src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 /**
  30  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  31  * change colors based on covariation.
  32  *
  33  * @author Lauren Michelle Lui
  34  *
  35  */
  36 public class RNAHelicesColourChooser
  37 {
  38
  39   AlignViewportI av;
  40
  41   AlignmentViewPanel ap;
  42
  43   ColourSchemeI oldcs;
  44
  45   Hashtable oldgroupColours;
  46
  47   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  48
  49   boolean adjusting = false;
  50
  51   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  52           final AlignmentViewPanel ap)
  53   {
  54     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  55     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  56     {
  57       oldgroupColours = new Hashtable();
  58       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  59       {
  60         if (sg.cs != null)
  61         {
  62           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  63         }
  64       }
  65     }
  66     this.av = av;
  67     this.ap = ap;
  68
  69     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  70     {
  71       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  72
  73     }
  74
  75     adjusting = true;
  76     Vector list = new Vector();
  77     int index = 1;
  78     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  79     {
  80       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  81       if (!list.contains(label))
  82         list.addElement(label);
  83       else
  84         list.addElement(label + "_" + (index++));
  85     }
  86
  87     adjusting = false;
  88
  89     changeColour();
  90
  91   }
  92
  93   void changeColour()
  94   {
  95     // Check if combobox is still adjusting
  96     if (adjusting)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     // This loop will find the first rna structure annotation by which to colour
 102     //  the sequences.
 103     AlignmentAnnotation[] annotations = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 104     for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {
 105
 106         // is this a sensible way of determining type of annotation?
 107         if (annotations[i].getRNAStruc() != null) {
 108                 currentAnnotation = annotations[i];
 109                 break;
 110         }
 111     }
 112     if (currentAnnotation == null)
 113     {
 114         System.err.println("Jalview is about to try and colour by RNAHelices even"
 115                         + " though there are no RNA secondary structure annotations present!");
 116         currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 117     }
 118
 119     RNAHelicesColour rhc = null;
 120
 121     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 122
 123     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 124
 125     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 126     {
 127       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 128       {
 129         if (sg.cs == null)
 130         {
 131           continue;
 132         }
 133
 134         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 135
 136       }
 137     }
 138
 139     ap.paintAlignment(false);
 140   }
 141
 142   void reset()
 143   {
 144     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 145     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 146     {
 147       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 148       {
 149         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 155   {
 156     changeColour();
 157   }
 158
 159 }