src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueProperties\r
  26 {\r
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28   public static final Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
  29   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  30   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  31   public static final Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
  32   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();\r
  33 \r
  34   static\r
  35   {\r
  36     aaHash.put("A", new Integer(0));\r
  37     aaHash.put("R", new Integer(1));\r
  38     aaHash.put("N", new Integer(2));\r
  39     aaHash.put("D", new Integer(3));\r
  40     aaHash.put("C", new Integer(4));\r
  41     aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
  42     aaHash.put("E", new Integer(6));\r
  43     aaHash.put("G", new Integer(7));\r
  44     aaHash.put("H", new Integer(8));\r
  45     aaHash.put("I", new Integer(9));\r
  46     aaHash.put("L", new Integer(10));\r
  47     aaHash.put("K", new Integer(11));\r
  48     aaHash.put("M", new Integer(12));\r
  49     aaHash.put("F", new Integer(13));\r
  50     aaHash.put("P", new Integer(14));\r
  51     aaHash.put("S", new Integer(15));\r
  52     aaHash.put("T", new Integer(16));\r
  53     aaHash.put("W", new Integer(17));\r
  54     aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
  55     aaHash.put("V", new Integer(19));\r
  56     aaHash.put("B", new Integer(20));\r
  57     aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
  58     aaHash.put("X", new Integer(22));\r
  59     aaHash.put("U", new Integer(22));\r
  60     aaHash.put("a", new Integer(0));\r
  61     aaHash.put("r", new Integer(1));\r
  62     aaHash.put("n", new Integer(2));\r
  63     aaHash.put("d", new Integer(3));\r
  64     aaHash.put("c", new Integer(4));\r
  65     aaHash.put("q", new Integer(5));\r
  66     aaHash.put("e", new Integer(6));\r
  67     aaHash.put("g", new Integer(7));\r
  68     aaHash.put("h", new Integer(8));\r
  69     aaHash.put("i", new Integer(9));\r
  70     aaHash.put("l", new Integer(10));\r
  71     aaHash.put("k", new Integer(11));\r
  72     aaHash.put("m", new Integer(12));\r
  73     aaHash.put("f", new Integer(13));\r
  74     aaHash.put("p", new Integer(14));\r
  75     aaHash.put("s", new Integer(15));\r
  76     aaHash.put("t", new Integer(16));\r
  77     aaHash.put("w", new Integer(17));\r
  78     aaHash.put("y", new Integer(18));\r
  79     aaHash.put("v", new Integer(19));\r
  80     aaHash.put("b", new Integer(20));\r
  81     aaHash.put("z", new Integer(21));\r
  82     aaHash.put("x", new Integer(22));\r
  83     aaHash.put("u", new Integer(22));\r
  84     aaHash.put("-", new Integer(23));\r
  85     aaHash.put("*", new Integer(23));\r
  86     aaHash.put(".", new Integer(23));\r
  87     aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
  88   }\r
  89 \r
  90   static\r
  91   {\r
  92     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
  93     nucleotideHash.put("a", new Integer(0));\r
  94     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
  95     nucleotideHash.put("c", new Integer(1));\r
  96     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
  97     nucleotideHash.put("g", new Integer(2));\r
  98     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
  99     nucleotideHash.put("t", new Integer(3));\r
 100     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
 101     nucleotideHash.put("u", new Integer(4));\r
 102     nucleotideHash.put("I", new Integer(5));\r
 103     nucleotideHash.put("i", new Integer(5));\r
 104     nucleotideHash.put("X", new Integer(6));\r
 105     nucleotideHash.put("x", new Integer(6));\r
 106     nucleotideHash.put("R", new Integer(7));\r
 107     nucleotideHash.put("r", new Integer(7));\r
 108     nucleotideHash.put("Y", new Integer(8));\r
 109     nucleotideHash.put("y", new Integer(8));\r
 110     nucleotideHash.put("N", new Integer(9));\r
 111     nucleotideHash.put("n", new Integer(9));\r
 112 \r
 113 \r
 114     nucleotideName.put("A", "Adenine");\r
 115     nucleotideName.put("a", "Adenine");\r
 116     nucleotideName.put("G", "Guanine");\r
 117     nucleotideName.put("g", "Guanine");\r
 118     nucleotideName.put("C", "Cytosine");\r
 119     nucleotideName.put("c", "Cytosine");\r
 120     nucleotideName.put("T", "Thymine");\r
 121     nucleotideName.put("t", "Thymine");\r
 122     nucleotideName.put("U", "Uracil");\r
 123     nucleotideName.put("u", "Uracil");\r
 124     nucleotideName.put("I", "Inosine");\r
 125     nucleotideName.put("i", "Inosine");\r
 126     nucleotideName.put("X", "Xanthine");\r
 127     nucleotideName.put("x", "Xanthine");\r
 128     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");\r
 129     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");\r
 130     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");\r
 131     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");\r
 132     nucleotideName.put("N", "Unknown");\r
 133     nucleotideName.put("n", "Unknown");\r
 134   }\r
 135 \r
 136 \r
 137   static\r
 138   {\r
 139     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 140     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 141     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 142     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 143     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 144     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 145     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 146     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 147     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 148     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 149     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 150     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 151     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 152     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 153     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 154     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 155     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 156     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 157     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 158     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 159     aa3Hash.put("B", new Integer(20));\r
