src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;
  21
  22 import java.awt.Color;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  25 {
  26   public Blosum62ColourScheme()
  27   {
  28     super();
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  33   {
  34     if ('a' <= res && res <= 'z')
  35     {
  36       // TO UPPERCASE !!!
  37       res -= ('a' - 'A');
  38     }
  39
  40     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  41             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  42     {
  43       return Color.white;
  44     }
  45
  46     Color currentColour;
  47
  48     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  49     {
  50       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  51
  52       if (max.indexOf(res) > -1)
  53       {
  54         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  55       }
  56       else
  57       {
  58         int c = 0;
  59         int max_aa = 0;
  60         int n = max.length();
  61
  62         do
  63         {
  64           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  65         } while (++max_aa < n);
  66
  67         if (c > 0)
  68         {
  69           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  70         }
  71         else
  72         {
  73           currentColour = Color.white;
  74         }
  75       }
  76
  77       if (conservationColouring)
  78       {
  79         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  80       }
  81     }
  82     else
  83     {
  84       return Color.white;
  85     }
  86
  87     return currentColour;
  88   }
  89 }