src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.*;\r
   5 \r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  10   public double min;\r
  11   public double max;\r
  12   public double[] scores;\r
  13 \r
  14   public ScoreColourScheme( double[] scores,\r
  15                            double min,\r
  16                            double max) {\r
  17 \r
  18     super();\r
  19 \r
  20     this.scores = scores;\r
  21     this.min = min;\r
  22     this.max = max;\r
  23   }\r
  24 \r
  25 \r
  26     public Color findColour(String s,int j,Vector aa)\r
  27     {\r
  28 \r
  29       if (threshold > 0)\r
  30       {\r
  31          if (!aboveThreshold(aa,s,j))\r
  32              return Color.white;\r
  33       }\r
  34 \r
  35         float red = (float)(scores[((Integer)ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()]\r
  36                             - (float)min)/(float)(max - min);\r
  37         if (red > 1.0f)\r
  38             red = 1.0f;\r
  39 \r
  40         if (red < 0.0f)\r
  41             red = 0.0f;\r
  42 \r
  43     char c = s.charAt(0);\r
  44 \r
  45     if(jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
  46         return Color.white;\r
  47 \r
  48         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
  49         return makeColour(red);\r
  50     }\r
  51     public Color makeColour(float c) {\r
  52         return new Color(c,(float)0.0,(float)1.0-c);\r
  53     }\r
  54 }\r
  55 \r