src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import jalview.gui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  28 {\r
  29 \r
  30   // need to keep an eye on the changing visible consensus sequence\r
  31   AlignViewport av;\r
  32 \r
  33   public Blosum62ColourScheme(AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     super();\r
  36     this.av = av;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public Color findColour(String s, int j, Vector aa)\r
  40   {\r
  41     Hashtable hash;\r
  42 \r
  43     if (aa != null)\r
  44       hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  45     else\r
  46       return Color.white;\r
  47 \r
  48     if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  49     {\r
  50       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  51 \r
  52       if (max.indexOf(s)>-1)\r
  53         return new Color(154, 154, 255);\r
  54       else {\r
  55 \r
  56         int c = 0,\r
  57             max_aa=0,\r
  58             n=max.length();\r
  59         do {\r
  60           c+=ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa, max_aa+1), s);\r
  61         } while (++max_aa<n);\r
  62 \r
  63         if (c>0)\r
  64           return new Color(204, 204, 255);\r
  65         else\r
  66           return Color.white;\r
  67       }\r
  68     }\r
  69     else\r
  70         return Color.white;\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public boolean canThreshold()\r
  75   {\r
  76     return false;\r
  77   }\r
  78 \r
  79 }\r