src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.Arrays;
  26 import java.util.Enumeration;
  27 import java.util.HashMap;
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 public class ResidueProperties
  34 {
  35   // Stores residue codes/names and colours and other things
  36   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  37
  38   public static final int[] nucleotideIndex;
  39
  40   public static final int[] purinepyrimidineIndex;
  41
  42   public static final Map<String, Integer> aa3Hash = new HashMap<String, Integer>();
  43
  44   public static final Map<String, String> aa2Triplet = new HashMap<String, String>();
  45
  46   public static final Map<String, String> nucleotideName = new HashMap<String, String>();
  47
  48   // lookup from modified amino acid (e.g. MSE) to canonical form (e.g. MET)
  49   public static final Map<String, String> modifications = new HashMap<String, String>();
  50
  51   static
  52   {
  53     aaIndex = new int[255];
  54     for (int i = 0; i < 255; i++)
  55     {
  56       aaIndex[i] = 23;
  57     }
  58
  59     aaIndex['A'] = 0;
  60     aaIndex['R'] = 1;
  61     aaIndex['N'] = 2;
  62     aaIndex['D'] = 3;
  63     aaIndex['C'] = 4;
  64     aaIndex['Q'] = 5;
  65     aaIndex['E'] = 6;
  66     aaIndex['G'] = 7;
  67     aaIndex['H'] = 8;
  68     aaIndex['I'] = 9;
  69     aaIndex['L'] = 10;
  70     aaIndex['K'] = 11;
  71     aaIndex['M'] = 12;
  72     aaIndex['F'] = 13;
  73     aaIndex['P'] = 14;
  74     aaIndex['S'] = 15;
  75     aaIndex['T'] = 16;
  76     aaIndex['W'] = 17;
  77     aaIndex['Y'] = 18;
  78     aaIndex['V'] = 19;
  79     aaIndex['B'] = 20;
  80     aaIndex['Z'] = 21;
  81     aaIndex['X'] = 22;
  82     aaIndex['U'] = 22;
  83     aaIndex['a'] = 0;
  84     aaIndex['r'] = 1;
  85     aaIndex['n'] = 2;
  86     aaIndex['d'] = 3;
  87     aaIndex['c'] = 4;
  88     aaIndex['q'] = 5;
  89     aaIndex['e'] = 6;
  90     aaIndex['g'] = 7;
  91     aaIndex['h'] = 8;
  92     aaIndex['i'] = 9;
  93     aaIndex['l'] = 10;
  94     aaIndex['k'] = 11;
  95     aaIndex['m'] = 12;
  96     aaIndex['f'] = 13;
  97     aaIndex['p'] = 14;
  98     aaIndex['s'] = 15;
  99     aaIndex['t'] = 16;
 100     aaIndex['w'] = 17;
 101     aaIndex['y'] = 18;
 102     aaIndex['v'] = 19;
 103     aaIndex['b'] = 20;
 104     aaIndex['z'] = 21;
 105     aaIndex['x'] = 22;
 106     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
 107     // extend subt. matrices
 108   }
 109
 110   /**
 111    * maximum (gap) index for matrices involving protein alphabet
 112    */
 113   public final static int maxProteinIndex = 23;
 114
 115   /**
 116    * maximum (gap) index for matrices involving nucleotide alphabet
 117    */
 118   public final static int maxNucleotideIndex = 10;
 119
 120   static
 121   {
 122     nucleotideIndex = new int[255];
 123     for (int i = 0; i < 255; i++)
 124     {
 125       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 126     }
 127
 128     nucleotideIndex['A'] = 0;
 129     nucleotideIndex['a'] = 0;
 130     nucleotideIndex['C'] = 1;
 131     nucleotideIndex['c'] = 1;
 132     nucleotideIndex['G'] = 2;
 133     nucleotideIndex['g'] = 2;
 134     nucleotideIndex['T'] = 3;
 135     nucleotideIndex['t'] = 3;
 136     nucleotideIndex['U'] = 4;
 137     nucleotideIndex['u'] = 4;
 138     nucleotideIndex['I'] = 5;
 139     nucleotideIndex['i'] = 5;
 140     nucleotideIndex['X'] = 6;
 141     nucleotideIndex['x'] = 6;
 142     nucleotideIndex['R'] = 7;
 143     nucleotideIndex['r'] = 7;
 144     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 145     nucleotideIndex['y'] = 8;
 146     nucleotideIndex['N'] = 9;
 147     nucleotideIndex['n'] = 9;
 148
 149     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 150     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 151     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 152     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 153     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 154     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 155     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 156     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 157     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 158     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 159     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 160     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 161     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 162     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 163     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 164     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 165     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 166     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 167     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 168     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 169     nucleotideName.put("W", "Weak nucleotide (A or T)");
 170     nucleotideName.put("w", "Weak nucleotide (A or T)");
 171     nucleotideName.put("S", "Strong nucleotide (G or C)");
 172     nucleotideName.put("s", "Strong nucleotide (G or C)");
 173     nucleotideName.put("M", "Amino (A or C)");
 174     nucleotideName.put("m", "Amino (A or C)");
 175     nucleotideName.put("K", "Keto (G or T)");
 176     nucleotideName.put("k", "Keto (G or T)");
 177     nucleotideName.put("B", "Not A (G or C or T)");
 178     nucleotideName.put("b", "Not A (G or C or T)");
 179     nucleotideName.put("H", "Not G (A or C or T)");
 180     nucleotideName.put("h", "Not G (A or C or T)");
 181     nucleotideName.put("D", "Not C (A or G or T)");
 182     nucleotideName.put("d", "Not C (A or G or T)");
 183     nucleotideName.put("V", "Not T (A or G or C");
 184     nucleotideName.put("v", "Not T (A or G or C");
 185
 186   }
 187
 188   static
 189   {
 190     purinepyrimidineIndex = new int[255];
 191     for (int i = 0; i < 255; i++)
 192     {
 193       purinepyrimidineIndex[i] = 3; // non-nucleotide symbols are all non-gap
 194       // gaps.
 195     }
 196
 197     purinepyrimidineIndex['A'] = 0;
 198     purinepyrimidineIndex['a'] = 0;
 199     purinepyrimidineIndex['C'] = 1;
 200     purinepyrimidineIndex['c'] = 1;
 201     purinepyrimidineIndex['G'] = 0;
 202     purinepyrimidineIndex['g'] = 0;
 203     purinepyrimidineIndex['T'] = 1;
 204     purinepyrimidineIndex['t'] = 1;
 205     purinepyrimidineIndex['U'] = 1;
 206     purinepyrimidineIndex['u'] = 1;
 207     purinepyrimidineIndex['I'] = 2;
 208     purinepyrimidineIndex['i'] = 2;
 209     purinepyrimidineIndex['X'] = 2;
 210     purinepyrimidineIndex['x'] = 2;
 211     purinepyrimidineIndex['R'] = 0;
 212     purinepyrimidineIndex['r'] = 0;
 213     purinepyrimidineIndex['Y'] = 1;
 214     purinepyrimidineIndex['y'] = 1;
 215     purinepyrimidineIndex['N'] = 2;
 216     purinepyrimidineIndex['n'] = 2;
 217   }
 218
 219   private static final Integer ONE = Integer.valueOf(1);
 220
 221   private static final Integer ZERO = Integer.valueOf(0);
 222
 223   static
 224   {
 225     aa3Hash.put("ALA", ZERO);
 226     aa3Hash.put("ARG", ONE);
 227     aa3Hash.put("ASN", Integer.valueOf(2));
 228     aa3Hash.put("ASP", Integer.valueOf(3)); // D
 229     aa3Hash.put("CYS", Integer.valueOf(4));
 230     aa3Hash.put("GLN", Integer.valueOf(5)); // Q
 231     aa3Hash.put("GLU", Integer.valueOf(6)); // E
 232     aa3Hash.put("GLY", Integer.valueOf(7));
 233     aa3Hash.put("HIS", Integer.valueOf(8));
 234     aa3Hash.put("ILE", Integer.valueOf(9));
 235     aa3Hash.put("LEU", Integer.valueOf(10));
 236     aa3Hash.put("LYS", Integer.valueOf(11));
 237     aa3Hash.put("MET", Integer.valueOf(12));
 238     aa3Hash.put("PHE", Integer.valueOf(13));
 239     aa3Hash.put("PRO", Integer.valueOf(14));
 240     aa3Hash.put("SER", Integer.valueOf(15));
 241     aa3Hash.put("THR", Integer.valueOf(16));
 242     aa3Hash.put("TRP", Integer.valueOf(17));
 243     aa3Hash.put("TYR", Integer.valueOf(18));
 244     aa3Hash.put("VAL", Integer.valueOf(19));
 245     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 246     aa3Hash.put("ASX", Integer.valueOf(20)); // "B";
 247     aa3Hash.put("GLX", Integer.valueOf(21)); // Z
 248     aa3Hash.put("XAA", Integer.valueOf(22)); // X unknown
 249     aa3Hash.put("-", Integer.valueOf(23));
 250     aa3Hash.put("*", Integer.valueOf(23));
 251     aa3Hash.put(".", Integer.valueOf(23));
 252     aa3Hash.put(" ", Integer.valueOf(23));
 253     aa3Hash.put("Gap", Integer.valueOf(23));
 254     aa3Hash.put("UR3", Integer.valueOf(24));
 255   }
 256
 257   static
 258   {
 259     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 260     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 261     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 262     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 263     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 264     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 265     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 266     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 267     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 268     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 269     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 270     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 271     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 272     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 273     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 274     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 275     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 276     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 277     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 278     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 279     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 280     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 281     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 282     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 283     aa2Triplet.put("M", "MET");
 284     aa2Triplet.put("m", "MET");
 285     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 286     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 287     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 288     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 289     aa2Triplet.put("S", "SER");
 290     aa2Triplet.put("s", "SER");
 291     aa2Triplet.put("T", "THR");
 292     aa2Triplet.put("t", "THR");
 293     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 294     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 295     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 296     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 297     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 298     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 299   }
 300
 301   public static final String[] aa = { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E",
 302       "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B",
 303       "Z", "X", "_", "*", ".", " ", "U" };
 304
 305   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 306
 307   // not currently in use
 308   // public static final Vector<Color> scaleColours = new Vector<Color>();
 309   // static
 310   // {
 311   // scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 312   // scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 313   // scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 314   // scaleColours.addElement(Color.red);
 315   // scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 316   // scaleColours.addElement(Color.orange);
 317   // scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 318   // scaleColours.addElement(Color.yellow);
 319   // scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 320   // scaleColours.addElement(Color.white);
 321   // }
 322
 323   public static final Color[] taylor = { new Color(204, 255, 0),
 324       // A Greenish-yellowy-yellow
 325       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 326       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 327       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 328       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 329       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 330       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 331       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 332       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 333       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 334       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 335       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 336       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 337       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 338       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 339       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 340       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 341       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 342       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 343       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 344       Color.white, // B
