src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import jalview.gui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  28 {\r
  29 \r
  30   // need to keep an eye on the changing visible consensus sequence\r
  31   AlignViewport av;\r
  32 \r
  33   public Blosum62ColourScheme(AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     super();\r
  36     this.av = av;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public Color findColour(SequenceI seq, String s, int j, Vector aa)\r
  40   {\r
  41       if (!s.equals("-") && !s.equals(".") && !s.equals(" "))\r
  42       {\r
  43         String max = av.getVisibleConsensus().charAt(j) + "";\r
  44 \r
  45         if (s.equals(max))\r
  46           return new Color(154, 154, 255);\r
  47         else if (ResidueProperties.getBLOSUM62(max, s) > 0)\r
  48           return new Color(204, 204, 255);\r
  49         else\r
  50           return Color.white;\r
  51 \r
  52       }\r
  53       else\r
  54         return Color.white;\r
  55 \r
  56   }\r
  57 \r
  58   public boolean canThreshold()\r
  59   {\r
  60     return false;\r
  61   }\r
  62 \r
  63 }\r