src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.Tree;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class TreeDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class TreeDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public TreeDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _xmlName = "tree";\r
  68     _elementDefinition = true;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- _width\r
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  79             java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  82     {\r
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  84               throws IllegalStateException\r
  85       {\r
  86         Tree target = (Tree) object;\r
  87         if (!target.hasWidth())\r
  88         {\r
  89           return null;\r
  90         }\r
  91         return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
  92       }\r
  93 \r
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  96       {\r
  97         try\r
  98         {\r
  99           Tree target = (Tree) object;\r
 100           // if null, use delete method for optional primitives\r
 101           if (value == null)\r
 102           {\r
 103             target.deleteWidth();\r
 104             return;\r
 105           }\r
 106           target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 107         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 108         {\r
 109           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 110         }\r
 111       }\r
 112 \r
 113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 114       {\r
 115         return null;\r
 116       }\r
 117     };\r
 118     desc.setHandler(handler);\r
 119     desc.setMultivalued(false);\r
 120     addFieldDescriptor(desc);\r
 121 \r
 122     // -- validation code for: _width\r
 123     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 124     { // -- local scope\r
 125       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 126       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 127       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 128       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 129       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 130     }\r
 131     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 132     // -- _height\r
 133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 134             java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
 135             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 136     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 137     {\r
 138       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 139               throws IllegalStateException\r
 140       {\r
 141         Tree target = (Tree) object;\r
 142         if (!target.hasHeight())\r
 143         {\r
 144           return null;\r
 145         }\r
 146         return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
 147       }\r
 148 \r
 149       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 150               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 151       {\r
 152         try\r
 153         {\r
 154           Tree target = (Tree) object;\r
 155           // if null, use delete method for optional primitives\r
 156           if (value == null)\r
 157           {\r
 158             target.deleteHeight();\r
 159             return;\r
 160           }\r
 161           target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 162         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 163         {\r
 164           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 169       {\r
 170         return null;\r
 171       }\r
 172     };\r
 173     desc.setHandler(handler);\r
 174     desc.setMultivalued(false);\r
 175     addFieldDescriptor(desc);\r
 176 \r
 177     // -- validation code for: _height\r
 178     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 179     { // -- local scope\r
 180       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 181       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 182       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 183       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 184       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 185     }\r
 186     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 187     // -- _xpos\r
 188     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 189             java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
 190             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 191     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 192     {\r
 193       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 194               throws IllegalStateException\r
 195       {\r
 196         Tree target = (Tree) object;\r
 197         if (!target.hasXpos())\r
 198         {\r
 199           return null;\r
 200         }\r
 201         return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
 202       }\r
 203 \r
 204       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 205               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 206       {\r
 207         try\r
 208         {\r
 209           Tree target = (Tree) object;\r
 210           // if null, use delete method for optional primitives\r
 211           if (value == null)\r
 212           {\r
 213             target.deleteXpos();\r
 214             return;\r
 215           }\r
 216           target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 217         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 218         {\r
 219           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 220         }\r
 221       }\r
 222 \r
 223       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 224       {\r
 225         return null;\r
 226       }\r
 227     };\r
 228     desc.setHandler(handler);\r
 229     desc.setMultivalued(false);\r
 230     addFieldDescriptor(desc);\r
 231 \r
 232     // -- validation code for: _xpos\r
 233     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 234     { // -- local scope\r
 235       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 236       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 237       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 238       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 239       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 240     }\r
 241     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 242     // -- _ypos\r
 243     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 244             java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
 245             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 246     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 247     {\r
 248       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 249               throws IllegalStateException\r
 250       {\r
 251         Tree target = (Tree) object;\r
 252         if (!target.hasYpos())\r
 253         {\r
 254           return null;\r
 255         }\r
