src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   private static final Color LIGHT_BLUE = new Color(204, 204, 255);
  34   private static final Color DARK_BLUE = new Color(154, 154, 255);
  35
  36   public Blosum62ColourScheme()
  37   {
  38     super();
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  43   {
  44     if ('a' <= res && res <= 'z')
  45     {
  46       // TO UPPERCASE !!!
  47       res -= ('a' - 'A');
  48     }
  49
  50     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  51             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  52     {
  53       return Color.white;
  54     }
  55
  56     Color currentColour;
  57
  58     if (!Comparison.isGap(res))
  59     {
  60       String max = consensus[j].getModalResidue();
  61
  62       if (max.indexOf(res) > -1)
  63       {
  64         currentColour = DARK_BLUE;
  65       }
  66       else
  67       {
  68         int c = 0;
  69         int max_aa = 0;
  70         int n = max.length();
  71
  72         do
  73         {
  74           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  75         } while (++max_aa < n);
  76
  77         if (c > 0)
  78         {
  79           currentColour = LIGHT_BLUE;
  80         }
  81         else
  82         {
  83           currentColour = Color.white;
  84         }
  85       }
  86
  87       if (conservationColouring)
  88       {
  89         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  90       }
  91     }
  92     else
  93     {
  94       return Color.white;
  95     }
  96
  97     return currentColour;
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 102           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 103   {
 104     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 105     return newcs;
 106   }
 107 }