 160     aa3Hash.put("Z", new Integer(21));\r
 161     aa3Hash.put("X", new Integer(22));\r
 162     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 163     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 164     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 165     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 166   }\r
 167 \r
 168   static\r
 169   {\r
 170     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 171     aa2Triplet.put("a", "ALA");\r
 172     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 173     aa2Triplet.put("r", "ARG");\r
 174     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 175     aa2Triplet.put("n", "ASN");\r
 176     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 177     aa2Triplet.put("d", "ASP");\r
 178     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 179     aa2Triplet.put("c", "CYS");\r
 180     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 181     aa2Triplet.put("q", "GLN");\r
 182     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 183     aa2Triplet.put("e", "GLU");\r
 184     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 185     aa2Triplet.put("g", "GLY");\r
 186     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 187     aa2Triplet.put("h", "HIS");\r
 188     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 189     aa2Triplet.put("i", "ILE");\r
 190     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 191     aa2Triplet.put("l", "LEU");\r
 192     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 193     aa2Triplet.put("k", "LYS");\r
 194     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 195     aa2Triplet.put("m", "MET");\r
 196     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 197     aa2Triplet.put("f", "PHE");\r
 198     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 199     aa2Triplet.put("p", "PRO");\r
 200     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 201     aa2Triplet.put("s", "SER");\r
 202     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 203     aa2Triplet.put("t", "THR");\r
 204     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 205     aa2Triplet.put("w", "TRP");\r
 206     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 207     aa2Triplet.put("y", "TYR");\r
 208     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 209     aa2Triplet.put("v", "VAL");\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public static final String[] aa =\r
 213       {\r
 214       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 215       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 216   };\r
 217   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 218   public static final Vector scaleColours = new Vector();\r
 219 \r
 220   static\r
 221   {\r
 222     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 223     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 224     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 225     scaleColours.addElement(Color.red);\r
 226     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 227     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 228     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 229     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 230     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 231     scaleColours.addElement(Color.white);\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public static final Color[] taylor =\r
 235       {\r
 236       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 237       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 238       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 239       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 240       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 241       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 242       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 243       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 244       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 245       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 246       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 247       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 248       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 249       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 250       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 251       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 252       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 253       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 254       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 255       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 256       Color.white, // B\r
 257       Color.white, // Z\r
 258       Color.white, // X\r
 259       Color.white, // -\r
 260       Color.white, // *\r
 261       Color.white // .\r
 262   };\r
 263   public static final Color[] nucleotide =\r
 264       {\r
 265       new Color(100, 247, 63), // A\r
 266       new Color(255, 179, 64), // C\r
 267       new Color(235, 65, 60), // G\r
 268       new Color(60, 136, 238), // T\r
 269       new Color(60, 136, 238) // U\r
 270   };\r
 271   public static final Color[] color =\r
 272       {\r
 273       Color.pink, // A\r
