src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.*;\r
  25 \r
  26 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  27     public Color[] pidColours;\r
  28     public float[] thresholds;\r
  29 \r
  30     SequenceGroup group;\r
  31 \r
  32     public PIDColourScheme() {\r
  33         this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  34         this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  35     }\r
  36 \r
  37 \r
  38 \r
  39   public Color findColour(String s, int j) {\r
  40 \r
  41     if( threshold!=0 && !aboveThreshold(s,j))\r
  42       return Color.white;\r
  43 \r
  44     Color     c    = Color.white;\r
  45       Hashtable hash =  (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  46 \r
  47       double sc = 0;\r
  48       if ( Integer.parseInt( hash.get("maxCount").toString() ) != -1 && hash.contains(s))\r
  49       {\r
  50         sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0 / ((Integer)hash.get("size")).intValue() ;\r
  51         // MC Should be isGap\r
  52         if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
  53         {\r
  54           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  55           {\r
  56             if (sc > thresholds[i])\r
  57             {\r
  58               c = pidColours[i];\r
  59               break;\r
  60             }\r
  61           }\r
  62         }\r
  63 \r
  64       }\r
  65       return c;\r
  66   }\r
  67 }\r