 959           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 960         }
 961       }
 962
 963       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 964       {
 965         return null;
 966       }
 967     };
 968     desc.setHandler(handler);
 969     desc.setMultivalued(false);
 970     addFieldDescriptor(desc);
 971
 972     // -- validation code for: _ypos
 973     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 974     { // -- local scope
 975       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 976       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 977       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 978       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 979       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 980     }
 981     desc.setValidator(fieldValidator);
 982     // -- initialize element descriptors
 983
 984     // -- _sequencePointList
 985     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 986             jalview.schemabinding.version2.SequencePoint.class,
 987             "_sequencePointList", "sequencePoint",
 988             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 989     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 990     {
 991       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 992               throws IllegalStateException
 993       {
 994         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
 995         return target.getSequencePoint();
 996       }
 997
 998       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 999               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1000       {
1001         try
1002         {
1003           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1004           target.addSequencePoint(
1005                   (jalview.schemabinding.version2.SequencePoint) value);
1006         } catch (java.lang.Exception ex)
1007         {
1008           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1009         }
1010       }
1011
1012       public void resetValue(Object object)
1013               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1014       {
1015         try
1016         {
1017           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1018           target.removeAllSequencePoint();
1019         } catch (java.lang.Exception ex)
1020         {
1021           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1022         }
1023       }
1024
1025       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1026       {
1027         return new jalview.schemabinding.version2.SequencePoint();
1028       }
1029     };
1030     desc.setHandler(handler);
1031     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1032     desc.setRequired(true);
1033     desc.setMultivalued(true);
1034     addFieldDescriptor(desc);
1035
1036     // -- validation code for: _sequencePointList
1037     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1038     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1039     { // -- local scope
1040     }
1041     desc.setValidator(fieldValidator);
1042     // -- _axisList
1043     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1044             jalview.schemabinding.version2.Axis.class, "_axisList", "axis",
1045             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1046     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1047     {
1048       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1049               throws IllegalStateException
1050       {
1051         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1052         return target.getAxis();
1053       }
1054
1055       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1056               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1057       {
1058         try
1059         {
1060           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1061           target.addAxis((jalview.schemabinding.version2.Axis) value);
1062         } catch (java.lang.Exception ex)
1063         {
1064           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1065         }
1066       }
1067
1068       public void resetValue(Object object)
1069               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1070       {
1071         try
1072         {
1073           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1074           target.removeAllAxis();
1075         } catch (java.lang.Exception ex)
1076         {
1077           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1078         }
1079       }
1080
1081       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1082       {
1083         return new jalview.schemabinding.version2.Axis();
1084       }
1085     };
1086     desc.setHandler(handler);
1087     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1088     desc.setRequired(true);
1089     desc.setMultivalued(true);
1090     addFieldDescriptor(desc);
1091
1092     // -- validation code for: _axisList
1093     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1094     fieldValidator.setMinOccurs(3);
1095     fieldValidator.setMaxOccurs(3);
1096     { // -- local scope
1097     }
1098     desc.setValidator(fieldValidator);
1099     // -- _seqPointMin
1100     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1101             jalview.schemabinding.version2.SeqPointMin.class,
1102             "_seqPointMin", "seqPointMin",
1103             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1104     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1105     {
1106       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1107               throws IllegalStateException
1108       {
1109         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1110         return target.getSeqPointMin();
1111       }
1112
1113       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1114               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1115       {
1116         try
1117         {
1118           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1119           target.setSeqPointMin(
1120                   (jalview.schemabinding.version2.SeqPointMin) value);
