src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueProperties\r
  26 {\r
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28   public static final int [] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below\r
  29   public static final int [] nucleotideIndex;\r
  30   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  31   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  32   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();\r
  33 \r
  34 \r
  35   static\r
  36   {\r
  37     aaIndex = new int[132];\r
  38     for(int i=0; i<132; i++)\r
  39       aaIndex[i] = -1;\r
  40 \r
  41     aaIndex['A'] = 0;\r
  42     aaIndex['R'] = 1;\r
  43     aaIndex['N'] = 2;\r
  44     aaIndex['D'] = 3;\r
  45     aaIndex['C'] = 4;\r
  46     aaIndex['Q'] = 5;\r
  47     aaIndex['E'] = 6;\r
  48     aaIndex['G'] = 7;\r
  49     aaIndex['H'] = 8;\r
  50     aaIndex['I'] = 9;\r
  51     aaIndex['L'] = 10;\r
  52     aaIndex['K'] = 11;\r
  53     aaIndex['M'] = 12;\r
  54     aaIndex['F'] = 13;\r
  55     aaIndex['P'] = 14;\r
  56     aaIndex['S'] = 15;\r
  57     aaIndex['T'] = 16;\r
  58     aaIndex['W'] = 17;\r
  59     aaIndex['Y'] = 18;\r
  60     aaIndex['V'] = 19;\r
  61     aaIndex['B'] = 20;\r
  62     aaIndex['Z'] = 21;\r
  63     aaIndex['X'] = 22;\r
  64     aaIndex['U'] = 22;\r
  65     aaIndex['a'] = 0;\r
  66     aaIndex['r'] = 1;\r
  67     aaIndex['n'] = 2;\r
  68     aaIndex['d'] = 3;\r
  69     aaIndex['c'] = 4;\r
  70     aaIndex['q'] = 5;\r
  71     aaIndex['e'] = 6;\r
  72     aaIndex['g'] = 7;\r
  73     aaIndex['h'] = 8;\r
  74     aaIndex['i'] = 9;\r
  75     aaIndex['l'] = 10;\r
  76     aaIndex['k'] = 11;\r
  77     aaIndex['m'] = 12;\r
  78     aaIndex['f'] = 13;\r
  79     aaIndex['p'] = 14;\r
  80     aaIndex['s'] = 15;\r
  81     aaIndex['t'] = 16;\r
  82     aaIndex['w'] = 17;\r
  83     aaIndex['y'] = 18;\r
  84     aaIndex['v'] = 19;\r
  85     aaIndex['b'] = 20;\r
  86     aaIndex['z'] = 21;\r
  87     aaIndex['x'] = 22;\r
  88     aaIndex['u'] = 22;\r
  89     aaIndex['-'] = 23;\r
  90     aaIndex['*'] = 23;\r
  91     aaIndex['.'] = 23;\r
  92     aaIndex[' '] = 23;\r
  93   }\r
  94 \r
  95   static\r
  96   {\r
  97     nucleotideIndex = new int[132];\r
  98     for (int i = 0; i < 132; i++)\r
  99       nucleotideIndex[i] = -1;\r
 100 \r
 101     nucleotideIndex['A'] = 0;\r
 102     nucleotideIndex['a'] = 0;\r
 103     nucleotideIndex['C'] = 1;\r
 104     nucleotideIndex['c'] = 1;\r
 105     nucleotideIndex['G'] = 2;\r
 106     nucleotideIndex['g'] = 2;\r
 107     nucleotideIndex['T'] = 3;\r
 108     nucleotideIndex['t'] = 3;\r
 109     nucleotideIndex['U'] = 4;\r
 110     nucleotideIndex['u'] = 4;\r
 111     nucleotideIndex['I'] = 5;\r
 112     nucleotideIndex['i'] = 5;\r
 113     nucleotideIndex['X'] = 6;\r
 114     nucleotideIndex['x'] = 6;\r
 115     nucleotideIndex['R'] = 7;\r
 116     nucleotideIndex['r'] = 7;\r
 117     nucleotideIndex['Y'] = 8;\r
 118     nucleotideIndex['y'] = 8;\r
 119     nucleotideIndex['N'] = 9;\r
 120     nucleotideIndex['n'] = 9;\r
 121 \r
 122 \r
 123     nucleotideName.put("A", "Adenine");\r
 124     nucleotideName.put("a", "Adenine");\r
 125     nucleotideName.put("G", "Guanine");\r
 126     nucleotideName.put("g", "Guanine");\r
 127     nucleotideName.put("C", "Cytosine");\r
 128     nucleotideName.put("c", "Cytosine");\r
 129     nucleotideName.put("T", "Thymine");\r
 130     nucleotideName.put("t", "Thymine");\r
 131     nucleotideName.put("U", "Uracil");\r
 132     nucleotideName.put("u", "Uracil");\r
 133     nucleotideName.put("I", "Inosine");\r
 134     nucleotideName.put("i", "Inosine");\r
 135     nucleotideName.put("X", "Xanthine");\r
 136     nucleotideName.put("x", "Xanthine");\r
 137     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");\r
 138     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");\r
 139     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");\r
 140     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");\r
 141     nucleotideName.put("N", "Unknown");\r
 142     nucleotideName.put("n", "Unknown");\r
 143   }\r
 144 \r
 145 \r
 146   static\r
 147   {\r
 148     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 149     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 150     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 151     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 152     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 153     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 154     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 155     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 156     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 157     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 158     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 159     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 160     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 161     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 162     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 163     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 164     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 165     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 166     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 167     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 168     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides\r
 169     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";\r
 170     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X\r
