src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27 \r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(String s, int j)\r
  34   {\r
  35     Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  36 \r
  37     if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  38     {\r
  39       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  40 \r
  41       if (max.indexOf(s)>-1)\r
  42         return new Color(154, 154, 255);\r
  43       else {\r
  44 \r
  45         int c = 0,\r
  46             max_aa=0,\r
  47             n=max.length();\r
  48         do {\r
  49           c+=ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa, max_aa+1), s);\r
  50         } while (++max_aa<n);\r
  51 \r
  52         if (c>0)\r
  53           return new Color(204, 204, 255);\r
  54         else\r
  55           return Color.white;\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     else\r
  59         return Color.white;\r
  60 \r
  61   }\r
  62 \r
  63   public boolean canThreshold()\r
  64   {\r
  65     return true;\r
  66   }\r
  67 \r
  68 }\r