src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class Blosum62ColourScheme\r
  25     extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27   public Blosum62ColourScheme()\r
  28   {\r
  29     super();\r
  30   }\r
  31 \r
  32   public Color findColour(String s, int j)\r
  33   {\r
  34     char res = s.charAt(0);\r
  35     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
  36     {\r
  37        s = Character.toString( res -= ('a' - 'A') );\r
  38     }\r
  39 \r
  40 \r
  41     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  42     {\r
  43       return Color.white;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
  47     {\r
  48       String max = (String) consensus[j].get("maxResidue");\r
  49 \r
  50       if (max.indexOf(s) > -1)\r
  51       {\r
  52         return new Color(154, 154, 255);\r
  53       }\r
  54       else\r
  55       {\r
  56         int c = 0;\r
  57         int max_aa = 0;\r
  58         int n = max.length();\r
  59 \r
  60         do\r
  61         {\r
  62           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  63               max_aa + 1), s);\r
  64         }\r
  65         while (++max_aa < n);\r
  66 \r
  67         if (c > 0)\r
  68         {\r
  69           return new Color(204, 204, 255);\r
  70         }\r
  71         else\r
  72         {\r
  73           return Color.white;\r
  74         }\r
  75       }\r
  76     }\r
  77     else\r
  78     {\r
  79       return Color.white;\r
  80     }\r
  81   }\r
  82 }\r