src/jalview/schemes/ColourSchemeLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileInputStream;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29
  30 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  31 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  32 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  33 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  34
  35 public class ColourSchemeLoader
  36 {
  37
  38   /**
  39    * Loads a user defined colour scheme from file. The file should contain a
  40    * definition of residue colours in XML format as defined in
  41    * JalviewUserColours.xsd.
  42    *
  43    * @param filePath
  44    *
  45    * @return
  46    */
  47   public static UserColourScheme loadColourScheme(String filePath)
  48   {
  49     UserColourScheme ucs = null;
  50     Color[] newColours = null;
  51     File file = new File(filePath);
  52     try
  53     {
  54       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
  55               new FileInputStream(file), "UTF-8");
  56
  57       JAXBContext jc = JAXBContext
  58               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
  59       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
  60       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
  61               .createXMLStreamReader(in);
  62       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
  63               JalviewUserColours.class);
  64       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
  65
  66       /*
  67        * non-case-sensitive colours are for 20 amino acid codes,
  68        * B, Z, X and Gap
  69        * optionally, lower-case alternatives for all except Gap
  70        */
  71       newColours = new Color[24];
  72       Color[] lowerCase = new Color[23];
  73       boolean caseSensitive = false;
  74
  75       String name;
  76       int index;
  77       for (int i = 0; i < jucs.getColour().size(); i++)
  78       {
  79         name = jucs.getColour().get(i).getName();
  80         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
  81         {
  82           index = ResidueProperties.aa3Hash.get(name).intValue();
  83         }
  84         else
  85         {
  86           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
  87         }
  88         if (index == -1)
  89         {
  90           continue;
  91         }
  92
  93         Color color = new Color(
  94                 Integer.parseInt(jucs.getColour().get(i).getRGB(), 16));
  95         if (name.toLowerCase().equals(name))
  96         {
  97           caseSensitive = true;
  98           lowerCase[index] = color;
  99         }
 100         else
 101         {
 102           newColours[index] = color;
 103         }
 104       }
 105
 106       /*
 107        * instantiate the colour scheme
 108        */
 109       ucs = new UserColourScheme(newColours);
 110       ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 111       if (caseSensitive)
 112       {
 113         ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 114       }
 115     } catch (Exception ex)
 116     {
 117       // Could be old Jalview Archive format
 118       try
 119       {
 120         InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 121                 new FileInputStream(file), "UTF-8");
 122
 123         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 124
 125         jucs = jalview.binding.JalviewUserColours.unmarshal(in);
 126
 127         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 128
 129         for (int i = 0; i < 24; i++)
 130         {
 131           newColours[i] = new Color(
 132                   Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 133         }
 134         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 135         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 136       } catch (Exception ex2)
 137       {
 138         ex2.printStackTrace();
 139       }
 140
 141       if (newColours == null)
 142       {
 143         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 144       }
 145     }
 146
 147     return ucs;
 148   }
 149
 150 }