 256         return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
 257       }\r
 258 \r
 259       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 260               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 261       {\r
 262         try\r
 263         {\r
 264           Tree target = (Tree) object;\r
 265           // if null, use delete method for optional primitives\r
 266           if (value == null)\r
 267           {\r
 268             target.deleteYpos();\r
 269             return;\r
 270           }\r
 271           target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 272         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 273         {\r
 274           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 275         }\r
 276       }\r
 277 \r
 278       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 279       {\r
 280         return null;\r
 281       }\r
 282     };\r
 283     desc.setHandler(handler);\r
 284     desc.setMultivalued(false);\r
 285     addFieldDescriptor(desc);\r
 286 \r
 287     // -- validation code for: _ypos\r
 288     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 289     { // -- local scope\r
 290       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 291       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 292       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 293       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 294       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 295     }\r
 296     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 297     // -- _fontName\r
 298     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 299             java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",\r
 300             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 301     desc.setImmutable(true);\r
 302     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 303     {\r
 304       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 305               throws IllegalStateException\r
 306       {\r
 307         Tree target = (Tree) object;\r
 308         return target.getFontName();\r
 309       }\r
 310 \r
 311       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 312               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 313       {\r
 314         try\r
 315         {\r
 316           Tree target = (Tree) object;\r
 317           target.setFontName((java.lang.String) value);\r
 318         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 319         {\r
 320           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 321         }\r
 322       }\r
 323 \r
 324       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 325       {\r
 326         return null;\r
 327       }\r
 328     };\r
 329     desc.setHandler(handler);\r
 330     desc.setMultivalued(false);\r
 331     addFieldDescriptor(desc);\r
 332 \r
 333     // -- validation code for: _fontName\r
 334     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 335     { // -- local scope\r
 336       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 337       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 338       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 339       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 340     }\r
 341     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 342     // -- _fontSize\r
 343     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 344             java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",\r
 345             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 346     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 347     {\r
 348       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 349               throws IllegalStateException\r
 350       {\r
 351         Tree target = (Tree) object;\r
 352         if (!target.hasFontSize())\r
 353         {\r
 354           return null;\r
 355         }\r
 356         return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
 357       }\r
 358 \r
 359       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 360               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 361       {\r
 362         try\r
 363         {\r
 364           Tree target = (Tree) object;\r
 365           // if null, use delete method for optional primitives\r
 366           if (value == null)\r
 367           {\r
 368             target.deleteFontSize();\r
 369             return;\r
 370           }\r
 371           target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 372         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 373         {\r
 374           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 375         }\r
 376       }\r
 377 \r
 378       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 379       {\r
 380         return null;\r
 381       }\r
 382     };\r
 383     desc.setHandler(handler);\r
 384     desc.setMultivalued(false);\r
 385     addFieldDescriptor(desc);\r
 386 \r
 387     // -- validation code for: _fontSize\r
 388     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 389     { // -- local scope\r
 390       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 391       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 392       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 393       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 394       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 395     }\r
 396     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 397     // -- _fontStyle\r
 398     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 399             java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",\r
 400             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 401     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 402     {\r
 403       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 404               throws IllegalStateException\r
 405       {\r
 406         Tree target = (Tree) object;\r
 407         if (!target.hasFontStyle())\r
 408         {\r
 409           return null;\r
 410         }\r
 411         return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
 412       }\r
 413 \r
 414       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 415               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 416       {\r
 417         try\r
 418         {\r
 419           Tree target = (Tree) object;\r
 420           // if null, use delete method for optional primitives\r
 421           if (value == null)\r
 422           {\r
 423             target.deleteFontStyle();\r
 424             return;\r
 425           }\r
 426           target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 427         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 428         {\r
 429           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 430         }\r
 431       }\r
 432 \r
 433       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 434       {\r
 435         return null;\r
 436       }\r
 437     };\r
 438     desc.setHandler(handler);\r