 171     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22));// X unknown\r
 172     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 173     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 174     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 175     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 176     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));\r
 177   }\r
 178 \r
 179   static\r
 180   {\r
 181     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 182     aa2Triplet.put("a", "ALA");\r
 183     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 184     aa2Triplet.put("r", "ARG");\r
 185     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 186     aa2Triplet.put("n", "ASN");\r
 187     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 188     aa2Triplet.put("d", "ASP");\r
 189     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 190     aa2Triplet.put("c", "CYS");\r
 191     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 192     aa2Triplet.put("q", "GLN");\r
 193     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 194     aa2Triplet.put("e", "GLU");\r
 195     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 196     aa2Triplet.put("g", "GLY");\r
 197     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 198     aa2Triplet.put("h", "HIS");\r
 199     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 200     aa2Triplet.put("i", "ILE");\r
 201     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 202     aa2Triplet.put("l", "LEU");\r
 203     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 204     aa2Triplet.put("k", "LYS");\r
 205     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 206     aa2Triplet.put("m", "MET");\r
 207     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 208     aa2Triplet.put("f", "PHE");\r
 209     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 210     aa2Triplet.put("p", "PRO");\r
 211     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 212     aa2Triplet.put("s", "SER");\r
 213     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 214     aa2Triplet.put("t", "THR");\r
 215     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 216     aa2Triplet.put("w", "TRP");\r
 217     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 218     aa2Triplet.put("y", "TYR");\r
 219     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 220     aa2Triplet.put("v", "VAL");\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public static final String[] aa =\r
 224       {\r
 225       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 226       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 227   };\r
 228   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 229   public static final Vector scaleColours = new Vector();\r
 230 \r
 231   static\r
 232   {\r
 233     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 234     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 235     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 236     scaleColours.addElement(Color.red);\r
 237     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 238     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 239     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 240     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 241     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 242     scaleColours.addElement(Color.white);\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public static final Color[] taylor =\r
 246       {\r
 247       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 248       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 249       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 250       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 251       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 252       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 253       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 254       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 255       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 256       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 257       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 258       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 259       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 260       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 261       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 262       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 263       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 264       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 265       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 266       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 267       Color.white, // B\r
 268       Color.white, // Z\r
 269       Color.white, // X\r
 270       Color.white, // -\r
 271       Color.white, // *\r
 272       Color.white // .\r
 273   };\r
 274   public static final Color[] nucleotide =\r
 275       {\r
 276       new Color(100, 247, 63), // A\r
 277       new Color(255, 179, 64), // C\r
 278       new Color(235, 65, 60), // G\r
 279       new Color(60, 136, 238), // T\r
 280       new Color(60, 136, 238) // U\r
 281   };\r
 282   public static final Color[] color =\r
 283       {\r
 284       Color.pink, // A\r
 285       midBlue, // R\r
 286       Color.green, // N\r
 287       Color.red, // D\r
 288       Color.yellow, // C\r
 289       Color.green, // Q\r
 290       Color.red, // E\r