 345       Color.white, // Z
 346       Color.white, // X
 347       Color.white, // -
 348       Color.white, // *
 349       Color.white // .
 350   };
 351
 352   public static final Color[] nucleotide = { new Color(100, 247, 63), // A
 353       new Color(255, 179, 64), // C
 354       new Color(235, 65, 60), // G
 355       new Color(60, 136, 238), // T
 356       new Color(60, 136, 238), // U
 357       Color.white, // I (inosine)
 358       Color.white, // X (xanthine)
 359       Color.white, // R
 360       Color.white, // Y
 361       Color.white, // N
 362       Color.white, // Gap
 363   };
 364
 365   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
 366   public static final Color[] purinepyrimidine = { new Color(255, 131, 250), // A,
 367                                                                              // G,
 368                                                                              // R
 369                                                                              // purines
 370                                                                              // purplish/orchid
 371       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
 372       Color.white, // all other nucleotides
 373       Color.white // Gap
 374   };
 375
 376   // Zappo
 377   public static final Color[] zappo = { Color.pink, // A
 378       midBlue, // R
 379       Color.green, // N
 380       Color.red, // D
 381       Color.yellow, // C
 382       Color.green, // Q
 383       Color.red, // E
 384       Color.magenta, // G
 385       midBlue, // Color.red, // H
 386       Color.pink, // I
 387       Color.pink, // L
 388       midBlue, // K
 389       Color.pink, // M
 390       Color.orange, // F
 391       Color.magenta, // P
 392       Color.green, // S
 393       Color.green, // T
 394       Color.orange, // W
 395       Color.orange, // Y
 396       Color.pink, // V
 397       Color.white, // B
 398       Color.white, // Z
 399       Color.white, // X
 400       Color.white, // -
 401       Color.white, // *
 402       Color.white, // .
 403       Color.white // ' '
 404   };
 405
 406   // Dunno where I got these numbers from
 407   public static final double[] hyd2 = { 0.62, // A
 408       0.29, // R
 409       -0.90, // N
 410       -0.74, // D
 411       1.19, // C
 412       0.48, // Q
 413       -0.40, // E
 414       1.38, // G
 415       -1.50, // H
 416       1.06, // I
 417       0.64, // L
 418       -0.78, // K
 419       0.12, // M
 420       -0.85, // F
 421       -2.53, // P
 422       -0.18, // S
 423       -0.05, // T
 424       1.08, // W
 425       0.81, // Y
 426       0.0, // V
 427       0.26, // B
 428       0.0, // Z
 429       0.0 // X
 430   };
 431
 432   public static final double[] helix = { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11,
 433       1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16, 1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83,
 434       1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 435
 436   public static final double helixmin = 0.57;
 437
 438   public static final double helixmax = 1.51;
 439
 440   public static final double[] strand = { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19,
 441       1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74, 1.05, 1.38, 0.55, 0.75,
 442       1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 443
 444   public static final double strandmin = 0.37;
 445
 446   public static final double strandmax = 1.7;
 447
 448   public static final double[] turn = { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98,
 449       0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01, 0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96,
 450       0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0 };
 451
 452   public static final double turnmin = 0.47;
 453
 454   public static final double turnmax = 1.56;
 455
 456   public static final double[] buried = { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3,
 457       1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2, 0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4,
 458       0.3, 1.358, 0.00 };
 459
 460   public static final double buriedmin = 0.05;
 461
 462   public static final double buriedmax = 4.6;
 463
 464   // This is hydropathy index
 465   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 466   // 1157, 105-132, 1982
 467   public static final double[] hyd = { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5,
 468       -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9,
 469       -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 470
 471   public static final double hydmax = 4.5;
 472
 473   public static final double hydmin = -3.9;
 474
 475   // public static final double hydmax = 1.38;
 476   // public static final double hydmin = -2.53;
 477
 478   // not currently used
 479   // public static final Map<String, Color> ssHash = new Hashtable<String,
 480   // Color>();
 481   // static
 482   // {
 483   // ssHash.put("H", Color.magenta);
 484   // ssHash.put("E", Color.yellow);
 485   // ssHash.put("-", Color.white);
 486   // ssHash.put(".", Color.white);
 487   // ssHash.put("S", Color.cyan);
 488   // ssHash.put("T", Color.blue);
 489   // ssHash.put("G", Color.pink);
 490   // ssHash.put("I", Color.pink);
 491   // ssHash.put("B", Color.yellow);
 492   // }
 493
 494   /*
 495    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 496    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 497    */
 498
 499   public static List<String> STOP = Arrays.asList("TGA", "TAA", "TAG");
 500
 501   public static String START = "ATG";
 502
 503   /**
 504    * Nucleotide Ambiguity Codes
 505    */
 506   public static final Map<String, String[]> ambiguityCodes = new Hashtable<String, String[]>();
 507
 508   /**
 509    * Codon triplets with additional symbols for unambiguous codons that include
 510    * ambiguity codes
 511    */
 512   public static final Hashtable<String, String> codonHash2 = new Hashtable<String, String>();
 513
 514   /**
 515    * all ambiguity codes for a given base
 516    */
 517   public final static Hashtable<String, List<String>> _ambiguityCodes = new Hashtable<String, List<String>>();
 518
 519   static
 520   {
 521     /*
 522      * Ambiguity codes as per http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html
 523      */
 524     ambiguityCodes.put("R", new String[] { "A", "G" });
 525     ambiguityCodes.put("Y", new String[] { "T", "C" });
 526     ambiguityCodes.put("W", new String[] { "A", "T" });
 527     ambiguityCodes.put("S", new String[] { "G", "C" });
 528     ambiguityCodes.put("M", new String[] { "A", "C" });
 529     ambiguityCodes.put("K", new String[] { "G", "T" });
 530     ambiguityCodes.put("H", new String[] { "A", "T", "C" });
 531     ambiguityCodes.put("B", new String[] { "G", "T", "C" });
 532     ambiguityCodes.put("V", new String[] { "G", "A", "C" });
 533     ambiguityCodes.put("D", new String[] { "G", "A", "T" });
 534     ambiguityCodes.put("N", new String[] { "G", "A", "T", "C" });
 535
 536     // Now build codon translation table
 537     codonHash2.put("AAA", "K");
 538     codonHash2.put("AAG", "K");
 539     codonHash2.put("AAC", "N");
 540     codonHash2.put("AAT", "N");
 541
 542     codonHash2.put("CAA", "Q");
 543     codonHash2.put("CAG", "Q");
 544     codonHash2.put("CAC", "H");
 545     codonHash2.put("CAT", "H");
 546
 547     codonHash2.put("GAA", "E");
 548     codonHash2.put("GAG", "E");
 549     codonHash2.put("GAC", "D");
 550     codonHash2.put("GAT", "D");
 551
 552     codonHash2.put("TAC", "Y");
 553     codonHash2.put("TAT", "Y");
 554
 555     codonHash2.put("ACA", "T");
 556     codonHash2.put("ACC", "T");
 557     codonHash2.put("ACT", "T");
 558     codonHash2.put("ACG", "T");
 559
 560     codonHash2.put("CCA", "P");
 561     codonHash2.put("CCG", "P");
 562     codonHash2.put("CCC", "P");
 563     codonHash2.put("CCT", "P");
 564
 565     codonHash2.put("GCA", "A");
 566     codonHash2.put("GCG", "A");
 567     codonHash2.put("GCC", "A");
 568     codonHash2.put("GCT", "A");
 569
 570     codonHash2.put("TCA", "S");
 571     codonHash2.put("TCG", "S");
 572     codonHash2.put("TCC", "S");
 573     codonHash2.put("TCT", "S");
 574     codonHash2.put("AGC", "S");
