src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class PIDColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Color[] pidColours;\r
  29   public float[] thresholds;\r
  30   SequenceGroup group;\r
  31 \r
  32   public PIDColourScheme()\r
  33   {\r
  34     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  35     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public Color findColour(String s, int j)\r
  39   {\r
  40     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  41     {\r
  42       return Color.white;\r
  43     }\r
  44 \r
  45     Color c = Color.white;\r
  46 \r
  47     double sc = 0;\r
  48 \r
  49     if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get("maxCount").toString()) != -1) &&\r
  50         consensus[j].contains(s))\r
  51     {\r
  52       sc = ((Float)consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
  53 \r
  54       if (!jalview.util.Comparison.isGap( (s.charAt(0))))\r
  55       {\r
  56         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  57         {\r
  58           if (sc > thresholds[i])\r
  59           {\r
  60             c = pidColours[i];\r
  61 \r
  62             break;\r
  63           }\r
  64         }\r
  65       }\r
  66     }\r
  67 \r
  68     return c;\r
  69   }\r
  70 }\r