src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  29     public Color[] pidColours;\r
  30     public float[] thresholds;\r
  31     SequenceGroup group;\r
  32 \r
  33     public PIDColourScheme() {\r
  34         this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  35         this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public Color findColour(String s, int j) {\r
  39         if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j)) {\r
  40             return Color.white;\r
  41         }\r
  42 \r
  43         Color c = Color.white;\r
  44         Hashtable hash = (Hashtable) consensus.elementAt(j);\r
  45 \r
  46         double sc = 0;\r
  47 \r
  48         if ((Integer.parseInt(hash.get("maxCount").toString()) != -1) &&\r
  49                 hash.contains(s)) {\r
  50             sc = (((Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0) / ((Integer) hash.get(\r
  51                     "size")).intValue();\r
  52 \r
  53             // MC Should be isGap\r
  54             if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0)))) {\r
  55                 for (int i = 0; i < thresholds.length; i++) {\r
  56                     if (sc > thresholds[i]) {\r
  57                         c = pidColours[i];\r
  58 \r
  59                         break;\r
  60                     }\r
  61                 }\r
  62             }\r
  63         }\r
  64 \r
  65         return c;\r
  66     }\r
  67 }\r