 291       Color.magenta, // G\r
 292       Color.red, // H\r
 293       Color.pink, // I\r
 294       Color.pink, // L\r
 295       midBlue, // K\r
 296       Color.pink, // M\r
 297       Color.orange, // F\r
 298       Color.magenta, // P\r
 299       Color.green, // S\r
 300       Color.green, // T\r
 301       Color.orange, // W\r
 302       Color.orange, // Y\r
 303       Color.pink, // V\r
 304       Color.white, // B\r
 305       Color.white, // Z\r
 306       Color.white, // X\r
 307       Color.white, // -\r
 308       Color.white, // *\r
 309       Color.white, // .\r
 310       Color.white // ' '\r
 311   };\r
 312 \r
 313   // Dunno where I got these numbers from\r
 314   public static final double[] hyd2 =\r
 315       {\r
 316       0.62, //A\r
 317       0.29, //R\r
 318       -0.90, //N\r
 319       -0.74, //D\r
 320       1.19, //C\r
 321       0.48, //Q\r
 322       -0.40, //E\r
 323       1.38, //G\r
 324       -1.50, //H\r
 325       1.06, //I\r
 326       0.64, //L\r
 327       -0.78, //K\r
 328       0.12, //M\r
 329       -0.85, //F\r
 330       -2.53, //P\r
 331       -0.18, //S\r
 332       -0.05, //T\r
 333       1.08, //W\r
 334       0.81, //Y\r
 335       0.0, //V\r
 336       0.26, //B\r
 337       0.0, //Z\r
 338       0.0 //X\r
 339   };\r
 340   public static final double[] helix =\r
 341       {\r
 342       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 343       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 344   };\r
 345   public static final double helixmin = 0.57;\r
 346   public static final double helixmax = 1.51;\r
 347   public static final double[] strand =\r
 348       {\r
 349       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 350       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 351   };\r
 352   public static final double strandmin = 0.37;\r
 353   public static final double strandmax = 1.7;\r
 354   public static final double[] turn =\r
 355       {\r
 356       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 357       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 358   };\r
 359   public static final double turnmin = 0.47;\r
 360   public static final double turnmax = 1.56;\r
 361   public static final double[] buried =\r
 362       {\r
 363       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 364       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 365   };\r
 366   public static final double buriedmin = 0.05;\r
 367   public static final double buriedmax = 4.6;\r
 368 \r
 369   // This is hydropathy index\r
 370   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 371   // 1157, 105-132, 1982\r
 372   public static final double[] hyd =\r
 373       {\r
 374       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 375       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 376   };\r
 377   public static final double hydmax = 4.5;\r
 378   public static final double hydmin = -3.9;\r
 379 \r
 380   //public static final double hydmax = 1.38;\r
 381   //public static final double hydmin = -2.53;\r
 382   static final int[][] BLOSUM62 =\r
 383       {\r
 384       {\r
 385       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 386       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 387   },\r
 388       {\r
 389       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 390       -3, -1, 0, -1, -4\r
 391   },\r
 392       {\r
 393       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 394       3, 0, -1, -4\r
 395   },\r
 396       {\r
 397       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 398       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 399   },\r
 400       {\r
 401       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 402       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 403   },\r
 404       {\r
 405       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 406       -2, 0, 3, -1, -4\r
 407   },\r
 408       {\r
 409       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 410       -2, 1, 4, -1, -4\r
 411   },\r
 412       {\r
 413       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 414       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 415   },\r
 416       {\r
 417       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 418       -3, 0, 0, -1, -4\r
 419   },\r
 420       {\r
 421       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 422       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 423   },\r
 424       {\r
 425       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 426       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 427   },\r
 428       {\r
 429       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 430       -2, 0, 1, -1, -4\r
 431   },\r
 432       {\r
 433       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 434       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 435   },\r
 436       {\r
 437       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 438       -1, -3, -3, -1, -4\r
 439   },\r
 440       {\r
 441       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 442       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 443   },\r
 444       {\r
 445       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 446       -2, 0, 0, 0, -4\r
 447   },\r
 448       {\r
 449       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 450       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 451   },\r
 452       {\r
 453       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 454       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 455   },\r