 274       midBlue, // R\r
 275       Color.green, // N\r
 276       Color.red, // D\r
 277       Color.yellow, // C\r
 278       Color.green, // Q\r
 279       Color.red, // E\r
 280       Color.magenta, // G\r
 281       Color.red, // H\r
 282       Color.pink, // I\r
 283       Color.pink, // L\r
 284       midBlue, // K\r
 285       Color.pink, // M\r
 286       Color.orange, // F\r
 287       Color.magenta, // P\r
 288       Color.green, // S\r
 289       Color.green, // T\r
 290       Color.orange, // W\r
 291       Color.orange, // Y\r
 292       Color.pink, // V\r
 293       Color.white, // B\r
 294       Color.white, // Z\r
 295       Color.white, // X\r
 296       Color.white, // -\r
 297       Color.white, // *\r
 298       Color.white, // .\r
 299       Color.white // ' '\r
 300   };\r
 301 \r
 302   // Dunno where I got these numbers from\r
 303   public static final double[] hyd2 =\r
 304       {\r
 305       0.62, //A\r
 306       0.29, //R\r
 307       -0.90, //N\r
 308       -0.74, //D\r
 309       1.19, //C\r
 310       0.48, //Q\r
 311       -0.40, //E\r
 312       1.38, //G\r
 313       -1.50, //H\r
 314       1.06, //I\r
 315       0.64, //L\r
 316       -0.78, //K\r
 317       0.12, //M\r
 318       -0.85, //F\r
 319       -2.53, //P\r
 320       -0.18, //S\r
 321       -0.05, //T\r
 322       1.08, //W\r
 323       0.81, //Y\r
 324       0.0, //V\r
 325       0.26, //B\r
 326       0.0, //Z\r
 327       0.0 //X\r
 328   };\r
 329   public static final double[] helix =\r
 330       {\r
 331       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 332       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 333   };\r
 334   public static final double helixmin = 0.57;\r
 335   public static final double helixmax = 1.51;\r
 336   public static final double[] strand =\r
 337       {\r
 338       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 339       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 340   };\r
 341   public static final double strandmin = 0.37;\r
 342   public static final double strandmax = 1.7;\r
 343   public static final double[] turn =\r
 344       {\r
 345       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 346       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 347   };\r
 348   public static final double turnmin = 0.47;\r
 349   public static final double turnmax = 1.56;\r
 350   public static final double[] buried =\r
 351       {\r
 352       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 353       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 354   };\r
 355   public static final double buriedmin = 0.05;\r
 356   public static final double buriedmax = 4.6;\r
 357 \r
 358   // This is hydropathy index\r
 359   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 360   // 1157, 105-132, 1982\r
 361   public static final double[] hyd =\r
 362       {\r
 363       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 364       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 365   };\r
 366   public static final double hydmax = 4.5;\r
 367   public static final double hydmin = -3.9;\r
 368 \r
 369   //public static final double hydmax = 1.38;\r
 370   //public static final double hydmin = -2.53;\r
 371   static final int[][] BLOSUM62 =\r
 372       {\r
 373       {\r
 374       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 375       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 376   },\r
 377       {\r
 378       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 379       -3, -1, 0, -1, -4\r
 380   },\r
 381       {\r
 382       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 383       3, 0, -1, -4\r
 384   },\r
 385       {\r
 386       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 387       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 388   },\r
 389       {\r
 390       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 391       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 392   },\r
 393       {\r
 394       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 395       -2, 0, 3, -1, -4\r
 396   },\r
 397       {\r
 398       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 399       -2, 1, 4, -1, -4\r
 400   },\r
 401       {\r
 402       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 403       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 404   },\r
 405       {\r
 406       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 407       -3, 0, 0, -1, -4\r
 408   },\r
 409       {\r
 410       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 411       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 412   },\r
 413       {\r
 414       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 415       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 416   },\r
 417       {\r
 418       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 419       -2, 0, 1, -1, -4\r
 420   },\r
 421       {\r
 422       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 423       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 424   },\r
 425       {\r
 426       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 427       -1, -3, -3, -1, -4\r
 428   },\r
 429       {\r
 430       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 431       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 432   },\r
 433       {\r
 434       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 435       -2, 0, 0, 0, -4\r
 436   },\r
 437       {\r
 438       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 439       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 440   },\r
 441       {\r
 442       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 443       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 444   },\r
 445       {\r
 446       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 447       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 448   },\r
