src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  30 {
  31   public Color[] pidColours;
  32
  33   public float[] thresholds;
  34
  35   SequenceGroup group;
  36
  37   public PIDColourScheme()
  38   {
  39     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  40     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  45   {
  46     if ('a' <= c && c <= 'z')
  47     {
  48       c -= ('a' - 'A');
  49     }
  50
  51     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  52     {
  53       return Color.white;
  54     }
  55
  56     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  57     {
  58       return Color.white;
  59     }
  60
  61     Color currentColour = Color.white;
  62
  63     double sc = 0;
  64
  65     if (consensus.length <= j)
  66     {
  67       return Color.white;
  68     }
  69
  70     /*
  71      * test whether this is the consensus (or joint consensus) residue
  72      */
  73     boolean matchesConsensus = consensus[j].getModalResidue().contains(
  74             String.valueOf(c));
  75     if (matchesConsensus)
  76     {
  77       sc = consensus[j].getPercentageIdentity(ignoreGaps);
  78
  79       if (!Comparison.isGap(c))
  80       {
  81         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  82         {
  83           if (sc > thresholds[i])
  84           {
  85             currentColour = pidColours[i];
  86             break;
  87           }
  88         }
  89       }
  90     }
  91
  92     if (conservationColouring)
  93     {
  94       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  95     }
  96
  97     return currentColour;
  98   }
  99 }