 575     codonHash2.put("AGT", "S");
 576
 577     codonHash2.put("AGA", "R");
 578     codonHash2.put("AGG", "R");
 579     codonHash2.put("CGA", "R");
 580     codonHash2.put("CGG", "R");
 581     codonHash2.put("CGC", "R");
 582     codonHash2.put("CGT", "R");
 583
 584     codonHash2.put("GGA", "G");
 585     codonHash2.put("GGG", "G");
 586     codonHash2.put("GGC", "G");
 587     codonHash2.put("GGT", "G");
 588
 589     codonHash2.put("TGA", "*");
 590     codonHash2.put("TAA", "*");
 591     codonHash2.put("TAG", "*");
 592
 593     codonHash2.put("TGG", "W");
 594
 595     codonHash2.put("TGC", "C");
 596     codonHash2.put("TGT", "C");
 597
 598     codonHash2.put("ATA", "I");
 599     codonHash2.put("ATC", "I");
 600     codonHash2.put("ATT", "I");
 601
 602     codonHash2.put("ATG", "M");
 603
 604     codonHash2.put("CTA", "L");
 605     codonHash2.put("CTG", "L");
 606     codonHash2.put("CTC", "L");
 607     codonHash2.put("CTT", "L");
 608     codonHash2.put("TTA", "L");
 609     codonHash2.put("TTG", "L");
 610
 611     codonHash2.put("GTA", "V");
 612     codonHash2.put("GTG", "V");
 613     codonHash2.put("GTC", "V");
 614     codonHash2.put("GTT", "V");
 615
 616     codonHash2.put("TTC", "F");
 617     codonHash2.put("TTT", "F");
 618
 619     buildAmbiguityCodonSet();
 620   }
 621
 622   /**
 623    * programmatic generation of codons including ambiguity codes
 624    */
 625   public static void buildAmbiguityCodonSet()
 626   {
 627     if (_ambiguityCodes.size() > 0)
 628     {
 629       System.err
 630               .println("Ignoring multiple calls to buildAmbiguityCodonSet");
 631       return;
 632     }
 633     // Invert the ambiguity code set
 634     for (Map.Entry<String, String[]> acode : ambiguityCodes.entrySet())
 635     {
 636       for (String r : acode.getValue())
 637       {
 638         List<String> codesfor = _ambiguityCodes.get(r);
 639         if (codesfor == null)
 640         {
 641           _ambiguityCodes.put(r, codesfor = new ArrayList<String>());
 642         }
 643         if (!codesfor.contains(acode.getKey()))
 644         {
 645           codesfor.add(acode.getKey());
 646         }
 647         else
 648         {
 649           System.err.println(
 650                   "Inconsistency in the IUBMB ambiguity code nomenclature table: collision for "
 651                           + acode.getKey() + " in residue " + r);
 652         }
 653       }
 654     }
 655     // and programmatically add in the ambiguity codes that yield the same amino
 656     // acid
 657     String[] unambcodons = codonHash2.keySet()
 658             .toArray(new String[codonHash2.size()]);
 659     for (String codon : unambcodons)
 660     {
 661       String residue = codonHash2.get(codon);
 662       String acodon[][] = new String[codon.length()][];
 663       for (int i = 0, iSize = codon.length(); i < iSize; i++)
 664       {
 665         String _ac = "" + codon.charAt(i);
 666         List<String> acodes = _ambiguityCodes.get(_ac);
 667         if (acodes != null)
 668         {
 669           acodon[i] = acodes.toArray(new String[acodes.size()]);
 670         }
 671         else
 672         {
 673           acodon[i] = new String[] {};
 674         }
 675       }
 676       // enumerate all combinations and test for veracity of translation
 677       int tpos[] = new int[codon.length()],
 678               cpos[] = new int[codon.length()];
 679       for (int i = 0; i < tpos.length; i++)
 680       {
 681         tpos[i] = -1;
 682       }
 683       tpos[acodon.length - 1] = 0;
 684       int ipos, j;
 685       while (tpos[0] < acodon[0].length)
 686       {
 687         // make all codons for this combination
 688         char allres[][] = new char[tpos.length][];
 689         String _acodon = "";
 690         for (ipos = 0; ipos < tpos.length; ipos++)
 691         {
 692           if (acodon[ipos].length == 0 || tpos[ipos] < 0)
 693           {
 694             _acodon += codon.charAt(ipos);
 695             allres[ipos] = new char[] { codon.charAt(ipos) };
 696           }
 697           else
 698           {
 699             _acodon += acodon[ipos][tpos[ipos]];
 700             String[] altbase = ambiguityCodes.get(acodon[ipos][tpos[ipos]]);
 701             allres[ipos] = new char[altbase.length];
 702             j = 0;
 703             for (String ab : altbase)
 704             {
 705               allres[ipos][j++] = ab.charAt(0);
 706             }
 707           }
 708         }
 709         // test all codons for this combination
 710         for (ipos = 0; ipos < cpos.length; ipos++)
 711         {
 712           cpos[ipos] = 0;
 713         }
 714         boolean valid = true;
 715         do
 716         {
 717           String _codon = "";
 718           for (j = 0; j < cpos.length; j++)
 719           {
 720             _codon += allres[j][cpos[j]];
 721           }
 722           String tr = codonHash2.get(_codon);
 723           if (valid = (tr != null && tr.equals(residue)))
 724           {
 725             // advance to next combination
 726             ipos = acodon.length - 1;
 727             while (++cpos[ipos] >= allres[ipos].length && ipos > 0)
 728             {
 729               cpos[ipos] = 0;
 730               ipos--;
 731             }
 732           }
 733         } while (valid && cpos[0] < allres[0].length);
 734         if (valid)
 735         {
 736           // Add this to the set of codons we will translate
 737           // System.out.println("Adding ambiguity codon: " + _acodon + " for "
 738           // + residue);
 739           codonHash2.put(_acodon, residue);
 740         }
 741         else
 742         {
 743           // System.err.println("Rejecting ambiguity codon: " + _acodon
 744           // + " for " + residue);
 745         }
 746         // next combination
 747         ipos = acodon.length - 1;
 748         while (++tpos[ipos] >= acodon[ipos].length && ipos > 0)
 749         {
 750           tpos[ipos] = -1;
 751           ipos--;
 752         }
 753       }
 754     }
 755   }
 756
 757   // Stores residue codes/names and colours and other things
 758   public static Map<String, Map<String, Integer>> propHash = new Hashtable<String, Map<String, Integer>>();
 759
 760   public static Map<String, Integer> hydrophobic = new Hashtable<String, Integer>();
 761
 762   public static Map<String, Integer> polar = new Hashtable<String, Integer>();
 763
 764   public static Map<String, Integer> small = new Hashtable<String, Integer>();
 765
 766   public static Map<String, Integer> positive = new Hashtable<String, Integer>();
 767
 768   public static Map<String, Integer> negative = new Hashtable<String, Integer>();
 769
 770   public static Map<String, Integer> charged = new Hashtable<String, Integer>();
 771
 772   public static Map<String, Integer> aromatic = new Hashtable<String, Integer>();
 773
 774   public static Map<String, Integer> aliphatic = new Hashtable<String, Integer>();
 775
 776   public static Map<String, Integer> tiny = new Hashtable<String, Integer>();
 777
 778   public static Map<String, Integer> proline = new Hashtable<String, Integer>();
 779
 780   static
 781   {
 782     hydrophobic.put("I", ONE);
 783     hydrophobic.put("L", ONE);
 784     hydrophobic.put("V", ONE);
 785     hydrophobic.put("C", ONE);
 786     hydrophobic.put("A", ONE);
 787     hydrophobic.put("G", ONE);
 788     hydrophobic.put("M", ONE);
 789     hydrophobic.put("F", ONE);
 790     hydrophobic.put("Y", ONE);
 791     hydrophobic.put("W", ONE);
 792     hydrophobic.put("H", ONE);
 793     hydrophobic.put("K", ONE);
 794     hydrophobic.put("X", ONE);
 795     hydrophobic.put("-", ONE);
 796     hydrophobic.put("*", ONE);
 797     hydrophobic.put("R", ZERO);
 798     hydrophobic.put("E", ZERO);
 799     hydrophobic.put("Q", ZERO);
 800     hydrophobic.put("D", ZERO);
 801     hydrophobic.put("N", ZERO);
 802     hydrophobic.put("S", ZERO);
 803     hydrophobic.put("T", ONE);
 804     hydrophobic.put("P", ZERO);
 805   }
 806
 807   static
 808   {
 809     polar.put("Y", ONE);
 810     polar.put("W", ONE);
 811     polar.put("H", ONE);
 812     polar.put("K", ONE);
 813     polar.put("R", ONE);
 814     polar.put("E", ONE);
 815     polar.put("Q", ONE);
 816     polar.put("D", ONE);
 817     polar.put("N", ONE);