 456       {\r
 457       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 458       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 459   },\r
 460       {\r
 461       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 462       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 463   },\r
 464       {\r
 465       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 466       -3, 4, 1, -1, -4\r
 467   },\r
 468       {\r
 469       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 470       -2, 1, 4, -1, -4\r
 471   },\r
 472       {\r
 473       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 474       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 475   },\r
 476       {\r
 477       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 478       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 479   },\r
 480   };\r
 481   static final int[][] PAM250 =\r
 482       {\r
 483       {\r
 484       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 485       0, 0, 0, -8\r
 486   },\r
 487       {\r
 488       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 489       -2, -1, 0, -1, -8\r
 490   },\r
 491       {\r
 492       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 493       2, 1, 0, -8\r
 494   },\r
 495       {\r
 496       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 497       3, 3, -1, -8\r
 498   },\r
 499       {\r
 500       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 501       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 502   },\r
 503       {\r
 504       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 505       -2, 1, 3, -1, -8\r
 506   },\r
 507       {\r
 508       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 509       3, 3, -1, -8\r
 510   },\r
 511       {\r
 512       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 513       -1, 0, 0, -1, -8\r
 514   },\r
 515       {\r
 516       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 517       -2, 1, 2, -1, -8\r
 518   },\r
 519       {\r
 520       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 521       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 522   },\r
 523       {\r
 524       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 525       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 526   },\r
 527       {\r
 528       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 529       1, 0, -1, -8\r
 530   },\r
 531       {\r
 532       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 533       2, -2, -2, -1, -8\r
 534   },\r
 535       {\r
 536       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 537       -1, -4, -5, -2, -8\r
 538   },\r
 539       {\r
 540       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 541       -1, -1, 0, -1, -8\r
 542   },\r
 543       {\r
 544       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 545       0, 0, 0, -8\r
 546   },\r
 547       {\r
 548       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 549       0, -1, 0, -8\r
 550   },\r
 551       {\r
 552       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 553       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 554   },\r
 555       {\r
 556       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 557       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 558   },\r
 559       {\r
 560       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 561       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 562   },\r
 563       {\r
 564       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 565       3, 2, -1, -8\r
 566   },\r
 567       {\r
 568       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 569       2, 3, -1, -8\r
 570   },\r
 571       {\r
 572       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 573       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 574   },\r
 575       {\r
 576       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 577       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 578   },\r
 579   };\r
 580   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 581 \r
 582   static\r
 583   {\r
 584     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 585     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 586     ssHash.put("-", Color.white);\r
 587     ssHash.put(".", Color.white);\r
 588     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 589     ssHash.put("T", Color.blue);\r
 590     ssHash.put("G", Color.pink);\r
 591     ssHash.put("I", Color.pink);\r
 592     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 593   }\r
 594 \r
 595   static final int[][] DNA =\r
 596       {\r
 597       {\r
 598       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
 599       {\r
 600       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
 601       {\r
 602       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
 603       {\r
 604       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
 605       {\r
 606       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
 607   };\r
 608   public static final Color[] pidColours =\r
 609       {\r
 610       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
 611       //    Color.lightGray,\r
 612       new Color(204, 204, 255),\r
 613   };\r
 614   public static final float[] pidThresholds =\r
 615       {\r
 616       80, 60, 40, };\r
 617   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 618   public static Vector Lys = new Vector();\r
 619   public static Vector Asn = new Vector();\r