 449       {\r
 450       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 451       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 452   },\r
 453       {\r
 454       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 455       -3, 4, 1, -1, -4\r
 456   },\r
 457       {\r
 458       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 459       -2, 1, 4, -1, -4\r
 460   },\r
 461       {\r
 462       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 463       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 464   },\r
 465       {\r
 466       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 467       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 468   },\r
 469   };\r
 470   static final int[][] PAM250 =\r
 471       {\r
 472       {\r
 473       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 474       0, 0, 0, -8\r
 475   },\r
 476       {\r
 477       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 478       -2, -1, 0, -1, -8\r
 479   },\r
 480       {\r
 481       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 482       2, 1, 0, -8\r
 483   },\r
 484       {\r
 485       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 486       3, 3, -1, -8\r
 487   },\r
 488       {\r
 489       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 490       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 491   },\r
 492       {\r
 493       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 494       -2, 1, 3, -1, -8\r
 495   },\r
 496       {\r
 497       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 498       3, 3, -1, -8\r
 499   },\r
 500       {\r
 501       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 502       -1, 0, 0, -1, -8\r
 503   },\r
 504       {\r
 505       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 506       -2, 1, 2, -1, -8\r
 507   },\r
 508       {\r
 509       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 510       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 511   },\r
 512       {\r
 513       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 514       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 515   },\r
 516       {\r
 517       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 518       1, 0, -1, -8\r
 519   },\r
 520       {\r
 521       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 522       2, -2, -2, -1, -8\r
 523   },\r
 524       {\r
 525       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 526       -1, -4, -5, -2, -8\r
 527   },\r
 528       {\r
 529       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 530       -1, -1, 0, -1, -8\r
 531   },\r
 532       {\r
 533       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 534       0, 0, 0, -8\r
 535   },\r
 536       {\r
 537       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 538       0, -1, 0, -8\r
 539   },\r
 540       {\r
 541       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 542       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 543   },\r
 544       {\r
 545       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 546       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 547   },\r
 548       {\r
 549       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 550       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 551   },\r
 552       {\r
 553       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 554       3, 2, -1, -8\r
 555   },\r
 556       {\r
 557       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 558       2, 3, -1, -8\r
 559   },\r
 560       {\r
 561       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 562       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 563   },\r
 564       {\r
 565       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 566       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 567   },\r
 568   };\r
 569   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 570 \r
 571   static\r
 572   {\r
 573     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 574     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 575     ssHash.put("-", Color.white);\r
 576     ssHash.put(".", Color.white);\r
 577     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 578     ssHash.put("T", Color.blue);\r
 579     ssHash.put("G", Color.pink);\r
 580     ssHash.put("I", Color.pink);\r
 581     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 582   }\r
 583 \r
 584   static final int[][] DNA =\r
 585       {\r
 586       {\r
 587       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
 588       {\r
 589       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
 590       {\r
 591       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
 592       {\r
 593       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
 594       {\r
 595       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
 596   };\r
 597   public static final Color[] pidColours =\r
 598       {\r
 599       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
 600       //    Color.lightGray,\r
 601       new Color(204, 204, 255),\r
 602   };\r
 603   public static final float[] pidThresholds =\r
 604       {\r
 605       80, 60, 40, };\r
 606   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 607   public static Vector Lys = new Vector();\r
 608   public static Vector Asn = new Vector();\r
 609   public static Vector Gln = new Vector();\r
 610   public static Vector His = new Vector();\r
 611   public static Vector Glu = new Vector();\r
 612   public static Vector Asp = new Vector();\r
 613   public static Vector Tyr = new Vector();\r
 614   public static Vector Thr = new Vector();\r
 615   public static Vector Pro = new Vector();\r
 616   public static Vector Ala = new Vector();\r
