src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27
  28 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  29 {
  30   public Color[] pidColours;
  31
  32   public float[] thresholds;
  33
  34   SequenceGroup group;
  35
  36   public PIDColourScheme()
  37   {
  38     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  39     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  44   {
  45     if ('a' <= c && c <= 'z')
  46     {
  47       c -= ('a' - 'A');
  48     }
  49
  50     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  51     {
  52       return Color.white;
  53     }
  54
  55     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  56     {
  57       return Color.white;
  58     }
  59
  60     Color currentColour = Color.white;
  61
  62     double sc = 0;
  63
  64     if (consensus.length <= j)
  65     {
  66       return Color.white;
  67     }
  68
  69     if (consensus[j].getMaxCount() > 0) //!= -1)
  70             //&& consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
  71     {
  72       sc = consensus[j].getPercentageIdentity(ignoreGaps);
  73
  74       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
  75       {
  76         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  77         {
  78           if (sc > thresholds[i])
  79           {
  80             currentColour = pidColours[i];
  81
  82             break;
  83           }
  84         }
  85       }
  86     }
  87
  88     if (conservationColouring)
  89     {
  90       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  91     }
  92
  93     return currentColour;
  94   }
  95 }