 439     desc.setMultivalued(false);\r
 440     addFieldDescriptor(desc);\r
 441 \r
 442     // -- validation code for: _fontStyle\r
 443     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 444     { // -- local scope\r
 445       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 446       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 447       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 448       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 449       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 450     }\r
 451     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 452     // -- _threshold\r
 453     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 454             java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
 455             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 456     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 457     {\r
 458       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 459               throws IllegalStateException\r
 460       {\r
 461         Tree target = (Tree) object;\r
 462         if (!target.hasThreshold())\r
 463         {\r
 464           return null;\r
 465         }\r
 466         return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
 467       }\r
 468 \r
 469       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 470               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 471       {\r
 472         try\r
 473         {\r
 474           Tree target = (Tree) object;\r
 475           // if null, use delete method for optional primitives\r
 476           if (value == null)\r
 477           {\r
 478             target.deleteThreshold();\r
 479             return;\r
 480           }\r
 481           target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
 482         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 483         {\r
 484           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 485         }\r
 486       }\r
 487 \r
 488       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 489       {\r
 490         return null;\r
 491       }\r
 492     };\r
 493     desc.setHandler(handler);\r
 494     desc.setMultivalued(false);\r
 495     addFieldDescriptor(desc);\r
 496 \r
 497     // -- validation code for: _threshold\r
 498     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 499     { // -- local scope\r
 500       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
 501       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
 502       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 503       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
 504       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
 505     }\r
 506     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 507     // -- _showBootstrap\r
 508     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 509             java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap",\r
 510             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 511     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 512     {\r
 513       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 514               throws IllegalStateException\r
 515       {\r
 516         Tree target = (Tree) object;\r
 517         if (!target.hasShowBootstrap())\r
 518         {\r
 519           return null;\r
 520         }\r
 521         return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 522                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 523       }\r
 524 \r
 525       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 526               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 527       {\r
 528         try\r
 529         {\r
 530           Tree target = (Tree) object;\r
 531           // if null, use delete method for optional primitives\r
 532           if (value == null)\r
 533           {\r
 534             target.deleteShowBootstrap();\r
 535             return;\r
 536           }\r
 537           target.setShowBootstrap(((java.lang.Boolean) value)\r
 538                   .booleanValue());\r
 539         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 540         {\r
 541           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 542         }\r
 543       }\r
 544 \r
 545       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 546       {\r
 547         return null;\r
 548       }\r
 549     };\r
 550     desc.setHandler(handler);\r
 551     desc.setMultivalued(false);\r
 552     addFieldDescriptor(desc);\r
 553 \r
 554     // -- validation code for: _showBootstrap\r
 555     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 556     { // -- local scope\r
 557       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 558       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 559       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 560     }\r
 561     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 562     // -- _showDistances\r
 563     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 564             java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances",\r
 565             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 566     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 567     {\r
 568       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 569               throws IllegalStateException\r
 570       {\r
 571         Tree target = (Tree) object;\r
 572         if (!target.hasShowDistances())\r
 573         {\r
 574           return null;\r
 575         }\r
 576         return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 577                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 578       }\r
 579 \r
 580       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 581               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 582       {\r
 583         try\r
 584         {\r
 585           Tree target = (Tree) object;\r
 586           // if null, use delete method for optional primitives\r
 587           if (value == null)\r
 588           {\r
 589             target.deleteShowDistances();\r
 590             return;\r
 591           }\r
 592           target.setShowDistances(((java.lang.Boolean) value)\r
 593                   .booleanValue());\r
 594         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 595         {\r
 596           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 597         }\r
 598       }\r
 599 \r
 600       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 601       {\r
 602         return null;\r
 603       }\r
 604     };\r
 605     desc.setHandler(handler);\r
 606     desc.setMultivalued(false);\r
 607     addFieldDescriptor(desc);\r
 608 \r
 609     // -- validation code for: _showDistances\r
 610     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 611     { // -- local scope\r
 612       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 613       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 614       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 615     }\r