 818     polar.put("S", ONE);
 819     polar.put("T", ONE);
 820     polar.put("X", ONE);
 821     polar.put("-", ONE);
 822     polar.put("*", ONE);
 823     polar.put("I", ZERO);
 824     polar.put("L", ZERO);
 825     polar.put("V", ZERO);
 826     polar.put("C", ZERO);
 827     polar.put("A", ZERO);
 828     polar.put("G", ZERO);
 829     polar.put("M", ZERO);
 830     polar.put("F", ZERO);
 831     polar.put("P", ZERO);
 832   }
 833
 834   static
 835   {
 836     small.put("I", ZERO);
 837     small.put("L", ZERO);
 838     small.put("V", ONE);
 839     small.put("C", ONE);
 840     small.put("A", ONE);
 841     small.put("G", ONE);
 842     small.put("M", ZERO);
 843     small.put("F", ZERO);
 844     small.put("Y", ZERO);
 845     small.put("W", ZERO);
 846     small.put("H", ZERO);
 847     small.put("K", ZERO);
 848     small.put("R", ZERO);
 849     small.put("E", ZERO);
 850     small.put("Q", ZERO);
 851     small.put("D", ONE);
 852     small.put("N", ONE);
 853     small.put("S", ONE);
 854     small.put("T", ONE);
 855     small.put("P", ONE);
 856     small.put("-", ONE);
 857     small.put("*", ONE);
 858   }
 859
 860   static
 861   {
 862     positive.put("I", ZERO);
 863     positive.put("L", ZERO);
 864     positive.put("V", ZERO);
 865     positive.put("C", ZERO);
 866     positive.put("A", ZERO);
 867     positive.put("G", ZERO);
 868     positive.put("M", ZERO);
 869     positive.put("F", ZERO);
 870     positive.put("Y", ZERO);
 871     positive.put("W", ZERO);
 872     positive.put("H", ONE);
 873     positive.put("K", ONE);
 874     positive.put("R", ONE);
 875     positive.put("E", ZERO);
 876     positive.put("Q", ZERO);
 877     positive.put("D", ZERO);
 878     positive.put("N", ZERO);
 879     positive.put("S", ZERO);
 880     positive.put("T", ZERO);
 881     positive.put("P", ZERO);
 882     positive.put("-", ONE);
 883     positive.put("*", ONE);
 884   }
 885
 886   static
 887   {
 888     negative.put("I", ZERO);
 889     negative.put("L", ZERO);
 890     negative.put("V", ZERO);
 891     negative.put("C", ZERO);
 892     negative.put("A", ZERO);
 893     negative.put("G", ZERO);
 894     negative.put("M", ZERO);
 895     negative.put("F", ZERO);
 896     negative.put("Y", ZERO);
 897     negative.put("W", ZERO);
 898     negative.put("H", ZERO);
 899     negative.put("K", ZERO);
 900     negative.put("R", ZERO);
 901     negative.put("E", ONE);
 902     negative.put("Q", ZERO);
 903     negative.put("D", ONE);
 904     negative.put("N", ZERO);
 905     negative.put("S", ZERO);
 906     negative.put("T", ZERO);
 907     negative.put("P", ZERO);
 908     negative.put("-", ONE);
 909     negative.put("*", ONE);
 910   }
 911
 912   static
 913   {
 914     charged.put("I", ZERO);
 915     charged.put("L", ZERO);
 916     charged.put("V", ZERO);
 917     charged.put("C", ZERO);
 918     charged.put("A", ZERO);
 919     charged.put("G", ZERO);
 920     charged.put("M", ZERO);
 921     charged.put("F", ZERO);
 922     charged.put("Y", ZERO);
 923     charged.put("W", ZERO);
 924     charged.put("H", ONE);
 925     charged.put("K", ONE);
 926     charged.put("R", ONE);
 927     charged.put("E", ONE);
 928     charged.put("Q", ZERO);
 929     charged.put("D", ONE);
 930     charged.put("N", ZERO); // Asparagine is polar but not
 931                             // charged.
 932     // Alternative would be charged and
 933     // negative (in basic form)?
 934     charged.put("S", ZERO);
 935     charged.put("T", ZERO);
 936     charged.put("P", ZERO);
 937     charged.put("-", ONE);
 938     charged.put("*", ONE);
 939   }
 940
 941   static
 942   {
 943     aromatic.put("I", ZERO);
 944     aromatic.put("L", ZERO);
 945     aromatic.put("V", ZERO);
 946     aromatic.put("C", ZERO);
 947     aromatic.put("A", ZERO);
 948     aromatic.put("G", ZERO);
 949     aromatic.put("M", ZERO);
 950     aromatic.put("F", ONE);
 951     aromatic.put("Y", ONE);
 952     aromatic.put("W", ONE);
 953     aromatic.put("H", ONE);
 954     aromatic.put("K", ZERO);
 955     aromatic.put("R", ZERO);
 956     aromatic.put("E", ZERO);
 957     aromatic.put("Q", ZERO);
 958     aromatic.put("D", ZERO);
 959     aromatic.put("N", ZERO);
 960     aromatic.put("S", ZERO);
 961     aromatic.put("T", ZERO);
 962     aromatic.put("P", ZERO);
 963     aromatic.put("-", ONE);
 964     aromatic.put("*", ONE);
 965   }
 966
 967   static
 968   {
 969     aliphatic.put("I", ONE);
 970     aliphatic.put("L", ONE);
 971     aliphatic.put("V", ONE);
 972     aliphatic.put("C", ZERO);
 973     aliphatic.put("A", ZERO);
 974     aliphatic.put("G", ZERO);
 975     aliphatic.put("M", ZERO);
 976     aliphatic.put("F", ZERO);
 977     aliphatic.put("Y", ZERO);
 978     aliphatic.put("W", ZERO);
 979     aliphatic.put("H", ZERO);
 980     aliphatic.put("K", ZERO);
 981     aliphatic.put("R", ZERO);
 982     aliphatic.put("E", ZERO);
 983     aliphatic.put("Q", ZERO);
 984     aliphatic.put("D", ZERO);
 985     aliphatic.put("N", ZERO);
 986     aliphatic.put("S", ZERO);
 987     aliphatic.put("T", ZERO);
 988     aliphatic.put("P", ZERO);
 989     aliphatic.put("-", ONE);
 990     aliphatic.put("*", ONE);
 991   }
 992
 993   static
 994   {
 995     tiny.put("I", ZERO);
 996     tiny.put("L", ZERO);
 997     tiny.put("V", ZERO);
 998     tiny.put("C", ZERO);
 999     tiny.put("A", ONE);
1000     tiny.put("G", ONE);
1001     tiny.put("M", ZERO);
1002     tiny.put("F", ZERO);
1003     tiny.put("Y", ZERO);
1004     tiny.put("W", ZERO);
1005     tiny.put("H", ZERO);
1006     tiny.put("K", ZERO);
1007     tiny.put("R", ZERO);
1008     tiny.put("E", ZERO);
1009     tiny.put("Q", ZERO);
1010     tiny.put("D", ZERO);
1011     tiny.put("N", ZERO);
1012     tiny.put("S", ONE);
1013     tiny.put("T", ZERO);
1014     tiny.put("P", ZERO);
1015     tiny.put("-", ONE);
1016     tiny.put("*", ONE);
1017   }
1018
1019   static
1020   {
1021     proline.put("I", ZERO);
1022     proline.put("L", ZERO);
1023     proline.put("V", ZERO);
1024     proline.put("C", ZERO);
1025     proline.put("A", ZERO);
1026     proline.put("G", ZERO);
1027     proline.put("M", ZERO);
1028     proline.put("F", ZERO);
1029     proline.put("Y", ZERO);
1030     proline.put("W", ZERO);
1031     proline.put("H", ZERO);
1032     proline.put("K", ZERO);
1033     proline.put("R", ZERO);
1034     proline.put("E", ZERO);
1035     proline.put("Q", ZERO);
1036     proline.put("D", ZERO);
1037     proline.put("N", ZERO);
1038     proline.put("S", ZERO);
1039     proline.put("T", ZERO);
1040     proline.put("P", ONE);
1041     proline.put("-", ONE);
1042     proline.put("*", ONE);
1043   }
1044
1045   static
1046   {
1047     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1048     propHash.put("small", small);
1049     propHash.put("positive", positive);
1050     propHash.put("negative", negative);
1051     propHash.put("charged", charged);
1052     propHash.put("aromatic", aromatic);
1053     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1054     propHash.put("tiny", tiny);
1055     propHash.put("proline", proline);
1056     propHash.put("polar", polar);
1057   }
1058   static
1059   {
1060     int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
1061             propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
1062             propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
1063     for (int i = 0; i < maxProteinIndex; i++)
1064     {
1065       int maxF = 0, maxP = 0, maxEP = 0;
1066       String ic = "";
1067       if (aa.length > i)
1068       {
1069         ic += aa[i];
1070       }
1071       else
1072       {
1073         ic = "-";
1074       }
1075       for (int j = i + 1; j < maxProteinIndex; j++)
1076       {
1077         String jc = "";
1078         if (aa.length > j)
1079         {
1080           jc += aa[j];
1081         }
1082         else
1083         {
1084           jc = "-";
1085         }
1086         propMatrixF[i][j] = 0;
1087         propMatrixPos[i][j] = 0;
1088         propMatrixEpos[i][j] = 0;
1089         for (String ph : propHash.keySet())
1090         {
1091           Map<String, Integer> pph = propHash.get(ph);
1092           if (pph.get(ic) != null && pph.get(jc) != null)
1093           {
1094             int icp = pph.get(ic).intValue(), jcp = pph.get(jc).intValue();
1095             // Still working on these definitions.
