src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  25 \r
  26 public class PIDColourScheme\r
  27     extends ResidueColourScheme\r
  28 {\r
  29   public Color[] pidColours;\r
  30   public float[] thresholds;\r
  31   SequenceGroup group;\r
  32 \r
  33   public PIDColourScheme()\r
  34   {\r
  35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public Color findColour(String s, int j)\r
  40   {\r
  41     char res = s.charAt(0);\r
  42     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
  43     {\r
  44       s = String.valueOf(res -= ('a' - 'A'));\r
  45     }\r
  46 \r
  47     if (consensus == null\r
  48         || j >= consensus.length\r
  49         || consensus[j]==null)\r
  50     {\r
  51       return Color.white;\r
  52     }\r
  53 \r
  54     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  55     {\r
  56       return Color.white;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     currentColour = Color.white;\r
  60 \r
  61     double sc = 0;\r
  62 \r
  63     if(consensus.length<=j)\r
  64       return Color.white;\r
  65 \r
  66       if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1) &&\r
  67           consensus[j].contains(s))\r
  68       {\r
  69         sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
  70 \r
  71         if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
  72         {\r
  73           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  74           {\r
  75             if (sc > thresholds[i])\r
  76             {\r
  77               currentColour = pidColours[i];\r
  78 \r
  79               break;\r
  80             }\r
  81           }\r
  82         }\r
  83       }\r
  84 \r
  85     if(conservationColouring)\r
  86          applyConservation(j);\r
  87 \r
  88     return currentColour;\r
  89   }\r
  90 }\r