 616     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 617     // -- _markUnlinked\r
 618     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 619             java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked",\r
 620             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 621     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 622     {\r
 623       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 624               throws IllegalStateException\r
 625       {\r
 626         Tree target = (Tree) object;\r
 627         if (!target.hasMarkUnlinked())\r
 628         {\r
 629           return null;\r
 630         }\r
 631         return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 632                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 633       }\r
 634 \r
 635       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 636               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 637       {\r
 638         try\r
 639         {\r
 640           Tree target = (Tree) object;\r
 641           // if null, use delete method for optional primitives\r
 642           if (value == null)\r
 643           {\r
 644             target.deleteMarkUnlinked();\r
 645             return;\r
 646           }\r
 647           target.setMarkUnlinked(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 648         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 649         {\r
 650           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 651         }\r
 652       }\r
 653 \r
 654       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 655       {\r
 656         return null;\r
 657       }\r
 658     };\r
 659     desc.setHandler(handler);\r
 660     desc.setMultivalued(false);\r
 661     addFieldDescriptor(desc);\r
 662 \r
 663     // -- validation code for: _markUnlinked\r
 664     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 665     { // -- local scope\r
 666       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 667       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 668       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 669     }\r
 670     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 671     // -- _fitToWindow\r
 672     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 673             java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow",\r
 674             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 675     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 676     {\r
 677       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 678               throws IllegalStateException\r
 679       {\r
 680         Tree target = (Tree) object;\r
 681         if (!target.hasFitToWindow())\r
 682         {\r
 683           return null;\r
 684         }\r
 685         return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 686                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 687       }\r
 688 \r
 689       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 690               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 691       {\r
 692         try\r
 693         {\r
 694           Tree target = (Tree) object;\r
 695           // if null, use delete method for optional primitives\r
 696           if (value == null)\r
 697           {\r
 698             target.deleteFitToWindow();\r
 699             return;\r
 700           }\r
 701           target.setFitToWindow(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 702         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 703         {\r
 704           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 705         }\r
 706       }\r
 707 \r
 708       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 709       {\r
 710         return null;\r
 711       }\r
 712     };\r
 713     desc.setHandler(handler);\r
 714     desc.setMultivalued(false);\r
 715     addFieldDescriptor(desc);\r
 716 \r
 717     // -- validation code for: _fitToWindow\r
 718     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 719     { // -- local scope\r
 720       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 721       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 722       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 723     }\r
 724     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 725     // -- _currentTree\r
 726     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 727             java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree",\r
 728             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 729     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 730     {\r
 731       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 732               throws IllegalStateException\r
 733       {\r
 734         Tree target = (Tree) object;\r
 735         if (!target.hasCurrentTree())\r
 736         {\r
 737           return null;\r
 738         }\r
 739         return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 740                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 741       }\r
 742 \r
 743       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 744               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 745       {\r
 746         try\r
 747         {\r
 748           Tree target = (Tree) object;\r
 749           // if null, use delete method for optional primitives\r
 750           if (value == null)\r
 751           {\r
 752             target.deleteCurrentTree();\r
 753             return;\r
 754           }\r
 755           target.setCurrentTree(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 756         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 757         {\r
 758           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 759         }\r
 760       }\r
 761 \r
 762       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 763       {\r
 764         return null;\r
 765       }\r
 766     };\r
 767     desc.setHandler(handler);\r
 768     desc.setMultivalued(false);\r
 769     addFieldDescriptor(desc);\r
 770 \r
 771     // -- validation code for: _currentTree\r
 772     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 773     { // -- local scope\r
 774       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 775       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 776       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 777     }\r
 778     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 779     // -- _id\r
 780     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 781             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 782             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 783     super.setIdentity(desc);\r
 784     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 785     {\r
 786       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 787               throws IllegalStateException\r
 788       {\r
 789         Tree target = (Tree) object;\r
 790         return target.getId();\r
 791       }\r
 792 \r
