src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class PIDColourScheme\r
  28     extends ResidueColourScheme\r
  29 {\r
  30   public Color[] pidColours;\r
  31   public float[] thresholds;\r
  32   SequenceGroup group;\r
  33 \r
  34   public PIDColourScheme()\r
  35   {\r
  36     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  37     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public Color findColour(String s, int j)\r
  41   {\r
  42     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  43     {\r
  44       return Color.white;\r
  45     }\r
  46 \r
  47     Color c = Color.white;\r
  48     Hashtable hash = (Hashtable) consensus.elementAt(j);\r
  49 \r
  50     double sc = 0;\r
  51 \r
  52     if ( (Integer.parseInt(hash.get("maxCount").toString()) != -1) &&\r
  53         hash.contains(s))\r
  54     {\r
  55       sc = ( ( (Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0) /\r
  56           ( (Integer) hash.get(\r
  57               "size")).intValue();\r
  58 \r
  59       // MC Should be isGap\r
  60       if (!jalview.util.Comparison.isGap( (s.charAt(0))))\r
  61       {\r
  62         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  63         {\r
  64           if (sc > thresholds[i])\r
  65           {\r
  66             c = pidColours[i];\r
  67 \r
  68             break;\r
  69           }\r
  70         }\r
  71       }\r
  72     }\r
  73 \r
  74     return c;\r
  75   }\r
  76 }\r