1121         } catch (java.lang.Exception ex)
1122         {
1123           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1124         }
1125       }
1126
1127       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1128       {
1129         return new jalview.schemabinding.version2.SeqPointMin();
1130       }
1131     };
1132     desc.setHandler(handler);
1133     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1134     desc.setRequired(true);
1135     desc.setMultivalued(false);
1136     addFieldDescriptor(desc);
1137
1138     // -- validation code for: _seqPointMin
1139     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1140     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1141     { // -- local scope
1142     }
1143     desc.setValidator(fieldValidator);
1144     // -- _seqPointMax
1145     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1146             jalview.schemabinding.version2.SeqPointMax.class,
1147             "_seqPointMax", "seqPointMax",
1148             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1149     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1150     {
1151       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1152               throws IllegalStateException
1153       {
1154         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1155         return target.getSeqPointMax();
1156       }
1157
1158       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1159               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1160       {
1161         try
1162         {
1163           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1164           target.setSeqPointMax(
1165                   (jalview.schemabinding.version2.SeqPointMax) value);
1166         } catch (java.lang.Exception ex)
1167         {
1168           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1169         }
1170       }
1171
1172       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1173       {
1174         return new jalview.schemabinding.version2.SeqPointMax();
1175       }
1176     };
1177     desc.setHandler(handler);
1178     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1179     desc.setRequired(true);
1180     desc.setMultivalued(false);
1181     addFieldDescriptor(desc);
1182
1183     // -- validation code for: _seqPointMax
1184     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1185     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1186     { // -- local scope
1187     }
1188     desc.setValidator(fieldValidator);
1189     // -- _pcaData
1190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1191             jalview.schemabinding.version2.PcaData.class, "_pcaData",
1192             "pcaData", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1194     {
1195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1196               throws IllegalStateException
1197       {
1198         PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1199         return target.getPcaData();
1200       }
1201
1202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1204       {
1205         try
1206         {
1207           PcaViewer target = (PcaViewer) object;
1208           target.setPcaData((jalview.schemabinding.version2.PcaData) value);
1209         } catch (java.lang.Exception ex)
1210         {
1211           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1212         }
1213       }
1214
1215       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1216       {
1217         return new jalview.schemabinding.version2.PcaData();
1218       }
1219     };
1220     desc.setHandler(handler);
1221     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1222     desc.setRequired(true);
1223     desc.setMultivalued(false);
1224     addFieldDescriptor(desc);
1225
1226     // -- validation code for: _pcaData
1227     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1228     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1229     { // -- local scope
1230     }
1231     desc.setValidator(fieldValidator);
1232   }
1233
1234   // -----------/
1235   // - Methods -/
1236   // -----------/
1237
1238   /**
1239    * Method getAccessMode.
1240    *
1241    * @return the access mode specified for this class.
1242    */
1243   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1244   {
1245     return null;
1246   }
1247
1248   /**
1249    * Method getIdentity.
1250    *
1251    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1252    */
1253   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1254   {
1255     return super.getIdentity();
1256   }
1257
1258   /**
1259    * Method getJavaClass.
1260    *
1261    * @return the Java class represented by this descriptor.
1262    */
1263   public java.lang.Class getJavaClass()
1264   {
1265     return jalview.schemabinding.version2.PcaViewer.class;
1266   }
1267
1268   /**
1269    * Method getNameSpacePrefix.
1270    *
1271    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1272    */
1273   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1274   {
1275     return _nsPrefix;
1276   }
1277
1278   /**
1279    * Method getNameSpaceURI.
1280    *
1281    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1282    */
1283   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1284   {
1285     return _nsURI;
1286   }
1287
1288   /**
1289    * Method getValidator.
1290    *
1291    * @return a specific validator for the class described by this
1292    *         ClassDescriptor.
1293    */
1294   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1295   {
1296     return this;
1297   }
1298
1299   /**
1300    * Method getXMLName.
1301    *
1302    * @return the XML Name for the Class being described.
1303    */
1304   public java.lang.String getXMLName()
1305   {
1306     return _xmlName;
1307   }
1308
1309   /**
1310    * Method isElementDefinition.
1311    *
1312    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1313    *         element or element with anonymous type definition.
1314    */
1315   public boolean isElementDefinition()
1316   {
1317     return _elementDefinition;
1318   }
1319
1320 }