src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(String s, int j)\r
  34   {\r
  35     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  36     {\r
  37       return Color.white;\r
  38     }\r
  39 \r
  40     Hashtable hash = (Hashtable) consensus.elementAt(j);\r
  41 \r
  42     if (!jalview.util.Comparison.isGap( (s.charAt(0))))\r
  43     {\r
  44       String max = (String) hash.get("maxResidue");\r
  45 \r
  46       if (max.indexOf(s) > -1)\r
  47       {\r
  48         return new Color(154, 154, 255);\r
  49       }\r
  50       else\r
  51       {\r
  52         int c = 0;\r
  53         int max_aa = 0;\r
  54         int n = max.length();\r
  55 \r
  56         do\r
  57         {\r
  58           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  59               max_aa + 1), s);\r
  60         }\r
  61         while (++max_aa < n);\r
  62 \r
  63         if (c > 0)\r
  64         {\r
  65           return new Color(204, 204, 255);\r
  66         }\r
  67         else\r
  68         {\r
  69           return Color.white;\r
  70         }\r
  71       }\r
  72     }\r
  73     else\r
  74     {\r
  75       return Color.white;\r
  76     }\r
  77   }\r
  78 }\r