src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.*;\r
  25 \r
  26 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28 \r
  29   public Blosum62ColourScheme()\r
  30   {\r
  31     super();\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public Color findColour(String s, int j)\r
  35   {\r
  36     if( threshold!=0 && !aboveThreshold(s,j))\r
  37       return Color.white;\r
  38 \r
  39     Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  40 \r
  41     if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  42     {\r
  43       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  44 \r
  45       if (max.indexOf(s)>-1)\r
  46         return new Color(154, 154, 255);\r
  47       else {\r
  48 \r
  49         int c = 0,\r
  50             max_aa=0,\r
  51             n=max.length();\r
  52         do {\r
  53           c+=ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa, max_aa+1), s);\r
  54         } while (++max_aa<n);\r
  55 \r
  56         if (c>0)\r
  57           return new Color(204, 204, 255);\r
  58         else\r
  59           return Color.white;\r
  60       }\r
  61     }\r
  62     else\r
  63         return Color.white;\r
  64 \r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68 }\r