src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27 \r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(String s, int j)\r
  34   {\r
  35     if( threshold!=0 && !aboveThreshold(s,j))\r
  36       return Color.white;\r
  37 \r
  38     Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  39 \r
  40     if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  41     {\r
  42       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  43 \r
  44       if (max.indexOf(s)>-1)\r
  45         return new Color(154, 154, 255);\r
  46       else {\r
  47 \r
  48         int c = 0,\r
  49             max_aa=0,\r
  50             n=max.length();\r
  51         do {\r
  52           c+=ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa, max_aa+1), s);\r
  53         } while (++max_aa<n);\r
  54 \r
  55         if (c>0)\r
  56           return new Color(204, 204, 255);\r
  57         else\r
  58           return Color.white;\r
  59       }\r
  60     }\r
  61     else\r
  62         return Color.white;\r
  63 \r
  64   }\r
  65 \r
  66 \r
  67 }\r