src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.util.Map;
  28
  29 public class TaylorColourScheme extends ResidueColourScheme
  30 {
  31   public TaylorColourScheme()
  32   {
  33     super(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.taylor);
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public boolean isPeptideSpecific()
  38   {
  39     return true;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public String getSchemeName()
  44   {
  45     return JalviewColourScheme.Taylor.toString();
  46   }
  47
  48   /**
  49    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  50    * be coloured
  51    */
  52   @Override
  53   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
  54           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  55   {
  56     return new TaylorColourScheme();
  57   }
  58 }