src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ClustalxColourScheme\r
  28     extends ResidueColourScheme\r
  29 {\r
  30   public static Hashtable colhash = new Hashtable();\r
  31   Hashtable[] cons;\r
  32   int[][] cons2;\r
  33   ConsensusColour[] colours;\r
  34   ConsensusColour[] ResidueColour;\r
  35   int size;\r
  36   Consensus[] conses = new Consensus[32];\r
  37   Vector colourTable = new Vector();\r
  38 \r
  39   {\r
  40     colhash.put("RED", new Color( (float) 0.9, (float) 0.2, (float) 0.1));\r
  41     colhash.put("BLUE", new Color( (float) 0.5, (float) 0.7, (float) 0.9));\r
  42     colhash.put("GREEN", new Color( (float) 0.1, (float) 0.8, (float) 0.1));\r
  43     colhash.put("ORANGE", new Color( (float) 0.9, (float) 0.6, (float) 0.3));\r
  44     colhash.put("CYAN", new Color( (float) 0.1, (float) 0.7, (float) 0.7));\r
  45     colhash.put("PINK", new Color( (float) 0.9, (float) 0.5, (float) 0.5));\r
  46     colhash.put("MAGENTA", new Color( (float) 0.8, (float) 0.3, (float) 0.8));\r
  47     colhash.put("YELLOW", new Color( (float) 0.8, (float) 0.8, (float) 0.0));\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public ClustalxColourScheme(Vector seqs, int maxWidth)\r
  51   {\r
  52     resetClustalX(seqs, maxWidth);\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void resetClustalX(Vector seqs, int maxWidth)\r
  56   {\r
  57     cons2 = new int[maxWidth][24];\r
  58 \r
  59     int start = 0;\r
  60 \r
  61     // Initialize the array\r
  62     for (int j = 0; j < 24; j++)\r
  63     {\r
  64       for (int i = 0; i < maxWidth; i++)\r
  65       {\r
  66         cons2[i][j] = 0;\r
  67       }\r
  68     }\r
  69 \r
  70     int res;\r
  71     int i;\r
  72     int j = 0;\r
  73     String seq;\r
  74 \r
  75     while (j < seqs.size())\r
  76     {\r
  77       seq = ( (SequenceI) seqs.elementAt(j)).getSequence();\r
  78 \r
  79       int end_j = seq.length() - 1;\r
  80 \r
  81       for (i = start; i <= end_j; i++)\r
  82       {\r
  83         if ( (seq.length() - 1) < i)\r
  84         {\r
  85           res = 23;\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89           res =  ResidueProperties.aaIndex[seq.charAt(i)];\r
  90         }\r
  91 \r
  92         cons2[i][res]++;\r
  93       }\r
  94 \r
  95       j++;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     this.size = seqs.size();\r
  99     makeColours();\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void makeColours()\r
 103   {\r
 104     conses[0] = new Consensus("WLVIMAFCYHP", 60);\r
 105     conses[1] = new Consensus("WLVIMAFCYHP", 80);\r
 106     conses[2] = new Consensus("ED", 50);\r
 107     conses[3] = new Consensus("KR", 60);\r
 108     conses[4] = new Consensus("G", 50);\r
 109     conses[5] = new Consensus("N", 50);\r
 110     conses[6] = new Consensus("QE", 50);\r
 111     conses[7] = new Consensus("P", 50);\r
 112     conses[8] = new Consensus("TS", 50);\r
 113 \r
 114     conses[26] = new Consensus("A", 85);\r
 115     conses[27] = new Consensus("C", 85);\r
 116     conses[10] = new Consensus("E", 85);\r
 117     conses[11] = new Consensus("F", 85);\r
 118     conses[12] = new Consensus("G", 85);\r
 119     conses[13] = new Consensus("H", 85);\r
 120     conses[14] = new Consensus("I", 85);\r
 121     conses[15] = new Consensus("L", 85);\r