 620   public static Vector Gln = new Vector();\r
 621   public static Vector His = new Vector();\r
 622   public static Vector Glu = new Vector();\r
 623   public static Vector Asp = new Vector();\r
 624   public static Vector Tyr = new Vector();\r
 625   public static Vector Thr = new Vector();\r
 626   public static Vector Pro = new Vector();\r
 627   public static Vector Ala = new Vector();\r
 628   public static Vector Ser = new Vector();\r
 629   public static Vector Arg = new Vector();\r
 630   public static Vector Gly = new Vector();\r
 631   public static Vector Trp = new Vector();\r
 632   public static Vector Cys = new Vector();\r
 633   public static Vector Ile = new Vector();\r
 634   public static Vector Met = new Vector();\r
 635   public static Vector Leu = new Vector();\r
 636   public static Vector Val = new Vector();\r
 637   public static Vector Phe = new Vector();\r
 638   public static Vector STOP = new Vector();\r
 639 \r
 640   static\r
 641   {\r
 642     codonHash.put("K", Lys);\r
 643     codonHash.put("N", Asn);\r
 644     codonHash.put("Q", Gln);\r
 645     codonHash.put("H", His);\r
 646     codonHash.put("E", Glu);\r
 647     codonHash.put("D", Asp);\r
 648     codonHash.put("Y", Tyr);\r
 649     codonHash.put("T", Thr);\r
 650     codonHash.put("P", Pro);\r
 651     codonHash.put("A", Ala);\r
 652     codonHash.put("S", Ser);\r
 653     codonHash.put("R", Arg);\r
 654     codonHash.put("G", Gly);\r
 655     codonHash.put("W", Trp);\r
 656     codonHash.put("C", Cys);\r
 657     codonHash.put("I", Ile);\r
 658     codonHash.put("M", Met);\r
 659     codonHash.put("L", Leu);\r
 660     codonHash.put("V", Val);\r
 661     codonHash.put("F", Phe);\r
 662     codonHash.put("STOP", STOP);\r
 663   }\r
 664 \r
 665   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 666 \r
 667   static\r
 668   {\r
 669     codonHash2.put("AAA", "K");\r
 670     codonHash2.put("AAG", "K");\r
 671     codonHash2.put("AAC", "N");\r
 672     codonHash2.put("AAT", "N");\r
 673 \r
 674     codonHash2.put("CAA", "E");\r
 675     codonHash2.put("CAG", "E");\r
 676     codonHash2.put("CAC", "H");\r
 677     codonHash2.put("CAT", "H");\r
 678 \r
 679     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 680     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 681     codonHash2.put("GAC", "D");\r
 682     codonHash2.put("GAT", "D");\r
 683 \r
 684     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 685     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 686 \r
 687     codonHash2.put("ACA", "T");\r
 688     codonHash2.put("AAG", "T");\r
 689     codonHash2.put("ACC", "T");\r
 690     codonHash2.put("ACT", "T");\r
 691 \r
 692     codonHash2.put("CCA", "P");\r
 693     codonHash2.put("CCG", "P");\r
 694     codonHash2.put("CCC", "P");\r
 695     codonHash2.put("CCT", "P");\r
 696 \r
 697     codonHash2.put("GCA", "A");\r
 698     codonHash2.put("GCG", "A");\r
 699     codonHash2.put("GCC", "A");\r
 700     codonHash2.put("GCT", "A");\r
 701 \r
 702     codonHash2.put("TCA", "S");\r
 703     codonHash2.put("TCG", "S");\r
 704     codonHash2.put("TCC", "S");\r
 705     codonHash2.put("TCT", "S");\r
 706     codonHash2.put("AGC", "S");\r
 707     codonHash2.put("AGT", "S");\r
 708 \r
 709     codonHash2.put("AGA", "R");\r
 710     codonHash2.put("AGG", "R");\r
 711     codonHash2.put("CGA", "R");\r
 712     codonHash2.put("CGG", "R");\r
 713     codonHash2.put("CGC", "R");\r
 714     codonHash2.put("CGT", "R");\r
 715 \r
 716     codonHash2.put("GGA", "G");\r
 717     codonHash2.put("GGG", "G");\r
 718     codonHash2.put("GGC", "G");\r
 719     codonHash2.put("GGT", "G");\r
 720 \r
 721     codonHash2.put("TGA", "*");\r
 722     codonHash2.put("TAA", "*");\r
 723     codonHash2.put("TAG", "*");\r
 724 \r
 725     codonHash2.put("TGG", "W");\r
 726 \r
 727     codonHash2.put("TGC", "C");\r
 728     codonHash2.put("TGT", "C");\r
 729 \r
 730     codonHash2.put("ATA", "I");\r
 731     codonHash2.put("ATC", "I");\r
 732     codonHash2.put("ATT", "I");\r
 733 \r
 734     codonHash2.put("ATG", "M");\r
 735 \r
 736     codonHash2.put("CTA", "L");\r
 737     codonHash2.put("CTG", "L");\r
 738     codonHash2.put("CTC", "L");\r
 739     codonHash2.put("CTT", "L");\r
 740     codonHash2.put("TTA", "L");\r
 741     codonHash2.put("TTG", "L");\r
 742 \r
 743     codonHash2.put("GTA", "V");\r
 744     codonHash2.put("GTG", "V");\r
 745     codonHash2.put("GTC", "V");\r
 746     codonHash2.put("GTT", "V");\r
 747 \r
 748     codonHash2.put("TTC", "F");\r
 749     codonHash2.put("TTT", "F");\r
 750   }\r
 751 \r
 752   static\r
 753   {\r
 754     Lys.addElement("AAA");\r
 755     Lys.addElement("AAG");\r
 756     Asn.addElement("AAC");\r
 757     Asn.addElement("AAT");\r
 758 \r
 759     Gln.addElement("CAA");\r
 760     Gln.addElement("CAG");\r
 761     His.addElement("CAC");\r
 762     His.addElement("CAT");\r
 763 \r
 764     Glu.addElement("GAA");\r
 765     Glu.addElement("GAG");\r
 766     Asp.addElement("GAC");\r
 767     Asp.addElement("GAT");\r
 768 \r
 769     Tyr.addElement("TAC");\r
 770     Tyr.addElement("TAT");\r
 771 \r
 772     Thr.addElement("ACA");\r
 773     Thr.addElement("ACG");\r
 774     Thr.addElement("ACC");\r
 775     Thr.addElement("ACT");\r
 776 \r
 777     Pro.addElement("CCA");\r
 778     Pro.addElement("CCG");\r
 779     Pro.addElement("CCC");\r
 780     Pro.addElement("CCT");\r
 781 \r
 782     Ala.addElement("GCA");\r
 783     Ala.addElement("GCG");\r
 784     Ala.addElement("GCC");\r
 785     Ala.addElement("GCT");\r
 786 \r
 787     Ser.addElement("TCA");\r
 788     Ser.addElement("TCG");\r