1096             propMatrixPos[i][j] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1097             propMatrixPos[j][i] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1098             propMatrixF[i][j] += icp == jcp ? 2 : 0;
1099             propMatrixF[j][i] += icp == jcp ? 2 : 0;
1100             propMatrixEpos[i][j] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1101             propMatrixEpos[j][i] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1102           }
1103         }
1104         if (maxF < propMatrixF[i][j])
1105         {
1106           maxF = propMatrixF[i][j];
1107         }
1108         if (maxP < propMatrixPos[i][j])
1109         {
1110           maxP = propMatrixPos[i][j];
1111         }
1112         if (maxEP < propMatrixEpos[i][j])
1113         {
1114           maxEP = propMatrixEpos[i][j];
1115         }
1116       }
1117       propMatrixF[i][i] = maxF;
1118       propMatrixPos[i][i] = maxP;
1119       propMatrixEpos[i][i] = maxEP;
1120     }
1121   }
1122
1123   private ResidueProperties()
1124   {
1125   }
1126
1127   public static double getHydmax()
1128   {
1129     return hydmax;
1130   }
1131
1132   public static double getHydmin()
1133   {
1134     return hydmin;
1135   }
1136
1137   public static double[] getHyd()
1138   {
1139     return hyd;
1140   }
1141
1142   public static Map<String, Integer> getAA3Hash()
1143   {
1144     return aa3Hash;
1145   }
1146
1147   public static String codonTranslate(String lccodon)
1148   {
1149     String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());
1150     if ("*".equals(cdn))
1151     {
1152       return "STOP";
1153     }
1154     return cdn;
1155   }
1156
1157   public static Hashtable<String, String> toDssp3State;
1158   static
1159   {
1160     toDssp3State = new Hashtable<String, String>();
1161     toDssp3State.put("H", "H");
1162     toDssp3State.put("E", "E");
1163     toDssp3State.put("C", " ");
1164     toDssp3State.put(" ", " ");
1165     toDssp3State.put("T", " ");
1166     toDssp3State.put("B", "E");
1167     toDssp3State.put("G", "H");
1168     toDssp3State.put("I", "H");
1169     toDssp3State.put("X", " ");
1170   }
1171
1172   /**
1173    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1174    *
1175    * @param ssstring
1176    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1177    */
1178   public static String getDssp3state(String ssstring)
1179   {
1180     if (ssstring == null)
1181     {
1182       return null;
1183     }
1184     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1185     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1186     {
1187       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1188       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1189       {
1190         ss.append(toDssp3State.get(ssc));
1191       }
1192       else
1193       {
1194         ss.append(" ");
1195       }
1196     }
1197     return ss.toString();
1198   }
1199
1200   static
1201   {
1202     modifications.put("MSE", "MET"); // Selenomethionine
1203     // the rest tbc; from
1204     // http://sourceforge.net/p/jmol/mailman/message/12833570/
1205     // modifications.put("CSE", "CYS"); // Selenocysteine
1206     // modifications.put("PTR", "TYR"); // Phosphotyrosine
1207     // modifications.put("SEP", "SER"); // Phosphoserine
1208     // modifications.put("HYP", "PRO"); // 4-hydroxyproline
1209     // modifications.put("5HP", "GLU"); // Pyroglutamic acid; 5-hydroxyproline
1210     // modifications.put("PCA", "GLU"); // Pyroglutamic acid
1211     // modifications.put("LYZ", "LYS"); // 5-hydroxylysine
1212
1213     // Additional protein alphabets used in the SCOP database and PDB files
1214     // source:
1215     // https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Data/SCOPData.py
1216     modifications.put("00C", "CYS");
1217     modifications.put("01W", "XAA");
1218     modifications.put("02K", "ALA");
1219     modifications.put("03Y", "CYS");
1220     modifications.put("07O", "CYS");
1221     modifications.put("08P", "CYS");
1222     modifications.put("0A0", "ASP");
1223     modifications.put("0A1", "TYR");
1224     modifications.put("0A2", "LYS");
1225     modifications.put("0A8", "CYS");
1226     modifications.put("0AA", "VAL");
1227     modifications.put("0AB", "VAL");
1228     modifications.put("0AC", "GLY");
1229     modifications.put("0AD", "GLY");
1230     modifications.put("0AF", "TRP");
1231     modifications.put("0AG", "LEU");
1232     modifications.put("0AH", "SER");
1233     modifications.put("0AK", "ASP");
1234     modifications.put("0AM", "ALA");
1235     modifications.put("0AP", "CYS");
1236     modifications.put("0AU", "UR3");
1237     modifications.put("0AV", "ALA");
1238     modifications.put("0AZ", "PRO");
1239     modifications.put("0BN", "PHE");
1240     modifications.put("0C ", "CYS");
1241     modifications.put("0CS", "ALA");
1242     modifications.put("0DC", "CYS");
1243     modifications.put("0DG", "GLY");
1244     modifications.put("0DT", "THR");
1245     modifications.put("0FL", "ALA");
1246     modifications.put("0G ", "GLY");
1247     modifications.put("0NC", "ALA");
1248     modifications.put("0SP", "ALA");
1249     modifications.put("0U ", "UR3");
1250     modifications.put("0YG", "YG");
1251     modifications.put("10C", "CYS");
1252     modifications.put("125", "UR3");
1253     modifications.put("126", "UR3");
1254     modifications.put("127", "UR3");
1255     modifications.put("128", "ASN");
1256     modifications.put("12A", "ALA");
1257     modifications.put("143", "CYS");
1258     modifications.put("175", "ASG");
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1554     modifications.put("BVP", "UR3");
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1581     modifications.put("CAL", "XAA");
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1585     modifications.put("CAY", "CYS");
1586     modifications.put("CB2", "CYS");
1587     modifications.put("CBR", "CYS");
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1589     modifications.put("CCC", "CYS");
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1591     modifications.put("CCS", "CYS");
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1594     modifications.put("CDV", "XAA");
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1596     modifications.put("CEA", "CYS");
1597     modifications.put("CFL", "CYS");
1598     modifications.put("CFY", "FCYG"); // check
1599     modifications.put("CG1", "GLY");
1600     modifications.put("CGA", "GLU");
1601     modifications.put("CGU", "GLU");
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1605     modifications.put("CHF", "XAA");
1606     modifications.put("CHG", "XAA");
1607     modifications.put("CHP", "GLY");
1608     modifications.put("CHS", "XAA");
1609     modifications.put("CIR", "ARG");
1610     modifications.put("CJO", "GYG");
1611     modifications.put("CLE", "LEU");
1612     modifications.put("CLG", "LYS");
1613     modifications.put("CLH", "LYS");
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1619     modifications.put("CMR", "CYS");
1620     modifications.put("CMT", "CYS");
1621     modifications.put("CNU", "UR3");
1622     modifications.put("CP1", "CYS");
1623     modifications.put("CPC", "XAA");
1624     modifications.put("CPI", "XAA");
1625     modifications.put("CQR", "GYG");
1626     modifications.put("CR0", "TLG");
1627     modifications.put("CR2", "GYG");
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1630     modifications.put("CR8", "HYG");
1631     modifications.put("CRF", "TWG");
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1636     modifications.put("CRU", "EYG");
1637     modifications.put("CRW", "ASG");
1638     modifications.put("CRX", "ASG");
1639     modifications.put("CS0", "CYS");
1640     modifications.put("CS1", "CYS");
1641     modifications.put("CS3", "CYS");
1642     modifications.put("CS4", "CYS");