 793       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 794               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 795       {\r
 796         try\r
 797         {\r
 798           Tree target = (Tree) object;\r
 799           target.setId((java.lang.String) value);\r
 800         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 801         {\r
 802           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 803         }\r
 804       }\r
 805 \r
 806       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 807       {\r
 808         return new java.lang.String();\r
 809       }\r
 810     };\r
 811     desc.setHandler(handler);\r
 812     desc.setMultivalued(false);\r
 813     addFieldDescriptor(desc);\r
 814 \r
 815     // -- validation code for: _id\r
 816     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 817     { // -- local scope\r
 818       org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
 819       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
 820       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 821     }\r
 822     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 823     // -- initialize element descriptors\r
 824 \r
 825     // -- _title\r
 826     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 827             java.lang.String.class, "_title", "title",\r
 828             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 829     desc.setImmutable(true);\r
 830     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 831     {\r
 832       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 833               throws IllegalStateException\r
 834       {\r
 835         Tree target = (Tree) object;\r
 836         return target.getTitle();\r
 837       }\r
 838 \r
 839       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 840               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 841       {\r
 842         try\r
 843         {\r
 844           Tree target = (Tree) object;\r
 845           target.setTitle((java.lang.String) value);\r
 846         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 847         {\r
 848           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 849         }\r
 850       }\r
 851 \r
 852       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 853       {\r
 854         return null;\r
 855       }\r
 856     };\r
 857     desc.setHandler(handler);\r
 858     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 859     desc.setMultivalued(false);\r
 860     addFieldDescriptor(desc);\r
 861 \r
 862     // -- validation code for: _title\r
 863     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 864     { // -- local scope\r
 865       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 866       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 867       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 868       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 869     }\r
 870     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 871     // -- _newick\r
 872     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 873             java.lang.String.class, "_newick", "newick",\r
 874             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 875     desc.setImmutable(true);\r
 876     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 877     {\r
 878       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 879               throws IllegalStateException\r
 880       {\r
 881         Tree target = (Tree) object;\r
 882         return target.getNewick();\r
 883       }\r
 884 \r
 885       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 886               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 887       {\r
 888         try\r
 889         {\r
 890           Tree target = (Tree) object;\r
 891           target.setNewick((java.lang.String) value);\r
 892         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 893         {\r
 894           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 895         }\r
 896       }\r
 897 \r
 898       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 899       {\r
 900         return null;\r
 901       }\r
 902     };\r
 903     desc.setHandler(handler);\r
 904     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 905     desc.setMultivalued(false);\r
 906     addFieldDescriptor(desc);\r
 907 \r
 908     // -- validation code for: _newick\r
 909     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 910     { // -- local scope\r
 911       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 912       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 913       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 914       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 915     }\r
 916     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 917   }\r
 918 \r
 919   // -----------/\r
 920   // - Methods -/\r
 921   // -----------/\r
 922 \r
 923   /**\r
 924    * Method getAccessMode.\r
 925    * \r
 926    * @return the access mode specified for this class.\r
 927    */\r
 928   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 929   {\r
 930     return null;\r
 931   }\r
 932 \r
 933   /**\r
 934    * Method getIdentity.\r
 935    * \r
 936    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 937    */\r
 938   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 939   {\r
 940     return super.getIdentity();\r
 941   }\r
 942 \r
 943   /**\r
 944    * Method getJavaClass.\r
 945    * \r
 946    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 947    */\r
 948   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 949   {\r
 950     return jalview.schemabinding.version2.Tree.class;\r
 951   }\r
 952 \r
 953   /**\r
 954    * Method getNameSpacePrefix.\r
 955    * \r
 956    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 957    */\r
 958   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 959   {\r
 960     return _nsPrefix;\r
 961   }\r
 962 \r
 963   /**\r
 964    * Method getNameSpaceURI.\r
 965    * \r
 966    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 967    */\r
 968   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 969   {\r
 970     return _nsURI;\r
 971   }\r
 972 \r
 973   /**\r
 974    * Method getValidator.\r
 975    * \r
 976    * @return a specific validator for the class described by this\r
 977    *         ClassDescriptor.\r
 978    */\r
 979   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 980   {\r
 981     return this;\r
 982   }\r
 983 \r
 984   /**\r
 985    * Method getXMLName.\r
 986    * \r
 987    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 988    */\r
 989   public java.lang.String getXMLName()\r
 990   {\r
 991     return _xmlName;\r
 992   }\r
 993 \r
 994   /**\r
 995    * Method isElementDefinition.\r
 996    * \r
 997    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 998    *         element or element with anonymous type definition.\r
 999    */\r
1000   public boolean isElementDefinition()\r
1001   {\r
1002     return _elementDefinition;\r
1003   }\r
1004 \r
1005 }\r