 789     Ser.addElement("TCC");\r
 790     Ser.addElement("TCT");\r
 791     Ser.addElement("AGC");\r
 792     Ser.addElement("AGT");\r
 793 \r
 794     Arg.addElement("AGA");\r
 795     Arg.addElement("AGG");\r
 796     Arg.addElement("CGA");\r
 797     Arg.addElement("CGG");\r
 798     Arg.addElement("CGC");\r
 799     Arg.addElement("CGT");\r
 800 \r
 801     Gly.addElement("GGA");\r
 802     Gly.addElement("GGG");\r
 803     Gly.addElement("GGC");\r
 804     Gly.addElement("GGT");\r
 805 \r
 806     STOP.addElement("TGA");\r
 807     STOP.addElement("TAA");\r
 808     STOP.addElement("TAG");\r
 809 \r
 810     Trp.addElement("TGG");\r
 811 \r
 812     Cys.addElement("TGC");\r
 813     Cys.addElement("TGT");\r
 814 \r
 815     Ile.addElement("ATA");\r
 816     Ile.addElement("ATC");\r
 817     Ile.addElement("ATT");\r
 818 \r
 819     Met.addElement("ATG");\r
 820 \r
 821     Leu.addElement("CTA");\r
 822     Leu.addElement("CTG");\r
 823     Leu.addElement("CTC");\r
 824     Leu.addElement("CTT");\r
 825     Leu.addElement("TTA");\r
 826     Leu.addElement("TTG");\r
 827 \r
 828     Val.addElement("GTA");\r
 829     Val.addElement("GTG");\r
 830     Val.addElement("GTC");\r
 831     Val.addElement("GTT");\r
 832 \r
 833     Phe.addElement("TTC");\r
 834     Phe.addElement("TTT");\r
 835   }\r
 836 \r
 837 \r
 838   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 839   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 840   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 841   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 842   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 843   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 844   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 845   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 846   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 847   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 848   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 849   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 850 \r
 851   static\r
 852   {\r
 853     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 854     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 855     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 856     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 857     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 858     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 859     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 860     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 861     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 862     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 863     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 864     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 865     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 866     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 867     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 868     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 869     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 870     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 871     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 872     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 873     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 874     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 875     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 876   }\r
 877 \r
 878   static\r
 879   {\r
 880     polar.put("Y", new Integer(1));\r
 881     polar.put("W", new Integer(1));\r
 882     polar.put("H", new Integer(1));\r
 883     polar.put("K", new Integer(1));\r
 884     polar.put("R", new Integer(1));\r
 885     polar.put("E", new Integer(1));\r
 886     polar.put("Q", new Integer(1));\r
 887     polar.put("D", new Integer(1));\r
 888     polar.put("N", new Integer(1));\r
 889     polar.put("S", new Integer(1));\r
 890     polar.put("T", new Integer(1));\r
 891     polar.put("X", new Integer(1));\r
 892     polar.put("-", new Integer(1));\r
 893     polar.put("*", new Integer(1));\r
 894     polar.put("I", new Integer(0));\r
 895     polar.put("L", new Integer(0));\r
 896     polar.put("V", new Integer(0));\r
 897     polar.put("C", new Integer(0));\r
 898     polar.put("A", new Integer(0));\r
 899     polar.put("G", new Integer(0));\r
 900     polar.put("M", new Integer(0));\r
 901     polar.put("F", new Integer(0));\r
 902     polar.put("P", new Integer(0));\r
 903   }\r
 904 \r
 905   static\r
 906   {\r
 907     small.put("I", new Integer(0));\r
 908     small.put("L", new Integer(0));\r
 909     small.put("V", new Integer(1));\r
 910     small.put("C", new Integer(1));\r
 911     small.put("A", new Integer(1));\r
 912     small.put("G", new Integer(1));\r
 913     small.put("M", new Integer(0));\r
 914     small.put("F", new Integer(0));\r
 915     small.put("Y", new Integer(0));\r
 916     small.put("W", new Integer(0));\r
 917     small.put("H", new Integer(0));\r
 918     small.put("K", new Integer(0));\r
 919     small.put("R", new Integer(0));\r
 920     small.put("E", new Integer(0));\r
 921     small.put("Q", new Integer(0));\r
 922     small.put("D", new Integer(1));\r
 923     small.put("N", new Integer(1));\r
 924     small.put("S", new Integer(1));\r
 925     small.put("T", new Integer(1));\r
 926     small.put("P", new Integer(1));\r
 927     small.put("-", new Integer(1));\r
 928     small.put("*", new Integer(1));\r
 929   }\r
 930 \r
 931   static\r
 932   {\r