1643     modifications.put("CS8", "ASN");
1644     modifications.put("CSA", "CYS");
1645     modifications.put("CSB", "CYS");
1646     modifications.put("CSD", "CYS");
1647     modifications.put("CSE", "CYS");
1648     modifications.put("CSF", "CYS");
1649     modifications.put("CSH", "SHG");
1650     modifications.put("CSI", "GLY");
1651     modifications.put("CSJ", "CYS");
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1653     modifications.put("CSO", "CYS");
1654     modifications.put("CSP", "CYS");
1655     modifications.put("CSR", "CYS");
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1659     modifications.put("CSX", "CYS");
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1661     modifications.put("CSZ", "CYS");
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1663     modifications.put("CTG", "THR");
1664     modifications.put("CTH", "THR");
1665     modifications.put("CUC", "XAA");
1666     modifications.put("CWR", "SER");
1667     modifications.put("CXM", "MET");
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1669     modifications.put("CY1", "CYS");
1670     modifications.put("CY3", "CYS");
1671     modifications.put("CY4", "CYS");
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1676     modifications.put("CYJ", "XAA");
1677     modifications.put("CYM", "CYS");
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1679     modifications.put("CYR", "CYS");
1680     modifications.put("CYS", "CYS");
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1683     modifications.put("CZZ", "CYS");
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1686     modifications.put("D3 ", "ASN");
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1696     modifications.put("DAL", "ALA");
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1698     modifications.put("DAS", "ASP");
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1701     modifications.put("DBS", "SER");
1702     modifications.put("DBU", "THR");
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1710     modifications.put("DCT", "CYS");
1711     modifications.put("DCY", "CYS");
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1713     modifications.put("DDG", "GLY");
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1720     modifications.put("DFT", "ASN");
1721     modifications.put("DG ", "GLY");
1722     modifications.put("DGH", "GLY");
1723     modifications.put("DGI", "GLY");
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1725     modifications.put("DGN", "GLN");
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1727     modifications.put("DHI", "HIS");
1728     modifications.put("DHL", "XAA");
1729     modifications.put("DHN", "VAL");
1730     modifications.put("DHP", "XAA");
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1732     modifications.put("DHV", "VAL");
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1735     modifications.put("DIR", "ARG");
1736     modifications.put("DIV", "VAL");
1737     modifications.put("DLE", "LEU");
1738     modifications.put("DLS", "LYS");
1739     modifications.put("DLY", "LYS");
1740     modifications.put("DM0", "LYS");
1741     modifications.put("DMH", "ASN");
1742     modifications.put("DMK", "ASP");
1743     modifications.put("DMT", "XAA");
1744     modifications.put("DN ", "ASN");
1745     modifications.put("DNE", "LEU");
1746     modifications.put("DNG", "LEU");
1747     modifications.put("DNL", "LYS");
1748     modifications.put("DNM", "LEU");
1749     modifications.put("DNP", "ALA");
1750     modifications.put("DNR", "CYS");
1751     modifications.put("DNS", "LYS");
1752     modifications.put("DOA", "XAA");
1753     modifications.put("DOC", "CYS");
1754     modifications.put("DOH", "ASP");
1755     modifications.put("DON", "LEU");
1756     modifications.put("DPB", "THR");
1757     modifications.put("DPH", "PHE");
1758     modifications.put("DPL", "PRO");
1759     modifications.put("DPP", "ALA");
1760     modifications.put("DPQ", "TYR");
1761     modifications.put("DPR", "PRO");
1762     modifications.put("DPY", "ASN");
1763     modifications.put("DRM", "UR3");
1764     modifications.put("DRP", "ASN");
1765     modifications.put("DRT", "THR");
1766     modifications.put("DRZ", "ASN");
1767     modifications.put("DSE", "SER");
1768     modifications.put("DSG", "ASN");
1769     modifications.put("DSN", "SER");
1770     modifications.put("DSP", "ASP");
1771     modifications.put("DT ", "THR");
1772     modifications.put("DTH", "THR");
1773     modifications.put("DTR", "TRP");
1774     modifications.put("DTY", "TYR");
1775     modifications.put("DU ", "UR3");
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1777     modifications.put("DXD", "ASN");
1778     modifications.put("DXN", "ASN");
1779     modifications.put("DYG", "DYG");
1780     modifications.put("DYS", "CYS");
1781     modifications.put("DZM", "ALA");
1782     modifications.put("E  ", "ALA");
1783     modifications.put("E1X", "ALA");
1784     modifications.put("ECC", "GLN");
1785     modifications.put("EDA", "ALA");
1786     modifications.put("EFC", "CYS");
1787     modifications.put("EHP", "PHE");
1788     modifications.put("EIT", "THR");
1789     modifications.put("ENP", "ASN");
1790     modifications.put("ESB", "TYR");
1791     modifications.put("ESC", "MET");
1792     modifications.put("EXB", "XAA");
1793     modifications.put("EXY", "LEU");
1794     modifications.put("EY5", "ASN");
1795     modifications.put("EYS", "XAA");
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1797     modifications.put("FA2", "ALA");
1798     modifications.put("FA5", "ASN");
1799     modifications.put("FAG", "ASN");
1800     modifications.put("FAI", "ASN");
1801     modifications.put("FB5", "ALA");
1802     modifications.put("FB6", "ALA");
1803     modifications.put("FCL", "PHE");
1804     modifications.put("FFD", "ASN");
1805     modifications.put("FGA", "GLU");
1806     modifications.put("FGL", "GLY");
1807     modifications.put("FGP", "SER");
1808     modifications.put("FHL", "XAA");
1809     modifications.put("FHO", "LYS");
1810     modifications.put("FHU", "UR3");
1811     modifications.put("FLA", "ALA");
1812     modifications.put("FLE", "LEU");
1813     modifications.put("FLT", "TYR");
1814     modifications.put("FME", "MET");
1815     modifications.put("FMG", "GLY");
1816     modifications.put("FMU", "ASN");
1817     modifications.put("FOE", "CYS");
1818     modifications.put("FOX", "GLY");
1819     modifications.put("FP9", "PRO");
1820     modifications.put("FPA", "PHE");
1821     modifications.put("FRD", "XAA");
1822     modifications.put("FT6", "TRP");
1823     modifications.put("FTR", "TRP");
1824     modifications.put("FTY", "TYR");
1825     modifications.put("FVA", "VAL");
1826     modifications.put("FZN", "LYS");
1827     modifications.put("G  ", "GLY");
1828     modifications.put("G25", "GLY");
1829     modifications.put("G2L", "GLY");
1830     modifications.put("G2S", "GLY");
1831     modifications.put("G31", "GLY");
1832     modifications.put("G32", "GLY");
1833     modifications.put("G33", "GLY");
1834     modifications.put("G36", "GLY");
1835     modifications.put("G38", "GLY");
1836     modifications.put("G42", "GLY");
1837     modifications.put("G46", "GLY");
1838     modifications.put("G47", "GLY");
1839     modifications.put("G48", "GLY");
1840     modifications.put("G49", "GLY");
1841     modifications.put("G4P", "ASN");
1842     modifications.put("G7M", "GLY");
1843     modifications.put("GAO", "GLY");
1844     modifications.put("GAU", "GLU");
1845     modifications.put("GCK", "CYS");
1846     modifications.put("GCM", "XAA");
1847     modifications.put("GDP", "GLY");
1848     modifications.put("GDR", "GLY");
1849     modifications.put("GFL", "GLY");
1850     modifications.put("GGL", "GLU");
1851     modifications.put("GH3", "GLY");
1852     modifications.put("GHG", "GLN");
1853     modifications.put("GHP", "GLY");
