src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;
  21 import jalview.analysis.Conservation;
  22 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  23 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.Hashtable;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI
  37 {
  38
  39   boolean conservationColouring = false;
  40
  41   Color[] colors = null;
  42
  43   int threshold = 0;
  44
  45   /* Set when threshold colouring to either pid_gaps or pid_nogaps */
  46   protected String ignoreGaps = AAFrequency.PID_GAPS;
  47
  48   /** Consenus as a hashtable array */
  49   Hashtable[] consensus;
  50
  51   /** Conservation string as a char array */
  52   char[] conservation;
  53
  54   int conservationLength = 0;
  55
  56   /** DOCUMENT ME!! */
  57   int inc = 30;
  58
  59   /**
  60    * Creates a new ResidueColourScheme object.
  61    *
  62    * @param colors
  63    *          DOCUMENT ME!
  64    * @param threshold
  65    *          DOCUMENT ME!
  66    */
  67   public ResidueColourScheme(Color[] colours, int threshold)
  68   {
  69     this.colors = colours;
  70     this.threshold = threshold;
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Creates a new ResidueColourScheme object.
  75    */
  76   public ResidueColourScheme()
  77   {
  78   }
  79
  80   /**
  81    * Find a colour without an index in a sequence
  82    */
  83   public Color findColour(char c)
  84   {
  85     return colors == null ? Color.white
  86             : colors[ResidueProperties.aaIndex[c]];
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  91   {
  92     Color currentColour;
  93
  94     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  95     {
  96       currentColour = colors[ResidueProperties.aaIndex[c]];
  97     }
  98     else
  99     {
 100       currentColour = Color.white;
 101     }
 102
 103     if (conservationColouring)
 104     {
 105       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
 106     }
 107
 108     return currentColour;
 109   }
 110   /**
 111    * Get the percentage threshold for this colour scheme
 112    *
 113    * @return Returns the percentage threshold
 114    */
 115   public int getThreshold()
 116   {
 117     return threshold;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * DOCUMENT ME!
 122    *
 123    * @param ct
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    */
 126   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps)
 127   {
 128     threshold = ct;
 129     if (ignoreGaps)
 130     {
 131       this.ignoreGaps = AAFrequency.PID_NOGAPS;
 132     }
 133     else
 134     {
 135       this.ignoreGaps = AAFrequency.PID_GAPS;
 136     }
 137   }
 138
 139   /**
 140    * DOCUMENT ME!
 141    *
 142    * @param s
 143    *          DOCUMENT ME!
 144    * @param j
 145    *          DOCUMENT ME!
 146    *
 147    * @return DOCUMENT ME!
 148    */
 149   public boolean aboveThreshold(char c, int j)
 150   {
 151     if ('a' <= c && c <= 'z')
 152     {
 153       // TO UPPERCASE !!!
 154       // Faster than toUpperCase
 155       c -= ('a' - 'A');
 156     }
 157
 158     if (consensus == null || consensus.length < j || consensus[j] == null)
 159     {
 160       return false;
 161     }
 162
 163     if ((((Integer) consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT)).intValue() != -1)
 164             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
 165     {
 166       if (((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue() >= threshold)
 167       {
 168         return true;
 169       }
 170     }
 171
 172     return false;
 173   }
 174
 175   public boolean conservationApplied()
 176   {
 177     return conservationColouring;
 178   }
 179
 180   public void setConservationInc(int i)
 181   {
 182     inc = i;
 183   }
 184
 185   public int getConservationInc()
 186   {
 187     return inc;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @param consensus
 194    *          DOCUMENT ME!
 195    */
 196   public void setConsensus(Hashtable[] consensus)
 197   {
 198     if (consensus == null)
 199     {
 200       return;
 201     }
 202
 203     this.consensus = consensus;
 204   }
 205
 206   public void setConservation(Conservation cons)
 207   {
 208     if (cons == null)
 209     {
 210       conservationColouring = false;
 211       conservation = null;
 212     }
 213     else
 214     {
 215       conservationColouring = true;
 216       int i, iSize = cons.getConsSequence().getLength();
 217       conservation = new char[iSize];
 218       for (i = 0; i < iSize; i++)
 219       {
 220         conservation[i] = cons.getConsSequence().getCharAt(i);
 221       }
 222       conservationLength = conservation.length;
 223     }
 224
 225   }
 226
 227   /**
 228    * DOCUMENT ME!
 229    *
 230    * @param s
 231    *          DOCUMENT ME!
 232    * @param i
 233    *          DOCUMENT ME!
 234    *
 235    * @return DOCUMENT ME!
 236    */
 237
 238   Color applyConservation(Color currentColour, int i)
 239   {
 240
 241     if ((conservationLength > i) && (conservation[i] != '*')
 242             && (conservation[i] != '+'))
 243     {
 244       if (jalview.util.Comparison.isGap(conservation[i]))
 245       {
 246         currentColour = Color.white;
 247       }
 248       else
 249       {
 250         float t = 11 - (conservation[i] - '0');
 251         if (t == 0)
 252         {
 253           return Color.white;
 254         }
 255
 256         int red = currentColour.getRed();
 257         int green = currentColour.getGreen();
 258         int blue = currentColour.getBlue();
 259
 260         int dr = 255 - red;
 261         int dg = 255 - green;
 262         int db = 255 - blue;
 263
 264         dr *= t / 10f;
 265         dg *= t / 10f;
 266         db *= t / 10f;
 267
 268         red += (inc / 20f) * dr;
 269         green += (inc / 20f) * dg;
 270         blue += (inc / 20f) * db;
 271
 272         if (red > 255 || green > 255 || blue > 255)
 273         {
 274           currentColour = Color.white;
 275         }
 276         else
 277         {
 278           currentColour = new Color(red, green, blue);
 279         }
 280       }
 281     }
 282     return currentColour;
 283   }
 284
 285   @Override
 286   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
 287           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 288   {
 289   }
 290
 291 }