 933     positive.put("I", new Integer(0));\r
 934     positive.put("L", new Integer(0));\r
 935     positive.put("V", new Integer(0));\r
 936     positive.put("C", new Integer(0));\r
 937     positive.put("A", new Integer(0));\r
 938     positive.put("G", new Integer(0));\r
 939     positive.put("M", new Integer(0));\r
 940     positive.put("F", new Integer(0));\r
 941     positive.put("Y", new Integer(0));\r
 942     positive.put("W", new Integer(0));\r
 943     positive.put("H", new Integer(1));\r
 944     positive.put("K", new Integer(1));\r
 945     positive.put("R", new Integer(1));\r
 946     positive.put("E", new Integer(0));\r
 947     positive.put("Q", new Integer(0));\r
 948     positive.put("D", new Integer(0));\r
 949     positive.put("N", new Integer(0));\r
 950     positive.put("S", new Integer(0));\r
 951     positive.put("T", new Integer(0));\r
 952     positive.put("P", new Integer(0));\r
 953     positive.put("-", new Integer(1));\r
 954     positive.put("*", new Integer(1));\r
 955   }\r
 956 \r
 957   static\r
 958   {\r
 959     negative.put("I", new Integer(0));\r
 960     negative.put("L", new Integer(0));\r
 961     negative.put("V", new Integer(0));\r
 962     negative.put("C", new Integer(0));\r
 963     negative.put("A", new Integer(0));\r
 964     negative.put("G", new Integer(0));\r
 965     negative.put("M", new Integer(0));\r
 966     negative.put("F", new Integer(0));\r
 967     negative.put("Y", new Integer(0));\r
 968     negative.put("W", new Integer(0));\r
 969     negative.put("H", new Integer(0));\r
 970     negative.put("K", new Integer(0));\r
 971     negative.put("R", new Integer(0));\r
 972     negative.put("E", new Integer(1));\r
 973     negative.put("Q", new Integer(0));\r
 974     negative.put("D", new Integer(1));\r
 975     negative.put("N", new Integer(0));\r
 976     negative.put("S", new Integer(0));\r
 977     negative.put("T", new Integer(0));\r
 978     negative.put("P", new Integer(0));\r
 979     negative.put("-", new Integer(1));\r
 980     negative.put("*", new Integer(1));\r
 981   }\r
 982 \r
 983   static\r
 984   {\r
 985     charged.put("I", new Integer(0));\r
 986     charged.put("L", new Integer(0));\r
 987     charged.put("V", new Integer(0));\r
 988     charged.put("C", new Integer(0));\r
 989     charged.put("A", new Integer(0));\r
 990     charged.put("G", new Integer(0));\r
 991     charged.put("M", new Integer(0));\r
 992     charged.put("F", new Integer(0));\r
 993     charged.put("Y", new Integer(0));\r
 994     charged.put("W", new Integer(0));\r
 995     charged.put("H", new Integer(1));\r
 996     charged.put("K", new Integer(1));\r
 997     charged.put("R", new Integer(1));\r
 998     charged.put("E", new Integer(1));\r
 999     charged.put("Q", new Integer(0));\r
1000     charged.put("D", new Integer(1));\r
1001     charged.put("N", new Integer(1));\r
1002     charged.put("S", new Integer(0));\r
1003     charged.put("T", new Integer(0));\r
1004     charged.put("P", new Integer(0));\r
1005     charged.put("-", new Integer(1));\r
1006     charged.put("*", new Integer(1));\r
1007   }\r
1008 \r
1009   static\r
1010   {\r
1011     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
1012     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
1013     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
1014     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
1015     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
1016     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
1017     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
1018     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
1019     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
1020     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
1021     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
1022     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
1023     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
1024     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
1025     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
1026     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
1027     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
1028     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
1029     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
1030     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
1031     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
1032     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
1033   }\r
1034 \r
1035   static\r
1036   {\r
1037     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
1038     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
1039     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1040     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1041     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1042     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1043     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1044     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1045     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1046     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1047     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1048     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1049     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1050     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1051     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1052     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1053     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1054     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1055     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1056     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1057     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1058     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1059   }\r