 617   public static Vector Ser = new Vector();\r
 618   public static Vector Arg = new Vector();\r
 619   public static Vector Gly = new Vector();\r
 620   public static Vector Trp = new Vector();\r
 621   public static Vector Cys = new Vector();\r
 622   public static Vector Ile = new Vector();\r
 623   public static Vector Met = new Vector();\r
 624   public static Vector Leu = new Vector();\r
 625   public static Vector Val = new Vector();\r
 626   public static Vector Phe = new Vector();\r
 627   public static Vector STOP = new Vector();\r
 628 \r
 629   static\r
 630   {\r
 631     codonHash.put("K", Lys);\r
 632     codonHash.put("N", Asn);\r
 633     codonHash.put("Q", Gln);\r
 634     codonHash.put("H", His);\r
 635     codonHash.put("E", Glu);\r
 636     codonHash.put("D", Asp);\r
 637     codonHash.put("Y", Tyr);\r
 638     codonHash.put("T", Thr);\r
 639     codonHash.put("P", Pro);\r
 640     codonHash.put("A", Ala);\r
 641     codonHash.put("S", Ser);\r
 642     codonHash.put("R", Arg);\r
 643     codonHash.put("G", Gly);\r
 644     codonHash.put("W", Trp);\r
 645     codonHash.put("C", Cys);\r
 646     codonHash.put("I", Ile);\r
 647     codonHash.put("M", Met);\r
 648     codonHash.put("L", Leu);\r
 649     codonHash.put("V", Val);\r
 650     codonHash.put("F", Phe);\r
 651     codonHash.put("STOP", STOP);\r
 652   }\r
 653 \r
 654   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 655 \r
 656   static\r
 657   {\r
 658     codonHash2.put("AAA", "K");\r
 659     codonHash2.put("AAG", "K");\r
 660     codonHash2.put("AAC", "N");\r
 661     codonHash2.put("AAT", "N");\r
 662 \r
 663     codonHash2.put("CAA", "E");\r
 664     codonHash2.put("CAG", "E");\r
 665     codonHash2.put("CAC", "H");\r
 666     codonHash2.put("CAT", "H");\r
 667 \r
 668     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 669     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 670     codonHash2.put("GAC", "D");\r
 671     codonHash2.put("GAT", "D");\r
 672 \r
 673     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 674     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 675 \r
 676     codonHash2.put("ACA", "T");\r
 677     codonHash2.put("AAG", "T");\r
 678     codonHash2.put("ACC", "T");\r
 679     codonHash2.put("ACT", "T");\r
 680 \r
 681     codonHash2.put("CCA", "P");\r
 682     codonHash2.put("CCG", "P");\r
 683     codonHash2.put("CCC", "P");\r
 684     codonHash2.put("CCT", "P");\r
 685 \r
 686     codonHash2.put("GCA", "A");\r
 687     codonHash2.put("GCG", "A");\r
 688     codonHash2.put("GCC", "A");\r
 689     codonHash2.put("GCT", "A");\r
 690 \r
 691     codonHash2.put("TCA", "S");\r
 692     codonHash2.put("TCG", "S");\r
 693     codonHash2.put("TCC", "S");\r
 694     codonHash2.put("TCT", "S");\r
 695     codonHash2.put("AGC", "S");\r
 696     codonHash2.put("AGT", "S");\r
 697 \r
 698     codonHash2.put("AGA", "R");\r
 699     codonHash2.put("AGG", "R");\r
 700     codonHash2.put("CGA", "R");\r
 701     codonHash2.put("CGG", "R");\r
 702     codonHash2.put("CGC", "R");\r
 703     codonHash2.put("CGT", "R");\r
 704 \r
 705     codonHash2.put("GGA", "G");\r
 706     codonHash2.put("GGG", "G");\r
 707     codonHash2.put("GGC", "G");\r
 708     codonHash2.put("GGT", "G");\r
 709 \r
 710     codonHash2.put("TGA", "*");\r
 711     codonHash2.put("TAA", "*");\r
 712     codonHash2.put("TAG", "*");\r
 713 \r
 714     codonHash2.put("TGG", "W");\r
 715 \r
 716     codonHash2.put("TGC", "C");\r
 717     codonHash2.put("TGT", "C");\r
 718 \r
 719     codonHash2.put("ATA", "I");\r
 720     codonHash2.put("ATC", "I");\r
 721     codonHash2.put("ATT", "I");\r
 722 \r
 723     codonHash2.put("ATG", "M");\r
 724 \r
 725     codonHash2.put("CTA", "L");\r
 726     codonHash2.put("CTG", "L");\r
 727     codonHash2.put("CTC", "L");\r
 728     codonHash2.put("CTT", "L");\r
 729     codonHash2.put("TTA", "L");\r
 730     codonHash2.put("TTG", "L");\r
 731 \r
 732     codonHash2.put("GTA", "V");\r
 733     codonHash2.put("GTG", "V");\r
 734     codonHash2.put("GTC", "V");\r
 735     codonHash2.put("GTT", "V");\r
 736 \r
 737     codonHash2.put("TTC", "F");\r
 738     codonHash2.put("TTT", "F");\r
 739   }\r
 740 \r
 741   static\r
 742   {\r
 743     Lys.addElement("AAA");\r
 744     Lys.addElement("AAG");\r
 745     Asn.addElement("AAC");\r
 746     Asn.addElement("AAT");\r
 747 \r
 748     Gln.addElement("CAA");\r
 749     Gln.addElement("CAG");\r
 750     His.addElement("CAC");\r
 751     His.addElement("CAT");\r
 752 \r
 753     Glu.addElement("GAA");\r
 754     Glu.addElement("GAG");\r
 755     Asp.addElement("GAC");\r
 756     Asp.addElement("GAT");\r
 757 \r
 758     Tyr.addElement("TAC");\r
 759     Tyr.addElement("TAT");\r
 760 \r
 761     Thr.addElement("ACA");\r
 762     Thr.addElement("ACG");\r
 763     Thr.addElement("ACC");\r
 764     Thr.addElement("ACT");\r
 765 \r
 766     Pro.addElement("CCA");\r
 767     Pro.addElement("CCG");\r
 768     Pro.addElement("CCC");\r
 769     Pro.addElement("CCT");\r
 770 \r
 771     Ala.addElement("GCA");\r
 772     Ala.addElement("GCG");\r
 773     Ala.addElement("GCC");\r
 774     Ala.addElement("GCT");\r
 775 \r
 776     Ser.addElement("TCA");\r
 777     Ser.addElement("TCG");\r
 778     Ser.addElement("TCC");\r
 779     Ser.addElement("TCT");\r
 780     Ser.addElement("AGC");\r
 781     Ser.addElement("AGT");\r
 782 \r
 783     Arg.addElement("AGA");\r
 784     Arg.addElement("AGG");\r
 785     Arg.addElement("CGA");\r
 786     Arg.addElement("CGG");\r
 787     Arg.addElement("CGC");\r
 788     Arg.addElement("CGT");\r
 789 \r
 790     Gly.addElement("GGA");\r
 791     Gly.addElement("GGG");\r
 792     Gly.addElement("GGC");\r
 793     Gly.addElement("GGT");\r
 794 \r
 795     STOP.addElement("TGA");\r
 796     STOP.addElement("TAA");\r
 797     STOP.addElement("TAG");\r
 798 \r
 799     Trp.addElement("TGG");\r
 800 \r
