src/jalview/structure/StructureImportSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  25
  26 /**
  27  * bean holding settings for structure IO. TODO: tests for validation of values
  28  * TODO: tests for race conditions (all fields are static, is that correct ?)
  29  *
  30  * @author tcofoegbu
  31  *
  32  */
  33 public class StructureImportSettings
  34 {
  35   /**
  36    * set to true to add derived sequence annotations (temp factor read from
  37    * file, or computed secondary structure) to the alignment
  38    */
  39   private static boolean visibleChainAnnotation = false;
  40
  41   /**
  42    * Set true to predict secondary structure (using JMol for protein, Annotate3D
  43    * for RNA)
  44    */
  45   private static boolean processSecStr = false;
  46
  47   /**
  48    * Set true (with predictSecondaryStructure=true) to predict secondary
  49    * structure using an external service (currently Annotate3D for RNA only)
  50    */
  51   private static boolean externalSecondaryStructure = false;
  52
  53   private static boolean showSeqFeatures = true;
  54
  55   public enum StructureParser
  56   {
  57     JMOL_PARSER, JALVIEW_PARSER
  58   }
  59
  60   /**
  61    * Determines the default file format for structure files to be downloaded
  62    * from the PDB sequence fetcher. Possible options include: PDB|mmCIF
  63    */
  64   private static PDBEntry.Type defaultStructureFileFormat = Type.PDB;
  65
  66   /**
  67    * Determines the parser used for parsing PDB format file. Possible options
  68    * are : JMolParser|JalveiwParser
  69    */
  70   private static StructureParser defaultPDBFileParser = StructureParser.JMOL_PARSER;
  71
  72   public static void addSettings(boolean addAlignmentAnnotations,
  73           boolean processSecStr, boolean externalSecStr)
  74   {
  75     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  76     StructureImportSettings.processSecStr = processSecStr;
  77     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  78     StructureImportSettings.showSeqFeatures = true;
  79   }
  80
  81   public static boolean isVisibleChainAnnotation()
  82   {
  83     return visibleChainAnnotation;
  84   }
  85
  86   public static void setVisibleChainAnnotation(
  87           boolean visibleChainAnnotation)
  88   {
  89     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  90   }
  91
  92   public static boolean isProcessSecondaryStructure()
  93   {
  94     return processSecStr;
  95   }
  96
  97   public static void setProcessSecondaryStructure(
  98           boolean processSecondaryStructure)
  99   {
 100     StructureImportSettings.processSecStr = processSecondaryStructure;
 101   }
 102
 103   public static boolean isExternalSecondaryStructure()
 104   {
 105     return externalSecondaryStructure;
 106   }
 107
 108   public static void setExternalSecondaryStructure(
 109           boolean externalSecondaryStructure)
 110   {
 111     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecondaryStructure;
 112   }
 113
 114   public static boolean isShowSeqFeatures()
 115   {
 116     return showSeqFeatures;
 117   }
 118
 119   public static void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 120   {
 121     StructureImportSettings.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 122   }
 123
 124   public static PDBEntry.Type getDefaultStructureFileFormat()
 125   {
 126     return defaultStructureFileFormat;
 127   }
 128
 129   public static void setDefaultStructureFileFormat(
 130           String defaultStructureFileFormat)
 131   {
 132     StructureImportSettings.defaultStructureFileFormat = PDBEntry.Type
 133             .valueOf(defaultStructureFileFormat.toUpperCase());
 134   }
 135
 136   public static String getDefaultPDBFileParser()
 137   {
 138     return defaultPDBFileParser.toString();
 139   }
 140
 141   public static void setDefaultPDBFileParser(
 142           StructureParser defaultPDBFileParser)
 143   {
 144     StructureImportSettings.defaultPDBFileParser = defaultPDBFileParser;
 145   }
 146
 147   public static void setDefaultPDBFileParser(String defaultPDBFileParser)
 148   {
 149     StructureImportSettings.defaultPDBFileParser = StructureParser
 150             .valueOf(defaultPDBFileParser.toUpperCase());
 151   }
 152
 153 }