1854     modifications.put("GL3", "GLY");
1855     modifications.put("GLH", "GLN");
1856     modifications.put("GLJ", "GLU");
1857     modifications.put("GLK", "GLU");
1858     modifications.put("GLM", "XAA");
1859     modifications.put("GLN", "GLN");
1860     modifications.put("GLQ", "GLU");
1861     modifications.put("GLU", "GLU");
1862     modifications.put("GLX", "GLX");
1863     modifications.put("GLY", "GLY");
1864     modifications.put("GLZ", "GLY");
1865     modifications.put("GMA", "GLU");
1866     modifications.put("GMS", "GLY");
1867     modifications.put("GMU", "UR3");
1868     modifications.put("GN7", "GLY");
1869     modifications.put("GND", "XAA");
1870     modifications.put("GNE", "ASN");
1871     modifications.put("GOM", "GLY");
1872     modifications.put("GPL", "LYS");
1873     modifications.put("GS ", "GLY");
1874     modifications.put("GSC", "GLY");
1875     modifications.put("GSR", "GLY");
1876     modifications.put("GSS", "GLY");
1877     modifications.put("GSU", "GLU");
1878     modifications.put("GT9", "CYS");
1879     modifications.put("GTP", "GLY");
1880     modifications.put("GVL", "XAA");
1881     modifications.put("GYC", "CYG");
1882     modifications.put("GYS", "SYG");
1883     modifications.put("H2U", "UR3");
1884     modifications.put("H5M", "PRO");
1885     modifications.put("HAC", "ALA");
1886     modifications.put("HAR", "ARG");
1887     modifications.put("HBN", "HIS");
1888     modifications.put("HCS", "XAA");
1889     modifications.put("HDP", "UR3");
1890     modifications.put("HEU", "UR3");
1891     modifications.put("HFA", "XAA");
1892     modifications.put("HGL", "XAA");
1893     modifications.put("HHI", "HIS");
1894     modifications.put("HHK", "AK"); // check
1895     modifications.put("HIA", "HIS");
1896     modifications.put("HIC", "HIS");
1897     modifications.put("HIP", "HIS");
1898     modifications.put("HIQ", "HIS");
1899     modifications.put("HIS", "HIS");
1900     modifications.put("HL2", "LEU");
1901     modifications.put("HLU", "LEU");
1902     modifications.put("HMR", "ARG");
1903     modifications.put("HOL", "ASN");
1904     modifications.put("HPC", "PHE");
1905     modifications.put("HPE", "PHE");
1906     modifications.put("HPH", "PHE");
1907     modifications.put("HPQ", "PHE");
1908     modifications.put("HQA", "ALA");
1909     modifications.put("HRG", "ARG");
1910     modifications.put("HRP", "TRP");
1911     modifications.put("HS8", "HIS");
1912     modifications.put("HS9", "HIS");
1913     modifications.put("HSE", "SER");
1914     modifications.put("HSL", "SER");
1915     modifications.put("HSO", "HIS");
1916     modifications.put("HTI", "CYS");
1917     modifications.put("HTN", "ASN");
1918     modifications.put("HTR", "TRP");
1919     modifications.put("HV5", "ALA");
1920     modifications.put("HVA", "VAL");
1921     modifications.put("HY3", "PRO");
1922     modifications.put("HYP", "PRO");
1923     modifications.put("HZP", "PRO");
1924     modifications.put("I  ", "ILE");
1925     modifications.put("I2M", "ILE");
1926     modifications.put("I58", "LYS");
1927     modifications.put("I5C", "CYS");
1928     modifications.put("IAM", "ALA");
1929     modifications.put("IAR", "ARG");
1930     modifications.put("IAS", "ASP");
1931     modifications.put("IC ", "CYS");
1932     modifications.put("IEL", "LYS");
1933     modifications.put("IEY", "HYG");
1934     modifications.put("IG ", "GLY");
1935     modifications.put("IGL", "GLY");
1936     modifications.put("IGU", "GLY");
1937     modifications.put("IIC", "SHG");
1938     modifications.put("IIL", "ILE");
1939     modifications.put("ILE", "ILE");
1940     modifications.put("ILG", "GLU");
1941     modifications.put("ILX", "ILE");
1942     modifications.put("IMC", "CYS");
1943     modifications.put("IML", "ILE");
1944     modifications.put("IOY", "PHE");
1945     modifications.put("IPG", "GLY");
1946     modifications.put("IPN", "ASN");
1947     modifications.put("IRN", "ASN");
1948     modifications.put("IT1", "LYS");
1949     modifications.put("IU ", "UR3");
1950     modifications.put("IYR", "TYR");
1951     modifications.put("IYT", "THR");
1952     modifications.put("IZO", "MET");
1953     modifications.put("JJJ", "CYS");
1954     modifications.put("JJK", "CYS");
1955     modifications.put("JJL", "CYS");
1956     modifications.put("JW5", "ASN");
1957     modifications.put("K1R", "CYS");
1958     modifications.put("KAG", "GLY");
1959     modifications.put("KCX", "LYS");
1960     modifications.put("KGC", "LYS");
1961     modifications.put("KNB", "ALA");
1962     modifications.put("KOR", "MET");
1963     modifications.put("KPI", "LYS");
1964     modifications.put("KST", "LYS");
1965     modifications.put("KYQ", "LYS");
1966     modifications.put("L2A", "XAA");
1967     modifications.put("LA2", "LYS");
1968     modifications.put("LAA", "ASP");
1969     modifications.put("LAL", "ALA");
1970     modifications.put("LBY", "LYS");
1971     modifications.put("LC ", "CYS");
1972     modifications.put("LCA", "ALA");
1973     modifications.put("LCC", "ASN");
1974     modifications.put("LCG", "GLY");
1975     modifications.put("LCH", "ASN");
1976     modifications.put("LCK", "LYS");
1977     modifications.put("LCX", "LYS");
1978     modifications.put("LDH", "LYS");
1979     modifications.put("LED", "LEU");
1980     modifications.put("LEF", "LEU");
1981     modifications.put("LEH", "LEU");
1982     modifications.put("LEI", "VAL");
1983     modifications.put("LEM", "LEU");
1984     modifications.put("LEN", "LEU");
1985     modifications.put("LET", "XAA");
1986     modifications.put("LEU", "LEU");
1987     modifications.put("LEX", "LEU");
1988     modifications.put("LG ", "GLY");
1989     modifications.put("LGP", "GLY");
1990     modifications.put("LHC", "XAA");
1991     modifications.put("LHU", "UR3");
1992     modifications.put("LKC", "ASN");
1993     modifications.put("LLP", "LYS");
1994     modifications.put("LLY", "LYS");
1995     modifications.put("LME", "GLU");
1996     modifications.put("LMF", "LYS");
1997     modifications.put("LMQ", "GLN");
1998     modifications.put("LMS", "ASN");
1999     modifications.put("LP6", "LYS");
2000     modifications.put("LPD", "PRO");
2001     modifications.put("LPG", "GLY");
2002     modifications.put("LPL", "XAA");
2003     modifications.put("LPS", "SER");
2004     modifications.put("LSO", "XAA");
2005     modifications.put("LTA", "XAA");
2006     modifications.put("LTR", "TRP");
2007     modifications.put("LVG", "GLY");
2008     modifications.put("LVN", "VAL");
2009     modifications.put("LYF", "LYS");
2010     modifications.put("LYK", "LYS");
2011     modifications.put("LYM", "LYS");
2012     modifications.put("LYN", "LYS");
2013     modifications.put("LYR", "LYS");
2014     modifications.put("LYS", "LYS");
2015     modifications.put("LYX", "LYS");
2016     modifications.put("LYZ", "LYS");
2017     modifications.put("M0H", "CYS");
2018     modifications.put("M1G", "GLY");
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2293     modifications.put("SIB", "CYS");
2294     modifications.put("SIC", "DC"); // check
2295     modifications.put("SLA", "PRO");
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2391     modifications.put("TRP", "TRP");
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2399     modifications.put("TTI", "UR3");
2400     modifications.put("TTM", "THR");
2401     modifications.put("TTQ", "TRP");
2402     modifications.put("TTS", "TYR");
2403     modifications.put("TY1", "TYR");
2404     modifications.put("TY2", "TYR");
2405     modifications.put("TY3", "TYR");
2406     modifications.put("TY5", "TYR");
2407     modifications.put("TYB", "TYR");
2408     modifications.put("TYI", "TYR");
2409     modifications.put("TYJ", "TYR");
2410     modifications.put("TYN", "TYR");
2411     modifications.put("TYO", "TYR");
2412     modifications.put("TYQ", "TYR");
2413     modifications.put("TYR", "TYR");