 801     Cys.addElement("TGC");\r
 802     Cys.addElement("TGT");\r
 803 \r
 804     Ile.addElement("ATA");\r
 805     Ile.addElement("ATC");\r
 806     Ile.addElement("ATT");\r
 807 \r
 808     Met.addElement("ATG");\r
 809 \r
 810     Leu.addElement("CTA");\r
 811     Leu.addElement("CTG");\r
 812     Leu.addElement("CTC");\r
 813     Leu.addElement("CTT");\r
 814     Leu.addElement("TTA");\r
 815     Leu.addElement("TTG");\r
 816 \r
 817     Val.addElement("GTA");\r
 818     Val.addElement("GTG");\r
 819     Val.addElement("GTC");\r
 820     Val.addElement("GTT");\r
 821 \r
 822     Phe.addElement("TTC");\r
 823     Phe.addElement("TTT");\r
 824   }\r
 825 \r
 826   public static Color[][] groupColors =\r
 827       {\r
 828       {\r
 829       Color.red, Color.red.brighter(), Color.red.brighter().brighter()},\r
 830       {\r
 831       Color.orange, Color.orange.brighter(),\r
 832       Color.orange.brighter().brighter()\r
 833   },\r
 834       {\r
 835       Color.green, Color.green.brighter(), Color.green.brighter().brighter()},\r
 836       {\r
 837       Color.blue, Color.blue.brighter(), Color.blue.brighter().brighter()},\r
 838       {\r
 839       Color.magenta, Color.magenta.brighter(),\r
 840       Color.magenta.brighter().brighter()\r
 841   },\r
 842       {\r
 843       Color.cyan, Color.cyan.brighter(), Color.cyan.brighter().brighter()},\r
 844       {\r
 845       Color.pink, Color.pink.brighter(), Color.pink.brighter().brighter()},\r
 846   };\r
 847 \r
 848   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 849   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 850   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 851   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 852   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 853   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 854   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 855   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 856   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 857   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 858   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 859   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 860 \r
 861   static\r
 862   {\r
 863     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 864     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 865     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 866     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 867     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 868     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 869     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 870     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 871     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 872     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 873     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 874     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 875     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 876     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 877     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 878     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 879     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 880     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 881     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 882     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 883     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 884     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 885     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 886   }\r
 887 \r
 888   static\r
 889   {\r
 890     polar.put("Y", new Integer(1));\r
 891     polar.put("W", new Integer(1));\r
 892     polar.put("H", new Integer(1));\r
 893     polar.put("K", new Integer(1));\r
 894     polar.put("R", new Integer(1));\r
 895     polar.put("E", new Integer(1));\r
 896     polar.put("Q", new Integer(1));\r
 897     polar.put("D", new Integer(1));\r
 898     polar.put("N", new Integer(1));\r
 899     polar.put("S", new Integer(1));\r
 900     polar.put("T", new Integer(1));\r
 901     polar.put("X", new Integer(1));\r
 902     polar.put("-", new Integer(1));\r
 903     polar.put("*", new Integer(1));\r
 904     polar.put("I", new Integer(0));\r
 905     polar.put("L", new Integer(0));\r
 906     polar.put("V", new Integer(0));\r
 907     polar.put("C", new Integer(0));\r
 908     polar.put("A", new Integer(0));\r
 909     polar.put("G", new Integer(0));\r
 910     polar.put("M", new Integer(0));\r
 911     polar.put("F", new Integer(0));\r
 912     polar.put("P", new Integer(0));\r
 913   }\r
 914 \r
 915   static\r
 916   {\r
 917     small.put("I", new Integer(0));\r
 918     small.put("L", new Integer(0));\r
 919     small.put("V", new Integer(1));\r
 920     small.put("C", new Integer(1));\r
 921     small.put("A", new Integer(1));\r
 922     small.put("G", new Integer(1));\r
 923     small.put("M", new Integer(0));\r
 924     small.put("F", new Integer(0));\r
 925     small.put("Y", new Integer(0));\r
 926     small.put("W", new Integer(0));\r
 927     small.put("H", new Integer(0));\r
 928     small.put("K", new Integer(0));\r
 929     small.put("R", new Integer(0));\r
 930     small.put("E", new Integer(0));\r
 931     small.put("Q", new Integer(0));\r
 932     small.put("D", new Integer(1));\r
 933     small.put("N", new Integer(1));\r
 934     small.put("S", new Integer(1));\r
 935     small.put("T", new Integer(1));\r
 936     small.put("P", new Integer(1));\r
 937     small.put("-", new Integer(1));\r
 938     small.put("*", new Integer(1));\r
 939   }\r
 940 \r
 941   static\r
 942   {\r
 943     positive.put("I", new Integer(0));\r
 944     positive.put("L", new Integer(0));\r
 945     positive.put("V", new Integer(0));\r
 946     positive.put("C", new Integer(0));\r
