src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.*;\r
   5 \r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  10     public Color[] pidColours;\r
  11     public float[] thresholds;\r
  12 \r
  13     SequenceGroup group;\r
  14 \r
  15     public PIDColourScheme() {\r
  16         this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  17         this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  18     }\r
  19   public Color getColour(SequenceI seq, int j,Vector aa) {\r
  20     Color c = Color.white;\r
  21 \r
  22     String       s = seq.getSequence(j,j+1);\r
  23 \r
  24     if (aa != null && j < aa.size()) {\r
  25         c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  26     }\r
  27 \r
  28     return c;\r
  29   }\r
  30 \r
  31   public Color findColour(SequenceI seq,String s, int j,Vector aa) {\r
  32       Color     c    = Color.white;\r
  33       Hashtable hash = null;\r
  34 \r
  35       if (aa != null) {\r
  36           hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  37       }\r
  38       else\r
  39         return c;\r
  40 \r
  41       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  42 \r
  43       double sc = 0;\r
  44       if (((Integer)hash.get("maxCount")).intValue() != -1  && hash.contains(s)) {\r
  45           sc = ((Integer)hash.get(s)).intValue()*100.0/Integer.parseInt((String)hash.get("maxResidue"));\r
  46 \r
  47           // MC Should be isGap\r
  48           if  ( !s.equals("-")  && !s.equals(".") && !s.equals(" ")) {\r
  49               for (int i=0; i < thresholds.length; i++) {\r
  50                   if (sc > thresholds[i]) {\r
  51                       c = pidColours[i];\r
  52                       break;\r
  53                   }\r
  54               }\r
  55           } else {\r
  56               c = Color.white;\r
  57           }\r
  58       }\r
  59       return c;\r
  60   }\r
  61 }\r