src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
   8     public Color[] pidColours;\r
   9     public float[] thresholds;\r
  10 \r
  11     SequenceGroup group;\r
  12 \r
  13     public PIDColourScheme() {\r
  14         this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  15         this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  16     }\r
  17 \r
  18 \r
  19 \r
  20   public Color findColour(String s, int j) {\r
  21 \r
  22     if( threshold!=0 && !aboveThreshold(s,j))\r
  23       return Color.white;\r
  24 \r
  25     Color     c    = Color.white;\r
  26       Hashtable hash =  (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  27 \r
  28       double sc = 0;\r
  29       if ( Integer.parseInt( hash.get("maxCount").toString() ) != -1 && hash.contains(s))\r
  30       {\r
  31         sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0 / ((Integer)hash.get("size")).intValue() ;\r
  32         // MC Should be isGap\r
  33         if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  34         {\r
  35           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  36           {\r
  37             if (sc > thresholds[i])\r
  38             {\r
  39               c = pidColours[i];\r
  40               break;\r
  41             }\r
  42           }\r
  43         }\r
  44 \r
  45       }\r
  46       return c;\r
  47   }\r
  48 }\r