 947     positive.put("A", new Integer(0));\r
 948     positive.put("G", new Integer(0));\r
 949     positive.put("M", new Integer(0));\r
 950     positive.put("F", new Integer(0));\r
 951     positive.put("Y", new Integer(0));\r
 952     positive.put("W", new Integer(0));\r
 953     positive.put("H", new Integer(1));\r
 954     positive.put("K", new Integer(1));\r
 955     positive.put("R", new Integer(1));\r
 956     positive.put("E", new Integer(0));\r
 957     positive.put("Q", new Integer(0));\r
 958     positive.put("D", new Integer(0));\r
 959     positive.put("N", new Integer(0));\r
 960     positive.put("S", new Integer(0));\r
 961     positive.put("T", new Integer(0));\r
 962     positive.put("P", new Integer(0));\r
 963     positive.put("-", new Integer(1));\r
 964     positive.put("*", new Integer(1));\r
 965   }\r
 966 \r
 967   static\r
 968   {\r
 969     negative.put("I", new Integer(0));\r
 970     negative.put("L", new Integer(0));\r
 971     negative.put("V", new Integer(0));\r
 972     negative.put("C", new Integer(0));\r
 973     negative.put("A", new Integer(0));\r
 974     negative.put("G", new Integer(0));\r
 975     negative.put("M", new Integer(0));\r
 976     negative.put("F", new Integer(0));\r
 977     negative.put("Y", new Integer(0));\r
 978     negative.put("W", new Integer(0));\r
 979     negative.put("H", new Integer(0));\r
 980     negative.put("K", new Integer(0));\r
 981     negative.put("R", new Integer(0));\r
 982     negative.put("E", new Integer(1));\r
 983     negative.put("Q", new Integer(0));\r
 984     negative.put("D", new Integer(1));\r
 985     negative.put("N", new Integer(0));\r
 986     negative.put("S", new Integer(0));\r
 987     negative.put("T", new Integer(0));\r
 988     negative.put("P", new Integer(0));\r
 989     negative.put("-", new Integer(1));\r
 990     negative.put("*", new Integer(1));\r
 991   }\r
 992 \r
 993   static\r
 994   {\r
 995     charged.put("I", new Integer(0));\r
 996     charged.put("L", new Integer(0));\r
 997     charged.put("V", new Integer(0));\r
 998     charged.put("C", new Integer(0));\r
 999     charged.put("A", new Integer(0));\r
1000     charged.put("G", new Integer(0));\r
1001     charged.put("M", new Integer(0));\r
1002     charged.put("F", new Integer(0));\r
1003     charged.put("Y", new Integer(0));\r
1004     charged.put("W", new Integer(0));\r
1005     charged.put("H", new Integer(1));\r
1006     charged.put("K", new Integer(1));\r
1007     charged.put("R", new Integer(1));\r
1008     charged.put("E", new Integer(1));\r
1009     charged.put("Q", new Integer(0));\r
1010     charged.put("D", new Integer(1));\r
1011     charged.put("N", new Integer(1));\r
1012     charged.put("S", new Integer(0));\r
1013     charged.put("T", new Integer(0));\r
1014     charged.put("P", new Integer(0));\r
1015     charged.put("-", new Integer(1));\r
1016     charged.put("*", new Integer(1));\r
1017   }\r
1018 \r
1019   static\r
1020   {\r
1021     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
1022     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
1023     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
1024     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
1025     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
1026     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
1027     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
1028     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
1029     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
1030     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
1031     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
1032     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
1033     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
1034     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
1035     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
1036     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
1037     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
1038     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
1039     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
1040     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
1041     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
1042     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
1043   }\r
1044 \r
1045   static\r
1046   {\r
1047     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
1048     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
1049     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1050     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1051     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1052     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1053     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1054     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1055     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1056     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1057     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1058     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1059     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1060     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1061     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1062     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1063     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1064     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1065     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1066     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1067     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1068     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1069   }\r
1070 \r
1071   static\r
1072   {\r
