src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   public RNAInteractionColourScheme()
  33   {
  34     super();
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public Color findColour(char c)
  39   {
  40     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  41     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  46   {
  47     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  48     Color currentColour;
  49     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  50     {
  51       try
  52       {
  53         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  54       } catch (Exception ex)
  55       {
  56         return Color.white;
  57       }
  58     }
  59     else
  60     {
  61       return Color.white;
  62     }
  63
  64     if (conservationColouring)
  65     {
  66       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  67     }
  68
  69     return currentColour;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public boolean isNucleotideSpecific()
  74   {
  75     return true;
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public String getSchemeName()
  80   {
  81     return "RNA Interaction type";
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  86    * be coloured
  87    */
  88   @Override
  89   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
  90           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  91   {
  92     return new RNAInteractionColourScheme();
  93   }
  94 }