src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21
  22 /**
  23  * DOCUMENT ME!
  24  *
  25  * @author $author$
  26  * @version $Revision$
  27  */
  28 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  29 {
  30   /**
  31    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  32    */
  33   public NucleotideColourScheme()
  34   {
  35     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
  36   }
  37
  38   /**
  39    * DOCUMENT ME!
  40    *
  41    * @param n
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    *
  44    * @return DOCUMENT ME!
  45    */
  46   @Override
  47   public Color findColour(char c)
  48   {
  49     // System.out.println("called"); log.debug
  50     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  51   }
  52
  53   /**
  54    * DOCUMENT ME!
  55    *
  56    * @param n
  57    *          DOCUMENT ME!
  58    * @param j
  59    *          DOCUMENT ME!
  60    *
  61    * @return DOCUMENT ME!
  62    */
  63   @Override
  64   public Color findColour(char c, int j, int sequenceIndex)
  65   {
  66     Color currentColour;
  67     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  68     {
  69       try
  70       {
  71         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  72       } catch (Exception ex)
  73       {
  74         return Color.white;
  75       }
  76     }
  77     else
  78     {
  79       return Color.white;
  80     }
  81
  82     if (conservationColouring)
  83     {
  84       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  85     }
  86
  87     return currentColour;
  88   }
  89 }