 122     conses[16] = new Consensus("M", 85);\r
 123     conses[17] = new Consensus("N", 85);\r
 124     conses[18] = new Consensus("P", 85);\r
 125     conses[19] = new Consensus("Q", 85);\r
 126     conses[20] = new Consensus("R", 85);\r
 127     conses[21] = new Consensus("S", 85);\r
 128     conses[22] = new Consensus("T", 85);\r
 129     conses[23] = new Consensus("V", 85);\r
 130     conses[24] = new Consensus("W", 85);\r
 131     conses[25] = new Consensus("Y", 85);\r
 132     conses[28] = new Consensus("K", 85);\r
 133     conses[29] = new Consensus("D", 85);\r
 134 \r
 135     conses[30] = new Consensus("G", 0);\r
 136     conses[31] = new Consensus("P", 0);\r
 137 \r
 138     // We now construct the colours\r
 139     colours = new ConsensusColour[11];\r
 140 \r
 141     Consensus[] tmp8 = new Consensus[1];\r
 142     tmp8[0] = conses[30]; //G\r
 143     colours[7] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("ORANGE"), tmp8);\r
 144 \r
 145     Consensus[] tmp9 = new Consensus[1];\r
 146     tmp9[0] = conses[31]; //P\r
 147     colours[8] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("YELLOW"), tmp9);\r
 148 \r
 149     Consensus[] tmp10 = new Consensus[1];\r
 150     tmp10[0] = conses[27]; //C\r
 151     colours[9] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("PINK"), tmp8);\r
 152 \r
 153     Consensus[] tmp1 = new Consensus[14];\r
 154     tmp1[0] = conses[0]; //%\r
 155     tmp1[1] = conses[1]; //#\r
 156     tmp1[2] = conses[26]; //A\r
 157     tmp1[3] = conses[27]; //C\r
 158     tmp1[4] = conses[11]; //F\r
 159     tmp1[5] = conses[13]; //H\r
 160     tmp1[6] = conses[14]; //I\r
 161     tmp1[7] = conses[15]; //L\r
 162     tmp1[8] = conses[16]; //M\r
 163     tmp1[9] = conses[23]; //V\r
 164     tmp1[10] = conses[24]; //W\r
 165     tmp1[11] = conses[25]; //Y\r
 166     tmp1[12] = conses[18]; //P\r
 167     tmp1[13] = conses[19]; //p\r
 168     colours[0] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("BLUE"), tmp1);\r
 169 \r
 170     colours[10] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("CYAN"), tmp1);\r
 171 \r
 172     Consensus[] tmp2 = new Consensus[5];\r
 173     tmp2[0] = conses[8]; //t\r
 174     tmp2[1] = conses[21]; //S\r
 175     tmp2[2] = conses[22]; //T\r
 176     tmp2[3] = conses[0]; //%\r
 177     tmp2[4] = conses[1]; //#\r
 178     colours[1] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("GREEN"), tmp2);\r
 179 \r
 180     Consensus[] tmp3 = new Consensus[3];\r
 181 \r
 182     tmp3[0] = conses[17]; //N\r
 183     tmp3[1] = conses[29]; //D\r
 184     tmp3[2] = conses[5]; //n\r
 185     colours[2] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("GREEN"), tmp3);\r
 186 \r
 187     Consensus[] tmp4 = new Consensus[6];\r
 188     tmp4[0] = conses[6]; // q = QE\r
 189     tmp4[1] = conses[19]; //Q\r
 190     tmp4[2] = conses[22]; //E\r
 191     tmp4[3] = conses[3]; //+\r
 192     tmp4[4] = conses[28]; //K\r
 193     tmp4[5] = conses[20]; //R\r
 194     colours[3] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("GREEN"), tmp4);\r
 195 \r
 196     Consensus[] tmp5 = new Consensus[4];\r
 197     tmp5[0] = conses[3]; //+\r
 198     tmp5[1] = conses[28]; //K\r
 199     tmp5[2] = conses[20]; //R\r
 200     tmp5[3] = conses[19]; //Q\r
