src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
   8     public Color[] pidColours;\r
   9     public float[] thresholds;\r
  10 \r
  11     SequenceGroup group;\r
  12 \r
  13     public PIDColourScheme() {\r
  14         this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  15         this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  16     }\r
  17  /* public Color getColour(SequenceI seq, int j,Vector aa) {\r
  18     Color c = Color.white;\r
  19 \r
  20     String       s = seq.getSequence(j,j+1);\r
  21 \r
  22     if (aa != null && j < aa.size()) {\r
  23         c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  24     }\r
  25 \r
  26     return c;\r
  27   }\r
  28 */\r
  29   public Color findColour(SequenceI seq,String s, int j,Vector aa) {\r
  30       Color     c    = Color.white;\r
  31       Hashtable hash = null;\r
  32 \r
  33       if (aa != null) {\r
  34           hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  35       }\r
  36       else\r
  37         return c;\r
  38 \r
  39       String    max  = (String)hash.get("maxResidue");\r
  40 \r
  41       double sc = 0;\r
  42       if (((Integer)hash.get("maxCount")).intValue() != -1  && hash.contains(s)) {\r
  43           sc = ((Integer)hash.get(s)).intValue()*100.0/Integer.parseInt((String)hash.get("maxResidue"));\r
  44 \r
  45           // MC Should be isGap\r
  46           if  ( !s.equals("-")  && !s.equals(".") && !s.equals(" ")) {\r
  47               for (int i=0; i < thresholds.length; i++) {\r
  48                   if (sc > thresholds[i]) {\r
  49                       c = pidColours[i];\r
  50                       break;\r
  51                   }\r
  52               }\r
  53           } else {\r
  54               c = Color.white;\r
  55           }\r
  56       }\r
  57       return c;\r
  58   }\r
  59 }\r