src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class AnnotationColourGradient extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27     AlignmentAnnotation annotation;\r
  28     boolean aboveAnnotationThreshold = false;\r
  29 \r
  30     float r1, g1, b1, rr, gg, bb, dr, dg, db;\r
  31     float range;\r
  32 \r
  33     /**\r
  34      * Creates a new AnnotationColourGradient object.\r
  35      */\r
  36     public AnnotationColourGradient(AlignmentAnnotation annotation,\r
  37         Color minColour, Color maxColour, boolean aboveThreshold)\r
  38     {\r
  39       this.annotation = annotation;\r
  40 \r
  41       aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;\r
  42 \r
  43       r1 = minColour.getRed();\r
  44       g1 = minColour.getGreen();\r
  45       b1 = minColour.getBlue();\r
  46 \r
  47       rr = maxColour.getRed() - r1;\r
  48       gg = maxColour.getGreen() - g1;\r
  49       bb = maxColour.getBlue() - b1;\r
  50 \r
  51       range = annotation.graphMax - annotation.graphMin;\r
  52 \r
  53     }\r
  54 \r
  55     public Color getMinColour()\r
  56     {\r
  57       return new Color( (int) r1, (int) g1, (int) b1);\r
  58     }\r
  59 \r
  60     public Color getMaxColour()\r
  61     {\r
  62       return new Color( (int) (r1 + rr), (int) (g1 + gg), (int) (b1 + bb));\r
  63     }\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * DOCUMENT ME!\r
  67      *\r
  68      * @param n DOCUMENT ME!\r
  69      *\r
  70      * @return DOCUMENT ME!\r
  71      */\r
  72     public Color findColour(String n)\r
  73     {\r
  74       System.out.println("AnnotationColourGradient findColour(string)");\r
  75         return Color.RED;\r
  76     }\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * DOCUMENT ME!\r
  80      *\r
  81      * @param n DOCUMENT ME!\r
  82      * @param j DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @return DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public Color findColour(String n, int j)\r
  87     {\r
  88         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))\r
  89         {\r
  90           if(annotation.annotations[j]==null)\r
  91             currentColour = Color.white;\r
  92           else\r
  93           {\r
  94             if(!aboveAnnotationThreshold || (annotation.graphLines!=null\r
  95                && annotation.annotations[j].value>=annotation.getGraphLine(0).value))\r
  96             {\r
  97                 dr = rr *\r
  98                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
  99                      +r1;\r
 100                 dg = gg *\r
 101                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin)  / range )\r
 102                      +g1;\r
 103                 db = bb *\r
 104                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
 105                      +b1;\r
 106 \r
 107                  currentColour = new Color( (int) dr, (int) dg, (int) db);\r
 108             }\r
 109             else\r
 110               currentColour = Color.white;\r
 111           }\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115             return Color.white;\r
 116         }\r
 117 \r
 118         if(conservationColouring)\r
 119          applyConservation(j);\r
 120 \r
 121        return currentColour;\r
 122     }\r
 123 }\r