src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import jalview.analysis.*;
  24
  25 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   public Blosum62ColourScheme()
  28   {
  29     super();
  30   }
  31
  32   public Color findColour(char res, int j)
  33   {
  34     if ('a' <= res && res <= 'z')
  35     {
  36       // TO UPPERCASE !!!
  37       res -= ('a' - 'A');
  38     }
  39
  40     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  41             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  42     {
  43       return Color.white;
  44     }
  45
  46     Color currentColour;
  47
  48     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  49     {
  50       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  51
  52       if (max.indexOf(res) > -1)
  53       {
  54         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  55       }
  56       else
  57       {
  58         int c = 0;
  59         int max_aa = 0;
  60         int n = max.length();
  61
  62         do
  63         {
  64           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  65         } while (++max_aa < n);
  66
  67         if (c > 0)
  68         {
  69           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  70         }
  71         else
  72         {
  73           currentColour = Color.white;
  74         }
  75       }
  76
  77       if (conservationColouring)
  78       {
  79         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  80       }
  81     }
  82     else
  83     {
  84       return Color.white;
  85     }
  86
  87     return currentColour;
  88   }
  89 }