src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.Comparison;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  34 {
  35   private static final Color[] pidColours = { new Color(100, 100, 255),
  36       new Color(153, 153, 255), new Color(204, 204, 255), };
  37
  38   private static final float[] thresholds = { 80, 60, 40, };
  39
  40   SequenceGroup group;
  41
  42   public PIDColourScheme()
  43   {
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq,
  48           String consensusResidue, float pid)
  49   {
  50     /*
  51      * compare as upper case; note consensusResidue is
  52      * always computed as uppercase
  53      */
  54     if ('a' <= c && c <= 'z')
  55     {
  56       c -= ('a' - 'A');
  57     }
  58
  59     if (consensusResidue == null || Comparison.isGap(c))
  60     {
  61       return Color.white;
  62     }
  63
  64     Color colour = Color.white;
  65
  66     /*
  67      * test whether this is the consensus (or joint consensus) residue
  68      */
  69     boolean matchesConsensus = consensusResidue.contains(String.valueOf(c));
  70     if (matchesConsensus)
  71     {
  72       for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  73       {
  74         if (pid > thresholds[i])
  75         {
  76           colour = pidColours[i];
  77           break;
  78         }
  79       }
  80     }
  81
  82     return colour;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public String getSchemeName()
  87   {
  88     return JalviewColourScheme.PID.toString();
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  93    * be coloured
  94    */
  95   @Override
  96   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  97           AnnotatedCollectionI coll,
  98           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  99   {
 100     return new PIDColourScheme();
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public boolean isSimple()
 105   {
 106     return false;
 107   }
 108 }