src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  27     public Blosum62ColourScheme() {\r
  28         super();\r
  29     }\r
  30 \r
  31     public Color findColour(String s, int j) {\r
  32         if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j)) {\r
  33             return Color.white;\r
  34         }\r
  35 \r
  36         Hashtable hash = (Hashtable) consensus.elementAt(j);\r
  37 \r
  38         if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0)))) {\r
  39             String max = (String) hash.get("maxResidue");\r
  40 \r
  41             if (max.indexOf(s) > -1) {\r
  42                 return new Color(154, 154, 255);\r
  43             } else {\r
  44                 int c = 0;\r
  45                 int max_aa = 0;\r
  46                 int n = max.length();\r
  47 \r
  48                 do {\r
  49                     c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  50                             max_aa + 1), s);\r
  51                 } while (++max_aa < n);\r
  52 \r
  53                 if (c > 0) {\r
  54                     return new Color(204, 204, 255);\r
  55                 } else {\r
  56                     return Color.white;\r
  57                 }\r
  58             }\r
  59         } else {\r
  60             return Color.white;\r
  61         }\r
  62     }\r
  63 }\r