1060 \r
1061   static\r
1062   {\r
1063     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1064     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1065     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1066     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1067     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1068     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1069     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1070     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1071     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1072     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1073     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1074     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1075     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1076     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1077     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1078     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1079     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1080     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1081     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1082     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1083     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1084     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1085   }\r
1086 \r
1087   static\r
1088   {\r
1089     proline.put("I", new Integer(0));\r
1090     proline.put("L", new Integer(0));\r
1091     proline.put("V", new Integer(0));\r
1092     proline.put("C", new Integer(0));\r
1093     proline.put("A", new Integer(0));\r
1094     proline.put("G", new Integer(0));\r
1095     proline.put("M", new Integer(0));\r
1096     proline.put("F", new Integer(0));\r
1097     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1098     proline.put("W", new Integer(0));\r
1099     proline.put("H", new Integer(0));\r
1100     proline.put("K", new Integer(0));\r
1101     proline.put("R", new Integer(0));\r
1102     proline.put("E", new Integer(0));\r
1103     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1104     proline.put("D", new Integer(0));\r
1105     proline.put("N", new Integer(0));\r
1106     proline.put("S", new Integer(0));\r
1107     proline.put("T", new Integer(0));\r
1108     proline.put("P", new Integer(1));\r
1109     proline.put("-", new Integer(1));\r
1110     proline.put("*", new Integer(1));\r
1111   }\r
1112 \r
1113   static\r
1114   {\r
1115     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1116     propHash.put("small", small);\r
1117     propHash.put("positive", positive);\r
1118     propHash.put("negative", negative);\r
1119     propHash.put("charged", charged);\r
1120     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1121     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1122     propHash.put("tiny", tiny);\r
1123     propHash.put("proline", proline);\r
1124     propHash.put("polar", polar);\r
1125   }\r
1126 \r
1127   private ResidueProperties()\r
1128   {\r
1129   }\r
1130 \r
1131   public static double getHydmax()\r
1132   {\r
1133     return hydmax;\r
1134   }\r
1135 \r
1136   public static double getHydmin()\r
1137   {\r
1138     return hydmin;\r
1139   }\r
1140 \r
1141   public static double[] getHyd()\r
1142   {\r
1143     return hyd;\r
1144   }\r
1145 \r
1146   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1147   {\r
1148     return aa3Hash;\r
1149   }\r
1150 \r
1151   public static int[][] getDNA()\r
1152   {\r
1153     return ResidueProperties.DNA;\r
1154   }\r
1155 \r
1156   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1157   {\r
1158     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1159   }\r
1160 \r
1161   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1162   {\r
1163     int a = aaIndex[A1.charAt(0)];\r
1164     int b = aaIndex[A2.charAt(0)];\r
1165 \r
1166     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];\r
1167 \r
1168     return pog;\r
1169   }\r
1170 \r
1171   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1172   {\r
1173     int pog = 0;\r
1174 \r
1175     try\r
1176     {\r
1177       int a = aaIndex[A1.charAt(0)];\r
1178       int b = aaIndex[A2.charAt(0)];\r
1179 \r
1180       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];\r
1181     }\r
1182     catch (Exception e)\r
1183     {\r
1184       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1185     }\r
1186 \r
1187     return pog;\r
1188   }\r
1189 \r
1190   public static Vector getCodons(String res)\r
1191   {\r
1192     if (codonHash.containsKey(res))\r
1193     {\r
1194       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1195     }\r
1196 \r
1197     return null;\r
1198   }\r
1199 \r
1200   public static String codonTranslate(String codon)\r
1201   {\r
1202     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1203 \r
1204     while (e.hasMoreElements())\r
1205     {\r
1206       String key = (String) e.nextElement();\r
1207       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1208 \r
1209       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))\r
1210       {\r
1211         return key;\r
1212       }\r
1213     }\r
1214 \r
1215     return null;\r
1216   }\r
1217 }\r