src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(String s, int j)\r
  34   {\r
  35     char res = s.charAt(0);\r
  36     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
  37     {\r
  38        // TO UPPERCASE !!!\r
  39        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
  40     }\r
  41 \r
  42     if (consensus == null ||\r
  43         j >= consensus.length ||\r
  44         consensus[j] == null ||\r
  45         (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j)))\r
  46     {\r
  47       return Color.white;\r
  48     }\r
  49 \r
  50     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
  51     {\r
  52       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);\r
  53 \r
  54       if (max.indexOf(s) > -1)\r
  55       {\r
  56         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
  57       }\r
  58       else\r
  59       {\r
  60         int c = 0;\r
  61         int max_aa = 0;\r
  62         int n = max.length();\r
  63 \r
  64         do\r
  65         {\r
  66           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  67               max_aa + 1), s);\r
  68         }\r
  69         while (++max_aa < n);\r
  70 \r
  71         if (c > 0)\r
  72         {\r
  73           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
  74         }\r
  75         else\r
  76         {\r
  77           currentColour = Color.white;\r
  78         }\r
  79       }\r
  80 \r
  81       if(conservationColouring)\r
  82          applyConservation(j);\r
  83     }\r
  84     else\r
  85     {\r
  86       return Color.white;\r
  87     }\r
  88 \r
  89     return currentColour;\r
  90   }\r
  91 }\r