src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI{\r
   8     Color    [] colors;\r
   9     int       threshold = 0;\r
  10 \r
  11     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  12         this.colors    = colors;\r
  13         this.threshold = threshold;\r
  14     }\r
  15 \r
  16     public ResidueColourScheme() {\r
  17     }\r
  18 \r
  19     public Color findColour(String aa)\r
  20     {\r
  21       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  22     }\r
  23 \r
  24     public Color findColour(String s, int j, Vector aa) {\r
  25 \r
  26        if( threshold==0 || aboveThreshold(aa,s,j))\r
  27           return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  28        else\r
  29           return Color.white;\r
  30 \r
  31     }\r
  32 \r
  33     public int getThreshold() {\r
  34         return threshold;\r
  35     }\r
  36 \r
  37     public void setThreshold(int ct) {\r
  38         threshold = ct;\r
  39     }\r
  40 \r
  41     public boolean aboveThreshold(Vector aa,String s, int j)\r
  42     {\r
  43 \r
  44         Hashtable hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  45 \r
  46         if ( ( (Integer) hash.get("maxCount")).intValue() != -1 && hash.contains(s))\r
  47         {\r
  48                ////  resCount////////////////////                  ///////////////seq count////////////\r
  49           double sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue()  * 100.0 / ( (Integer) hash.get("size")).intValue();\r
  50 \r
  51           if (sc >= threshold)\r
  52             return true;\r
  53 \r
  54         }\r
  55 \r
  56         return false;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public boolean canThreshold() {\r
  60         return true;\r
  61     }\r
  62     public boolean isUserDefinable() {\r
  63         return false;\r
  64     }\r
  65 }\r