 201     colours[4] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("RED"), tmp5);\r
 202 \r
 203     Consensus[] tmp6 = new Consensus[5];\r
 204     tmp6[0] = conses[3]; //-\r
 205     tmp6[1] = conses[29]; //D\r
 206     tmp6[2] = conses[10]; //E\r
 207     tmp6[3] = conses[6]; //q\r
 208     tmp6[4] = conses[19]; //Q\r
 209     colours[5] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("MAGENTA"), tmp6);\r
 210 \r
 211     Consensus[] tmp7 = new Consensus[5];\r
 212     tmp7[0] = conses[3]; //-\r
 213     tmp7[1] = conses[29]; //D\r
 214     tmp7[2] = conses[10]; //E\r
 215     tmp7[3] = conses[17]; //N\r
 216     tmp7[4] = conses[2]; //DE\r
 217     colours[6] = new ConsensusColour( (Color) colhash.get("MAGENTA"), tmp7);\r
 218 \r
 219     // Now attach the ConsensusColours to the residue letters\r
 220     ResidueColour = new ConsensusColour[20];\r
 221     ResidueColour[0] = colours[0]; // A\r
 222     ResidueColour[1] = colours[4]; // R\r
 223     ResidueColour[2] = colours[2]; // N\r
 224     ResidueColour[3] = colours[6]; // D\r
 225     ResidueColour[4] = colours[0]; // C\r
 226     ResidueColour[5] = colours[3]; // Q\r
 227     ResidueColour[6] = colours[5]; // E\r
 228     ResidueColour[7] = colours[7]; // G\r
 229     ResidueColour[8] = colours[10]; // H\r
 230     ResidueColour[9] = colours[0]; // I\r
 231     ResidueColour[10] = colours[0]; // L\r
 232     ResidueColour[11] = colours[4]; // K\r
 233     ResidueColour[12] = colours[0]; // M\r
 234     ResidueColour[13] = colours[0]; // F\r
 235     ResidueColour[14] = colours[8]; // P\r
 236     ResidueColour[15] = colours[1]; // S\r
 237     ResidueColour[16] = colours[1]; // T\r
 238     ResidueColour[17] = colours[0]; // W\r
 239     ResidueColour[18] = colours[10]; // Y\r
 240     ResidueColour[19] = colours[0]; // V\r
 241   }\r
 242 \r
 243   public Color findColour(String s)\r
 244   {\r
 245     return Color.pink;\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public Color findColour(String s, int j)\r
 249   {\r
 250     Color currentColour;\r
 251 \r
 252 \r
 253     if ( cons2.length<=j || (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j)))\r
 254     {\r
 255       return Color.white;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     int i = ResidueProperties.aaIndex[s.charAt(0)];\r
 259 \r
 260     currentColour = Color.white;\r
 261 \r
 262     if (i > 19)\r
 263     {\r
 264       return currentColour;\r
 265     }\r
 266 \r
 267   for (int k = 0; k < ResidueColour[i].conses.length; k++)\r
 268   {\r
 269     if (ResidueColour[i].conses[k].isConserved(cons2, j, size))\r
 270     {\r
 271       currentColour = ResidueColour[i].c;\r
 272     }\r
 273   }\r
 274 \r
 275     if (i == 4)\r
 276     {\r
 277       if (conses[27].isConserved(cons2, j, size))\r
 278       {\r
 279         currentColour = (Color) colhash.get("PINK");\r
 280       }\r
 281     }\r
 282 \r
 283     if(conservationColouring)\r
 284          applyConservation(currentColour, j);\r
 285 \r
 286     return currentColour;\r
 287   }\r
 288 }\r
 289 \r
 290 class ConsensusColour\r
 291 {\r
 292   Consensus[] conses;\r
 293   Color c;\r
 294 \r
 295   public ConsensusColour(Color c, Consensus[] conses)\r
 296   {\r
 297     this.conses = conses;\r
 298 \r
 299     //    this.list = list;\r
 300     this.c = c;\r
 301   }\r
 302 }\r