src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.Comparison;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  34 {
  35   private static final Color LIGHT_BLUE = new Color(204, 204, 255);
  36   private static final Color DARK_BLUE = new Color(154, 154, 255);
  37
  38   public Blosum62ColourScheme()
  39   {
  40     super();
  41   }
  42
  43   /**
  44    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  45    * be coloured
  46    */
  47   @Override
  48   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
  49           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  50   {
  51     return new Blosum62ColourScheme();
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq,
  56           String consensusResidue, float pid)
  57   {
  58     PairwiseSeqScoreModel sm = (PairwiseSeqScoreModel) ScoreModels
  59             .getInstance().forName(ScoreModels.BLOSUM62);
  60
  61     /*
  62      * compare as upper case; note consensusResidue is
  63      * always computed as uppercase
  64      */
  65     if ('a' <= res && res <= 'z')
  66     {
  67       res -= ('a' - 'A');
  68     }
  69
  70     if (Comparison.isGap(res) || consensusResidue == null)
  71     {
  72       return Color.white;
  73     }
  74
  75     Color colour;
  76
  77     if (consensusResidue.indexOf(res) > -1)
  78     {
  79       colour = DARK_BLUE;
  80     }
  81     else
  82     {
  83       float score = 0;
  84
  85       for (char consensus : consensusResidue.toCharArray())
  86       {
  87         score += sm.getPairwiseScore(consensus, res);
  88         // score += ResidueProperties.getBLOSUM62(consensus, res);
  89       }
  90
  91       if (score > 0)
  92       {
  93         colour = LIGHT_BLUE;
  94       }
  95       else
  96       {
  97         colour = Color.white;
  98       }
  99     }
 100     return colour;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public boolean isPeptideSpecific()
 105   {
 106     return true;
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public String getSchemeName()
 111   {
 112     return JalviewColourScheme.Blosum62.toString();
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public boolean isSimple()
 117   {
 118     return false;
 119   }
 120 }