src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  25 \r
  26 public class PIDColourScheme\r
  27     extends ResidueColourScheme\r
  28 {\r
  29   public Color[] pidColours;\r
  30   public float[] thresholds;\r
  31   SequenceGroup group;\r
  32 \r
  33   public PIDColourScheme()\r
  34   {\r
  35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public Color findColour(String s, int j)\r
  40   {\r
  41     char res = s.charAt(0);\r
  42     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
  43     {\r
  44       s = String.valueOf(res -= ('a' - 'A'));\r
  45     }\r
  46 \r
  47 \r
  48     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  49     {\r
  50       return Color.white;\r
  51     }\r
  52 \r
  53     currentColour = Color.white;\r
  54 \r
  55     double sc = 0;\r
  56 \r
  57     if(consensus.length<=j)\r
  58       return Color.white;\r
  59 \r
  60       if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1) &&\r
  61           consensus[j].contains(s))\r
  62       {\r
  63         sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
  64 \r
  65         if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
  66         {\r
  67           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  68           {\r
  69             if (sc > thresholds[i])\r
  70             {\r
  71               currentColour = pidColours[i];\r
  72 \r
  73               break;\r
  74             }\r
  75           }\r
  76         }\r
  77       }\r
  78 \r
  79     if(conservationColouring)\r
  80          applyConservation(j);\r
  81 \r
  82     return currentColour;\r
  83   }\r
  84 }\r