1073     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1074     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1075     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1076     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1077     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1078     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1079     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1080     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1081     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1082     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1083     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1084     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1085     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1086     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1087     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1088     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1089     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1090     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1091     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1092     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1093     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1094     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1095   }\r
1096 \r
1097   static\r
1098   {\r
1099     proline.put("I", new Integer(0));\r
1100     proline.put("L", new Integer(0));\r
1101     proline.put("V", new Integer(0));\r
1102     proline.put("C", new Integer(0));\r
1103     proline.put("A", new Integer(0));\r
1104     proline.put("G", new Integer(0));\r
1105     proline.put("M", new Integer(0));\r
1106     proline.put("F", new Integer(0));\r
1107     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1108     proline.put("W", new Integer(0));\r
1109     proline.put("H", new Integer(0));\r
1110     proline.put("K", new Integer(0));\r
1111     proline.put("R", new Integer(0));\r
1112     proline.put("E", new Integer(0));\r
1113     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1114     proline.put("D", new Integer(0));\r
1115     proline.put("N", new Integer(0));\r
1116     proline.put("S", new Integer(0));\r
1117     proline.put("T", new Integer(0));\r
1118     proline.put("P", new Integer(1));\r
1119     proline.put("-", new Integer(1));\r
1120     proline.put("*", new Integer(1));\r
1121   }\r
1122 \r
1123   static\r
1124   {\r
1125     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1126     propHash.put("small", small);\r
1127     propHash.put("positive", positive);\r
1128     propHash.put("negative", negative);\r
1129     propHash.put("charged", charged);\r
1130     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1131     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1132     propHash.put("tiny", tiny);\r
1133     propHash.put("proline", proline);\r
1134     propHash.put("polar", polar);\r
1135   }\r
1136 \r
1137   public static Hashtable chainColours = new Hashtable();\r
1138 \r
1139   static\r
1140   {\r
1141     chainColours.put("A", Color.red);\r
1142     chainColours.put("B", Color.orange);\r
1143     chainColours.put("C", Color.yellow);\r
1144     chainColours.put("D", Color.green);\r
1145     chainColours.put("E", Color.cyan);\r
1146     chainColours.put("F", Color.blue);\r
1147     chainColours.put("G", Color.magenta);\r
1148     chainColours.put("H", Color.pink);\r
1149   }\r
1150 \r
1151   private ResidueProperties()\r
1152   {\r
1153   }\r
1154 \r
1155   public static double getHydmax()\r
1156   {\r
1157     return hydmax;\r
1158   }\r
1159 \r
1160   public static double getHydmin()\r
1161   {\r
1162     return hydmin;\r
1163   }\r
1164 \r
1165   public static double[] getHyd()\r
1166   {\r
1167     return hyd;\r
1168   }\r
1169 \r
1170   public static Hashtable getAAHash()\r
1171   {\r
1172     return aaHash;\r
1173   }\r
1174 \r
1175   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1176   {\r
1177     return aa3Hash;\r
1178   }\r
1179 \r
1180   public static int[][] getDNA()\r
1181   {\r
1182     return ResidueProperties.DNA;\r
1183   }\r
1184 \r
1185   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1186   {\r
1187     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1188   }\r
1189 \r
1190   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1191   {\r
1192     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1193     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1194     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1195 \r
1196     return pog;\r
1197   }\r
1198 \r
1199   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1200   {\r
1201     int pog = 0;\r
1202 \r
1203     try\r
1204     {\r
1205       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1206       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1207       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1208     }\r
1209     catch (Exception e)\r
1210     {\r
1211       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1212     }\r
1213 \r
1214     return pog;\r
1215   }\r
1216 \r
1217   public static Vector getCodons(String res)\r
1218   {\r
1219     if (codonHash.containsKey(res))\r
1220     {\r
1221       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1222     }\r
1223 \r
1224     return null;\r
1225   }\r
1226 \r
1227   public static String codonTranslate(String codon)\r
1228   {\r
1229     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1230 \r
1231     while (e.hasMoreElements())\r
1232     {\r
1233       String key = (String) e.nextElement();\r
1234       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1235 \r
1236       if (tmp.contains(codon))\r
1237       {\r
1238         return key;\r
1239       }\r
1240     }\r
1241 \r
1242     return null;\r
1243   }\r
1244 \r
1245   public static Hashtable getChainColours()\r
1246   {\r
1247     return chainColours;\r
1248   }\r
1249 }\r