2414     modifications.put("TYS", "TYR");
2415     modifications.put("TYT", "TYR");
2416     modifications.put("TYU", "ASN");
2417     modifications.put("TYW", "TYR");
2418     modifications.put("TYX", "XAA");
2419     modifications.put("TYY", "TYR");
2420     modifications.put("TZB", "XAA");
2421     modifications.put("TZO", "XAA");
2422     modifications.put("U  ", "UR3");
2423     modifications.put("U25", "UR3");
2424     modifications.put("U2L", "UR3");
2425     modifications.put("U2N", "UR3");
2426     modifications.put("U2P", "UR3");
2427     modifications.put("U31", "UR3");
2428     modifications.put("U33", "UR3");
2429     modifications.put("U34", "UR3");
2430     modifications.put("U36", "UR3");
2431     modifications.put("U37", "UR3");
2432     modifications.put("U8U", "UR3");
2433     modifications.put("UAR", "UR3");
2434     modifications.put("UCL", "UR3");
2435     modifications.put("UD5", "UR3");
2436     modifications.put("UDP", "ASN");
2437     modifications.put("UFP", "ASN");
2438     modifications.put("UFR", "UR3");
2439     modifications.put("UFT", "UR3");
2440     modifications.put("UMA", "ALA");
2441     modifications.put("UMP", "UR3");
2442     modifications.put("UMS", "UR3");
2443     modifications.put("UN1", "XAA");
2444     modifications.put("UN2", "XAA");
2445     modifications.put("UNK", "XAA");
2446     modifications.put("UR3", "UR3");
2447     modifications.put("URD", "UR3");
2448     modifications.put("US1", "UR3");
2449     modifications.put("US2", "UR3");
2450     modifications.put("US3", "THR");
2451     modifications.put("US5", "UR3");
2452     modifications.put("USM", "UR3");
2453     modifications.put("VAD", "VAL");
2454     modifications.put("VAF", "VAL");
2455     modifications.put("VAL", "VAL");
2456     modifications.put("VB1", "LYS");
2457     modifications.put("VDL", "XAA");
2458     modifications.put("VLL", "XAA");
2459     modifications.put("VLM", "XAA");
2460     modifications.put("VMS", "XAA");
2461     modifications.put("VOL", "XAA");
2462     modifications.put("WCR", "GYG");
2463     modifications.put("X  ", "GLY");
2464     modifications.put("X2W", "GLU");
2465     modifications.put("X4A", "ASN");
2466     modifications.put("X9Q", "AFG");
2467     modifications.put("XAD", "ALA");
2468     modifications.put("XAE", "ASN");
2469     modifications.put("XAL", "ALA");
2470     modifications.put("XAR", "ASN");
2471     modifications.put("XCL", "CYS");
2472     modifications.put("XCN", "CYS");
2473     modifications.put("XCP", "XAA");
2474     modifications.put("XCR", "CYS");
2475     modifications.put("XCS", "ASN");
2476     modifications.put("XCT", "CYS");
2477     modifications.put("XCY", "CYS");
2478     modifications.put("XGA", "ASN");
2479     modifications.put("XGL", "GLY");
2480     modifications.put("XGR", "GLY");
2481     modifications.put("XGU", "GLY");
2482     modifications.put("XPR", "PRO");
2483     modifications.put("XSN", "ASN");
2484     modifications.put("XTH", "THR");
2485     modifications.put("XTL", "THR");
2486     modifications.put("XTR", "THR");
2487     modifications.put("XTS", "GLY");
2488     modifications.put("XTY", "ASN");
2489     modifications.put("XUA", "ALA");
2490     modifications.put("XUG", "GLY");
2491     modifications.put("XX1", "LYS");
2492     modifications.put("XXY", "THG");
2493     modifications.put("XYG", "DYG");
2494     modifications.put("Y  ", "ALA");
2495     modifications.put("YCM", "CYS");
2496     modifications.put("YG ", "GLY");
2497     modifications.put("YOF", "TYR");
2498     modifications.put("YRR", "ASN");
2499     modifications.put("YYG", "GLY");
2500     modifications.put("Z  ", "CYS");
2501     modifications.put("Z01", "ALA");
2502     modifications.put("ZAD", "ALA");
2503     modifications.put("ZAL", "ALA");
2504     modifications.put("ZBC", "CYS");
2505     modifications.put("ZBU", "UR3");
2506     modifications.put("ZCL", "PHE");
2507     modifications.put("ZCY", "CYS");
2508     modifications.put("ZDU", "UR3");
2509     modifications.put("ZFB", "XAA");
2510     modifications.put("ZGU", "GLY");
2511     modifications.put("ZHP", "ASN");
2512     modifications.put("ZTH", "THR");
2513     modifications.put("ZU0", "THR");
2514     modifications.put("ZZJ", "ALA");
2515
2516   }
2517
2518   public static String getCanonicalAminoAcid(String aA)
2519   {
2520     String canonical = modifications.get(aA);
2521     return canonical == null ? aA : canonical;
2522   }
2523
2524   // main method generates perl representation of residue property hash
2525   // / cut here
2526   public static void main(String[] args)
2527   {
2528     Hashtable<String, Vector<String>> aaProps = new Hashtable<String, Vector<String>>();
2529     System.out.println("my %aa = {");
2530     // invert property hashes
2531     for (String pname : propHash.keySet())
2532     {
2533       Map<String, Integer> phash = propHash.get(pname);
2534       for (String rname : phash.keySet())
2535       {
2536         Vector<String> aprops = aaProps.get(rname);
2537         if (aprops == null)
2538         {
2539           aprops = new Vector<String>();
2540           aaProps.put(rname, aprops);
2541         }
2542         Integer hasprop = phash.get(rname);
2543         if (hasprop.intValue() == 1)
2544         {
2545           aprops.addElement(pname);
2546         }
2547       }
2548     }
2549     Enumeration<String> res = aaProps.keys();
2550     while (res.hasMoreElements())
2551     {
2552       String rname = res.nextElement();
2553
2554       System.out.print("'" + rname + "' => [");
2555       Enumeration<String> props = aaProps.get(rname).elements();
2556       while (props.hasMoreElements())
2557       {
2558         System.out.print("'" + props.nextElement() + "'");
2559         if (props.hasMoreElements())
2560         {
2561           System.out.println(", ");
2562         }
2563       }
2564       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
2565     }
2566     System.out.println("};");
2567   }
2568
2569   // to here
2570
2571   /**
2572    * Returns a list of residue characters for the specified inputs
2573    *
2574    * @param forNucleotide
2575    * @param includeAmbiguous
2576    * @return
2577    */
2578   public static List<String> getResidues(boolean forNucleotide,
2579           boolean includeAmbiguous)
2580   {
2581     List<String> result = new ArrayList<String>();
2582     if (forNucleotide)
2583     {
2584       for (String nuc : nucleotideName.keySet())
2585       {
2586         int val = nucleotideIndex[nuc.charAt(0)];
2587         if ((!includeAmbiguous && val > 4) || (val >= maxNucleotideIndex))
2588         {
2589           continue;
2590         }
2591         nuc = nuc.toUpperCase();
2592         if (!result.contains(nuc))
2593         {
2594           result.add(nuc);
2595         }
2596       }
2597     }
2598     else
2599     {
2600       /*
2601        * Peptide
2602        */
2603       for (String res : aa3Hash.keySet())
2604       {
2605         int index = aa3Hash.get(res).intValue();
2606         if ((!includeAmbiguous && index >= 20) || index >= maxProteinIndex)
2607         {
2608           continue;
2609         }
2610         res = res.toUpperCase();
2611         if (!result.contains(res))
2612         {
2613           result.add(res);
2614         }
2615       }
2616     }
2617
2618     return result;
2619   }
2620
2621   /**
2622    * Returns the single letter code for a three letter code, or '0' if not known
2623    *
2624    * @param threeLetterCode
2625    *          not case sensitive
2626    * @return
2627    */
2628   public static char getSingleCharacterCode(String threeLetterCode)
2629   {
2630     if (threeLetterCode == null)
2631     {
2632       return '0';
2633     }
2634     Integer index = ResidueProperties.aa3Hash
2635             .get(threeLetterCode.toUpperCase());
2636     return index == null ? '0' : aa[index].charAt(0);
2637   }
2638 }